Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
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          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
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          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   

This is table  203  of  322  ( 38559 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
66585743--66585863
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3.1
39
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1
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0
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2.8
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0
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1.78
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2.4
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2.0
19
100
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26
26
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34
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66649768--66649804
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2.1
18
94
0
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27
10
13
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1.75
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15
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2.0
13
100
0
52
15
38
30
15
1.88
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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38
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1.9
18
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2.0
20
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5
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2.0
17
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55
2
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1.99
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20
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13
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0
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2.0
36
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18
2.1
19
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1.30
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20
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79
27
26
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2.0
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39
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465
23
29
22
25
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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162
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22
25
1.99
66707912--66708264
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4.4
80
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2
537
23
29
22
25
1.99
66712376--66712586
94
2.3
90
82
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255
27
18
29
24
1.98
66712376--66712586
46
4.6
46
73
9
155
27
18
29
24
1.98
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46
5.7
45
75
15
245
30
18
28
23
1.98
66720149--66720416
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436
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18
28
23
1.98
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140
2.3
140
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340
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18
29
22
1.97
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11
289
29
18
28
23
1.97
66720149--66720509
188
1.9
187
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9
423
29
18
28
23
1.98
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2.0
21
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1.88
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1.98
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28
17
26
26
1.98
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192
2.4
192
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28
17
26
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1.98
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20
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10
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1.44
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15
28
28
1.96
66778687--66778890
54
3.8
53
81
6
221
26
15
28
28
1.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
66778687--66778890
109
1.9
108
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3
284
26
15
28
28
1.96
66781626--66781664
18
2.1
19
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20
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4
54
1.56
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11
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1.78
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2.1
17
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76
11
0
11
1.02
66843746--66843809
33
1.9
33
100
0
128
34
6
18
40
1.76
66849203--66849235
16
2.0
17
94
5
59
72
6
6
15
1.24
66859889--66860073
40
4.6
39
82
5
194
24
22
27
25
2.00
66859889--66860073
79
2.3
81
82
7
218
24
22
27
25
2.00
66859890--66860106
79
2.7
79
79
7
183
26
21
27
24
1.99
66862582--66862615
16
2.1
16
94
0
59
20
8
35
35
1.84
66868235--66868267
17
1.9
17
93
0
57
36
21
18
24
1.95
66870017--66870071
6
9.2
6
100
0
110
50
16
0
32
1.45
66873403--66873454
27
1.9
27
92
0
86
23
21
15
40
1.91
66875557--66875680
6
20.0
6
69
12
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8
19
0
71
1.11
66875542--66875593
27
1.9
27
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7
79
13
21
0
65
1.26
66875601--66875696
18
5.5
17
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13
70
8
16
0
75
1.04
66875608--66875660
25
2.2
24
93
3
88
7
16
0
75
1.02
66875608--66875680
24
3.0
24
87
2
92
6
19
0
73
1.04
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
66879131--66879438
40
7.7
40
95
0
535
21
26
20
31
1.98
66899625--66899810
79
2.3
82
84
6
247
26
27
22
23
1.99
66899625--66899810
40
4.6
41
84
7
231
26
27
22
23
1.99
66912421--66912458
20
1.9
20
88
0
58
36
2
10
50
1.51
66913032--66913178
74
2.0
74
97
0
276
25
24
8
40
1.84
66924921--66925030
42
2.8
37
75
20
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30
28
17
24
1.97
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4.3
71
100
0
612
19
28
17
35
1.94
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34
2.0
34
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0
100
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7
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1.81
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48
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5
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17
22
1.96
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2.8
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4
153
25
16
24
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1.95
66972337--66972420
44
1.9
43
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2
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17
20
1.96
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13
2.9
13
100
0
76
39
28
0
31
1.57
66975191--66975330
67
2.1
68
87
5
203
20
28
20
30
1.97
66975298--66975357
27
2.3
26
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2
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21
23
20
35
1.96
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2.6
96
97
1
462
22
26
19
31
1.97
66975394--66975453
27
2.3
26
85
2
75
21
23
20
35
1.96
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67
2.4
67
97
0
306
16
27
25
30
1.96
66984118--66984375
72
3.6
72
100
0
516
44
13
5
35
1.68
66994301--66994338
19
1.9
19
89
5
58
71
2
0
26
1.00
66994308--66994376
20
3.1
22
81
10
70
76
1
1
20
0.94
66994322--66994375
15
3.6
15
80
14
67
77
1
1
18
0.95
66994324--66994376
22
2.5
20
87
9
70
79
1
1
16
0.92
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
66994344--66994376
13
2.4
14
95
5
59
81
0
3
15
0.80
67000480--67000797
47
6.8
46
83
11
405
31
30
15
22
1.95
67000482--67000797
94
3.4
94
100
0
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30
15
23
1.95
67009374--67009447
36
2.1
36
94
0
130
29
16
1
52
1.52
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51
2.1
51
94
0
183
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21
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1.93
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7
61
78
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0
11
0.95
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45
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0
120
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1.87
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32
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0
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23
11
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1.91
67019355--67019454
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3.6
28
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10
123
25
29
18
28
1.98
67019355--67019481
56
2.3
56
88
2
184
24
30
18
26
1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          321   322