genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.182.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59739416--59739481	33	2.0	32	97	2	123	21	27	15	34	1.93
59756385--59756490	42	2.5	42	83	6	135	37	16	16	29	1.91
59761870--59762044	80	2.2	79	86	7	239	25	22	26	26	2.00
59761869--59762044	40	4.4	39	85	6	212	25	22	26	26	2.00
59766605--59766805	99	2.0	99	84	5	262	30	26	17	25	1.97
59766605--59766805	101	2.0	99	86	1	276	30	26	17	25	1.97
59767611--59767671	30	2.0	30	83	0	77	29	22	6	40	1.79
59770656--59770810	42	3.7	42	80	3	141	29	16	24	29	1.96
59772385--59772467	28	3.0	28	92	1	132	34	26	10	27	1.90
59772530--59772627	28	3.5	28	90	2	135	32	28	13	25	1.93
59772323--59772599	145	1.9	145	97	1	529	34	22	12	29	1.92
59779529--59779612	44	1.9	44	80	4	98	35	10	26	27	1.89
59779752--59779870	47	2.5	47	94	0	211	36	14	25	24	1.93
59779846--59779994	55	2.8	53	84	6	192	34	18	25	21	1.96
59779846--59780006	53	3.0	53	84	5	198	34	18	25	22	1.96
59786784--59787984	47	25.5	47	96	0	2114	32	8	29	29	1.87
59788106--59788181	37	2.1	37	87	5	109	23	19	30	26	1.98
59790392--59790440	2	24.5	2	100	0	98	0	0	48	51	1.00
59794212--59794388	40	4.4	40	81	4	198	24	20	27	27	1.99
59794616--59794657	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
59801716--59801883	40	4.2	40	82	3	214	23	20	27	27	1.99
59802164--59802205	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59812459--59812538	37	2.2	37	86	4	108	27	31	17	23	1.97
59812668--59812919	47	5.4	47	87	2	321	26	32	10	30	1.90
59812668--59812950	141	2.0	140	80	8	319	27	31	9	31	1.89
59817371--59817475	43	2.5	42	84	6	104	35	23	14	26	1.93
59819088--59819353	50	5.3	50	80	5	259	39	19	11	29	1.87
59821665--59821922	129	2.0	129	95	1	464	32	18	15	32	1.92
59826911--59827176	50	5.3	50	82	3	266	40	18	12	29	1.87
59834036--59834100	28	2.3	28	94	0	112	33	27	7	30	1.85
59834216--59834286	26	2.6	28	77	8	83	19	28	21	30	1.97
59835362--59835395	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
59845956--59846126	39	4.4	39	90	0	234	29	18	26	24	1.98
59853960--59854184	40	5.7	40	85	5	287	24	22	28	25	2.00
59853960--59854217	119	2.2	119	81	6	292	25	22	27	25	2.00
59857884--59857941	28	2.1	28	96	0	107	34	8	24	32	1.86
59862272--59862496	40	5.6	40	80	7	197	25	24	26	24	2.00
59862272--59862532	80	3.3	80	81	3	276	25	24	26	24	2.00
59862272--59862496	120	1.9	121	83	4	294	25	24	26	24	2.00
59864347--59864385	16	2.5	15	84	8	51	43	0	0	56	0.99
59865148--59865211	25	2.6	24	80	9	58	39	4	1	54	1.31
59866256--59866287	5	6.6	5	92	7	57	18	0	0	81	0.70
59866256--59866286	9	3.3	9	91	8	53	19	0	0	80	0.71
59870612--59870643	5	6.6	5	92	7	57	18	0	0	81	0.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59870612--59870642	9	3.3	9	91	8	53	19	0	0	80	0.71
59872913--59872941	5	6.0	5	92	8	51	20	0	0	79	0.74
59874787--59874850	31	2.1	31	93	0	110	31	10	32	25	1.90
59875683--59875726	21	2.1	21	86	0	61	50	9	15	25	1.74
59876719--59876744	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
59877072--59877176	33	3.4	31	76	13	83	44	7	8	39	1.64
59877731--59877792	31	2.0	31	100	0	124	29	12	25	32	1.93
59880572--59880603	12	2.7	12	90	0	55	25	25	43	6	1.77
59881519--59881557	20	2.1	18	85	9	51	38	2	15	43	1.60
59890678--59890707	15	2.0	15	93	0	51	70	0	0	30	0.88
59892514--59892542	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
59893415--59893459	16	2.6	18	83	16	60	55	2	4	37	1.32
59894639--59894694	26	2.2	25	78	9	60	23	1	12	62	1.39
59910292--59910326	17	2.1	17	94	0	61	28	45	11	14	1.79
59915731--59915769	17	2.3	17	86	0	51	10	5	10	74	1.21
59922684--59922711	14	2.0	14	100	0	56	64	0	0	35	0.94
59925969--59927875	969	2.0	969	99	0	3796	39	7	17	34	1.79
59935679--59935726	6	7.5	6	90	6	69	18	2	0	79	0.84
59943958--59944016	29	2.0	29	100	0	118	52	10	10	27	1.67
59944002--59944035	10	3.4	10	100	0	68	61	17	0	20	1.34
59944002--59944047	20	2.2	20	88	3	65	63	13	2	21	1.40
59949417--59949594	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59949438--59949593	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
59950770--59951073	153	2.0	150	98	1	581	25	21	17	36	1.94
59954291--59954671	190	2.0	190	97	1	728	26	30	17	25	1.97
59956134--59956327	97	2.0	97	96	0	361	25	29	17	27	1.98
59957794--59957971	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
59957815--59957970	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
59959489--59959722	116	2.0	116	93	0	396	36	19	8	35	1.82
59959746--59960193	231	1.9	230	99	0	887	24	17	24	34	1.96
59960360--59960434	37	2.0	37	97	0	141	30	10	28	30	1.90
59975088--59975308	39	5.6	39	86	7	256	25	22	27	24	2.00
59975088--59975308	78	2.8	80	84	10	285	25	22	27	24	2.00
59975123--59975343	78	2.8	78	81	10	200	27	21	27	23	1.99
59975801--59975911	56	2.0	55	94	1	195	16	18	27	36	1.92
59978319--59978363	17	2.6	17	92	0	72	26	4	37	31	1.76
59978721--59978773	17	3.3	17	74	15	67	22	22	28	24	1.98
59978728--59978774	14	3.1	15	71	17	51	23	27	25	21	1.98
59979253--59979297	22	2.0	22	83	8	56	22	2	51	24	1.60
59996071--59996132	31	2.0	31	100	0	124	38	19	19	22	1.93
60012843--60012925	38	2.2	38	86	0	112	38	28	18	14	1.90
60033061--60033147	27	3.3	27	91	1	131	34	19	24	21	1.96
60033061--60033171	27	4.0	27	84	8	125	34	19	24	21	1.97
60033115--60033250	67	2.0	67	84	5	173	32	21	27	19	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60033870--60033935	27	2.5	26	78	7	60	22	25	22	28	1.99
60033887--60033941	27	2.0	27	89	0	83	18	21	23	36	1.95
60043095--60043186	39	2.3	39	88	5	132	25	28	22	23	2.00
60043076--60043239	40	4.1	40	80	10	176	24	27	22	25	2.00
60045737--60045938	27	7.5	27	83	6	232	42	19	17	20	1.89
60047467--60047580	57	2.0	57	100	0	228	33	15	7	43	1.74
60047581--60048199	310	2.0	310	98	0	1184	36	11	13	38	1.82
60052186--60052255	25	2.8	25	95	0	122	25	22	24	27	2.00
60053160--60053368	27	7.7	27	76	7	138	31	9	20	39	1.83
60053405--60053491	27	3.2	27	85	0	111	41	6	21	29	1.79
60059199--60059312	37	3.1	37	64	18	103	28	7	5	57	1.49
60059168--60059312	72	2.0	72	98	0	281	29	6	5	57	1.47
60059175--60059290	35	3.3	34	66	22	85	30	5	4	60	1.38
60060377--60060440	32	2.0	32	96	0	119	25	23	15	35	1.94
60066978--60067274	40	7.5	40	85	4	336	27	28	22	22	1.99
60068578--60068720	71	2.0	71	98	0	277	27	26	20	25	1.99
60069651--60069803	78	2.0	78	92	0	252	36	26	15	21	1.93
60072758--60072881	62	2.1	58	82	11	148	25	28	27	19	1.99
60072773--60072895	62	2.0	62	93	0	210	24	28	26	21	1.99
60074871--60075017	74	2.0	74	95	0	267	38	22	19	19	1.93
60075373--60075481	40	2.7	40	97	0	209	24	27	22	25	2.00
60075466--60075746	141	2.0	139	94	1	490	36	23	9	31	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60076032--60076175	72	2.0	72	94	0	252	35	22	7	34	1.83
60078848--60078948	27	3.7	28	88	2	143	32	19	25	21	1.97
60086625--60086738	27	4.2	27	75	11	92	37	19	21	21	1.94
60089894--60089998	40	2.6	41	80	8	126	23	23	27	24	2.00
60097585--60097886	40	7.6	40	92	3	439	26	21	27	24	1.99
60099638--60099686	21	2.3	21	92	0	80	12	32	28	26	1.92
60107081--60107173	43	2.2	43	83	9	120	33	22	17	26	1.96
60107482--60107592	55	2.0	55	96	0	204	25	12	7	54	1.63
60121794--60121860	33	2.0	33	100	0	134	29	20	11	37	1.89
60126132--60126286	43	3.6	43	78	8	165	29	23	19	27	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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