genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.238.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79333468--79333530	31	2.0	31	90	0	99	25	7	12	53	1.65
79333459--79333529	31	2.2	32	85	5	81	23	8	12	54	1.65
79339857--79340041	56	3.3	55	89	5	264	35	24	13	27	1.93
79352087--79352138	27	1.9	27	96	0	95	30	0	11	57	1.34
79355393--79355455	24	2.6	24	85	9	76	33	1	6	58	1.33
79367663--79368023	86	4.2	86	75	14	309	29	18	18	34	1.94
79367827--79367992	77	2.2	77	84	5	230	29	16	20	33	1.94
79367972--79368006	14	2.5	14	90	0	52	20	17	2	60	1.49
79370403--79370574	93	1.8	93	89	0	272	27	30	21	20	1.98
79370396--79370577	46	3.9	46	76	9	181	28	30	20	20	1.98
79372735--79372767	12	2.8	12	86	4	50	0	18	3	78	0.87
79373509--79373557	22	2.2	22	82	7	55	36	4	2	57	1.30
79373520--79373586	24	2.6	26	79	11	75	34	1	4	59	1.26
79377879--79377935	28	2.0	28	100	0	114	24	17	21	36	1.94
79387206--79387286	40	2.0	40	97	0	153	39	4	12	43	1.64
79392065--79392383	47	6.7	47	73	15	252	26	18	30	24	1.98
79392065--79392383	94	3.4	94	80	10	282	26	18	30	24	1.98
79392206--79392383	96	1.8	98	84	8	247	25	17	31	25	1.97
79397691--79397757	28	2.4	28	89	0	98	17	41	20	19	1.90
79400302--79400676	48	7.9	48	83	4	456	33	27	18	20	1.96
79400316--79400669	188	1.9	188	87	2	523	33	26	19	20	1.96
79401137--79401209	29	2.5	28	78	10	76	30	21	0	47	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79403040--79403092	23	2.3	23	87	6	72	30	15	0	54	1.41
79403058--79403189	5	24.2	5	71	18	77	24	14	1	59	1.43
79403058--79403189	16	8.1	15	71	18	77	24	14	1	59	1.43
79403058--79403135	28	2.8	28	92	0	120	24	16	0	58	1.38
79403052--79403189	11	12.0	11	71	17	86	23	14	1	60	1.43
79403084--79403165	21	3.8	21	80	3	83	20	14	1	63	1.37
79403082--79403183	32	3.2	31	79	9	89	21	13	1	62	1.40
79403210--79403242	16	2.1	16	94	5	59	12	9	0	78	0.95
79403284--79403371	34	2.4	37	81	14	103	28	9	0	62	1.25
79404034--79404096	22	2.8	22	90	7	92	28	17	1	52	1.54
79404124--79404181	11	5.1	11	76	14	55	20	17	0	62	1.33
79404127--79404174	6	8.3	6	84	9	64	18	16	0	64	1.29
79404126--79404181	12	4.9	11	83	14	69	19	17	0	62	1.33
79404289--79404352	27	2.4	28	73	7	69	39	3	9	48	1.51
79408149--79408237	45	2.0	45	93	0	151	24	21	5	48	1.71
79416472--79416639	40	4.2	40	83	4	106	25	27	23	23	2.00
79416495--79416639	40	3.6	40	85	4	193	23	26	24	25	2.00
79421570--79421742	46	3.7	46	76	13	183	21	19	27	31	1.97
79421567--79421737	93	1.8	93	91	0	279	21	19	28	30	1.97
79427442--79427469	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
79447581--79447637	27	2.1	27	100	0	114	21	17	24	36	1.94
79450608--79450643	18	2.1	18	89	5	56	13	30	44	11	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79459732--79459756	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
79460302--79460480	27	6.6	27	82	7	184	27	15	27	29	1.96
79460304--79460459	82	1.9	81	86	3	224	27	15	28	28	1.96
79460300--79460480	82	2.2	81	81	2	220	27	14	27	29	1.96
79462841--79463016	46	3.8	45	78	12	187	21	20	29	28	1.98
79462838--79463009	93	1.8	93	92	0	290	21	20	29	27	1.98
79470419--79470594	46	3.8	46	76	12	198	21	21	29	28	1.98
79470416--79470587	93	1.8	93	93	0	299	21	21	29	27	1.99
79473221--79473253	17	2.1	16	88	11	50	57	6	6	30	1.47
79475577--79475654	37	2.1	37	87	0	111	26	32	16	24	1.96
79475773--79476071	47	6.3	47	94	1	490	29	30	8	32	1.86
79486158--79486836	368	1.8	368	95	0	1232	40	17	11	29	1.85
79487054--79487128	30	2.6	29	80	6	89	29	2	14	53	1.55
79492938--79493033	48	2.0	48	97	0	183	27	26	18	28	1.98
79495527--79495865	87	4.0	85	81	6	348	31	14	11	42	1.80
79495703--79495858	81	1.9	79	87	2	222	30	14	10	43	1.80
79495703--79495920	81	2.7	81	81	4	197	31	14	11	43	1.80
79496759--79496807	21	2.3	21	85	0	62	14	32	26	26	1.94
79503080--79503205	47	2.7	46	80	10	130	29	16	30	23	1.96
79504277--79504317	21	2.0	21	85	0	55	14	43	19	21	1.87
79505891--79505939	25	1.9	26	84	12	66	53	8	2	36	1.43
79507795--79507952	43	3.7	43	84	3	185	31	25	16	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79512721--79513171	98	4.7	95	92	3	590	27	28	10	33	1.89
79512721--79513171	47	9.4	49	94	1	588	27	28	10	33	1.89
79514481--79514914	85	5.1	85	99	0	850	26	26	8	38	1.85
79516168--79516408	40	6.1	40	89	0	340	25	27	21	24	2.00
79516462--79516536	38	2.0	38	86	5	107	24	26	18	30	1.98
79527283--79527321	15	2.6	15	88	8	53	69	5	5	20	1.28
79528121--79528240	52	2.3	52	88	0	168	47	10	22	20	1.79
79528144--79528251	52	2.1	52	94	0	189	42	11	25	20	1.85
79529479--79529778	40	7.5	40	85	7	369	25	22	27	25	2.00
79529475--79529778	79	3.8	81	84	8	381	25	22	26	25	2.00
79536076--79536635	27	20.9	27	83	6	672	27	21	9	40	1.85
79536654--79536824	27	6.3	27	85	0	189	36	19	18	25	1.94
79536654--79536828	54	3.2	54	81	0	215	36	18	18	26	1.95
79537406--79537507	27	3.8	26	83	5	105	19	22	20	37	1.95
79537644--79537726	6	13.3	6	72	20	64	18	18	15	48	1.82
79537644--79537717	31	2.4	31	90	2	112	17	18	14	48	1.81
79540990--79541105	46	2.5	46	84	5	144	31	15	27	25	1.96
79540985--79541196	46	4.6	45	74	16	139	30	17	27	24	1.97
79541027--79541196	94	1.8	92	81	9	211	30	17	27	24	1.97
79542466--79542504	21	1.9	21	89	5	62	12	38	28	20	1.89
79548745--79548956	46	4.6	46	77	8	189	30	17	27	24	1.97
79551279--79551458	50	3.6	50	90	0	263	31	27	16	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79551279--79551504	50	4.5	50	87	2	258	30	27	17	25	1.97
79553591--79553644	15	3.7	15	75	20	51	61	18	12	7	1.54
79556645--79556785	51	2.8	49	83	6	185	27	26	20	24	1.99
79560352--79560522	46	3.7	45	75	7	137	28	21	29	20	1.98
79563374--79563434	28	2.2	28	82	5	70	36	3	1	59	1.24
79563560--79563584	12	2.1	12	100	0	50	24	36	24	16	1.94
79563745--79563796	9	5.8	9	95	0	86	38	28	9	23	1.86
79565443--79565495	16	3.3	16	81	5	63	41	1	0	56	1.10
79566129--79566193	28	2.3	28	81	5	78	35	3	3	58	1.29
79566129--79566193	29	2.3	26	78	19	69	35	3	3	58	1.29
79567676--79567720	21	2.1	21	87	0	63	42	26	6	24	1.79
79568286--79568371	21	4.2	21	79	5	79	44	16	22	17	1.87
79571239--79571348	31	3.5	31	92	0	184	29	24	16	30	1.96
79571372--79571463	42	2.2	42	98	0	175	33	20	13	32	1.91
79571583--79571680	25	4.0	24	80	11	92	24	21	24	29	1.99
79571598--79571680	25	3.4	25	89	1	114	24	21	24	30	1.99
79571886--79572054	54	3.1	54	88	0	250	26	20	18	35	1.95
79571886--79572044	27	5.9	27	81	0	185	25	21	19	33	1.97
79572037--79572486	27	16.6	27	77	8	254	31	8	21	38	1.84
79572074--79572466	54	7.3	54	81	2	387	31	9	20	38	1.84
79572097--79572486	81	4.8	81	81	2	426	30	8	20	39	1.83
79574190--79574388	31	6.4	31	91	2	310	29	25	16	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79574609--79574703	25	3.8	25	92	0	154	24	24	27	24	2.00
79574596--79574703	50	2.2	50	85	5	139	24	24	25	26	2.00
79574908--79575066	27	6.0	26	81	7	178	24	21	20	33	1.97
79574909--79575077	54	3.1	54	87	0	241	25	20	18	36	1.95
79574925--79575075	81	1.9	80	83	5	196	24	19	19	35	1.95
79580829--79580945	42	2.8	42	86	0	153	34	17	23	25	1.96
79589877--79589944	34	2.0	34	85	2	91	29	17	26	26	1.98
79593110--79593172	31	2.0	31	100	0	126	31	19	28	20	1.97
79594006--79594070	32	2.0	32	100	0	130	27	12	15	44	1.82
79595573--79595670	41	2.4	41	87	1	135	31	22	11	34	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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