genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.113.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36836530--36836590	19	3.4	19	86	6	83	72	3	0	24	1.00
36836527--36836630	19	5.8	18	73	13	81	73	2	3	20	1.13
36838280--36838355	27	2.9	27	84	2	100	34	17	23	25	1.96
36838558--36838637	27	3.0	26	85	3	88	22	21	18	37	1.94
36838728--36838786	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
36838951--36839024	27	2.8	27	85	6	89	17	24	21	36	1.95
36839142--36839413	6	44.8	6	76	15	258	19	18	14	47	1.82
36839142--36839413	30	9.4	30	83	11	352	19	18	14	47	1.82
36839142--36839413	85	3.2	85	98	0	526	19	18	14	47	1.82
36842132--36842167	19	1.9	19	88	5	56	66	0	0	33	0.92
36849296--36849356	31	2.0	31	96	0	113	34	19	29	16	1.94
36851489--36851658	43	4.0	44	78	9	154	32	25	17	24	1.96
36856006--36856058	27	2.0	27	84	0	70	35	20	15	28	1.93
36856512--36856577	28	2.4	28	84	2	80	16	21	28	33	1.95
36859361--36859415	27	2.0	27	100	0	110	32	32	7	27	1.84
36885932--36886230	47	6.3	47	94	1	490	31	8	30	29	1.87
36885932--36886230	143	2.1	141	92	1	490	31	8	30	29	1.87
36886348--36886426	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
36888178--36888471	50	5.9	50	81	2	333	26	16	25	31	1.96
36888178--36888471	149	2.0	149	84	2	385	26	16	25	31	1.96
36890328--36890369	17	2.5	17	84	0	57	66	0	0	33	0.92
36891913--36892010	42	2.3	42	94	0	169	16	19	41	22	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36893269--36893327	30	2.0	30	86	0	82	32	11	25	30	1.92
36893715--36893832	46	2.5	46	82	10	125	29	16	30	23	1.96
36893841--36893932	47	2.0	47	82	4	114	32	15	28	23	1.95
36899473--36899718	49	4.9	50	75	5	221	28	27	18	26	1.98
36899487--36899718	100	2.3	98	82	2	275	28	27	18	25	1.98
36901999--36902048	15	3.3	15	80	8	57	56	14	14	16	1.69
36904767--36904952	49	3.8	48	79	5	210	29	26	19	24	1.99
36904759--36904957	100	2.0	100	91	0	326	29	26	20	23	1.99
36907535--36907626	46	2.0	46	97	0	175	13	33	26	27	1.93
36908028--36908343	48	6.6	47	83	4	305	22	28	18	30	1.98
36910519--36910611	42	2.2	43	78	5	100	31	19	21	27	1.97
36921180--36921336	38	4.0	38	85	5	181	31	26	21	21	1.98
36921180--36921336	78	2.0	78	84	7	203	31	26	21	21	1.98
36927015--36927134	42	2.8	43	74	12	113	29	24	18	28	1.98
36944999--36945397	41	9.8	41	88	3	506	33	23	23	20	1.97
36945014--36945397	82	4.7	82	91	0	574	34	23	23	19	1.97
36945014--36945397	122	3.1	121	89	2	579	34	23	23	19	1.97
36946201--36946232	15	2.1	15	94	0	55	59	0	9	31	1.29
36946204--36946271	24	2.8	24	76	10	75	57	0	4	38	1.19
36946727--36946799	38	2.0	36	84	7	94	27	24	27	20	1.99
36947724--36947766	18	2.4	17	84	7	59	23	6	27	41	1.80
36950569--36950611	18	2.4	17	84	7	59	23	6	27	41	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36951833--36951970	51	2.7	51	97	1	260	34	13	0	51	1.46
36952451--36952702	133	1.9	133	98	0	486	19	9	18	52	1.72
36960590--36960635	21	2.2	21	92	0	74	26	15	56	2	1.50
36960932--36961190	43	6.1	42	79	6	254	24	19	24	30	1.98
36961021--36961189	84	2.0	86	89	2	261	21	20	26	32	1.97
36963747--36963811	34	1.9	33	84	9	87	24	24	26	24	2.00
36970841--36970881	20	2.0	20	90	9	66	4	17	0	78	0.93
36971917--36971943	7	3.9	7	100	0	54	44	25	0	29	1.54
36971933--36972012	25	3.2	25	67	22	76	42	21	6	30	1.77
36974370--36974422	27	1.9	28	84	3	72	22	26	32	18	1.97
36986155--36986227	35	2.1	34	82	7	85	52	0	2	45	1.15
36988866--36988970	51	2.1	51	81	0	120	16	32	7	43	1.76
36998313--36998338	13	2.0	13	100	0	52	38	15	23	23	1.92
37009379--37009443	20	3.2	21	69	20	66	10	27	21	40	1.87
37009361--37009493	39	3.4	39	87	2	178	14	24	21	39	1.91
37011322--37011445	46	2.7	45	85	6	142	28	19	29	23	1.98
37011458--37011580	49	2.5	49	78	6	124	27	20	27	24	1.99
37048260--37048298	17	2.1	20	86	13	57	51	5	5	38	1.46
37055243--37055608	182	2.0	182	100	0	732	41	21	11	25	1.86
37059833--37059900	29	2.3	29	82	5	84	27	29	13	29	1.94
37059722--37060049	174	1.9	174	96	0	602	31	24	14	30	1.94
37060002--37060080	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37069226--37069293	29	2.3	29	80	5	75	29	32	11	26	1.92
37069396--37069474	29	2.7	30	80	13	101	29	30	16	24	1.96
37071956--37072086	49	2.7	49	83	4	167	22	28	22	27	1.99
37076917--37076974	24	2.4	24	79	0	71	13	39	3	43	1.61
37083521--37083558	19	2.0	19	85	10	51	18	44	26	10	1.82
37095500--37095546	24	2.0	24	91	0	76	6	19	46	27	1.74
37095502--37095553	24	2.2	24	85	0	68	7	19	44	28	1.78
37095714--37095738	13	1.9	13	100	0	50	16	32	40	12	1.84
37098279--37098318	20	2.0	21	90	5	64	42	12	0	45	1.42
37098294--37098331	17	2.2	18	85	4	51	44	13	0	42	1.43
37103980--37104013	16	2.1	16	94	0	59	20	2	0	76	0.92
37104342--37104392	17	3.1	17	83	5	52	78	5	1	13	1.02
37104353--37104392	17	2.4	17	86	0	53	77	5	2	15	1.04
37109459--37109508	18	2.8	17	80	14	57	28	4	0	68	1.08
37109477--37109572	16	6.3	15	74	23	69	32	4	2	61	1.27
37109458--37109581	12	10.5	12	68	19	82	31	4	1	62	1.23
37125399--37126362	210	4.6	210	94	1	1637	29	18	22	30	1.97
37128427--37128491	13	4.7	14	79	7	62	81	1	16	0	0.77
37128438--37128491	7	7.9	7	82	12	67	81	1	16	0	0.78
37133074--37133296	48	4.7	48	83	7	210	24	26	17	31	1.97
37133074--37133296	96	2.3	95	81	10	258	24	26	17	31	1.97
37139888--37140204	159	2.0	159	98	0	607	29	9	17	44	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37143817--37143912	46	2.1	46	94	1	167	18	20	31	29	1.97
37144235--37144275	20	2.1	20	86	4	57	29	12	7	51	1.66
37145849--37145904	27	2.1	27	86	0	76	30	25	10	33	1.90
37147619--37147880	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00
37155892--37156155	40	6.7	40	89	5	360	25	21	27	25	1.99
37155892--37156188	119	2.5	118	81	9	338	26	21	27	25	1.99
37157512--37157667	43	3.6	42	77	7	154	31	23	16	28	1.96
37158474--37158506	16	1.9	18	88	11	52	51	18	12	18	1.76
37159075--37159239	43	3.8	43	87	1	215	26	28	20	25	1.99
37168618--37169035	40	10.5	40	97	1	761	22	22	27	26	1.99
37172163--37172669	49	10.6	49	95	3	860	29	29	8	32	1.86
37172163--37172669	145	3.5	143	95	3	862	29	29	8	32	1.86
37174942--37175037	49	2.0	49	93	0	165	21	27	27	23	1.99
37177721--37177844	43	2.9	44	81	4	137	34	25	15	25	1.94
37183088--37183237	43	3.5	43	83	8	162	32	22	15	29	1.95
37187523--37187556	10	3.4	10	87	0	50	29	2	14	52	1.56
37190706--37190770	32	2.0	32	100	0	130	38	24	9	27	1.86
37204433--37204609	27	6.5	27	78	6	144	29	28	15	25	1.96
37208886--37209150	40	6.7	40	85	5	286	26	27	21	24	1.99
37208853--37209150	80	3.7	80	79	9	263	25	27	21	25	1.99
37209082--37209159	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
37212159--37212236	41	1.9	41	91	0	129	32	24	23	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37212254--37212402	38	3.9	38	79	1	156	33	28	22	15	1.95
37212206--37212405	75	2.6	76	78	3	190	35	28	21	15	1.93
37212206--37212391	38	4.9	38	75	5	146	34	27	22	15	1.94
37214020--37214086	20	3.5	19	67	21	50	32	22	16	28	1.95
37215858--37215888	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
37218003--37218175	46	3.7	46	81	10	217	23	20	26	30	1.98
37218000--37218171	93	1.8	93	92	0	290	23	20	27	29	1.99
37223004--37223098	38	2.4	39	77	10	95	27	20	22	30	1.98
37223031--37223113	40	2.1	38	84	4	103	20	18	25	36	1.95
37226303--37226328	12	2.2	12	100	0	52	23	0	15	61	1.33

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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