genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.245.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81495777--81496470	127	5.5	126	82	5	650	37	18	15	27	1.92
81495864--81496479	257	2.4	254	82	5	731	37	18	15	28	1.92
81495777--81496479	128	5.5	126	82	4	682	37	18	15	28	1.92
81496911--81496943	17	1.9	17	93	0	57	78	0	3	18	0.87
81500541--81500582	19	2.2	19	91	0	66	28	0	2	69	1.01
81500527--81500575	10	5.0	10	80	5	55	32	2	2	63	1.17
81509182--81509360	27	6.6	27	83	5	173	29	27	15	27	1.96
81509203--81509358	82	1.9	81	85	3	215	28	27	16	27	1.97
81514975--81515094	40	3.0	40	96	0	213	30	24	20	24	1.99
81522592--81522679	40	2.2	40	91	0	140	32	20	20	26	1.97
81527994--81528031	19	2.0	19	85	10	51	2	13	0	84	0.73
81527996--81528025	7	4.1	7	95	4	51	0	13	0	86	0.57
81529827--81529856	16	1.9	16	93	6	53	36	30	0	33	1.58
81530022--81530181	42	3.8	42	80	3	169	28	27	13	30	1.94
81534281--81534456	46	3.8	46	73	14	164	21	20	28	30	1.98
81534277--81534449	93	1.9	93	90	2	276	21	20	28	28	1.98
81540096--81540257	42	3.8	42	82	1	198	25	21	16	35	1.94
81543490--81543652	43	3.8	43	84	2	195	29	15	25	30	1.96
81547145--81547258	42	2.7	43	86	1	149	24	15	27	32	1.96
81548128--81548153	13	2.0	13	100	0	52	30	0	15	53	1.42
81553714--81553934	46	4.8	46	97	1	399	20	20	28	30	1.97
81561539--81561626	44	2.0	44	97	0	167	35	15	19	29	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81561960--81562133	46	3.8	46	78	13	203	20	20	29	29	1.98
81561955--81562126	93	1.8	93	93	0	299	20	20	29	29	1.98
81564607--81564670	29	2.2	28	79	15	69	68	1	7	21	1.23
81567379--81567428	9	5.7	9	77	13	50	64	2	0	34	1.05
81574604--81574644	3	13.3	3	94	5	73	31	0	0	68	0.90
81574602--81574644	22	2.0	22	100	0	86	32	0	0	67	0.91
81574607--81574644	19	2.0	19	100	0	76	31	0	0	68	0.90
81576668--81576729	26	2.4	25	79	15	72	30	0	6	62	1.20
81578237--81578289	20	2.5	20	80	17	63	50	0	1	47	1.12
81578950--81579003	24	2.2	24	86	0	72	33	1	7	57	1.37
81583638--81583697	27	2.3	27	94	2	104	16	23	25	35	1.95
81590978--81591155	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
81590979--81591134	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
81590975--81591155	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
81599166--81599343	27	6.6	27	85	3	205	26	14	28	30	1.95
81599167--81599322	82	1.9	81	89	3	242	26	14	28	30	1.95
81599163--81599343	82	2.2	81	84	2	238	26	14	28	30	1.95
81602551--81602628	28	2.8	28	76	1	68	38	19	17	24	1.93
81602765--81602828	27	2.4	27	81	5	76	17	21	23	37	1.94
81603371--81603415	23	2.0	23	95	0	81	15	20	22	42	1.89
81603378--81603479	23	4.4	23	78	7	98	23	19	19	37	1.94
81603621--81603705	20	4.3	20	87	1	118	36	5	15	42	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81606638--81606807	46	3.7	46	76	12	168	28	20	30	20	1.97
81614303--81614367	32	2.0	32	100	0	130	21	26	24	27	1.99
81619563--81619747	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
81619544--81619747	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
81627305--81627334	15	1.9	16	93	6	53	6	23	0	70	1.11
81628232--81628340	46	2.4	44	84	7	130	33	16	25	24	1.96
81628138--81628340	93	2.2	91	80	8	207	31	17	29	22	1.97
81635164--81635188	10	2.5	10	100	0	50	12	8	16	64	1.49
81635566--81635612	20	2.2	21	85	11	69	21	27	29	21	1.98
81635572--81635611	20	2.0	20	95	0	71	15	27	35	22	1.94
81642658--81642739	42	2.0	42	85	0	110	31	12	24	31	1.92
81645501--81645665	49	3.5	47	80	8	151	27	30	18	24	1.98
81645498--81645765	46	5.7	46	78	9	233	26	29	17	26	1.98
81652689--81653008	48	6.7	48	73	8	267	25	19	30	24	1.98
81652676--81652958	144	2.0	144	80	4	329	25	18	30	25	1.98
81660148--81660341	100	1.9	101	91	1	318	30	26	18	25	1.98
81665981--81666247	48	5.6	48	80	3	281	27	20	30	21	1.98
81667675--81667827	48	3.3	48	83	5	192	24	26	23	25	2.00
81667756--81667853	42	2.3	43	92	3	171	22	22	25	29	1.99
81671809--81671848	15	2.7	15	96	3	73	25	32	22	20	1.98
81686744--81686928	40	4.7	40	81	5	178	27	28	20	24	1.99
81686711--81686928	40	5.5	39	77	7	165	25	27	20	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81698111--81698319	47	4.6	48	70	16	176	31	14	22	32	1.94
81698154--81698355	84	2.4	85	89	3	318	31	14	23	31	1.94
81698154--81698392	84	2.8	83	87	4	257	30	12	23	32	1.93
81710996--81711157	47	3.6	47	79	14	207	30	15	23	30	1.95
81711041--81711202	38	4.0	38	78	13	171	30	16	24	29	1.96
81710996--81711192	85	2.3	85	96	0	367	30	15	24	29	1.96
81714785--81714848	31	2.1	31	96	0	119	39	21	14	25	1.91
81717433--81717510	27	2.9	27	92	0	120	29	21	10	38	1.87
81717388--81717546	27	5.9	27	78	4	106	35	22	8	33	1.84
81717487--81717599	54	2.1	54	80	3	120	40	23	7	29	1.80
81717501--81717693	27	7.2	27	80	8	178	41	20	8	29	1.81
81717528--81717708	27	6.8	27	80	8	183	41	21	8	28	1.83
81717644--81717705	26	2.4	27	86	5	83	41	20	8	29	1.81
81718463--81718522	27	2.3	26	82	2	66	23	21	20	35	1.96
81721828--81722015	42	4.5	42	90	0	295	22	20	25	31	1.98
81721782--81722015	84	2.8	83	84	2	297	23	20	25	31	1.98
81723800--81724043	122	2.0	122	98	0	470	24	23	24	28	2.00
81727852--81728111	27	9.7	27	79	5	260	38	20	10	30	1.86
81727852--81728111	54	4.8	54	82	5	303	38	20	10	30	1.86
81728090--81728154	27	2.4	27	84	0	85	35	16	20	27	1.94
81737096--81737161	23	2.9	23	82	8	89	42	19	18	19	1.90
81738802--81738879	41	1.9	41	84	5	104	15	20	33	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81742782--81743005	40	5.6	40	85	6	292	26	26	22	24	2.00
81742782--81743005	83	2.8	80	86	4	299	26	26	22	24	2.00
81750687--81750927	47	5.1	47	93	0	392	26	28	11	33	1.91
81751270--81751554	144	2.0	142	97	1	534	31	21	11	35	1.89
81755235--81755426	40	4.8	40	86	0	276	24	26	22	26	2.00
81756916--81757094	48	3.7	48	98	0	340	30	26	7	35	1.84
81757110--81757181	22	3.1	22	64	24	58	23	29	13	33	1.93
81757064--81757210	47	3.1	47	92	0	222	27	27	10	34	1.89
81760136--81760359	40	5.6	40	88	6	301	27	26	22	24	2.00
81760136--81760359	83	2.8	83	89	4	336	27	26	22	24	2.00
81761543--81761590	20	2.4	20	100	0	96	50	10	4	35	1.56
81780610--81780657	25	1.9	25	86	0	69	37	25	12	25	1.91
81780705--81780760	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
81780694--81780760	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
81780811--81780859	23	2.1	23	96	0	89	32	20	18	28	1.96
81781074--81781137	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
81787278--81787396	60	2.0	60	94	0	211	32	16	22	27	1.96
81789064--81789119	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
81789053--81789119	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
81789169--81789270	23	4.4	24	83	6	122	29	16	22	31	1.96
81789478--81789541	31	2.1	31	90	0	101	37	14	23	25	1.92
81815883--81816058	88	2.0	88	97	0	334	29	6	23	40	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81816515--81816597	31	2.7	31	92	3	134	28	25	15	30	1.96
81816790--81816861	25	3.0	23	82	10	72	27	22	20	29	1.99
81816817--81816882	25	2.6	25	90	0	96	27	24	25	22	2.00
81816847--81816918	36	2.0	36	88	0	108	26	26	27	19	1.99
81816883--81816947	25	2.6	25	90	0	94	24	23	24	27	2.00
81816823--81816943	61	2.0	61	98	0	233	25	24	26	23	2.00
81817208--81817324	59	2.0	59	94	0	207	29	23	13	34	1.93
81817799--81817876	27	2.9	27	73	17	81	20	17	21	39	1.92
81817925--81818002	29	2.8	28	74	18	81	34	5	15	44	1.68
81817894--81818131	54	4.4	54	73	6	176	30	8	19	40	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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