genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.64.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20414578--20414603	13	2.0	13	100	0	52	15	30	38	15	1.88
20416932--20417020	40	2.3	39	80	9	92	30	24	14	30	1.95
20423615--20423839	49	4.6	48	81	10	235	28	19	28	24	1.98
20423615--20423795	98	1.9	97	90	3	292	27	20	28	23	1.99
20441632--20441785	43	3.6	43	82	1	166	31	22	15	31	1.95
20449115--20449193	39	2.0	39	95	0	140	53	5	22	18	1.64
20450733--20450840	44	2.5	42	82	10	121	36	23	16	24	1.94
20454962--20455021	27	2.2	27	82	5	77	38	10	10	41	1.72
20454977--20455234	27	9.6	27	82	6	294	31	10	19	38	1.86
20461938--20462119	93	1.9	94	92	1	303	28	18	25	27	1.98
20461938--20462154	48	4.6	48	86	3	296	27	17	25	28	1.98
20462107--20462197	42	2.2	42	82	7	105	27	18	23	30	1.98
20468497--20468671	46	3.8	45	78	7	181	29	27	20	22	1.99
20468505--20468676	93	1.8	93	89	0	272	28	27	20	22	1.99
20468548--20468691	46	3.1	46	70	19	118	30	26	19	23	1.98
20471138--20471399	48	5.5	48	89	1	382	29	18	24	28	1.98
20487023--20487057	6	5.8	6	100	0	70	51	0	0	48	1.00
20488794--20489009	94	2.3	94	83	1	272	29	19	27	23	1.99
20488794--20489152	47	7.7	47	70	12	184	28	19	27	23	1.98
20488838--20489157	94	3.4	93	75	10	267	29	20	28	22	1.98
20495969--20496210	48	5.0	48	84	2	297	30	20	25	23	1.98
20495969--20496292	48	6.9	48	78	8	224	28	20	25	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20500056--20500202	43	3.4	43	74	14	122	32	11	25	30	1.91
20505346--20505577	48	4.8	48	81	0	257	31	19	23	25	1.98
20505346--20505574	96	2.4	97	85	1	300	31	19	23	25	1.98
20505346--20505670	48	6.9	48	74	8	209	28	20	24	26	1.99
20509016--20509091	22	3.3	22	65	28	59	31	13	30	25	1.93
20508850--20509114	47	5.6	47	88	0	343	31	10	29	27	1.91
20509108--20509198	46	2.0	46	82	4	112	34	6	32	26	1.82
20532916--20532995	42	1.9	42	89	0	124	31	21	20	27	1.98
20533529--20533582	29	1.9	28	81	7	65	27	24	1	46	1.63
20536734--20536919	80	2.3	80	83	9	220	27	27	21	23	1.99
20536736--20536919	40	4.6	40	83	7	196	27	27	21	23	1.99
20554563--20555578	27	37.7	27	96	1	266	40	25	7	26	1.82
20554563--20555578	54	18.8	55	95	1	661	40	25	7	26	1.82
20554563--20555593	81	12.7	79	95	1	984	40	25	7	26	1.82
20554563--20555416	27	31.6	27	99	0	1672	41	25	7	25	1.81
20555587--20555808	27	8.3	27	84	3	223	37	18	18	25	1.93
20555589--20555810	54	4.1	54	84	1	275	36	19	18	25	1.94
20555587--20555780	107	1.8	107	87	0	289	39	18	17	25	1.91
20555595--20555808	80	2.7	81	80	1	259	36	19	18	25	1.94
20555587--20555810	107	2.1	108	82	0	279	37	19	17	25	1.93
20561598--20562547	27	35.2	27	98	0	1690	40	25	7	26	1.82
20562407--20562631	27	8.4	27	84	5	183	40	22	8	28	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20563031--20563094	33	2.0	32	84	3	83	20	23	20	35	1.96
20581025--20581098	29	2.6	29	86	4	96	27	16	31	25	1.96
20583144--20583308	40	4.1	39	85	4	206	25	27	23	23	2.00
20585811--20585872	10	5.9	10	74	10	52	33	32	3	30	1.74
20585811--20585873	21	3.0	21	88	2	90	33	33	3	30	1.74
20588985--20589145	79	2.0	79	98	0	313	45	12	9	31	1.75
20589216--20589313	30	3.3	30	75	0	88	30	16	25	27	1.96
20594927--20594957	16	1.9	16	100	0	62	51	0	0	48	1.00
20598476--20598524	11	4.7	11	80	19	61	79	6	4	10	1.03
20598488--20598524	19	1.9	19	100	0	74	81	5	5	8	0.99
20600664--20600706	17	2.5	17	75	14	52	23	27	9	39	1.85
20601103--20601185	30	2.8	30	70	7	78	27	16	27	27	1.97
20603401--20603431	12	2.6	12	94	0	53	22	19	12	45	1.84
20603479--20603535	5	11.0	5	75	20	55	1	17	1	78	0.91
20603479--20603542	16	4.2	14	77	16	65	3	17	1	78	0.96
20603483--20603531	26	1.9	25	84	12	64	2	16	2	79	0.92
20603477--20603546	21	3.3	20	77	15	54	2	18	1	77	0.97
20604455--20604510	12	4.7	12	86	4	78	16	5	5	73	1.21
20604455--20604510	24	2.3	24	93	0	94	16	5	5	73	1.21
20608983--20609022	19	2.1	19	90	0	62	27	35	15	22	1.94
20615358--20615397	19	2.1	19	85	0	53	25	35	17	22	1.95
20615107--20615696	295	2.0	295	98	0	1144	27	25	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20615653--20615692	19	2.1	19	85	0	53	25	35	17	22	1.95
20617489--20617706	40	5.5	40	87	4	284	24	28	23	22	2.00
20625916--20626098	79	2.3	81	84	7	232	25	27	22	24	2.00
20625895--20626098	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	24	2.00
20631955--20632046	43	2.1	43	84	4	114	38	27	10	23	1.88
20632684--20632712	9	3.2	9	100	0	58	68	0	0	31	0.89
20635149--20635245	48	2.0	47	88	2	140	15	29	4	50	1.62
20637001--20637219	40	5.4	40	90	3	316	25	27	21	25	1.99
20645013--20645040	11	2.5	11	100	0	56	25	10	17	46	1.80
20645755--20645853	50	2.0	49	86	7	139	15	41	6	36	1.72
20650697--20650764	34	2.0	34	91	0	109	38	27	14	19	1.91
20654559--20654617	29	2.0	29	96	0	109	37	23	11	27	1.90
20657752--20657903	27	5.6	27	93	3	241	26	13	28	30	1.94
20657752--20657903	55	2.8	55	94	0	259	26	13	28	30	1.94
20667621--20667670	18	2.6	19	90	9	75	44	8	18	30	1.78
20674878--20675186	48	6.4	48	81	2	325	22	30	21	26	1.98
20674884--20675154	144	1.9	144	84	1	364	22	30	20	26	1.98
20675830--20675891	7	8.7	7	85	3	79	16	0	35	48	1.46
20675839--20675880	22	1.9	22	95	0	75	19	0	33	47	1.49
20676247--20676271	13	1.9	13	100	0	50	48	28	8	16	1.74
20678036--20678132	48	2.0	48	100	0	194	51	15	12	20	1.75
20678371--20678438	18	3.8	18	80	0	82	44	11	20	23	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20678405--20678443	18	2.2	18	90	0	60	43	15	23	17	1.87
20678743--20678878	27	5.0	27	81	3	148	39	22	14	23	1.91
20678869--20679378	27	18.9	27	87	1	515	17	16	22	43	1.87
20688033--20688096	6	10.5	6	72	3	56	71	1	20	6	1.15
20688054--20688098	18	2.5	18	89	7	65	73	2	22	2	1.05
20688423--20688494	36	2.0	36	94	0	126	37	9	18	34	1.83
20692238--20692274	16	2.2	17	90	4	58	29	5	5	59	1.42
20693500--20693649	37	4.1	37	93	0	255	26	30	19	24	1.98
20693854--20694038	47	3.9	47	89	0	280	26	27	12	33	1.93
20696624--20696713	47	1.9	47	93	0	153	23	16	26	33	1.96
20699770--20699821	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
20699815--20699853	18	2.2	18	85	0	51	12	23	2	61	1.43
20702186--20702245	22	2.7	23	73	19	63	66	6	0	26	1.16
20702195--20702228	4	8.0	4	90	9	50	73	2	0	23	0.97
20704258--20704317	29	2.1	29	93	0	102	33	20	10	36	1.86
20705427--20705487	27	2.3	27	88	2	88	52	16	8	22	1.70
20706367--20706443	27	2.9	27	78	7	75	36	19	20	23	1.95
20706588--20706731	27	5.3	27	86	0	198	27	24	18	30	1.97
20719780--20719951	49	3.6	49	82	4	226	34	8	30	27	1.86
20719780--20719951	47	3.6	47	85	4	236	34	8	30	27	1.86
20723139--20723201	19	3.4	18	72	14	58	11	17	4	66	1.39
20728396--20728737	27	12.7	27	81	4	183	38	20	7	33	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20728410--20728540	53	2.4	54	88	1	192	30	20	6	41	1.78
20728410--20728565	53	2.9	54	85	1	161	32	20	7	40	1.79
20728748--20728799	27	1.9	27	84	7	70	40	11	11	36	1.78
20728862--20728945	27	3.1	27	86	3	116	30	19	26	23	1.98
20728862--20728957	27	3.6	28	83	8	112	30	19	25	25	1.98
20729748--20729922	26	6.8	26	89	3	248	25	21	22	30	1.99
20730067--20730158	42	2.2	42	90	0	139	30	14	20	34	1.92
20730182--20730255	31	2.4	31	97	0	139	29	17	25	27	1.97
20737375--20737431	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
20737373--20737435	20	3.2	20	95	0	117	36	12	19	31	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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