Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   

This is table  40  of  322  ( 38559 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
11961649--11961696
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2.5
19
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0
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60
0
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12
1.32
11962764--11962807
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2.4
19
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0
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40
1.34
11965046--11965204
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2.0
79
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0
273
30
20
22
25
1.98
11965133--11965283
60
2.5
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29
19
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27
1.98
11970064--11970111
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52
0
4
43
1.20
11970066--11970117
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2.1
25
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0
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0
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1.30
11971532--11971642
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40
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6
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14
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11971626--11971699
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2.6
28
84
0
85
25
12
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60
0
0
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2.0
101
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35
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27
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12
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0
0
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30
14
20
34
1.93
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2.2
28
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27
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19
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1.96
11980520--11980651
64
2.1
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5
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27
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1.92
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11980580--11980942
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6
417
30
14
19
35
1.92
11981242--11981309
30
2.3
30
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5
84
47
2
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33
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112
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20
25
21
1.98
11984460--11984648
92
2.1
92
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3
247
39
14
23
22
1.91
11984505--11984634
46
2.8
46
97
0
251
40
13
22
23
1.89
11989473--11989609
46
3.0
46
87
0
193
24
31
10
34
1.89
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
11989583--11989743
47
3.5
46
93
1
259
23
28
12
35
1.91
11995896--11995973
38
2.1
38
100
0
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10
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1.88
12005395--12005440
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1.9
23
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26
2
69
1.11
12005671--12005795
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2.0
62
100
0
250
16
19
24
40
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1.9
35
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100
31
10
13
44
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12015436--12015475
20
2.0
20
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0
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27
12
12
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1.77
12019057--12019101
10
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2
2
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1.09
12019064--12019102
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0
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0.98
12019118--12019187
20
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11
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34
1
5
58
1.31
12019167--12019199
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12019271--12019308
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86
0
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30
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12022896--12022941
17
2.7
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26
6
2
65
1.28
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2.0
21
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2
4
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1.35
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80
2.0
79
90
1
249
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26
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30
1.92
12046789--12046828
20
2.1
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55
35
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2
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1.09
12047549--12047583
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15
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25
5
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1.11
12047567--12047600
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18
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38
5
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22
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0
50
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26
64
43
0
1
54
1.10
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
12063648--12063680
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1.9
17
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36
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0
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1
2
52
1.22
12063852--12063945
44
2.1
44
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127
36
25
4
34
1.76
12063927--12063982
16
3.5
16
87
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87
28
28
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35
1.84
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16
2.1
16
100
0
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52
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3.0
581
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13
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1.9
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5
57
12
12
14
60
1.58
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20
23
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3.4
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58
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1.41
12082042--12082106
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2.1
31
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1.48
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15
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13
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1.54
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12084653--12084742
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40
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8
24
1.39
12084657--12084725
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21
22
36
1.96
12086597--12086757
84
1.9
86
84
5
220
24
22
19
32
1.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
12093998--12094077
39
2.1
38
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2
151
21
16
16
46
1.84
12094003--12094067
22
3.2
22
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52
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15
13
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2.1
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10
13
13
1.52
12098830--12098956
23
5.6
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3
3
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1.34
12098860--12098966
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12
70
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56
2
2
38
1.29
12098914--12098987
33
2.1
35
83
11
91
51
2
6
39
1.43
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16
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0
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71
52
12
3
32
1.54
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3
12.0
3
100
0
72
66
0
0
33
0.92
12099422--12099481
9
6.9
9
80
18
65
58
0
6
35
1.24
12099422--12099481
3
19.7
3
76
10
59
58
0
6
35
1.24
12099537--12099625
20
4.5
20
71
17
69
62
3
8
24
1.40
12099537--12099625
40
2.2
40
79
16
105
62
3
8
24
1.40
12099541--12099609
19
3.8
17
70
20
50
60
4
8
26
1.44
12104815--12104855
19
2.1
18
86
13
55
34
0
2
63
1.08
12105105--12105164
29
2.1
29
100
0
120
33
6
15
45
1.72
12105155--12105357
99
2.1
99
97
0
381
35
5
22
35
1.79
12108817--12108868
25
2.1
25
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0
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15
9
36
1.80
12112699--12112737
15
2.6
16
84
8
55
0
25
0
74
0.82
12112794--12112830
14
2.6
15
83
12
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37
5
0
56
1.22
12118717--12120353
817
2.0
817
99
0
3238
32
21
13
32
1.92
12120913--12120949
14
2.6
15
83
12
51
37
5
0
56
1.22
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
12122099--12122189
40
2.3
40
88
3
130
25
21
7
45
1.78
12127215--12127394
61
2.9
62
76
8
165
41
15
3
38
1.66
12132584--12132631
24
2.0
24
87
0
69
45
10
18
25
1.81
12143301--12143359
26
2.3
26
100
0
118
37
10
15
37
1.81
12146781--12146821
21
2.0
21
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0
64
7
7
9
75
1.18
12146787--12146841
21
2.7
21
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2
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7
5
10
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1.15
12147849--12147900
22
2.4
22
80
0
59
25
11
3
59
1.49
12147884--12147940
30
1.9
30
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0
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29
1
10
57
1.42
12149609--12149762
80
1.9
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195
37
18
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1.81
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18
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4
0
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1.22
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1
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1.60
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2.5
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2.0
34
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34
0
20
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1.52
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3.5
22
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0
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42
2
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42
1.53
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109
4.5
109
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570
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2.0
22
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0
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46
0
16
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125
4.0
125
84
5
649
38
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16
28
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249
1.9
246
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2
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16
27
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7
3.6
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100
0
50
60
12
0
28
1.32
12156775--12156859
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2.0
43
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4
29
1.32
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43
4.7
40
73
13
126
29
19
23
28
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
12173050--12173255
42
4.9
41
76
8
155
29
18
23
28
1.98
12175214--12175265
24
2.2
24
89
0
77
34
3
7
53
1.48
12178080--12178110
11
2.8
11
90
0
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1.97
12183768--12183900
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162
25
26
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1.96
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24
2.2
24
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0
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1.51
12217520--12217652
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0
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0
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2.9
21
82
0
68
24
24
27
22
2.00
12259231--12259350
6
19.3
6
71
19
86
48
15
17
19
1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          321   322