genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.166.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54270759--54270809	18	2.9	17	77	8	57	47	7	9	35	1.66
54271293--54271349	26	2.2	26	90	0	87	8	29	43	17	1.79
54271456--54271499	19	2.3	19	84	4	52	4	13	11	70	1.31
54271465--54271513	22	2.3	20	86	10	71	2	8	12	77	1.07
54271674--54271790	30	3.9	29	77	11	94	44	3	22	29	1.69
54271689--54271790	30	3.4	30	84	2	134	44	3	22	29	1.71
54271786--54271814	15	1.9	15	100	0	58	24	0	0	75	0.80
54271787--54271826	20	2.0	20	90	5	62	22	0	2	75	0.93
54273540--54273724	91	2.0	91	100	0	370	34	21	12	31	1.91
54276925--54276979	16	3.5	15	80	11	65	85	0	10	3	0.72
54276925--54276976	14	3.7	14	82	12	54	84	0	11	3	0.74
54277851--54278025	44	4.0	44	72	8	158	32	17	22	28	1.96
54278017--54278239	119	1.9	119	98	0	428	33	17	21	28	1.95
54279491--54279759	46	5.8	46	89	0	378	21	24	14	39	1.91
54283205--54283288	12	7.2	12	73	20	72	34	1	0	64	1.02
54283209--54283278	19	3.8	19	74	12	65	34	1	0	64	1.03
54286697--54286761	27	2.5	26	75	5	67	49	23	3	24	1.64
54292613--54292651	18	2.1	18	85	4	51	30	15	0	53	1.42
54301518--54301565	20	2.4	19	80	16	53	33	0	6	60	1.22
54305782--54305815	18	1.9	17	88	5	50	58	5	0	35	1.22
54307475--54307512	20	1.9	20	88	0	58	36	0	2	60	1.11
54307647--54307686	18	2.2	19	90	4	64	32	5	0	62	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54309871--54309992	27	4.5	27	83	6	149	17	22	24	35	1.95
54309869--54309992	54	2.3	54	94	0	212	17	22	24	35	1.95
54309869--54310010	27	5.3	27	76	17	127	19	23	22	35	1.96
54311664--54311748	35	2.4	35	76	7	84	35	18	18	27	1.95
54313709--54313759	26	2.0	26	100	0	102	23	11	0	64	1.26
54315207--54315257	25	2.0	26	96	3	95	58	1	0	39	1.09
54315489--54315521	15	2.2	15	94	0	57	84	0	15	0	0.61
54315617--54315684	33	2.0	34	91	2	111	33	19	22	25	1.97
54317246--54317394	63	2.4	63	82	2	183	25	28	19	26	1.99
54323313--54323388	30	2.5	30	82	4	91	38	0	2	59	1.12
54333691--54333734	10	4.5	10	80	13	56	29	2	0	68	1.02
54333673--54333732	9	6.8	9	78	12	54	33	3	0	63	1.11
54333744--54333794	19	2.7	18	82	14	50	35	0	5	58	1.22
54334045--54334136	48	1.9	48	84	4	123	31	17	15	35	1.91
54336665--54336760	48	2.0	48	87	0	138	39	16	31	12	1.86
54342196--54342349	74	2.1	74	100	0	308	33	22	11	32	1.90
54343143--54343209	21	3.2	21	78	4	73	20	8	38	31	1.84
54343193--54343311	42	2.8	42	83	2	114	25	10	42	21	1.85
54343223--54343416	21	9.2	21	80	4	106	24	9	43	22	1.82
54343193--54343353	84	1.9	84	80	2	189	24	9	43	21	1.83
54343220--54343419	63	3.2	62	76	1	166	24	9	44	23	1.82
54343213--54343419	42	4.9	42	81	3	184	24	8	43	22	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54343343--54343446	21	5.0	22	81	6	110	20	9	46	24	1.80
54343328--54343440	42	2.7	41	80	5	111	21	8	45	24	1.80
54343325--54343445	63	1.9	63	83	8	158	20	9	45	24	1.80
54343457--54343536	21	3.8	21	89	0	106	25	10	37	27	1.88
54343580--54343740	21	7.7	21	80	1	128	26	15	37	20	1.92
54343601--54343745	42	3.5	42	83	3	168	26	14	39	19	1.90
54348618--54348653	14	2.6	14	95	0	63	61	19	2	16	1.47
54349950--54349982	15	2.1	16	88	11	50	63	0	27	9	1.24
54355948--54356022	35	2.1	35	82	0	87	36	21	16	26	1.94
54355957--54356023	35	1.9	35	87	0	98	34	23	13	28	1.93
54359426--54359483	21	2.8	21	100	0	116	24	36	25	13	1.92
54359639--54359682	21	2.0	22	82	8	54	31	9	6	52	1.59
54373504--54373542	20	2.0	20	89	0	60	35	2	17	43	1.63
54373605--54373653	19	2.5	20	90	6	75	44	12	10	32	1.75
54374636--54374732	22	4.4	22	69	10	72	22	27	14	35	1.93
54377401--54377458	30	1.9	30	93	6	100	24	34	25	15	1.95
54383881--54384162	39	7.2	39	94	0	492	27	28	22	21	1.99
54383868--54384162	78	3.8	78	97	0	547	27	28	22	21	1.99
54389514--54389688	48	3.7	47	80	6	208	20	29	21	28	1.98
54389515--54389690	96	1.8	96	91	0	289	20	28	22	28	1.98
54397539--54397606	35	1.9	35	85	5	93	29	8	29	32	1.87
54397551--54397681	35	3.6	35	75	11	111	32	11	23	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54399416--54399685	48	5.6	47	75	5	218	23	26	18	31	1.97
54399416--54399685	96	2.8	96	82	2	317	23	26	18	31	1.97
54412600--54412655	17	3.5	17	72	22	57	46	3	0	50	1.19
54426722--54426758	9	4.2	9	80	19	51	59	0	0	40	0.97
54429880--54429925	20	2.3	19	85	7	56	0	26	2	71	0.97
54429890--54429919	15	1.9	16	93	6	53	0	23	0	76	0.78
54429951--54429992	14	2.9	14	80	20	50	9	11	2	76	1.12
54431579--54431638	29	2.0	31	87	9	88	26	13	6	53	1.64
54436105--54436143	6	6.5	6	96	0	69	0	35	0	64	0.94
54441928--54441960	18	1.9	18	88	11	52	30	27	6	36	1.81
54453782--54453860	30	2.6	31	74	6	81	45	5	10	39	1.60
54461319--54461356	19	2.0	19	85	10	51	42	0	2	55	1.14
54462094--54462150	30	1.9	30	82	13	73	47	3	0	49	1.18
54471086--54471167	27	3.0	27	73	7	85	53	3	2	40	1.32
54472665--54472766	46	2.2	47	84	6	129	33	2	1	61	1.22
54479807--54479840	8	4.2	8	100	0	68	61	0	0	38	0.96
54480626--54480885	50	5.2	50	81	5	292	30	11	18	39	1.87
54484634--54484728	48	1.9	50	83	8	124	61	4	4	30	1.34
54491188--54491298	55	2.0	54	96	1	204	48	6	6	38	1.54
54491889--54492002	40	2.8	40	91	2	174	51	2	5	40	1.38
54491892--54492017	40	3.1	40	87	4	171	52	2	4	40	1.35
54496802--54496868	16	4.2	16	84	7	84	13	5	0	80	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54496796--54496867	26	2.6	27	83	16	87	11	6	0	81	0.85
54496946--54497050	42	2.5	42	90	0	156	28	36	12	22	1.91
54501503--54501620	41	2.9	40	71	9	96	22	19	27	31	1.98
54504298--54504466	33	5.1	33	83	2	196	30	21	12	35	1.91
54504304--54504467	65	2.5	66	80	2	204	31	21	12	34	1.91
54504460--54504587	29	4.4	29	88	0	184	26	28	10	35	1.89
54504460--54504587	58	2.2	58	94	0	220	26	28	10	35	1.89
54512905--54512935	10	3.1	10	95	0	53	41	12	6	38	1.69
54514719--54514784	33	2.0	33	87	0	96	30	21	12	36	1.90
54514731--54514886	84	1.8	85	91	1	260	33	21	10	33	1.88
54514806--54514976	33	5.2	33	80	2	184	32	21	11	35	1.88
54514969--54515096	29	4.4	29	89	0	202	24	27	12	35	1.91
54523429--54523459	10	3.1	10	95	0	53	41	12	6	38	1.69
54525243--54525308	33	2.0	33	87	0	96	30	21	12	36	1.90
54525255--54525410	84	1.8	85	91	1	260	33	21	10	33	1.88
54525330--54525500	33	5.2	33	80	2	184	32	21	11	35	1.88
54525493--54525620	29	4.4	29	89	0	202	24	27	12	35	1.91
54528491--54528696	40	5.2	40	92	0	333	23	21	26	27	1.99
54530431--54530793	179	2.0	179	96	0	663	20	14	18	47	1.82
54536979--54537030	21	2.5	20	84	6	68	32	30	5	30	1.81
54536991--54537033	21	2.0	21	95	0	77	30	34	9	25	1.87
54537579--54537675	27	3.4	27	73	17	81	32	1	4	61	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54537579--54537677	30	3.4	27	74	9	90	32	1	4	62	1.20
54537811--54537884	35	2.1	35	87	5	105	41	5	4	48	1.45
54540329--54540358	15	2.0	15	100	0	60	33	13	13	40	1.83
54543361--54544608	626	2.0	626	98	0	2406	29	21	13	35	1.92
54553278--54553302	13	1.9	13	100	0	50	56	16	0	28	1.41
54555726--54555882	57	2.8	57	83	1	190	32	23	15	28	1.95
54559911--54559954	21	2.1	21	95	0	79	27	15	56	0	1.40
54568594--54569057	131	3.6	129	78	7	417	35	18	18	28	1.94
54571447--54571472	4	6.5	4	100	0	52	23	0	0	76	0.78
54577848--54578241	131	3.0	129	83	5	477	27	18	17	36	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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