genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.305.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          321   322   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101316249--101316306	30	1.9	30	85	0	80	27	3	13	55	1.55
101321971--101322018	12	3.8	12	79	15	60	22	0	14	62	1.32
101321967--101322023	27	2.1	27	100	0	114	28	0	14	57	1.37
101324709--101324768	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
101329094--101329154	30	2.0	30	83	0	77	32	22	6	37	1.80
101333728--101333800	3	24.3	3	97	0	137	0	31	0	68	0.90
101337768--101337850	42	2.0	43	83	7	107	26	16	24	32	1.96
101337711--101337850	42	3.3	41	71	14	106	26	15	24	33	1.95
101341059--101341096	17	2.3	16	90	4	58	71	2	7	18	1.23
101352369--101352393	13	1.9	13	100	0	50	36	0	8	56	1.29
101356237--101356462	48	4.6	48	76	6	197	24	27	19	28	1.98
101356237--101356462	98	2.3	98	81	7	246	24	27	19	28	1.98
101358596--101358804	48	4.3	47	73	8	150	25	27	18	28	1.98
101360042--101360148	29	3.8	28	76	8	110	25	33	14	26	1.95
101360044--101360154	58	1.9	57	85	5	152	26	32	14	27	1.95
101377111--101377297	96	1.9	96	82	3	232	25	27	18	28	1.98
101391312--101391398	43	2.0	43	97	0	165	31	14	25	28	1.95
101394115--101394167	18	3.4	18	62	37	50	16	11	13	58	1.63
101394106--101394166	28	2.2	28	96	0	113	16	11	14	57	1.65
101394913--101395025	43	2.6	44	80	8	135	28	18	22	30	1.97
101397768--101397814	23	2.0	23	91	0	76	38	31	8	21	1.83
101401261--101401446	47	4.0	47	92	0	300	32	13	29	24	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101401286--101401361	22	3.3	22	67	22	66	32	13	28	25	1.93
101401335--101401410	23	3.2	25	62	24	63	28	14	34	22	1.93
101401609--101401750	37	3.8	37	90	0	221	23	19	33	24	1.97
101407206--101407474	142	1.9	142	82	3	335	30	18	27	23	1.98
101416204--101416472	142	1.9	142	82	3	335	30	18	27	23	1.98
101421821--101422010	96	2.0	96	96	0	353	39	3	24	32	1.73
101422012--101422171	80	2.0	81	98	1	313	41	11	20	26	1.85
101424457--101424641	79	2.3	79	99	0	361	43	3	2	50	1.30
101424639--101424681	15	2.8	16	83	13	54	62	0	0	37	0.95
101425219--101425270	25	2.1	24	85	7	68	75	0	11	13	1.06
101425975--101426020	21	2.1	21	84	8	56	47	10	4	36	1.58
101427238--101427282	21	2.1	21	88	8	65	2	48	20	28	1.61
101427696--101427724	14	2.1	14	93	6	51	58	6	0	34	1.25
101431021--101431046	12	2.2	12	100	0	52	30	26	7	34	1.85
101432833--101432999	9	19.0	9	69	11	80	33	1	19	46	1.58
101432850--101432968	36	3.1	36	86	8	130	33	0	18	47	1.55
101432883--101432991	43	2.5	43	90	0	182	33	0	19	47	1.49
101432881--101433004	43	2.9	43	85	3	160	33	0	17	48	1.48
101432997--101433031	13	2.6	13	95	4	61	37	0	8	54	1.31
101437074--101437120	16	2.9	16	75	12	51	19	4	4	72	1.18
101437324--101437379	27	2.0	28	82	3	69	42	37	1	17	1.60
101437425--101437499	7	10.6	7	73	8	53	52	34	0	13	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101437425--101437499	15	5.3	14	75	10	55	52	34	0	13	1.41
101437425--101437472	15	3.3	15	85	2	62	54	35	0	10	1.35
101438034--101438077	23	2.0	22	82	8	54	38	6	2	52	1.41
101438573--101438669	39	2.4	39	79	3	104	28	22	18	29	1.97
101439639--101439689	22	2.3	21	77	9	57	49	0	3	47	1.20
101460237--101460284	6	8.3	6	84	13	57	12	0	35	52	1.40
101464833--101464946	48	2.4	48	90	0	183	25	17	28	28	1.98
101466395--101466603	46	4.5	45	74	7	152	25	30	18	25	1.98
101466436--101466606	94	1.8	92	81	5	209	25	29	18	26	1.98
101469658--101469698	9	4.6	9	96	0	73	12	73	0	14	1.11
101476726--101476903	40	4.5	40	87	2	216	23	28	24	23	2.00
101478111--101478155	21	2.2	21	96	4	83	0	44	0	55	0.99
101485283--101485454	46	3.7	46	77	13	190	28	27	21	22	1.99
101485288--101485458	93	1.8	93	92	0	288	28	28	21	21	1.99
101485878--101485937	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
101492877--101493044	46	3.7	46	77	12	191	29	28	19	22	1.98
101493471--101493530	30	2.0	30	86	0	84	30	25	6	38	1.81
101500949--101501088	39	3.5	39	89	4	201	17	22	28	31	1.97
101513934--101513993	28	2.1	28	93	0	102	18	11	11	58	1.63
101514740--101514852	43	2.6	44	80	8	135	28	18	22	30	1.97
101521067--101521299	47	5.0	47	92	0	376	33	13	28	24	1.93
101521188--101521263	23	3.2	25	62	24	63	28	14	34	22	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101521462--101521603	37	3.8	37	88	0	212	23	19	32	24	1.97
101527150--101527418	142	1.9	142	82	3	335	30	18	27	23	1.98
101538423--101538487	20	3.3	19	73	16	51	38	16	21	23	1.93
101540324--101540379	21	2.7	21	72	5	51	8	17	1	71	1.21
101540323--101540379	14	4.1	14	75	16	57	8	17	1	71	1.19
101540318--101540380	27	2.3	26	84	10	74	7	20	1	69	1.22
101540341--101540478	18	7.6	18	70	12	86	7	19	2	69	1.26
101540341--101540448	6	17.7	6	70	5	74	6	18	3	71	1.23
101540318--101540470	81	1.9	83	81	9	188	8	19	3	68	1.30
101546463--101546537	6	12.3	6	75	13	64	49	12	17	21	1.78
101546722--101546781	28	2.1	28	93	0	102	35	21	18	25	1.96
101546969--101547082	54	2.1	53	80	7	124	28	19	20	31	1.97
101546998--101547084	27	3.3	27	81	1	113	25	20	19	34	1.96
101548503--101548550	15	3.3	15	73	5	53	29	0	27	43	1.55
101548497--101548540	14	3.1	14	74	6	52	27	0	34	38	1.57
101549537--101549581	14	3.3	14	78	6	56	48	15	0	35	1.45
101549766--101549803	20	1.9	20	94	0	67	21	26	18	34	1.96
101551132--101551177	12	3.8	12	88	5	74	73	4	2	19	1.10
101552178--101552216	15	2.4	15	87	12	51	66	2	20	10	1.33
101553699--101553736	20	1.9	20	94	0	67	21	26	18	34	1.96
101555065--101555110	12	3.8	12	88	5	74	73	4	2	19	1.10
101558685--101558732	15	3.3	15	73	5	53	29	0	27	43	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101558679--101558722	14	3.1	14	74	6	52	27	0	34	38	1.57
101558679--101558738	29	2.1	29	93	0	102	28	0	30	41	1.56
101559712--101559756	14	3.3	14	78	6	56	48	15	0	35	1.45
101566391--101566487	30	3.2	30	74	8	97	27	26	16	28	1.97
101570737--101570787	20	2.6	19	84	6	66	13	19	21	45	1.85
101581951--101582047	30	3.2	31	76	5	110	27	26	15	29	1.96
101584168--101584215	13	3.6	13	94	2	78	77	0	6	16	0.97
101584168--101584215	14	3.5	14	91	2	71	77	0	6	16	0.97
101585548--101585609	30	2.1	30	96	0	115	29	20	19	30	1.97
101591852--101591908	5	11.0	5	77	17	55	77	3	17	1	1.00
101591852--101591908	16	3.7	14	80	17	60	77	3	17	1	1.00
101591963--101591993	12	2.6	12	94	0	53	45	9	16	29	1.79
101591996--101592077	30	2.7	31	79	5	96	64	1	20	13	1.34
101597922--101598018	30	3.2	30	71	8	81	27	27	15	28	1.96
101599442--101599479	11	3.5	11	88	0	58	76	5	7	10	1.15
101600383--101600446	11	6.0	11	75	14	62	81	1	14	3	0.89
101600401--101600446	15	3.1	14	84	9	56	78	2	17	2	0.96
101600383--101600433	6	8.3	6	80	20	52	82	1	13	1	0.85
101600494--101600524	12	2.6	12	100	0	62	45	12	16	25	1.83
101602705--101602801	30	3.2	30	75	2	106	28	26	15	28	1.96
101608606--101608662	28	2.0	28	96	0	105	35	10	19	35	1.86
101611307--101611331	13	1.9	13	100	0	50	16	32	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101616820--101616882	26	2.5	24	76	7	63	47	11	12	28	1.76
101618560--101618656	30	3.2	30	71	8	90	27	15	28	27	1.96
101620051--101621988	969	2.0	969	100	0	3876	38	16	17	27	1.91
101625591--101625647	28	2.0	28	100	0	114	42	17	7	33	1.76
101628747--101628780	15	2.3	15	89	0	50	35	29	32	2	1.73
101642648--101642709	10	5.9	10	74	10	52	33	32	3	30	1.74
101642648--101642710	21	3.0	21	88	2	90	33	33	3	30	1.74
101644002--101644064	31	2.0	31	93	0	108	42	12	20	23	1.86
101644181--101644296	24	4.4	27	81	15	154	34	15	24	25	1.95
101644181--101644296	52	2.2	52	95	0	205	34	15	24	25	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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