genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.224.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74058974--74059218	120	2.1	118	86	4	341	24	20	28	26	1.99
74067457--74067539	43	1.9	43	87	0	121	54	1	21	22	1.52
74073090--74073203	45	2.6	45	92	1	185	22	21	28	28	1.99
74076527--74076625	52	1.9	52	97	0	189	24	14	20	41	1.89
74083802--74083977	46	3.8	46	75	10	187	29	27	20	22	1.98
74083810--74083980	93	1.8	93	89	0	270	28	28	21	22	1.99
74089464--74089520	5	11.0	5	75	20	55	75	1	19	3	1.04
74089463--74089520	21	2.8	20	79	10	62	74	3	18	3	1.11
74091916--74092003	30	2.9	30	78	6	88	29	25	17	28	1.97
74093945--74094001	30	1.9	30	85	0	78	29	19	8	42	1.81
74104847--74104944	30	3.3	30	73	0	88	29	15	26	28	1.96
74110166--74110210	21	2.1	21	95	0	81	37	40	6	15	1.74
74115725--74115798	24	3.0	26	71	13	66	59	1	22	16	1.44
74115735--74115806	30	2.4	31	81	11	87	61	1	23	13	1.41
74117981--74118025	20	2.2	21	84	4	56	24	26	15	33	1.95
74118042--74118138	30	3.2	31	73	5	101	27	28	15	27	1.96
74119945--74119978	17	1.9	17	88	5	50	26	8	5	58	1.51
74121974--74122057	29	2.8	30	81	3	107	13	22	0	64	1.28
74122060--74122090	12	2.6	12	100	0	62	25	16	12	45	1.83
74122140--74122183	15	2.9	15	89	3	61	6	15	2	75	1.12
74122136--74122205	20	3.3	22	69	28	62	5	18	1	74	1.09
74124381--74124477	30	3.2	30	71	8	81	28	15	27	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74124494--74124538	20	2.2	21	84	4	56	33	15	26	24	1.95
74126436--74126558	28	4.5	27	91	4	183	30	28	13	27	1.94
74126436--74126558	55	2.2	55	89	2	185	30	28	13	27	1.94
74129304--74129505	6	33.2	6	75	15	184	48	14	17	18	1.81
74129304--74129524	31	7.0	31	81	8	243	48	14	17	19	1.81
74129665--74129738	27	2.8	27	87	2	96	36	20	24	18	1.95
74129897--74129956	22	2.8	21	82	5	57	35	23	21	20	1.96
74130388--74130509	27	4.6	27	88	1	165	25	22	19	32	1.97
74130406--74130511	27	3.9	27	91	0	167	24	20	20	33	1.97
74130510--74130847	27	12.5	27	74	7	222	31	7	20	40	1.80
74130510--74130847	54	6.3	54	75	7	301	31	7	20	40	1.80
74138422--74138567	35	4.2	36	82	5	174	30	12	23	32	1.92
74142024--74142072	23	2.1	23	96	0	89	22	4	28	44	1.71
74148993--74149170	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
74149014--74149169	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
74157182--74157359	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
74157203--74157358	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
74160514--74160569	10	5.4	10	78	6	58	16	8	5	69	1.32
74160522--74160569	11	4.5	11	76	7	55	16	10	6	66	1.41
74160514--74160569	21	2.7	21	86	2	69	16	8	5	69	1.32
74171174--74171219	16	2.9	16	84	9	60	54	0	4	41	1.20
74173451--74173632	29	6.3	29	81	5	215	24	24	13	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74173451--74173632	87	2.1	87	85	6	244	24	24	13	37	1.92
74180899--74181132	29	8.1	29	83	5	269	25	23	14	37	1.92
74183364--74183515	27	5.6	27	93	3	232	30	28	13	26	1.94
74183364--74183540	55	3.2	55	90	0	264	31	29	13	25	1.94
74216375--74216614	28	8.5	28	91	3	349	26	11	27	34	1.91
74216403--74216613	57	3.7	57	95	1	363	27	11	26	34	1.91
74233871--74233972	44	2.3	44	81	1	114	27	22	12	37	1.91
74240921--74240968	19	2.7	17	87	12	78	29	18	14	37	1.91
74242881--74243087	28	7.4	28	89	2	310	33	22	21	22	1.97
74243194--74243243	26	1.9	26	95	0	91	36	18	22	24	1.95
74243207--74243263	27	2.2	26	83	3	69	36	17	22	22	1.94
74243476--74243617	27	5.3	27	84	0	176	18	18	21	41	1.90
74245288--74245324	11	3.4	11	92	0	56	21	5	43	29	1.75
74246967--74247228	131	2.0	131	100	0	524	41	20	7	29	1.80
74266561--74266631	25	2.8	25	86	0	97	29	19	16	33	1.94
74269107--74269215	54	2.0	54	98	0	209	35	19	12	32	1.89
74277052--74277086	17	2.1	17	100	0	70	45	17	0	37	1.48
74278765--74278790	7	3.7	7	100	0	52	57	0	0	42	0.98
74287366--74287421	20	3.0	19	80	19	57	7	21	1	69	1.22
74292776--74292818	22	2.0	22	81	4	52	46	4	0	48	1.22
74293754--74293816	30	2.1	30	84	0	81	39	7	20	31	1.81
74295116--74295158	20	2.2	19	88	12	61	6	6	2	83	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74302522--74302576	25	2.2	25	86	0	74	70	9	3	16	1.27
74302572--74302612	16	2.6	16	84	7	57	80	0	14	4	0.87
74302573--74302612	5	7.6	5	86	8	53	80	0	15	5	0.88
74304324--74304371	6	8.5	6	86	6	57	45	0	18	35	1.50
74304604--74304887	30	9.2	30	73	12	177	37	14	25	22	1.92
74304604--74304862	98	2.8	90	82	8	247	37	13	26	22	1.91
74304656--74304904	128	1.9	128	82	1	311	38	15	24	21	1.92
74311104--74311656	306	1.8	304	90	1	892	37	9	16	36	1.82
74312543--74312879	30	11.3	30	71	11	106	39	14	22	23	1.90
74312745--74312825	29	2.7	29	85	11	110	43	12	23	20	1.86
74312543--74312879	150	2.3	149	85	6	448	39	14	22	23	1.90
74314064--74314104	20	2.0	20	85	0	55	31	7	4	56	1.48
74315514--74315542	14	2.0	15	93	6	51	82	0	0	17	0.66
74318300--74318417	27	4.4	28	81	8	129	38	20	20	21	1.94
74319509--74319544	16	2.2	16	95	0	63	41	5	30	22	1.76
74319831--74319882	22	2.4	21	79	17	54	55	5	0	38	1.24
74319757--74320047	120	2.4	119	93	2	485	52	4	1	42	1.27
74319974--74320041	26	2.6	27	81	11	88	60	1	0	38	1.06
74337085--74337282	105	1.9	106	88	3	301	36	18	15	29	1.91
74337953--74337988	10	3.6	10	88	0	54	36	0	11	52	1.37
74338377--74338453	21	3.6	20	71	23	59	66	1	3	28	1.17
74338404--74338445	13	3.1	13	86	13	50	64	0	4	30	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74338414--74338458	3	16.0	3	77	13	51	66	2	2	28	1.15
74338420--74338459	20	2.0	20	85	9	55	62	2	5	30	1.29
74340530--74340555	11	2.4	11	100	0	52	38	7	0	53	1.30
74341635--74341659	6	4.2	6	100	0	50	36	16	32	16	1.90
74352713--74352828	57	2.0	56	85	6	153	46	6	18	28	1.74
74352766--74352879	51	2.2	51	84	6	142	44	9	20	25	1.81
74353129--74353170	20	2.1	20	100	0	84	47	4	14	33	1.65
74366629--74366677	20	2.6	19	78	12	57	40	2	4	53	1.32
74385889--74385970	39	2.1	38	86	2	110	20	2	25	51	1.60
74385956--74386002	22	2.2	22	84	3	60	23	0	40	36	1.55
74388487--74388566	31	2.6	31	86	7	117	18	13	20	47	1.82
74389060--74389101	15	2.8	15	88	0	57	38	2	0	59	1.10
74389076--74389113	17	2.2	18	85	4	51	34	2	0	63	1.09
74389160--74389228	12	5.4	12	68	19	50	52	10	0	37	1.36
74389172--74389205	16	2.1	16	88	0	50	55	11	0	32	1.36
74389231--74389305	20	4.1	19	69	20	61	50	16	1	32	1.53
74389287--74389629	41	8.4	41	75	16	220	46	20	0	31	1.55
74389312--74389613	16	18.7	16	70	18	110	47	20	0	31	1.55
74389339--74389470	9	14.6	9	71	13	92	42	20	1	35	1.62
74389251--74389597	75	4.7	74	75	15	269	46	20	0	31	1.57
74389279--74389629	109	3.2	108	83	10	416	47	20	0	31	1.55
74389224--74389629	25	16.4	25	75	17	220	47	20	0	31	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74389238--74389629	50	7.7	50	76	17	283	47	20	0	31	1.56
74391332--74391699	184	2.0	184	100	0	736	27	15	17	39	1.90
74392447--74392639	42	4.5	42	85	6	255	27	18	27	25	1.98
74392439--74392639	85	2.4	85	86	4	271	27	18	27	25	1.98
74401874--74401905	12	2.6	13	90	9	50	15	0	0	84	0.63
74409808--74410047	29	8.2	29	81	3	248	21	27	13	37	1.91
74409808--74410047	117	2.1	117	88	3	349	21	27	13	37	1.91
74413709--74413752	20	2.2	20	83	0	52	45	13	0	40	1.44
74413976--74414003	4	7.0	4	100	0	56	25	50	0	25	1.50
74415467--74415715	110	2.3	110	82	6	292	27	25	17	29	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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