genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.34.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10100215--10100325	45	2.5	45	85	2	152	41	18	18	22	1.90
10101429--10101471	3	14.3	3	95	0	77	65	0	0	34	0.93
10101716--10101787	26	2.8	26	81	8	85	58	1	1	38	1.15
10101724--10101778	20	2.7	20	81	16	67	56	1	1	40	1.21
10121793--10121849	20	2.8	20	82	15	71	54	1	1	42	1.21
10127972--10128082	45	2.5	45	92	2	179	40	18	19	20	1.92
10128060--10128084	12	2.1	12	100	0	50	40	20	24	16	1.91
10127970--10128097	45	2.6	50	78	16	151	39	20	20	19	1.92
10129032--10129066	13	2.7	13	100	0	70	45	20	0	34	1.51
10129087--10129117	16	2.0	15	93	6	53	0	29	0	70	0.87
10129468--10129522	20	2.7	20	78	16	58	54	1	3	40	1.28
10130660--10130699	20	2.0	20	100	0	80	25	25	10	40	1.86
10138443--10138479	17	2.2	17	86	13	51	29	8	18	43	1.79
10142315--10142391	38	2.0	38	97	0	145	38	23	10	27	1.87
10143214--10143319	50	2.1	51	83	3	133	45	19	3	31	1.68
10143393--10143492	35	2.9	35	78	0	110	45	21	8	26	1.79
10171530--10171560	13	2.4	13	100	0	62	22	29	6	41	1.78
10172947--10173247	35	8.6	35	84	0	325	31	12	23	31	1.93
10172947--10173248	105	2.9	105	87	0	397	31	12	23	31	1.92
10179764--10179829	33	2.0	33	96	0	123	53	16	6	24	1.66
10180027--10180086	30	2.0	30	90	0	93	28	25	8	38	1.84
10186620--10186683	32	2.0	32	96	0	119	21	9	35	32	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10192418--10192489	19	3.7	18	75	17	65	61	0	0	38	0.96
10192431--10192484	6	8.0	7	76	19	53	59	0	0	40	0.98
10192441--10192485	15	3.2	14	87	9	65	64	0	0	35	0.94
10192838--10192871	8	4.0	8	85	14	50	26	0	0	73	0.83
10192788--10192857	23	2.9	24	76	6	70	45	4	1	48	1.30
10192918--10192977	28	2.2	26	80	11	66	30	1	3	65	1.19
10196250--10196280	16	1.9	16	100	0	62	67	0	6	25	1.14
10196331--10196393	27	2.2	29	78	18	71	55	0	3	41	1.16
10205418--10205450	15	2.2	15	94	0	57	63	0	6	30	1.18
10209673--10209739	34	2.0	34	91	5	109	28	23	17	29	1.97
10210010--10210061	27	1.9	27	88	0	77	26	17	21	34	1.95
10224016--10224120	55	1.9	55	82	3	131	15	26	34	23	1.94
10236696--10236847	42	3.6	42	79	5	162	29	26	15	28	1.96
10255665--10255980	49	6.6	49	94	2	509	30	29	6	32	1.84
10265073--10265148	38	2.0	39	84	5	102	28	26	17	27	1.97
10266392--10266653	39	6.7	40	88	7	337	24	27	22	25	2.00
10267938--10267962	11	2.3	11	100	0	50	28	40	8	24	1.83
10273451--10273580	47	2.8	47	88	4	183	26	14	25	33	1.94
10275848--10275976	42	3.0	42	78	15	124	30	24	15	29	1.96
10292002--10292201	91	2.2	92	88	2	287	42	14	24	19	1.88
10291995--10292201	46	4.5	46	86	3	274	42	14	24	19	1.88
10292048--10292233	91	2.0	90	84	4	239	43	15	22	19	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10294458--10294505	26	2.0	26	84	12	66	64	12	8	14	1.49
10297332--10297377	16	2.7	17	87	12	60	54	2	0	43	1.12
10298008--10298052	7	6.4	7	85	10	65	28	2	37	31	1.69
10298698--10298746	21	2.3	21	82	6	64	63	2	6	28	1.30
10301412--10301511	49	2.0	49	88	3	148	21	10	10	59	1.59
10313999--10314026	4	7.0	4	100	0	56	50	25	0	25	1.50
10317143--10317181	6	6.5	6	90	0	60	23	17	10	48	1.78
10317143--10317181	12	3.2	12	92	0	69	23	17	10	48	1.78
10333556--10333597	5	8.4	5	94	0	75	19	0	2	78	0.86
10349190--10349225	18	2.0	18	88	0	54	38	16	25	19	1.92
10356339--10356369	15	2.1	15	100	0	62	29	12	19	38	1.89
10359829--10359865	11	3.4	11	88	0	56	59	21	16	2	1.49
10360905--10360929	13	1.9	13	100	0	50	32	0	12	56	1.36
10373138--10373172	13	2.7	13	95	0	61	11	25	42	20	1.85
10380559--10380608	26	1.9	26	100	0	100	12	6	30	52	1.62
10389127--10389163	18	2.1	18	90	10	58	27	13	27	32	1.94
10392678--10392727	24	2.0	25	81	11	59	8	36	2	54	1.42
10394487--10394564	39	2.0	39	100	0	156	30	23	15	30	1.95
10395612--10395911	89	3.4	89	76	10	283	28	26	15	30	1.96
10395609--10395911	44	6.8	44	76	8	274	28	26	15	30	1.96
10408152--10408189	12	2.9	13	80	11	51	47	0	15	36	1.46
10408203--10408256	21	2.7	19	81	13	63	59	3	3	33	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10408247--10408369	12	10.4	12	69	20	64	60	0	7	30	1.29
10408308--10408357	17	2.9	17	96	0	91	56	0	8	36	1.29
10408460--10408577	21	5.8	20	75	14	62	63	0	3	32	1.17
10408482--10408519	12	3.1	12	85	14	51	68	0	0	31	0.90
10408481--10408556	28	2.5	30	83	8	102	65	0	1	32	1.01
10408496--10408557	19	3.3	19	74	17	58	64	0	1	33	1.03
10408484--10408558	30	2.5	28	76	19	89	65	0	1	33	1.01
10408479--10408572	17	5.4	17	70	18	59	65	0	3	30	1.08
10408496--10408569	37	2.0	37	82	7	89	63	0	4	32	1.13
10417940--10418016	40	1.9	40	84	5	102	35	23	16	24	1.95
10422778--10422899	44	2.7	47	81	10	146	23	28	20	27	1.99
10422823--10422949	47	2.7	46	80	6	130	19	29	22	27	1.98
10425727--10425761	16	2.2	16	90	5	54	45	0	2	51	1.16
10425964--10426004	20	2.2	20	91	8	68	68	2	29	0	1.03
10427278--10427329	18	2.8	19	82	5	70	30	5	11	51	1.61
10427275--10427339	18	3.6	18	76	2	58	30	9	12	47	1.72
10432916--10433189	94	2.9	92	73	15	267	24	29	18	27	1.98
10440715--10440741	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
10442308--10442349	22	2.1	19	86	13	57	45	0	2	52	1.13
10442388--10442420	15	2.1	16	94	5	59	42	0	0	57	0.98
10442952--10442989	3	12.7	3	94	0	67	68	0	31	0	0.90
10448415--10448513	29	3.4	29	95	0	180	35	12	29	23	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10448506--10448634	33	3.9	33	79	2	143	31	10	21	36	1.87
10448516--10448643	65	2.0	66	90	1	204	29	11	21	36	1.89
10451469--10451568	43	2.3	43	75	19	100	30	28	17	25	1.97
10458668--10458728	32	1.9	32	93	0	104	39	14	14	31	1.87
10462344--10462397	26	2.1	26	100	0	108	9	25	33	31	1.88
10468961--10469024	34	1.9	33	81	15	78	26	20	23	29	1.99
10473207--10473248	21	2.0	21	95	0	75	33	16	9	40	1.81
10473364--10473405	9	4.7	9	85	8	50	78	2	19	0	0.86
10473364--10473405	14	3.2	13	80	16	50	78	2	19	0	0.86
10473367--10473405	13	2.9	14	85	14	55	79	2	17	0	0.84
10476023--10476059	18	2.1	18	100	0	74	40	16	5	37	1.71
10477944--10478167	122	1.9	121	85	3	317	29	19	11	39	1.86
10480422--10480565	77	1.9	77	89	0	225	28	25	16	29	1.97
10498379--10498605	122	1.9	122	97	1	429	28	18	10	43	1.82
10507632--10507671	20	2.0	20	100	0	80	40	0	20	40	1.52
10507637--10507681	20	2.2	20	88	0	63	44	0	17	37	1.49
10511223--10511296	29	2.5	29	86	4	94	47	14	16	21	1.82
10513815--10513864	6	8.5	6	95	2	84	50	36	0	14	1.43
10515527--10515569	20	2.3	19	80	11	52	76	0	16	6	0.99
10519131--10519157	14	1.9	14	100	0	54	25	22	7	44	1.79
10521182--10521299	25	4.3	27	75	14	116	50	16	15	17	1.79
10523492--10523585	46	2.0	47	89	4	147	36	0	8	55	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10526827--10528644	906	2.0	906	99	0	3575	34	17	14	32	1.90
10533689--10533730	21	2.0	21	86	4	59	38	30	2	28	1.70
10534793--10534852	27	2.1	30	87	12	90	25	0	5	70	1.08
10536053--10536123	22	3.1	22	71	18	65	53	0	5	40	1.24
10538676--10538710	14	2.6	14	95	4	63	77	0	17	5	0.96
10540377--10540412	18	2.0	18	100	0	72	22	33	11	33	1.89
10540395--10540488	42	2.2	42	86	3	127	27	25	13	32	1.94
10540607--10540755	31	4.8	31	91	0	244	26	27	18	26	1.98
10543145--10543194	24	2.1	24	96	0	91	30	4	24	42	1.73
10544733--10544813	42	1.9	42	85	5	110	30	11	22	35	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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