genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.178.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58354292--58354459	82	2.0	82	83	5	212	33	10	19	36	1.87
58355444--58355474	16	1.9	16	93	0	53	29	0	16	54	1.42
58362880--58362931	25	2.1	25	82	7	61	50	17	1	30	1.57
58370269--58370311	16	2.6	17	85	10	54	48	16	0	34	1.46
58372012--58372094	42	2.0	43	87	2	123	15	38	25	20	1.92
58375047--58375214	85	2.0	85	97	0	318	22	22	26	28	1.99
58379393--58379499	28	3.9	26	81	12	99	32	27	12	28	1.92
58379406--58379499	28	3.4	28	89	1	145	31	29	12	25	1.93
58387955--58388122	27	6.2	27	86	4	205	41	8	23	26	1.83
58387954--58388122	54	3.1	54	86	0	239	42	8	23	26	1.83
58388128--58388194	27	2.5	27	92	0	107	34	10	16	38	1.83
58395765--58396177	200	2.1	200	98	0	803	30	26	7	35	1.85
58402923--58403009	43	2.0	43	84	4	113	28	31	17	22	1.97
58406095--58406204	43	2.6	43	92	0	175	26	15	16	41	1.88
58407581--58407616	17	2.1	17	94	0	63	44	11	19	25	1.83
58416932--58416971	12	3.1	13	85	10	55	65	0	0	35	0.93
58417812--58417974	89	1.8	89	97	0	308	36	1	20	41	1.64
58420926--58421022	25	3.9	25	76	6	90	31	17	26	23	1.97
58420986--58421071	24	3.6	24	75	10	77	34	20	25	18	1.96
58421228--58421275	25	2.0	25	83	4	62	43	20	20	14	1.87
58422181--58422217	14	2.7	14	80	19	51	21	5	0	72	1.04
58422563--58422587	11	2.3	11	100	0	50	48	20	0	32	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58425165--58425195	15	2.1	15	93	0	53	38	3	12	45	1.59
58433184--58433219	17	2.1	17	100	0	72	55	5	22	16	1.62
58440149--58440253	40	2.7	40	95	1	185	23	23	26	25	2.00
58455544--58455669	40	3.2	41	79	9	154	27	26	21	24	1.99
58462632--58462675	22	2.0	23	86	4	63	34	0	0	65	0.93
58462624--58462675	14	3.9	14	77	7	63	34	0	0	65	0.93
58462624--58462675	18	3.0	18	72	5	54	34	0	0	65	0.93
58468976--58469009	10	3.3	10	84	8	50	38	0	0	61	0.96
58468977--58469021	21	2.1	21	87	0	63	40	2	2	55	1.24
58472107--58472146	21	1.9	21	89	0	62	17	17	20	45	1.86
58477984--58478051	34	2.0	34	94	0	118	48	7	30	13	1.69
58478310--58478430	43	2.8	43	83	5	147	23	18	28	28	1.98
58479542--58479628	42	2.1	42	100	0	174	29	9	26	34	1.87
58485877--58486077	40	5.0	40	76	6	156	38	13	26	21	1.90
58488665--58488757	23	3.8	24	73	12	75	25	23	18	32	1.97
58490314--58490427	46	2.5	44	80	8	122	26	19	29	24	1.98
58490353--58490526	96	1.8	93	83	3	231	25	19	29	25	1.99
58490350--58490524	47	3.7	47	75	10	144	26	19	29	25	1.99
58492816--58492842	13	2.1	13	100	0	54	29	7	25	37	1.83
58497381--58497409	12	2.3	13	94	5	51	86	13	0	0	0.58
58499689--58499824	26	5.3	26	75	0	121	34	27	17	19	1.95
58499689--58499824	52	2.6	52	84	1	166	34	27	17	19	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58506718--58506800	43	1.9	43	92	0	139	22	19	31	26	1.98
58518251--58518374	26	4.8	26	76	6	81	41	28	10	20	1.85
58522858--58522988	47	2.8	47	94	0	217	35	28	16	20	1.94
58525765--58525814	3	16.3	3	83	4	64	70	2	0	28	0.99
58526651--58527310	329	2.0	331	96	1	1225	34	9	20	35	1.85
58531595--58531702	43	2.5	44	89	4	166	30	26	14	27	1.95
58535262--58535419	27	5.9	26	82	9	176	34	21	24	18	1.96
58535288--58535422	54	2.5	54	93	1	227	34	22	25	18	1.96
58541777--58541884	26	4.2	26	97	0	207	36	26	6	30	1.82
58542816--58542857	18	2.5	17	76	7	50	30	0	0	69	0.89
58544895--58544952	30	1.9	30	82	6	73	27	36	25	10	1.89
58549177--58549214	6	5.9	7	90	9	55	57	0	26	15	1.38
58561615--58561640	13	2.0	13	100	0	52	23	15	7	53	1.67
58566334--58566374	18	2.3	18	86	0	55	9	9	2	78	1.06
58570740--58570879	39	3.6	39	88	0	199	37	22	27	13	1.91
58576609--58576707	24	4.0	24	76	12	103	35	6	2	56	1.35
58576610--58576706	49	2.0	48	88	6	142	36	5	2	56	1.33
58580682--58580788	54	2.0	54	98	0	205	29	27	20	22	1.98
58582954--58582996	12	3.6	12	83	0	59	18	48	23	9	1.76
58584430--58584482	26	2.0	27	85	7	74	24	13	22	39	1.90
58585946--58586002	26	2.2	26	100	0	114	35	26	7	31	1.83
58588592--58588675	42	2.0	42	100	0	168	33	11	28	26	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58602834--58602887	18	3.0	18	77	0	54	11	31	33	24	1.90
58605669--58606563	150	6.0	150	91	3	1403	29	5	7	57	1.49
58605665--58606565	302	3.0	300	91	3	1433	29	5	7	57	1.49
58606671--58606704	17	2.0	17	88	0	50	20	2	2	73	1.09
58607109--58607138	10	3.0	10	90	0	51	0	26	0	73	0.84
58607207--58607254	3	16.3	3	79	12	55	0	37	0	62	0.95
58607208--58607254	25	1.9	24	86	4	67	0	36	0	63	0.94
58607207--58607254	16	3.1	16	85	14	73	0	37	0	62	0.95
58607213--58607253	22	1.9	21	90	5	64	0	34	0	65	0.93
58610761--58610852	45	2.0	45	100	0	184	31	17	10	40	1.84
58613012--58613067	22	2.5	23	85	2	78	28	0	0	71	0.86
58613014--58613067	23	2.4	23	84	3	74	29	0	0	70	0.88
58612999--58613063	16	4.1	16	75	13	62	29	0	0	70	0.87
58613260--58613298	19	2.0	20	90	5	62	20	0	7	71	1.10
58613279--58613324	25	1.9	23	86	8	65	28	0	8	63	1.24
58617859--58617955	50	2.0	48	86	6	133	48	15	16	19	1.81
58624040--58624129	42	2.1	42	86	8	121	21	32	22	24	1.98
58635082--58635130	3	16.3	3	91	0	80	71	0	0	28	0.86
58638983--58639046	31	2.1	31	96	0	119	45	0	15	39	1.47
58639523--58639583	31	2.0	31	83	6	79	50	14	13	21	1.76
58639913--58639961	20	2.4	21	83	13	66	32	6	0	61	1.21
58643828--58643932	52	2.0	52	96	0	192	27	16	12	43	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58645917--58646000	42	2.0	42	95	0	150	45	14	10	29	1.78
58645919--58646013	42	2.3	42	88	1	138	47	14	7	30	1.72
58646027--58646070	19	2.4	18	88	7	70	43	9	2	45	1.48
58649849--58649928	42	1.9	42	94	0	142	46	15	6	32	1.70
58649956--58649999	19	2.4	18	92	7	79	45	13	2	38	1.56
58657635--58657732	40	2.5	40	83	11	130	23	24	29	22	1.99
58663472--58663517	22	2.0	22	83	4	56	28	23	15	32	1.95
58667453--58667495	18	2.5	17	81	7	50	48	25	4	20	1.69
58667480--58667510	9	3.4	9	95	0	53	35	25	9	29	1.88
58667471--58667510	18	2.2	18	86	0	53	40	25	7	27	1.82
58669009--58669183	46	3.8	47	77	15	177	32	29	17	21	1.96
58669017--58669188	93	1.8	93	88	4	267	31	29	18	20	1.96
58670891--58670991	38	2.5	41	71	12	102	23	18	29	27	1.98
58670893--58671003	39	2.8	40	73	13	104	24	19	27	28	1.99
58671136--58671176	18	2.3	18	87	8	57	48	0	21	29	1.50
58673346--58673428	41	2.0	41	100	0	166	54	7	14	24	1.65
58691000--58691167	43	4.0	42	73	7	160	29	27	18	24	1.98
58700001--58700036	17	2.1	17	89	0	54	41	5	11	41	1.64
58702605--58702639	18	1.9	18	88	0	52	28	11	17	42	1.83
58702626--58702676	21	2.4	21	87	6	68	45	17	7	29	1.77
58704796--58705073	48	5.9	49	78	8	229	24	29	19	26	1.99
58709466--58709510	14	3.0	15	90	6	65	55	13	15	15	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58712972--58713175	45	4.4	45	83	4	212	23	31	20	25	1.98
58713004--58713178	45	3.8	45	88	2	242	22	33	19	25	1.97
58713469--58713552	26	3.2	25	91	6	132	34	4	23	36	1.76
58721584--58721641	26	2.2	26	90	0	89	34	5	22	37	1.76
58723130--58723179	26	1.9	26	84	8	66	38	22	16	24	1.93
58723949--58724169	50	4.6	48	75	9	164	23	28	20	26	1.99
58723996--58724171	50	3.6	49	77	9	184	23	29	19	26	1.99
58723948--58724169	98	2.3	94	81	6	241	23	29	20	26	1.99
58727264--58727335	30	2.4	29	80	17	85	59	0	2	37	1.12
58732797--58732968	60	2.8	60	76	10	154	26	23	20	29	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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