genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.88.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28435705--28436112	47	8.6	47	91	2	618	29	29	8	32	1.86
28435705--28436112	96	4.3	97	89	4	611	29	29	8	32	1.86
28436483--28436734	128	2.0	128	97	0	477	28	19	10	40	1.85
28439801--28440757	40	23.9	40	96	0	1682	25	27	22	24	2.00
28439932--28440873	40	23.6	39	95	1	209	25	27	22	25	2.00
28440652--28440872	79	2.8	80	80	7	209	25	28	21	25	1.99
28444908--28445008	50	2.0	49	90	1	157	53	11	4	29	1.58
28465466--28465551	40	2.2	40	87	6	122	24	22	27	25	1.99
28467538--28467617	25	2.9	27	71	17	67	52	5	1	41	1.31
28469525--28469581	18	3.3	18	75	20	59	63	0	8	28	1.24
28472548--28472587	21	2.0	20	90	5	62	35	0	22	42	1.54
28472553--28472595	21	2.1	21	83	12	54	32	2	20	44	1.65
28474989--28475042	20	2.7	21	75	11	60	35	0	7	57	1.27
28476000--28476060	27	2.3	26	86	8	79	40	3	16	39	1.65
28479126--28479163	19	2.0	19	100	0	76	15	10	36	36	1.82
28490746--28490830	44	1.9	44	88	4	127	41	25	12	20	1.88
28491088--28491197	55	2.0	55	82	10	136	30	30	26	13	1.94
28506711--28506735	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
28507858--28507979	43	2.8	44	85	7	162	23	18	25	32	1.97
28512415--28512484	25	2.8	24	95	0	104	22	24	25	27	2.00
28513295--28513371	27	2.9	27	79	11	86	20	20	20	37	1.94
28513412--28513463	27	1.9	27	88	7	79	34	11	13	40	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28513475--28513593	27	4.4	27	76	10	102	26	6	23	42	1.79
28513629--28513720	27	3.4	27	86	3	123	43	7	19	29	1.78
28519490--28519647	43	3.7	44	80	7	180	23	17	26	32	1.96
28521880--28522227	87	4.0	87	99	0	678	36	15	22	25	1.93
28524304--28524442	40	3.5	40	89	3	203	23	28	23	23	1.99
28530155--28530318	42	3.9	41	80	4	184	32	15	21	29	1.95
28532593--28532632	21	2.0	21	90	5	64	17	30	42	10	1.82
28536329--28536395	20	3.3	21	85	8	95	34	11	19	34	1.88
28536445--28536525	24	3.4	24	96	3	146	30	19	22	27	1.98
28544379--28544445	20	3.3	20	93	4	109	34	11	19	34	1.88
28544390--28544445	11	5.5	11	71	16	57	33	12	19	33	1.89
28544495--28544575	24	3.4	24	89	3	119	33	17	20	28	1.95
28544495--28544589	47	2.0	48	85	8	131	31	18	21	28	1.97
28547766--28548067	47	6.4	47	92	0	442	34	7	30	27	1.85
28550583--28550641	28	2.1	28	93	0	100	44	27	5	23	1.74
28554436--28554697	39	6.7	40	88	7	337	24	27	22	25	2.00
28557299--28557483	93	2.0	93	94	0	325	29	28	16	25	1.97
28563897--28564158	39	6.7	40	88	7	337	24	27	22	25	2.00
28572092--28572344	28	9.0	28	98	0	479	34	28	11	25	1.91
28578619--28578911	29	10.2	29	86	4	414	26	33	12	26	1.93
28587653--28587697	24	1.9	23	82	13	56	17	40	4	37	1.70
28594194--28594374	29	6.3	29	80	7	183	26	32	13	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28594194--28594374	57	3.2	57	86	5	249	26	32	13	27	1.93
28594441--28594478	19	2.1	18	85	14	51	13	42	15	28	1.85
28596734--28596766	17	1.9	17	100	0	66	33	30	0	36	1.58
28596847--28596879	17	1.9	17	100	0	66	33	30	0	36	1.58
28596702--28596935	113	2.1	113	100	0	468	33	22	7	36	1.82
28602346--28602442	42	2.3	42	76	0	104	32	16	22	27	1.96
28605651--28605751	27	3.7	27	83	0	103	21	14	21	41	1.89
28605785--28605820	18	2.0	18	100	0	72	38	16	11	33	1.84
28614526--28614920	100	4.0	100	90	1	483	29	26	19	24	1.99
28614545--28614920	150	2.5	149	91	1	626	29	26	19	25	1.98
28619732--28619854	43	2.9	41	84	4	156	25	17	25	32	1.96
28620570--28620612	11	4.1	10	82	11	59	18	0	27	53	1.45
28620573--28620613	22	1.9	21	95	5	73	17	0	29	53	1.44
28635430--28635601	79	2.2	79	84	3	220	25	21	27	25	1.99
28635377--28635599	40	5.6	39	81	8	209	25	21	27	25	1.99
28635457--28635634	79	2.2	80	80	3	191	25	21	28	24	1.99
28640952--28641121	91	1.8	94	83	7	231	21	31	19	27	1.97
28640952--28641118	47	3.6	46	76	12	164	22	31	18	27	1.97
28640850--28641124	139	2.0	142	83	7	355	22	30	19	27	1.98
28644888--28645218	40	8.3	40	97	0	608	28	19	28	23	1.98
28657569--28657646	38	2.1	38	95	0	138	21	19	24	34	1.96
28660314--28660458	40	3.6	40	87	1	184	24	22	28	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28660314--28660485	80	2.2	80	81	3	195	23	20	27	27	1.99
28662947--28663024	37	2.1	37	85	0	102	28	30	16	24	1.97
28663143--28663271	47	2.7	47	87	2	179	27	28	8	34	1.86
28669031--28669097	30	2.2	30	97	0	125	41	0	17	40	1.50
28672684--28672716	16	2.1	16	88	5	50	81	0	12	6	0.85
28681368--28682235	40	21.6	40	96	1	1544	25	27	22	24	2.00
28689475--28689615	40	3.6	40	85	3	180	26	29	21	22	1.99
28694098--28694126	12	2.3	13	94	5	51	34	17	24	24	1.96
28697370--28697591	40	5.6	40	89	1	313	26	26	21	25	2.00
28705419--28705496	28	2.8	28	80	3	86	34	12	8	43	1.74
28708958--28708985	11	2.5	11	100	0	56	64	7	7	21	1.43
28720296--28720450	28	5.5	28	88	0	229	32	27	20	20	1.97
28720567--28720673	26	4.1	26	88	0	151	37	22	20	19	1.94
28720819--28721526	108	6.6	107	77	7	560	19	18	19	42	1.89
28720820--28721526	27	26.3	27	77	6	503	19	18	19	42	1.89
28740582--28740766	40	4.6	39	82	6	203	24	22	27	25	2.00
28740582--28740766	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	25	2.00
28740612--28740789	79	2.2	78	79	9	200	26	20	26	25	1.99
28744877--28744925	20	2.5	20	75	0	53	30	14	30	24	1.94
28745789--28745860	33	2.2	33	89	0	108	27	15	25	31	1.95
28746766--28746811	18	2.8	17	87	9	60	8	17	4	69	1.31
28747829--28747875	17	2.7	18	77	6	53	14	14	4	65	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28764508--28764613	53	2.0	53	98	0	203	29	26	3	40	1.73
28769131--28769192	28	2.2	28	85	0	79	41	11	14	32	1.81
28774848--28775029	50	3.7	50	83	5	203	28	22	26	22	1.99
28775234--28775282	20	2.5	20	81	15	66	57	6	24	12	1.58
28776456--28776517	28	2.2	28	85	0	79	41	9	16	32	1.80
28787897--28787951	19	2.8	20	75	5	58	34	16	21	27	1.95
28789071--28789164	46	2.0	46	93	4	163	35	22	18	24	1.96
28791988--28792022	17	2.0	17	88	5	52	14	11	0	74	1.08
28794536--28794623	46	1.9	46	90	9	144	36	20	18	25	1.95
28797412--28797470	27	2.1	27	81	9	66	11	23	1	62	1.38
28798400--28798428	15	1.9	15	100	0	58	24	13	0	62	1.32
28798468--28798496	13	2.3	13	94	5	51	24	6	0	68	1.13
28798814--28798907	46	2.0	46	95	4	172	34	22	19	24	1.97
28799841--28799989	58	2.6	58	96	0	271	44	12	9	32	1.75
28811926--28811992	2	33.5	2	96	0	125	0	1	49	49	1.10
28827693--28827775	40	2.1	40	100	0	166	32	12	19	36	1.88
28829459--28829503	20	2.2	21	96	4	83	22	8	22	46	1.79
28830329--28830389	31	2.0	30	96	0	104	19	31	6	40	1.77
28833785--28833840	28	2.0	28	85	0	76	26	23	23	26	2.00
28834178--28834240	26	2.4	26	91	2	81	19	20	19	41	1.91
28834178--28834451	27	10.2	27	83	4	270	20	18	17	43	1.89
28834178--28834451	81	3.4	81	83	5	324	20	18	17	43	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28835029--28835101	34	2.1	35	84	2	94	50	10	28	9	1.69
28837129--28837183	20	2.8	20	85	0	74	25	27	16	30	1.96
28840148--28840174	5	5.4	5	100	0	54	18	0	0	81	0.69
28849512--28849772	130	2.0	130	93	0	450	31	25	15	26	1.96
28849761--28849938	28	6.4	28	88	2	225	32	28	14	25	1.94
28856628--28856776	77	1.9	78	97	1	282	45	12	20	20	1.84
28856791--28856866	38	2.0	38	97	0	143	30	13	25	31	1.93
28857219--28857363	40	3.6	40	83	4	175	26	24	26	22	2.00
28859206--28859297	47	2.0	46	91	2	148	44	14	15	26	1.84
28861270--28861299	15	2.0	15	100	0	60	33	13	13	40	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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