genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.66.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21124267--21124342	38	2.0	38	97	0	143	40	34	6	18	1.76
21124929--21125113	40	4.7	40	82	6	216	26	28	22	23	1.99
21124931--21125113	79	2.3	81	82	7	214	26	27	22	23	1.99
21132963--21133143	40	4.6	40	82	6	208	26	28	20	24	1.99
21132963--21133143	79	2.3	79	80	8	197	26	28	20	24	1.99
21137229--21137358	43	3.0	43	76	7	129	34	24	15	25	1.95
21141107--21141228	43	2.9	42	79	7	138	31	25	15	27	1.96
21152182--21152366	40	4.7	40	79	10	193	24	21	28	25	1.99
21152235--21152399	79	2.1	79	82	6	192	26	20	27	25	1.99
21155911--21156045	69	2.0	69	87	0	198	28	16	21	34	1.95
21156510--21157102	296	2.0	296	96	0	1087	30	19	23	26	1.98
21157633--21157969	170	2.0	170	97	0	638	27	19	25	27	1.99
21160632--21160854	39	5.7	40	85	8	266	25	22	27	24	2.00
21160632--21160854	79	2.8	81	84	9	282	25	22	27	24	2.00
21160632--21160887	79	3.3	79	81	10	217	26	21	27	24	1.99
21161992--21162426	219	2.0	218	98	0	834	30	16	21	31	1.96
21164171--21164323	76	2.0	76	97	0	288	41	11	26	20	1.86
21181515--21181544	14	2.1	15	93	6	53	56	13	10	20	1.65
21182704--21182759	29	2.0	28	85	3	76	35	25	1	37	1.66
21191615--21191758	39	3.7	39	84	1	182	23	21	28	26	1.99
21191622--21191774	78	2.0	78	81	5	184	23	20	29	26	1.99
21201676--21201779	55	1.9	55	95	0	190	17	26	32	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21204426--21204944	47	11.1	47	93	0	817	32	8	30	28	1.87
21204536--21204657	23	5.2	23	63	21	74	32	4	31	31	1.79
21204869--21205112	122	2.0	122	98	0	470	29	15	29	25	1.96
21217931--21218027	30	3.2	30	73	2	97	27	15	27	28	1.96
21220192--21220216	6	4.2	6	100	0	50	16	16	0	68	1.22
21220183--21220225	18	2.4	18	80	7	52	18	18	2	60	1.47
21220218--21220249	12	2.7	12	90	0	55	25	21	12	40	1.88
21220304--21220360	5	11.0	5	75	20	55	3	17	1	77	1.00
21220304--21220360	16	3.7	14	82	15	60	3	17	1	77	1.00
21220304--21220371	21	3.2	21	76	15	61	2	17	2	76	1.04
21221277--21221313	17	2.2	17	90	9	58	8	8	5	78	1.09
21222675--21222741	33	2.0	33	97	0	125	29	22	14	32	1.94
21223089--21223185	30	3.2	30	73	2	97	27	15	27	28	1.96
21237527--21238015	83	5.9	83	96	0	834	32	21	19	26	1.97
21238430--21238796	83	4.4	83	93	0	608	31	20	20	26	1.97
21245064--21245172	27	4.1	27	88	3	141	14	25	22	37	1.92
21252666--21252776	27	4.1	27	81	5	118	14	23	23	38	1.91
21252663--21252776	54	2.1	53	83	4	149	14	23	23	38	1.91
21254597--21254752	41	3.7	43	81	7	167	32	25	17	25	1.97
21254597--21254755	85	1.9	84	86	3	230	32	25	18	24	1.97
21254596--21254779	44	4.3	44	76	15	163	33	25	16	25	1.96
21255869--21255893	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21256003--21256064	25	2.5	24	74	7	61	32	20	20	25	1.98
21256224--21256249	9	2.9	9	100	0	52	57	11	11	19	1.63
21261689--21261731	18	2.4	18	88	0	59	41	11	18	27	1.85
21262044--21262204	27	6.0	27	83	2	207	42	21	11	24	1.86
21268591--21268813	39	5.7	40	83	8	248	25	22	26	25	2.00
21268591--21268813	79	2.8	80	82	9	262	25	22	26	25	2.00
21268643--21268846	79	2.6	79	81	8	186	26	21	26	25	1.99
21270218--21270347	47	2.8	47	89	0	188	27	31	9	31	1.88
21279137--21279359	39	5.7	40	83	8	248	25	22	26	25	2.00
21279137--21279359	79	2.8	81	82	9	264	25	22	26	25	2.00
21279189--21279392	79	2.6	79	82	8	204	25	21	27	25	1.99
21282778--21282922	40	3.6	40	82	4	166	24	26	24	25	2.00
21284108--21284183	38	2.0	38	97	0	143	31	22	13	32	1.92
21286155--21286379	40	5.6	40	82	5	256	25	28	22	23	1.99
21286155--21286379	83	2.8	79	83	7	290	25	28	22	23	1.99
21295017--21295102	45	1.9	45	92	0	145	36	24	13	25	1.93
21301823--21302042	45	5.1	43	80	8	230	34	27	16	22	1.95
21301824--21302042	88	2.5	89	81	7	236	34	26	16	22	1.95
21303122--21303150	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
21303153--21303268	58	2.0	58	98	0	223	30	20	12	36	1.90
21307977--21308001	13	1.9	13	100	0	50	88	4	8	0	0.64
21309080--21309341	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21317078--21317287	40	5.3	39	87	5	233	24	21	28	25	1.99
21317025--21317287	120	2.2	120	81	4	300	25	21	27	25	1.99
21317078--21317322	80	3.1	80	81	3	228	25	21	28	24	1.99
21319246--21319280	17	2.1	16	89	10	52	77	2	2	17	1.02
21322269--21322446	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
21322290--21322445	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
21327110--21327158	25	2.0	25	88	8	73	28	28	12	30	1.93
21327329--21327642	40	7.8	40	95	0	538	27	27	22	22	1.99
21327527--21327593	23	3.2	23	60	24	56	23	26	25	23	2.00
21329140--21329276	46	3.0	46	86	0	184	25	30	8	35	1.85
21329255--21329491	47	5.0	47	87	4	321	26	29	10	32	1.90
21333327--21333520	47	4.1	47	89	0	280	32	10	29	26	1.90
21333491--21333625	49	2.8	48	88	6	218	35	7	26	30	1.84
21333848--21333938	37	2.5	37	92	0	146	23	16	30	29	1.96
21341262--21342567	49	26.9	49	97	1	2361	33	8	29	29	1.86
21342740--21342818	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
21344179--21344339	46	3.5	46	77	14	186	28	28	21	21	1.99
21345681--21345723	17	2.4	18	80	7	61	53	0	4	41	1.21
21345711--21345747	18	2.1	17	90	5	56	51	0	0	48	1.00
21352988--21353030	17	2.4	18	80	7	61	53	0	4	41	1.21
21353018--21353054	18	2.1	17	90	5	56	51	0	0	48	1.00
21361343--21361486	40	3.6	39	83	5	153	25	17	25	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21383792--21383848	28	2.0	29	82	3	71	31	24	3	40	1.72
21386703--21386851	42	3.5	42	82	6	178	30	23	16	29	1.96
21388358--21388396	14	3.0	13	88	7	53	58	0	0	41	0.98
21388359--21388417	25	2.3	26	85	5	75	57	0	1	40	1.09
21391050--21391172	41	2.9	41	86	9	176	48	1	21	28	1.59
21392472--21392510	20	2.0	20	94	0	69	46	0	17	35	1.49
21394027--21394157	45	2.9	45	88	3	183	24	9	25	39	1.86
21394369--21394397	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
21394709--21394760	27	1.9	27	100	0	104	44	9	23	23	1.82
21395442--21395613	43	4.0	43	76	13	158	24	17	27	30	1.97
21395455--21395613	85	1.9	86	81	9	200	25	17	28	28	1.98
21398507--21398570	14	4.6	14	80	7	76	25	31	3	40	1.71
21398507--21398570	28	2.3	28	89	5	94	25	31	3	40	1.71
21398516--21398571	14	4.0	14	88	4	78	21	30	5	42	1.75
21399712--21399813	51	2.0	50	88	1	150	31	9	10	48	1.71
21405489--21405528	17	2.4	17	86	0	53	17	15	30	37	1.90
21405891--21405952	31	2.0	31	93	0	106	33	20	11	33	1.89
21407977--21408043	24	2.8	24	90	0	98	38	20	20	19	1.93
21416877--21416927	23	2.2	24	82	6	61	47	27	1	23	1.63
21416897--21416968	31	2.2	33	85	7	94	52	23	2	20	1.59
21417889--21417949	30	2.0	30	93	0	104	24	8	14	52	1.69
21418431--21418871	126	3.5	126	91	0	697	36	17	17	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21422404--21422446	18	2.4	18	88	0	59	44	9	25	20	1.81
21424132--21424179	21	2.3	20	80	16	53	52	2	18	27	1.57
21424138--21424201	21	2.9	21	84	11	67	46	1	25	26	1.61
21424147--21424207	11	5.7	10	83	9	68	44	0	26	29	1.55
21427402--21427562	71	2.3	71	96	0	295	24	11	17	45	1.82
21431699--21431745	24	2.0	24	87	8	69	44	6	23	25	1.77
21432403--21432484	24	3.2	24	71	15	74	32	1	4	60	1.25
21432423--21432506	25	3.3	24	70	14	78	29	2	3	64	1.23
21432403--21432511	52	2.1	53	92	1	184	32	1	4	61	1.27
21433963--21434046	30	2.8	30	85	0	114	33	38	13	15	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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