genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.50.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15264604--15264648	22	2.0	23	86	4	65	35	0	2	62	1.08
15273132--15273191	27	2.3	27	82	8	79	30	15	8	46	1.74
15276030--15276211	27	6.7	27	78	6	152	29	24	10	35	1.89
15276100--15276211	54	2.1	54	89	3	172	27	27	10	33	1.90
15276695--15276743	18	2.6	19	78	18	57	22	2	2	73	1.04
15276686--15276743	22	2.6	22	78	10	73	22	1	3	72	1.09
15300323--15300420	27	3.5	28	88	5	128	32	28	13	25	1.93
15303611--15303652	21	2.0	21	90	9	68	80	7	0	11	0.88
15317266--15317324	25	2.4	25	88	5	84	27	10	27	35	1.89
15322468--15322579	25	4.5	25	81	2	127	17	9	31	41	1.82
15322468--15322579	49	2.3	50	85	1	154	17	9	31	41	1.82
15329978--15330177	51	3.9	51	80	5	244	30	26	17	26	1.97
15329985--15330167	101	1.8	102	91	3	307	31	25	16	26	1.97
15329980--15330207	101	2.2	102	82	5	275	30	26	16	27	1.97
15345511--15346004	131	3.8	131	87	2	645	24	24	20	30	1.99
15346009--15346403	87	4.5	87	90	0	583	22	23	23	30	1.99
15348132--15348164	14	2.3	15	89	5	50	0	21	0	78	0.75
15353364--15353390	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
15361751--15361785	17	2.1	17	89	5	54	25	8	0	65	1.21
15364501--15364700	100	2.0	100	89	1	303	31	11	37	20	1.87
15383328--15383390	18	3.5	19	75	18	55	6	20	0	73	1.05
15385518--15385550	12	2.5	13	90	9	50	18	9	3	69	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15386894--15386980	44	2.0	44	97	0	165	20	19	13	45	1.84
15395351--15395377	12	2.2	12	100	0	54	51	7	0	40	1.30
15395820--15395944	29	4.6	29	74	15	122	26	15	30	28	1.96
15395852--15395953	51	2.0	51	98	0	195	26	13	28	31	1.94
15398096--15398265	29	5.9	29	90	2	218	27	31	14	26	1.95
15399722--15399764	8	5.4	8	85	0	59	20	0	25	53	1.46
15401254--15401293	20	1.9	22	85	10	57	47	0	10	42	1.37
15403352--15403388	19	1.9	19	88	0	56	32	18	18	29	1.96
15405481--15405530	25	2.0	24	92	3	82	34	22	16	28	1.95
15412440--15413037	300	2.0	300	80	5	672	36	11	17	34	1.86
15416218--15416323	53	2.0	54	87	5	153	39	16	18	25	1.91
15416219--15416333	27	4.3	27	82	6	135	38	18	19	24	1.93
15416211--15416333	53	2.3	53	83	4	149	39	18	17	24	1.92
15417002--15417053	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
15419147--15419261	43	2.7	43	74	6	110	20	13	33	33	1.91
15419220--15419319	51	2.0	51	84	4	130	23	18	27	32	1.97
15421407--15421481	28	2.7	28	87	0	96	24	32	20	24	1.98
15421465--15421561	28	3.4	28	80	8	124	30	23	14	30	1.94
15421437--15421537	28	3.6	29	78	9	118	27	25	15	30	1.96
15421437--15421561	57	2.2	56	89	1	187	29	25	15	29	1.96
15423613--15423658	23	2.0	23	86	0	65	19	4	13	63	1.46
15424324--15424387	32	2.0	32	96	0	119	23	23	18	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15424692--15424734	17	2.4	18	84	7	61	39	0	16	44	1.48
15425608--15425685	29	2.7	29	87	0	111	23	16	26	33	1.96
15431581--15431610	14	2.1	14	100	0	60	73	6	6	13	1.24
15434562--15434657	47	2.0	47	93	0	165	26	36	10	27	1.89
15439532--15439670	70	2.0	70	98	0	269	30	17	25	25	1.97
15440328--15440462	68	2.0	68	98	0	261	22	29	14	33	1.93
15441451--15441606	56	2.8	54	81	8	156	28	34	17	19	1.95
15449265--15449363	49	2.0	49	90	0	153	32	22	27	18	1.97
15449722--15449886	80	2.1	80	94	0	285	26	9	21	43	1.82
15457254--15457339	43	2.0	43	93	0	145	29	27	23	19	1.98
15467642--15467680	19	2.1	18	90	4	60	64	0	0	35	0.94
15479346--15479568	79	2.8	78	82	9	265	24	27	22	25	2.00
15479346--15479568	39	5.7	40	86	8	266	24	27	22	25	2.00
15484799--15484846	24	2.0	24	83	0	60	45	4	33	16	1.67
15485679--15485740	30	2.1	30	93	0	106	20	3	40	35	1.69
15486487--15486560	26	2.8	26	93	0	121	16	22	22	37	1.93
15492585--15492640	24	2.3	24	81	0	76	41	3	37	17	1.67
15494093--15494146	27	2.0	27	85	7	74	31	18	18	31	1.95
15494308--15494357	26	1.9	26	87	0	73	20	18	24	38	1.93
15495475--15495568	47	2.0	47	95	0	170	21	28	11	38	1.88
15497624--15497663	16	2.3	18	83	12	57	10	37	0	52	1.35
15504879--15504951	30	2.4	30	83	2	83	31	24	23	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15507035--15507061	8	3.4	8	100	0	54	0	11	0	88	0.50
15510280--15510324	17	2.8	16	86	10	56	20	0	2	77	0.87
15510286--15510330	23	2.0	23	86	8	65	20	0	2	77	0.87
15513314--15513483	46	3.7	46	78	13	204	28	28	21	22	1.99
15513319--15513489	93	1.8	93	93	0	297	28	28	21	21	1.99
15513910--15513969	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
15516461--15516774	78	4.0	78	98	0	601	34	21	14	29	1.93
15517598--15517781	40	4.6	41	81	12	208	25	22	27	25	2.00
15517598--15517781	79	2.3	81	82	11	222	25	22	27	25	2.00
15517650--15517814	79	2.1	79	82	8	194	26	21	27	24	1.99
15521610--15521899	144	2.0	144	95	1	519	27	13	26	32	1.94
15525298--15525481	40	4.6	41	81	12	208	25	22	27	25	2.00
15525298--15525481	79	2.3	81	82	11	222	25	22	27	25	2.00
15525350--15525514	79	2.1	79	82	8	194	26	21	27	24	1.99
15530321--15530492	46	3.7	46	73	15	174	30	28	19	21	1.98
15530918--15530977	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
15532908--15532940	7	4.7	7	96	0	57	30	0	51	18	1.46
15533607--15533663	26	2.4	25	80	13	66	64	5	0	29	1.15
15535861--15535912	23	2.3	23	82	0	59	26	21	19	32	1.97
15536019--15536086	24	2.8	25	84	4	79	19	8	36	35	1.83
15538197--15538244	20	2.4	20	92	0	78	35	10	2	52	1.48
15538985--15539055	24	3.0	24	74	0	70	25	14	32	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15540161--15540194	17	2.0	17	88	0	50	32	14	8	44	1.76
15540286--15540350	31	2.1	31	83	11	80	35	10	0	53	1.36
15541868--15541921	25	2.1	26	83	10	67	38	5	1	53	1.35
15548594--15548622	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
15562489--15562626	69	2.0	69	90	5	217	26	23	29	20	1.99
15580929--15581020	42	2.2	42	88	0	139	29	13	21	35	1.91
15581044--15581124	31	2.6	31	96	3	146	32	18	24	24	1.97
15584145--15584197	26	2.0	26	100	0	106	35	11	11	41	1.77
15589943--15589981	20	2.0	20	94	0	69	28	7	17	46	1.76
15596657--15596834	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
15596658--15596813	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
15596654--15596834	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
15608367--15608409	14	3.1	14	80	6	52	58	9	2	30	1.42
15608367--15608405	13	2.9	13	84	3	51	58	10	2	28	1.44
15617830--15618033	53	3.8	53	73	5	131	37	17	23	21	1.94
15621748--15621855	26	4.2	26	91	0	180	36	23	7	33	1.83
15623526--15623568	17	2.6	17	81	3	52	41	20	4	32	1.73
15628075--15628115	19	2.2	19	90	0	64	36	12	17	34	1.87
15628942--15629014	20	3.7	20	66	14	53	31	8	0	60	1.26
15629543--15629601	28	2.1	28	100	0	118	42	13	20	23	1.88
15630151--15630188	14	2.5	16	83	12	53	26	0	2	71	1.00
15630538--15630593	17	3.3	17	78	9	69	62	3	1	32	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15630803--15630933	69	1.9	67	84	9	176	41	9	9	38	1.72
15630803--15630956	67	2.2	67	78	15	163	43	8	10	37	1.69
15632858--15632898	6	6.7	6	88	5	64	39	14	14	31	1.87
15632858--15632898	19	2.2	18	91	4	64	39	14	14	31	1.87
15632845--15632905	25	2.5	24	86	2	77	37	14	16	31	1.89
15632858--15632905	19	2.5	19	86	6	53	39	14	16	29	1.88
15644892--15644933	17	2.5	17	96	0	75	21	23	35	19	1.96
15647784--15647843	26	2.2	28	88	8	88	60	0	1	38	1.07
15647946--15647981	18	2.0	18	88	0	54	50	0	5	44	1.25
15650654--15650697	22	1.9	24	86	9	65	38	4	2	54	1.33

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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