Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
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          321   322   

This is table  322  of  322  ( 38559 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
106856948--106856995
24
2.0
23
84
11
62
22
2
4
70
1.15
106862543--106862652
36
3.1
36
90
2
168
23
40
20
16
1.91
106869024--106869048
4
6.2
4
100
0
50
24
24
52
0
1.48
106875143--106875203
18
3.4
18
84
2
79
18
60
16
4
1.52
106875143--106875192
6
8.3
6
90
0
82
16
64
16
4
1.44
106878415--106878455
21
2.0
21
90
0
64
19
29
21
29
1.98
106886002--106886044
22
2.0
22
100
0
86
39
23
4
32
1.75
106888045--106888084
15
2.7
14
81
11
53
45
12
0
42
1.42
106888113--106888151
14
2.7
15
92
4
62
46
7
0
46
1.31
106889421--106889475
20
2.8
20
78
15
62
16
5
14
63
1.48
106897217--106897283
34
2.0
34
93
0
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19
10
29
40
1.85
106898807--106898842
10
3.7
10
85
7
56
33
0
0
66
0.92
106898801--106898853
19
2.7
19
88
2
79
39
0
0
60
0.97
106898786--106898842
28
2.0
29
82
3
71
38
0
3
57
1.16
106901521--106901717
95
2.0
97
89
5
301
47
7
10
34
1.67
106904825--106905021
95
2.0
97
89
5
301
47
7
10
34
1.67
106909264--106909888
211
3.0
210
87
4
940
33
16
18
31
1.93
106912230--106912254
12
2.1
12
100
0
50
60
32
8
0
1.26
106920335--106920382
24
2.0
24
83
0
60
47
10
25
16
1.78
106922031--106922080
17
3.0
17
77
8
50
48
24
6
22
1.73
106922444--106922496
25
2.1
25
96
0
97
32
24
18
24
1.97
106925534--106925567
17
2.0
17
88
0
50
64
0
0
35
0.94
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
106926877--106926937
25
2.5
23
77
17
61
72
1
1
24
1.03
106934938--106934968
2
15.5
2
100
0
62
48
0
51
0
1.00
106940529--106940700
4
43.0
4
100
0
344
50
25
0
25
1.50
106944121--106944278
80
2.0
79
94
1
280
37
17
19
24
1.93
106947625--106947795
88
1.9
88
95
0
306
42
16
16
23
1.88
106948590--106948625
15
2.4
15
95
0
63
55
5
22
16
1.62
106967418--106967693
23
12.0
22
72
9
126
29
5
25
39
1.78
106967397--106967693
46
6.5
46
77
7
237
30
5
25
38
1.78
106974364--106974897
268
2.0
268
97
0
1005
14
14
19
51
1.76
106975463--106975504
16
2.6
16
88
7
59
16
30
23
28
1.96
106975703--106975758
29
1.9
29
88
0
85
35
3
8
51
1.51
106975732--106975775
22
2.0
22
86
0
61
34
2
11
52
1.50
106980933--106980982
25
2.0
25
96
0
91
38
24
18
20
1.93
106982041--106982079
20
2.0
20
85
14
55
61
0
2
35
1.10
106987203--106987228
2
13.0
2
100
0
52
0
50
0
50
1.00
106988234--106988304
32
2.2
32
90
5
108
18
26
16
38
1.92
106988248--106988320
32
2.3
32
85
4
103
20
24
20
34
1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322

The End!