genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.42.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12617960--12618133	75	2.3	74	79	12	203	45	8	4	42	1.52
12617960--12618147	76	2.5	76	80	10	210	45	8	3	42	1.52
12620845--12620880	17	2.1	17	90	10	56	5	2	11	80	0.98
12629762--12629810	11	4.2	12	82	17	59	75	0	24	0	0.80
12629762--12629810	24	2.1	22	88	11	71	75	0	24	0	0.80
12630867--12630894	14	2.0	14	100	0	56	28	0	0	71	0.86
12630868--12630898	14	2.2	14	94	0	53	29	0	3	67	1.06
12630892--12630968	37	2.1	37	95	0	136	32	14	14	38	1.86
12631408--12631466	17	3.3	17	72	21	57	38	0	23	37	1.55
12631397--12631467	37	1.9	37	97	0	133	40	0	22	36	1.54
12631535--12631612	34	2.3	35	78	13	90	20	23	25	30	1.98
12631596--12631718	35	3.4	35	70	10	111	23	23	23	29	1.99
12631583--12631763	75	2.4	75	85	6	251	22	23	23	30	1.99
12635942--12635999	21	2.8	21	97	0	107	13	29	36	20	1.91
12637699--12637786	46	1.9	46	88	0	122	27	30	22	19	1.98
12639488--12639745	46	5.6	46	81	2	277	20	23	12	43	1.85
12638809--12640687	942	2.0	939	99	0	3722	30	20	8	40	1.82
12640457--12640771	138	2.3	138	87	2	445	20	24	12	42	1.86
12640452--12640771	46	7.0	46	85	2	374	21	24	12	42	1.86
12643751--12643775	3	8.3	3	100	0	50	0	32	0	68	0.90
12643840--12643881	11	3.8	11	87	12	59	66	0	2	30	1.04
12643868--12643917	24	2.1	24	85	3	66	56	6	0	38	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12646904--12646966	30	2.1	30	96	0	117	26	3	12	57	1.51
12647296--12647373	36	2.2	36	90	0	120	50	11	0	38	1.39
12647319--12647373	13	4.5	13	77	13	62	49	12	0	38	1.41
12647331--12647382	23	2.3	23	89	0	77	50	13	0	36	1.42
12653464--12653514	18	2.8	18	84	0	66	25	29	19	25	1.99
12657845--12657939	47	2.0	47	91	0	154	26	28	15	29	1.96
12670081--12670134	4	13.8	4	80	3	56	24	5	1	68	1.21
12670291--12670316	13	2.0	13	100	0	52	15	0	0	84	0.62
12673375--12673449	30	2.5	30	89	2	107	25	24	12	38	1.89
12673435--12673510	29	2.5	30	85	6	118	23	27	7	40	1.82
12673582--12673659	30	2.6	30	85	0	102	23	26	8	41	1.84
12676021--12676057	14	2.5	15	83	16	51	59	0	0	40	0.97
12675990--12676060	24	3.0	24	75	19	78	57	4	1	36	1.27
12678223--12679161	468	2.0	468	100	0	1878	25	24	21	28	1.99
12681684--12681708	11	2.3	11	100	0	50	44	0	0	56	0.99
12681701--12681727	14	1.9	14	100	0	54	62	0	0	37	0.95
12696573--12696643	27	2.5	29	76	13	85	53	4	1	40	1.29
12697465--12697508	20	2.1	21	91	4	72	70	2	2	25	1.10
12697473--12697513	6	6.5	6	83	10	55	78	2	0	19	0.87
12697476--12697514	20	2.0	20	89	0	60	76	2	0	20	0.90
12697535--12697591	9	6.3	9	82	8	71	29	10	15	43	1.80
12697535--12697591	18	3.2	18	90	5	89	29	10	15	43	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12705237--12705294	27	2.2	25	82	14	64	1	3	15	79	0.95
12709266--12709304	16	2.5	16	91	4	62	46	0	0	53	1.00
12714399--12714439	19	2.0	21	90	9	68	70	4	12	12	1.31
12715407--12715554	74	2.0	74	100	0	296	36	12	13	37	1.82
12717845--12717876	3	11.0	3	93	6	57	31	0	0	68	0.90
12718764--12718855	44	2.1	44	87	4	132	19	21	25	33	1.97
12726278--12726354	38	2.0	38	97	0	145	48	12	22	16	1.80
12729539--12729633	47	2.0	47	95	0	172	34	13	17	33	1.90
12730931--12730970	13	3.2	13	82	17	57	52	0	0	47	1.00
12731961--12732034	22	3.4	21	81	9	78	70	2	0	27	1.01
12732356--12732422	35	1.9	34	81	3	80	26	1	5	65	1.24
12732392--12732450	23	2.4	24	77	11	66	35	0	3	61	1.13
12732818--12732934	57	2.1	57	93	0	198	23	12	24	38	1.90
12736162--12736225	13	4.9	13	70	0	56	35	20	6	37	1.78
12737553--12737593	21	2.0	21	90	0	64	0	51	19	29	1.47
12737655--12737816	43	3.7	43	90	0	243	26	18	30	24	1.98
12737894--12737976	31	2.6	31	82	3	94	62	19	2	15	1.43
12738221--12738266	21	2.2	21	84	0	56	2	50	19	28	1.60
12743847--12743968	9	12.9	9	77	10	118	32	0	19	46	1.56
12743851--12743968	57	2.1	57	88	0	173	32	0	19	47	1.55
12748195--12748253	25	2.4	25	100	0	118	35	16	44	3	1.65
12748503--12748877	158	2.4	156	79	10	381	28	22	15	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12749852--12749896	14	3.2	14	87	0	72	48	28	0	22	1.50
12750169--12750274	7	15.1	7	74	3	88	38	40	0	20	1.53
12750312--12750409	14	6.7	14	70	9	61	46	23	1	28	1.59
12750317--12750401	21	3.9	21	74	17	82	44	24	1	29	1.61
12750301--12750390	46	2.0	46	95	0	162	42	24	2	31	1.67
12750356--12750409	7	7.7	7	78	0	54	50	25	0	24	1.50
12750566--12750731	40	4.1	39	83	6	181	18	18	21	40	1.91
12750754--12750780	12	2.2	12	100	0	54	48	29	14	7	1.71
12756149--12756231	41	2.0	41	97	0	157	37	13	16	32	1.88
12757729--12757776	24	2.0	25	87	4	71	62	6	0	31	1.20
12757760--12757785	12	2.2	12	100	0	52	69	7	0	23	1.14
12757843--12757901	28	2.1	29	83	3	75	66	0	5	28	1.13
12759544--12759670	43	2.9	43	72	14	109	23	20	17	38	1.93
12760135--12760199	30	2.2	30	83	5	78	44	3	4	47	1.39
12760194--12760254	22	2.8	21	76	16	61	47	4	0	47	1.23
12762679--12762720	16	2.6	16	92	0	66	33	0	35	30	1.58
12762965--12762999	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
12762924--12763162	79	3.1	79	64	18	210	47	3	2	46	1.35
12763099--12763140	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
12762852--12763165	154	2.0	156	95	1	569	44	3	5	47	1.42
12763108--12763149	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
12763229--12763260	16	1.9	17	93	6	57	46	0	0	53	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12776458--12776616	43	3.7	43	79	7	162	29	25	18	26	1.98
12784450--12784493	17	2.5	18	81	7	54	68	0	0	31	0.90
12784811--12784854	5	8.8	5	100	0	88	79	0	0	20	0.73
12795490--12795518	13	2.1	14	93	6	51	68	6	6	17	1.34
12795792--12795834	22	2.0	22	85	0	59	23	11	6	58	1.57
12795864--12795925	30	2.1	30	96	0	115	27	3	11	58	1.48
12801008--12801078	26	2.7	26	100	0	142	29	15	0	54	1.41
12801782--12801952	93	1.8	93	91	2	281	29	28	19	22	1.98
12801773--12801946	46	3.7	47	77	15	191	29	28	18	22	1.98
12815553--12815672	53	2.3	53	79	0	132	41	23	16	18	1.90
12819827--12819895	16	4.2	16	92	3	120	26	0	34	39	1.57
12819827--12819895	33	2.1	32	94	2	120	26	0	34	39	1.57
12820131--12820167	19	2.0	19	85	15	51	54	0	0	45	1.00
12820209--12820394	59	3.1	58	69	19	157	51	3	2	42	1.34
12820111--12820400	120	2.4	120	89	3	456	49	4	2	43	1.35
12824608--12824656	16	3.2	16	75	16	59	44	14	6	34	1.70
12824608--12824669	29	2.1	29	90	0	97	43	14	6	35	1.71
12833499--12833587	43	2.1	43	91	0	142	33	33	20	12	1.90
12835136--12835276	38	3.7	38	83	7	169	32	24	21	21	1.98
12838460--12838521	17	3.6	18	77	14	67	32	30	17	19	1.95
12840693--12840717	13	1.9	13	100	0	50	56	24	4	16	1.57
12841455--12841524	34	2.1	34	100	0	140	52	11	5	30	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12844122--12844176	23	2.5	23	85	5	78	34	7	16	41	1.76
12844563--12844603	16	2.5	17	76	19	50	60	0	0	39	0.96
12844964--12845002	19	2.0	21	90	10	64	38	10	0	51	1.36
12846285--12846359	31	2.4	32	84	6	100	17	37	22	22	1.94
12848213--12848305	44	2.1	44	89	0	141	46	4	27	21	1.70
12848246--12848466	66	3.3	66	82	9	256	43	3	26	26	1.71
12855469--12855534	23	2.8	23	71	11	62	37	1	7	53	1.39
12862880--12864623	871	2.0	870	99	0	3434	34	21	21	22	1.97
12865627--12865661	5	7.0	5	87	12	54	20	2	0	77	0.90
12865631--12865661	14	2.1	15	94	5	55	19	3	0	77	0.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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