genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.118.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38476929--38476980	22	2.4	22	78	9	54	55	23	1	19	1.53
38476950--38477007	28	2.1	28	87	6	82	55	25	0	18	1.43
38478205--38478248	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
38478334--38478365	15	2.2	14	94	5	55	46	0	0	53	1.00
38483945--38484196	113	2.2	115	85	3	339	28	22	18	30	1.97
38484131--38484233	40	2.5	41	84	4	120	26	26	17	30	1.97
38484362--38484409	17	2.7	18	83	9	62	66	2	4	27	1.21
38487118--38487142	7	3.6	7	100	0	50	28	0	0	72	0.86
38489551--38489618	25	2.8	24	76	10	57	45	1	5	47	1.36
38507110--38507141	16	2.0	16	100	0	64	18	25	18	37	1.94
38511970--38512185	5	43.0	5	99	0	423	39	0	0	59	1.01
38512265--38512300	17	2.0	17	89	10	54	72	0	27	0	0.85
38512219--38512298	25	3.2	24	77	8	72	66	5	26	2	1.25
38521908--38522031	61	2.0	61	92	0	203	26	15	20	37	1.92
38526476--38526517	17	2.3	18	84	8	50	40	0	4	54	1.21
38537341--38537634	74	4.0	74	99	0	579	35	24	10	29	1.89
38540812--38541097	142	2.0	142	93	0	491	44	22	10	22	1.83
38544519--38544574	29	1.9	29	100	0	112	42	0	0	57	0.99
38548349--38548393	20	2.2	20	92	0	72	35	11	4	48	1.59
38552040--38552072	3	10.7	3	93	6	57	66	0	0	33	0.92
38552194--38552240	3	16.3	3	82	8	53	63	0	6	29	1.19
38552201--38552240	14	2.7	15	84	7	64	62	0	7	30	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38552193--38552241	20	2.5	20	89	0	71	63	0	8	28	1.23
38555261--38555371	47	2.4	47	81	6	136	36	22	15	26	1.94
38556134--38556214	4	19.8	4	77	5	72	4	25	3	65	1.30
38562530--38562640	47	2.4	47	83	6	145	35	22	16	26	1.95
38563403--38563431	4	7.2	4	100	0	58	0	24	0	75	0.80
38565387--38565792	192	2.1	192	90	4	627	33	18	12	35	1.89
38579422--38579452	14	2.2	14	94	0	53	16	6	0	77	0.97
38580130--38580312	3	61.3	3	97	1	350	32	0	0	66	0.96
38584360--38584457	48	2.0	48	94	0	169	37	16	32	13	1.87
38587659--38587685	14	1.9	14	100	0	54	55	7	29	7	1.55
38592452--38592613	88	1.8	88	84	2	218	30	17	17	34	1.93
38592599--38592892	54	5.4	54	94	2	466	29	14	15	40	1.86
38594120--38594150	14	2.2	14	100	0	62	12	6	0	80	0.89
38594831--38594869	3	13.3	3	89	5	62	30	0	2	66	1.05
38595104--38595170	29	2.4	29	75	7	77	31	10	5	52	1.60
38601143--38601226	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
38604780--38604810	8	3.9	8	91	0	53	35	0	22	41	1.54
38605071--38605113	20	2.2	20	95	0	77	51	4	16	27	1.64
38610404--38610471	26	2.6	27	86	11	88	36	17	13	32	1.89
38610433--38610520	27	3.3	28	78	7	85	35	14	17	32	1.90
38610563--38610589	9	3.0	9	100	0	54	22	11	22	44	1.84
38610658--38610760	27	3.9	26	83	2	107	37	20	11	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38612783--38612854	27	2.7	27	86	0	108	20	5	36	37	1.76
38612783--38612863	27	2.9	27	82	10	101	22	4	32	40	1.75
38614949--38614990	18	2.4	19	80	15	54	40	9	19	30	1.83
38614961--38614995	18	2.1	17	89	10	54	42	11	20	25	1.85
38619887--38619919	13	2.4	14	90	5	50	36	3	15	45	1.61
38620138--38620239	46	2.2	46	84	3	134	45	15	7	31	1.75
38621255--38621293	20	2.1	17	86	13	51	71	5	7	15	1.26
38626078--38626102	6	4.2	6	100	0	50	84	0	16	0	0.63
38626188--38626215	2	14.0	2	100	0	56	50	0	50	0	1.00
38628016--38628050	18	1.9	18	100	0	70	31	0	0	68	0.90
38635067--38635126	20	3.1	19	77	15	68	53	1	3	41	1.27
38635091--38635328	128	1.9	125	85	12	334	42	7	7	42	1.60
38639933--38639973	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
38648574--38648640	34	2.0	34	93	0	116	37	28	7	26	1.84
38653396--38653443	21	2.2	23	78	14	57	41	0	2	56	1.11
38653802--38653867	19	3.2	20	85	14	82	53	6	0	40	1.26
38655118--38655147	15	1.9	15	93	6	51	76	13	6	3	1.11
38656207--38656775	26	22.3	26	66	14	170	30	7	3	58	1.42
38656306--38656417	25	4.6	24	74	21	83	30	5	3	60	1.36
38656671--38656775	49	2.2	48	81	5	122	31	3	2	61	1.28
38673254--38673290	18	2.1	18	89	0	56	67	5	0	27	1.12
38673249--38673292	18	2.5	17	82	7	52	61	6	2	29	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38676149--38676742	306	1.9	304	83	5	752	37	13	15	32	1.87
38676992--38677023	6	5.3	6	100	0	64	34	0	0	65	0.93
38677418--38677463	16	2.8	16	83	6	56	41	2	4	52	1.33
38678934--38679082	76	2.0	76	100	0	298	27	13	19	39	1.89
38690713--38690799	40	2.2	40	89	0	129	25	24	27	22	2.00
38693539--38693669	63	2.1	62	85	4	174	28	18	6	46	1.74
38695197--38695241	22	2.0	22	100	0	90	22	22	13	42	1.88
38695934--38696056	47	2.6	45	81	13	135	29	17	29	24	1.97
38696016--38696098	36	2.2	36	82	8	94	25	16	31	26	1.97
38696035--38696112	36	2.2	36	100	0	156	23	17	30	28	1.97
38698591--38698634	19	2.3	19	88	0	61	59	20	2	18	1.49
38698672--38698708	19	1.9	19	94	0	65	45	16	21	16	1.84
38701981--38702064	37	2.2	37	93	2	141	47	15	5	30	1.69
38708459--38708679	46	4.8	46	78	10	204	29	17	28	24	1.97
38727610--38727700	40	2.3	40	94	0	155	49	8	14	27	1.72
38730392--38730445	26	2.1	26	89	0	81	18	16	22	42	1.89
38734633--38734662	5	5.8	5	92	7	51	80	0	0	20	0.72
38735917--38735961	5	8.6	5	90	9	72	82	0	0	17	0.68
38735917--38735961	22	2.0	22	100	0	90	82	0	0	17	0.68
38735922--38735957	17	2.1	17	100	0	72	83	0	0	16	0.65
38741498--38741530	16	2.1	16	88	5	50	60	0	3	36	1.12
38741512--38741562	25	2.1	25	85	7	70	54	0	1	43	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38748154--38748210	19	2.9	19	80	19	64	64	5	1	28	1.25
38748201--38748235	17	1.9	19	88	11	56	54	0	0	45	0.99
38748200--38748237	9	4.3	9	84	15	53	57	0	0	42	0.98
38748206--38748317	29	3.9	28	69	23	81	54	1	1	41	1.21
38748299--38748339	11	3.9	11	81	9	50	63	2	0	34	1.08
38749126--38749367	9	25.3	9	71	14	132	33	2	6	57	1.38
38749126--38749344	19	11.4	18	71	13	118	33	2	6	57	1.37
38749180--38749386	19	10.8	19	71	22	105	32	2	6	58	1.36
38749207--38749345	37	3.7	38	74	14	108	33	2	5	58	1.37
38753853--38753878	12	2.2	12	100	0	52	23	30	7	38	1.83
38759183--38759840	102	6.6	102	89	6	1021	5	32	2	59	1.34
38759183--38759840	192	3.3	195	89	6	1000	5	32	2	59	1.34
38760060--38760108	18	2.8	17	84	6	53	4	30	0	65	1.11
38764753--38765083	3	108.7	3	68	13	133	30	8	3	57	1.45
38765034--38765083	20	2.5	20	86	3	64	34	2	0	64	1.05
38765135--38765191	3	18.0	3	75	10	51	31	7	1	59	1.34
38765138--38765194	17	3.2	17	75	5	51	31	7	1	59	1.34
38769354--38769378	6	4.2	6	100	0	50	16	0	0	84	0.63
38786170--38786196	14	1.9	14	100	0	54	59	11	7	22	1.56
38788405--38788463	8	7.2	8	75	11	57	84	1	1	11	0.77
38788405--38788479	6	12.3	6	83	10	82	81	2	2	13	0.91
38790144--38790204	3	19.7	3	80	12	70	62	3	4	29	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38794837--38794885	24	2.0	24	100	0	98	32	8	20	38	1.82
38797353--38797379	14	1.9	14	100	0	54	59	11	7	22	1.56
38800240--38800278	6	6.5	6	93	0	69	17	30	0	51	1.46
38802754--38802781	12	2.3	12	100	0	56	7	7	0	85	0.73
38807539--38807641	40	2.6	40	81	1	118	43	29	15	11	1.82
38809254--38809299	17	2.9	16	83	6	58	67	4	0	28	1.10
38809692--38809730	11	3.5	11	86	10	53	51	0	0	48	1.00
38811702--38811942	39	6.5	39	76	10	243	33	31	18	17	1.94
38811822--38811878	28	2.0	28	89	0	87	33	26	21	19	1.97
38811783--38811917	67	2.0	67	88	2	200	34	29	17	17	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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