genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.69.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22062730--22062804	29	2.6	29	80	0	87	30	14	30	24	1.95
22064530--22064555	13	2.0	13	100	0	52	30	7	38	23	1.83
22065638--22065673	16	2.2	17	90	5	56	58	16	0	25	1.38
22066885--22066943	24	2.5	24	88	0	82	49	16	22	11	1.78
22067158--22067272	29	4.0	28	77	7	124	26	15	30	26	1.96
22067158--22067270	58	2.0	57	84	5	147	27	15	30	26	1.96
22076447--22076561	55	2.1	56	83	8	146	34	21	24	19	1.96
22076472--22076561	27	3.2	27	85	7	119	32	23	24	20	1.98
22076667--22076731	28	2.3	28	92	5	105	29	7	29	33	1.85
22090112--22090327	40	5.5	40	88	4	298	23	27	24	25	2.00
22094476--22094590	55	2.1	56	82	8	137	35	21	23	19	1.96
22094501--22094590	28	3.2	27	84	7	110	33	23	23	20	1.97
22094501--22094590	27	3.2	27	82	7	101	33	23	23	20	1.97
22094696--22094788	28	3.3	28	95	3	161	30	7	27	34	1.85
22098595--22098910	49	6.6	49	94	2	509	32	6	29	30	1.84
22103249--22103498	40	6.2	40	96	0	446	24	22	28	24	2.00
22105423--22106405	491	2.0	491	98	0	1921	26	15	24	33	1.95
22112236--22112351	44	2.5	46	76	6	121	28	18	28	24	1.98
22129843--22130001	47	3.5	43	75	13	115	29	18	28	23	1.98
22132365--22132623	120	2.2	120	83	4	319	25	21	27	25	1.99
22132365--22132590	40	5.7	40	91	2	321	24	22	27	25	1.99
22135801--22135950	40	3.8	40	92	4	241	20	27	23	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22145975--22146002	12	2.3	12	100	0	56	39	7	7	46	1.59
22146093--22146145	13	4.1	13	85	0	70	35	22	7	33	1.83
22148203--22148297	43	2.2	44	85	9	126	31	27	17	23	1.97
22148203--22148315	43	2.6	43	82	8	106	31	25	16	25	1.97
22149630--22149680	25	2.0	25	100	0	102	37	23	0	39	1.55
22152350--22152527	40	4.5	39	76	6	124	25	22	27	24	2.00
22152413--22152532	39	3.1	39	85	2	159	24	20	28	26	1.99
22152413--22152567	79	2.0	78	80	1	175	25	20	28	25	1.99
22160352--22160561	40	5.3	39	89	4	242	25	21	27	25	1.99
22160299--22160561	120	2.2	120	82	4	309	25	21	27	25	1.99
22160300--22160596	80	3.7	80	81	6	230	26	21	27	24	1.99
22169360--22169385	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
22170810--22170878	28	2.5	28	78	0	84	33	5	11	49	1.63
22170894--22170924	5	6.4	5	92	7	55	58	0	0	41	0.98
22171302--22171372	36	2.0	36	94	0	124	29	7	19	43	1.77
22173766--22173803	19	1.9	20	89	10	60	36	7	13	42	1.73
22190550--22190613	30	2.1	32	82	5	78	23	1	17	57	1.48
22199881--22199919	19	2.1	19	90	0	60	23	12	17	46	1.83
22200111--22200203	46	2.0	46	95	0	168	44	22	15	18	1.87
22203641--22203799	42	3.7	43	78	8	162	27	17	25	28	1.98
22205542--22205717	46	3.8	46	75	12	171	21	20	28	30	1.98
22205538--22205709	93	1.8	93	88	0	263	20	20	29	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22208671--22208735	15	4.4	15	81	16	82	10	13	12	63	1.53
22209446--22209550	53	2.0	53	98	0	201	27	21	7	42	1.80
22210367--22210544	27	6.6	27	79	6	155	29	28	16	26	1.97
22210388--22210543	82	1.9	81	84	3	206	28	28	16	26	1.97
22212226--22212627	201	2.0	201	90	1	628	24	28	16	30	1.96
22212782--22212986	103	2.0	103	99	0	401	26	30	20	21	1.98
22220143--22220167	13	1.9	13	100	0	50	28	0	8	64	1.22
22221947--22222009	12	5.2	12	72	0	54	12	23	0	63	1.29
22222099--22222142	5	8.4	5	83	16	54	2	15	2	79	0.93
22222088--22222143	21	2.8	20	81	10	60	3	14	3	78	1.02
22222088--22222142	19	2.7	21	86	8	69	3	14	1	80	0.94
22240198--22240237	19	2.1	19	85	0	53	25	35	17	22	1.95
22243369--22243418	11	4.6	11	85	5	66	82	4	4	10	0.94
22243369--22243418	21	2.3	21	93	3	82	82	4	4	10	0.94
22260804--22260828	13	1.9	13	100	0	50	36	16	32	16	1.90
22261233--22261333	30	3.4	30	71	4	87	31	14	26	26	1.95
22269537--22269581	20	2.2	21	84	4	56	26	26	15	31	1.96
22269617--22269702	30	2.9	30	80	11	97	29	20	17	32	1.96
22277932--22278272	170	2.0	171	97	0	648	29	15	19	35	1.93
22278424--22278674	126	2.0	126	98	0	484	23	19	18	39	1.93
22280746--22280781	4	9.0	4	88	11	56	75	0	0	25	0.81
22289920--22290070	27	5.6	27	84	3	160	28	28	15	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22289920--22290070	55	2.8	54	82	4	169	28	28	15	27	1.96
22293276--22293378	43	2.4	43	100	0	206	22	15	35	26	1.94
22293364--22293433	29	2.4	29	85	4	88	28	14	31	25	1.95
22293823--22294147	40	7.9	40	89	5	479	25	23	26	24	2.00
22297128--22297305	27	6.6	27	85	3	205	26	14	28	30	1.95
22297129--22297284	82	1.9	81	89	3	242	26	14	28	30	1.95
22297125--22297305	82	2.2	81	84	2	238	26	14	28	30	1.95
22306814--22306869	21	2.6	21	82	5	67	57	3	5	33	1.39
22313644--22313798	43	3.6	43	82	6	181	29	14	23	32	1.94
22318770--22318985	50	4.3	50	81	3	256	30	11	18	40	1.85
22324558--22324600	22	2.0	22	90	0	68	55	9	13	20	1.66
22325406--22325552	50	2.9	50	82	4	181	32	11	16	39	1.84
22329690--22329895	28	7.4	28	91	2	281	32	28	13	25	1.94
22332505--22332656	29	5.4	28	84	3	180	27	32	14	25	1.95
22332510--22332656	57	2.6	56	86	5	188	27	32	14	25	1.94
22339379--22339505	29	4.5	28	81	5	157	25	32	14	27	1.95
22339379--22339501	57	2.2	57	83	5	151	25	31	15	27	1.96
22339380--22339525	29	5.1	28	76	11	95	27	30	13	28	1.94
22339585--22339618	18	1.9	18	88	5	52	20	38	23	17	1.93
22347483--22347550	29	2.3	29	82	5	84	27	29	13	29	1.94
22347372--22347699	174	1.9	174	96	0	611	31	24	14	30	1.94
22347652--22347730	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22354813--22354880	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
22354702--22355029	174	1.9	174	97	0	620	30	24	14	29	1.95
22354982--22355060	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
22358546--22358636	47	1.9	47	97	0	173	20	12	18	48	1.80
22361745--22361828	24	3.5	24	80	8	73	25	21	19	34	1.96
22361996--22362048	19	2.7	19	85	2	70	32	3	24	39	1.73
22363067--22363159	48	1.9	48	87	8	136	30	9	17	43	1.81
22365119--22365159	21	2.0	21	85	0	55	53	4	9	31	1.55
22365154--22365233	25	3.2	25	92	3	133	65	0	17	17	1.28
22365154--22365233	26	3.2	26	94	3	137	65	0	17	17	1.28
22367344--22367399	29	1.9	29	92	0	94	50	5	16	28	1.67
22368320--22368394	27	2.7	28	85	8	100	49	17	16	17	1.80
22371076--22371405	47	7.1	47	90	2	468	34	10	28	26	1.89
22371194--22371315	22	5.3	22	63	24	63	32	12	28	26	1.92
22371076--22371405	139	2.4	139	88	2	482	34	10	28	26	1.89
22371379--22371515	46	3.0	46	91	0	220	35	8	29	25	1.86
22372620--22372672	22	2.4	21	78	3	52	66	5	3	24	1.31
22380366--22380537	46	3.7	46	77	13	190	29	27	20	21	1.98
22380371--22380541	93	1.8	93	92	0	288	29	28	21	21	1.98
22380964--22381023	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
22381841--22381866	11	2.4	11	100	0	52	30	26	0	42	1.56
22382859--22382913	27	2.0	27	96	0	101	27	27	29	16	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22398226--22398354	46	2.8	46	96	0	231	29	28	21	20	1.98
22398231--22398373	46	3.1	45	89	4	146	29	28	20	20	1.98
22398777--22398836	30	2.0	30	86	0	84	30	26	8	35	1.86
22402144--22402208	20	3.3	20	69	26	66	6	4	27	61	1.40
22402153--22402215	16	3.5	16	70	25	54	4	4	23	66	1.30
22402140--22402217	39	2.0	39	100	0	156	7	5	25	61	1.44
22402153--22402218	17	3.6	17	70	26	55	4	6	22	66	1.32
22402159--22402221	20	3.2	20	65	13	58	4	7	22	65	1.38
22407739--22407817	40	2.0	40	100	0	158	58	10	10	21	1.60
22408159--22408331	48	3.6	47	80	7	188	28	19	28	23	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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