Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
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          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
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          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   

This is table  243  of  322  ( 38559 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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27
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54
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200
19
22
21
36
1.95
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
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T
Entropy
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1.9
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25
2.5
25
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0
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2.0
655
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2030
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81011097--81011412
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2.0
20
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5
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1.47
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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150
2.1
148
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16
20
33
1.95
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1.9
165
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9
411
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16
19
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1.94
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260
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22
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12
29
1.92
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
81096470--81096543
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12
29
1.92
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23
3.2
22
67
27
55
25
32
12
29
1.92
81096658--81096731
23
3.2
22
67
27
55
25
32
12
29
1.92
81097241--81097414
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2.0
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93
0
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9
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1.19
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5
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0
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0
0
41
0.98
81113685--81113909
40
5.7
40
85
5
287
24
22
28
25
1.99
81113685--81113942
119
2.2
119
81
6
283
25
21
27
25
1.99
81118494--81118552
27
2.2
27
81
0
64
28
5
13
52
1.61
81121024--81121068
3
15.0
3
100
0
90
33
0
0
66
0.92
81123487--81123588
39
2.6
39
84
0
123
33
1
19
45
1.62
81123556--81123597
16
2.5
17
80
11
50
40
0
19
40
1.51
81126177--81126314
49
2.8
49
84
6
174
25
20
30
23
1.98
81136124--81136150
13
2.1
13
100
0
54
62
0
0
37
0.95
81145127--81145254
46
2.8
46
93
0
220
21
23
28
27
1.99
81157191--81157276
41
2.1
41
86
4
120
30
17
29
23
1.97
81166879--81166956
38
2.1
38
92
0
129
35
21
8
33
1.85
81167054--81167091
13
2.8
13
88
11
51
50
0
2
47
1.15
81168725--81168805
24
3.4
23
75
14
76
16
28
22
33
1.95
81168727--81168854
48
2.7
48
75
12
129
19
27
20
32
1.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
81168823--81168878
24
2.4
24
84
3
78
17
28
23
30
1.97
81169698--81169787
42
2.1
42
93
0
153
18
26
31
23
1.98
81170500--81170548
24
2.0
24
84
0
62
30
22
16
30
1.96
81170526--81170677
25
6.1
25
69
11
98
20
22
18
38
1.93
81173522--81173559
13
2.9
13
84
7
51
65
0
34
0
0.93
81173729--81173847
60
2.0
60
93
3
204
32
0
12
54
1.38
81176464--81176607
79
1.9
79
86
5
215
27
7
8
56
1.56
81176457--81176620
79
2.1
79
83
5
192
29
8
7
54
1.58
81178934--81178981
24
2.0
24
95
0
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12
14
20
52
1.74
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28
2.0
27
82
17
65
65
3
0
30
1.10
81180051--81180097
18
2.5
19
72
3
51
53
4
2
40
1.32
81181511--81181590
31
2.5
32
84
6
110
40
16
17
26
1.90
81182543--81182567
13
1.9
13
100
0
50
40
0
0
60
0.97
81182638--81182675
11
3.3
12
82
10
53
50
0
0
50
1.00
81191469--81191543
29
2.6
29
97
0
141
26
13
13
46
1.80
81196400--81196452
9
5.4
9
75
16
52
33
7
20
37
1.81
81196405--81196460
11
5.5
11
75
16
57
35
10
19
33
1.87
81196394--81196460
20
3.3
20
89
0
107
34
10
20
34
1.87
81196509--81196653
24
6.0
24
87
5
186
28
23
20
27
1.99
81196510--81196652
48
3.0
48
88
3
207
28
23
20
27
1.99
81200658--81200721
18
3.4
19
82
8
87
68
0
9
21
1.17
81200652--81200724
18
3.6
22
75
20
63
65
0
10
23
1.24
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
81200722--81200756
7
5.0
7
96
0
61
42
2
28
25
1.69
81200958--81201011
25
2.2
24
86
3
72
57
0
7
35
1.27
81200992--81201084
19
4.9
19
77
15
95
65
0
12
21
1.26
81201075--81201181
5
19.6
5
72
16
79
56
0
16
26
1.47
81201074--81201164
17
5.0
18
70
20
73
52
1
16
29
1.51
81201079--81201168
11
7.9
12
68
22
61
54
1
16
27
1.49
81201075--81201168
28
3.4
28
87
0
143
54
1
17
27
1.50
81200990--81201212
17
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15
69
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63
61
0
13
23
1.38
81201077--81201199
56
2.2
55
81
8
124
58
1
15
24
1.46
81201188--81201231
21
2.0
22
86
8
63
70
0
4
25
1.06

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
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          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322