genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.244.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81201783--81201840	5	10.8	5	85	10	71	18	20	0	60	1.36
81201784--81201841	28	2.1	27	93	3	98	17	20	0	62	1.33
81201783--81201840	22	2.7	21	85	12	82	18	20	0	60	1.36
81201784--81201870	28	3.1	28	85	6	97	18	17	1	63	1.38
81201860--81201951	20	4.5	19	73	18	62	26	7	1	65	1.26
81201895--81201963	23	2.9	23	82	10	77	23	8	1	66	1.27
81201912--81201986	23	3.3	22	83	7	78	25	13	0	61	1.32
81201931--81201986	12	4.9	11	72	14	51	25	16	0	58	1.37
81204421--81204637	46	4.7	46	81	7	253	29	20	28	22	1.98
81204653--81204773	50	2.5	49	80	11	133	28	17	27	26	1.97
81204421--81204874	46	9.7	47	73	11	233	28	19	27	24	1.98
81205914--81205963	21	2.4	21	96	3	93	12	40	28	20	1.87
81212177--81212228	26	2.0	26	96	0	95	26	21	30	21	1.98
81212333--81213242	146	6.2	146	100	0	1820	24	18	30	25	1.98
81215583--81215758	88	2.0	90	86	3	248	57	11	3	27	1.50
81221607--81221636	6	5.0	6	100	0	60	83	0	0	16	0.65
81222369--81222422	15	3.6	15	92	0	90	16	18	5	59	1.56
81222364--81222426	15	3.8	18	70	25	57	14	20	4	60	1.52
81225439--81225516	39	2.0	38	95	2	138	28	12	32	25	1.92
81229371--81229440	35	2.0	35	91	0	113	35	14	30	20	1.92
81232931--81233095	90	1.8	90	89	2	260	32	15	18	33	1.92
81233020--81233572	73	7.1	74	78	12	479	31	16	18	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81233036--81234202	182	7.0	155	84	8	803	31	15	18	34	1.92
81233503--81234253	91	8.4	91	92	2	1141	31	15	17	35	1.92
81235219--81235272	15	3.6	15	92	0	90	16	18	5	59	1.56
81235953--81235985	16	2.0	17	88	5	50	30	0	6	63	1.18
81240951--81241200	125	2.0	125	96	0	464	40	18	8	32	1.81
81251827--81251881	28	2.0	28	85	7	76	14	27	34	23	1.94
81252616--81252652	4	9.2	4	100	0	74	24	0	24	51	1.49
81266209--81266359	79	1.9	79	82	5	189	43	9	15	31	1.80
81271114--81271139	11	2.4	11	100	0	52	0	7	0	92	0.39
81277605--81277674	25	2.8	25	86	0	95	31	21	22	24	1.98
81282835--81283457	92	6.8	91	87	2	746	26	18	18	36	1.94
81282734--81283361	184	3.4	183	85	2	801	26	18	17	36	1.94
81282728--81283357	275	2.3	278	84	2	813	27	19	17	36	1.94
81282629--81283359	44	15.9	44	68	13	242	27	18	17	36	1.94
81285878--81286033	42	3.7	42	81	1	159	30	23	16	30	1.96
81291448--81291559	41	2.7	41	77	4	109	31	14	26	27	1.95
81303912--81303951	17	2.3	17	86	4	53	45	2	5	47	1.38
81304696--81304730	9	3.9	9	96	0	61	54	2	0	42	1.15
81308070--81308128	29	2.0	29	100	0	118	38	10	6	44	1.65
81308652--81308707	27	2.1	27	93	0	94	39	17	14	28	1.89
81308851--81308881	14	2.2	14	94	0	53	19	6	38	35	1.77
81308877--81308967	37	2.6	35	81	10	98	35	0	32	31	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81309034--81309184	41	3.7	41	74	2	144	17	23	16	43	1.88
81313194--81313377	40	4.7	40	80	11	186	25	21	27	25	2.00
81313246--81313410	79	2.1	79	81	8	185	26	20	27	25	1.99
81321223--81321254	13	2.4	14	85	15	50	43	28	0	28	1.55
81333252--81333354	51	2.0	51	98	0	197	36	18	9	34	1.84
81333475--81333602	64	2.0	64	100	0	256	25	28	21	25	1.99
81333551--81333971	40	10.5	40	87	2	499	25	27	22	24	2.00
81334279--81334357	29	2.7	29	84	5	97	26	31	15	26	1.95
81336264--81336342	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
81336460--81336568	49	2.3	47	93	4	182	30	30	7	32	1.85
81336839--81336896	24	2.5	23	81	16	66	32	5	0	62	1.18
81344653--81344730	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
81344683--81345009	173	1.9	174	93	0	566	29	14	24	31	1.94
81347492--81347596	33	3.2	33	63	10	90	32	12	33	21	1.91
81347484--81347611	64	2.0	64	98	0	247	30	14	32	23	1.94
81358043--81358069	13	2.1	13	100	0	54	51	7	14	25	1.68
81358325--81358952	94	6.7	94	78	6	463	35	16	19	28	1.94
81358371--81358542	50	3.6	49	70	15	151	33	16	19	30	1.95
81358325--81358949	188	3.3	183	78	7	526	35	16	19	28	1.94
81358420--81358945	184	2.8	183	79	6	520	35	16	19	28	1.94
81358300--81358956	278	2.3	280	79	5	632	35	16	19	28	1.94
81368537--81368656	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81369779--81370047	40	6.8	40	81	7	316	25	21	28	25	1.99
81369837--81370045	79	2.6	79	95	2	366	24	22	28	24	1.99
81371838--81371879	16	2.5	17	85	11	52	71	7	7	14	1.29
81391222--81391252	14	2.2	14	94	0	53	41	16	6	35	1.74
81391855--81391923	28	2.4	29	90	2	104	14	33	0	52	1.42
81395298--81395365	30	2.3	30	76	0	73	35	23	7	33	1.83
81396992--81397163	94	1.8	92	81	7	213	23	27	19	29	1.98
81404576--81404708	49	2.7	52	82	9	168	23	31	18	27	1.97
81404585--81404847	138	1.9	143	84	6	358	25	29	17	27	1.97
81404585--81404888	140	2.1	141	82	5	346	25	28	18	28	1.98
81412135--81412179	18	2.5	18	92	0	72	20	15	37	26	1.92
81425269--81426184	93	9.8	93	99	0	1753	22	18	29	30	1.97
81431555--81431770	41	5.3	41	87	2	299	19	20	30	29	1.97
81432091--81432127	14	2.6	14	95	0	65	18	0	35	45	1.50
81432288--81432417	61	2.1	62	91	2	208	29	0	23	46	1.57
81432295--81432432	63	2.2	61	88	5	197	28	0	23	46	1.58
81434364--81434591	43	5.3	43	85	3	280	20	19	29	31	1.97
81434364--81434610	85	2.9	84	82	1	296	21	19	28	30	1.97
81436098--81436142	23	2.0	23	82	8	56	53	4	4	37	1.41
81437452--81437694	126	1.9	125	94	0	423	28	18	15	37	1.91
81441189--81441233	21	2.1	21	84	8	56	37	17	24	20	1.93
81443761--81443832	5	14.0	5	74	18	51	75	4	20	0	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81443750--81443816	27	2.5	27	80	11	84	77	2	17	1	0.97
81443751--81443831	25	3.1	25	81	10	83	76	3	18	1	1.00
81443773--81443816	17	2.8	16	83	10	54	79	2	18	0	0.83
81443762--81443832	11	6.8	11	74	19	55	74	4	21	0	0.98
81457509--81457547	11	3.4	11	85	7	51	28	0	30	41	1.57
81457498--81457547	24	2.1	23	82	10	57	26	2	34	38	1.68
81457855--81457891	19	2.0	18	94	5	65	32	0	0	67	0.91
81457863--81457893	14	2.2	14	94	0	53	32	0	0	67	0.91
81458356--81458598	126	1.9	125	94	0	432	29	18	14	37	1.91
81460174--81460232	21	2.6	23	84	7	77	62	6	0	30	1.21
81461181--81461213	11	3.1	11	86	4	50	57	0	42	0	0.98
81461294--81461329	10	3.5	11	92	7	58	13	0	0	86	0.58
81461754--81461797	18	2.5	18	96	3	81	13	0	38	47	1.43
81462417--81462627	88	2.4	88	99	0	413	37	20	14	27	1.91
81462561--81463004	74	5.9	75	85	5	578	31	21	17	29	1.96
81462558--81463002	147	3.0	148	89	3	651	32	21	17	28	1.96
81475056--81475088	11	3.2	11	87	12	52	57	6	0	36	1.23
81475214--81475279	22	3.2	19	74	18	51	57	4	3	34	1.34
81475409--81475467	21	2.6	23	78	7	68	61	6	1	30	1.32
81475579--81475621	17	2.4	18	88	3	61	60	2	2	34	1.22
81475578--81475618	18	2.5	17	81	14	50	60	2	2	34	1.23
81476720--81477284	127	4.4	127	80	6	563	38	18	15	27	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81479576--81479914	45	7.6	45	74	8	264	28	21	18	30	1.97
81479500--81479953	134	3.4	134	72	11	417	29	20	18	31	1.97
81482718--81483089	132	2.8	132	85	2	480	28	20	16	34	1.95
81482728--81483170	132	3.4	129	82	5	476	28	20	17	33	1.95
81483804--81483932	45	2.9	45	89	1	197	26	24	18	30	1.98
81483680--81484326	134	4.9	132	74	13	484	28	21	19	29	1.98
81483942--81484126	45	4.1	45	66	18	143	29	21	19	29	1.98
81484433--81484559	64	2.0	64	95	3	229	36	15	17	30	1.91
81493929--81493972	20	2.2	20	100	0	88	4	40	20	34	1.73
81493929--81493976	10	4.8	10	81	0	60	4	41	18	35	1.70

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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