genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.149.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48933896--48933974	29	2.7	29	82	5	79	60	10	11	17	1.57
48937628--48937658	16	1.9	16	93	0	53	38	0	0	61	0.96
48939252--48939291	21	2.0	20	90	5	62	22	0	20	57	1.41
48941225--48941264	21	2.0	20	90	5	62	35	0	22	42	1.54
48941230--48941272	21	2.1	21	83	12	54	32	2	20	44	1.65
48942814--48942857	20	2.2	20	84	12	54	45	13	9	31	1.75
48946213--48946353	72	2.0	72	97	0	264	32	16	23	27	1.96
48955086--48955136	25	2.0	25	100	0	102	43	11	7	37	1.71
48955548--48955818	48	5.6	48	84	1	310	25	16	30	26	1.97
48955743--48955847	48	2.2	48	84	3	131	30	19	25	24	1.98
48955743--48955860	48	2.5	48	83	2	130	30	16	27	25	1.97
48956402--48956469	29	2.3	29	82	5	73	29	17	4	48	1.67
48959708--48959755	21	2.3	21	100	0	96	41	4	18	35	1.70
48960431--48960598	46	3.6	46	78	10	164	27	18	30	22	1.97
48962583--48962676	44	2.2	44	82	3	111	20	30	27	21	1.98
48962603--48962680	22	3.5	22	94	0	138	15	29	28	26	1.96
48966859--48966925	33	2.0	33	100	0	134	17	17	17	46	1.85
48969870--48969907	19	2.0	20	94	5	69	34	5	10	50	1.59
48970442--48970499	21	2.8	21	94	0	107	18	31	36	13	1.90
48970516--48970569	26	2.1	26	89	6	83	20	37	24	18	1.94
48984537--48984648	32	3.6	32	71	16	117	41	17	6	33	1.75
48984547--48984798	61	4.1	61	90	0	380	39	17	8	34	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48988568--48988659	39	2.3	39	88	5	132	25	28	22	23	2.00
48988549--48988712	40	4.1	40	80	10	176	24	27	23	25	2.00
48995375--48995559	79	2.3	82	80	8	211	25	27	21	24	1.99
48995356--48995559	40	5.1	40	78	8	211	25	27	21	25	1.99
49001506--49001631	19	6.9	18	85	5	157	35	14	11	38	1.83
49001506--49001619	35	3.2	35	92	3	183	36	14	11	37	1.82
49002024--49002816	207	3.8	207	92	0	1284	29	22	17	30	1.97
49002822--49003019	82	2.4	79	84	8	197	25	22	21	29	1.99
49003969--49004002	8	4.1	8	92	7	59	0	14	0	85	0.60
49003975--49004032	23	2.6	21	84	15	80	3	13	1	81	0.91
49005509--49005534	10	2.6	10	100	0	52	0	7	0	92	0.39
49008148--49009092	40	23.6	40	98	0	1800	22	29	20	27	1.98
49017324--49017550	40	5.7	40	92	0	382	21	28	20	29	1.98
49021926--49022164	122	2.0	122	97	0	451	37	15	14	32	1.88
49022380--49022955	289	2.0	288	95	0	1044	46	12	17	24	1.82
49023013--49023191	18	9.9	18	88	4	238	36	15	11	36	1.83
49023013--49023191	35	5.0	36	90	4	256	36	15	11	36	1.83
49023013--49023191	53	3.3	54	90	5	274	36	15	11	36	1.83
49023613--49023719	17	5.9	18	85	5	137	35	14	12	37	1.84
49023613--49023707	35	2.7	35	93	1	163	36	14	11	36	1.83
49024395--49024447	23	2.4	21	84	12	70	33	3	3	58	1.34
49027757--49027914	79	2.0	79	100	0	316	41	12	16	29	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49028353--49028435	44	1.9	43	85	2	112	34	25	18	21	1.96
49040822--49040911	28	3.2	28	82	3	108	27	32	11	28	1.91
49041135--49041165	16	1.9	16	93	0	53	9	22	19	48	1.78
49045307--49045331	4	6.2	4	100	0	50	52	0	0	48	1.00
49045404--49045497	28	3.3	28	83	2	116	29	29	13	26	1.94
49045714--49045746	16	2.1	16	94	0	57	9	18	27	45	1.79
49074610--49074654	20	2.3	19	85	7	63	26	13	28	31	1.94
49074645--49074783	60	2.3	59	84	8	165	26	20	26	26	1.99
49079143--49079187	20	2.3	19	85	7	63	26	13	28	31	1.94
49081694--49081899	47	4.4	47	86	3	281	32	9	29	28	1.88
49082018--49082096	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
49086846--49087067	40	5.6	40	92	1	358	22	22	26	27	1.99
49094530--49094691	87	1.9	87	100	0	324	35	11	19	33	1.87
49095227--49095448	40	5.6	40	89	1	331	23	22	25	27	2.00
49102246--49102281	9	4.0	9	89	10	56	55	0	0	44	0.99
49103469--49103498	15	2.1	14	93	6	51	26	13	26	33	1.93
49104458--49104655	27	7.3	27	89	2	272	28	24	7	39	1.82
49104659--49104810	27	5.6	27	82	3	119	40	21	9	28	1.85
49104654--49104809	54	2.9	54	83	5	165	39	19	10	29	1.86
49104687--49104836	81	1.9	81	87	5	223	42	20	8	29	1.81
49104687--49104838	27	5.7	26	83	7	180	41	21	7	29	1.81
49104847--49104903	27	2.1	27	87	6	80	42	10	10	36	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49105828--49105897	25	2.8	25	88	0	104	27	24	22	25	2.00
49105827--49105922	25	3.9	24	78	9	86	28	22	22	26	1.99
49106117--49106230	31	3.7	30	87	9	160	29	15	25	28	1.96
49108127--49108323	27	7.3	27	82	2	225	27	22	9	40	1.84
49108127--49108323	54	3.6	54	86	2	261	27	22	9	40	1.84
49108127--49108294	82	2.1	81	87	1	237	27	23	8	40	1.84
49108357--49108507	27	5.6	27	79	6	164	40	21	8	29	1.83
49108329--49108507	54	3.3	54	78	6	141	40	20	10	29	1.85
49108357--49108505	81	1.8	81	87	5	221	40	20	8	30	1.82
49108517--49108573	27	2.1	27	83	6	71	40	12	10	36	1.77
49109499--49109568	25	2.8	25	88	0	104	27	24	22	25	2.00
49109498--49109593	25	3.9	24	78	9	86	28	22	22	26	1.99
49109789--49109902	31	3.7	31	91	6	189	29	14	26	28	1.95
49116614--49116656	18	2.4	18	88	0	59	44	9	27	18	1.80
49116718--49116777	30	2.0	30	90	0	93	10	13	41	35	1.78
49124459--49124636	27	6.6	27	77	6	137	30	28	15	25	1.96
49124459--49124636	54	3.3	54	78	7	164	30	28	15	25	1.96
49133876--49133949	24	3.1	24	90	0	121	31	1	43	24	1.63
49134933--49134962	8	3.8	8	90	0	51	50	23	23	3	1.64
49135343--49135453	27	4.1	27	84	1	134	16	25	20	37	1.93
49141107--49141252	31	4.7	31	93	0	249	29	26	15	28	1.96
49141276--49141409	42	3.2	42	98	0	259	33	20	14	31	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49142506--49142741	27	8.7	27	79	5	183	31	8	19	40	1.82
49142774--49142971	27	7.3	27	88	0	261	39	7	23	29	1.81
49150408--49150454	25	1.9	23	83	12	58	31	2	23	42	1.66
49150663--49150705	22	2.0	22	85	0	59	13	25	20	39	1.90
49155962--49156016	28	2.0	28	92	7	94	25	38	14	21	1.92
49157210--49157253	22	2.0	22	86	0	61	56	0	0	43	0.99
49172291--49172345	21	2.6	21	88	0	83	23	9	38	29	1.85
49178436--49178564	7	18.1	7	70	12	66	37	40	0	21	1.54
49178439--49178526	21	4.1	21	75	7	79	37	39	0	22	1.55
49178609--49178653	14	3.2	14	83	0	63	48	22	0	28	1.50
49178820--49178920	41	2.5	41	90	0	157	17	20	25	35	1.95
49178820--49178940	41	3.0	41	80	13	142	18	22	24	34	1.96
49181069--49181120	3	17.7	3	84	4	52	57	0	7	34	1.27
49181063--49181120	15	3.7	15	74	14	55	58	0	6	34	1.25
49184343--49184396	24	2.2	24	83	9	65	25	18	16	38	1.92
49188057--49188090	17	2.0	17	94	0	59	29	2	0	67	1.05
49189433--49189483	19	2.6	20	78	6	68	62	0	1	35	1.06
49189480--49189545	20	3.5	19	80	10	64	50	0	4	45	1.22
49189480--49189545	19	3.5	19	83	8	73	50	0	4	45	1.22
49189492--49189545	19	2.7	20	85	8	74	46	0	3	50	1.19
49189537--49189589	9	5.9	9	73	8	54	66	1	1	30	1.13
49189441--49189589	19	7.3	20	65	21	60	57	0	3	38	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49189797--49189902	9	11.7	9	70	16	58	32	2	2	62	1.24
49189981--49190194	90	2.5	89	81	6	242	30	8	20	40	1.82
49200120--49200159	21	1.9	21	89	0	62	40	5	2	52	1.37
49200390--49200562	59	2.9	60	83	4	206	40	13	4	41	1.65
49205642--49205711	28	2.5	28	86	4	97	32	25	14	27	1.94
49222241--49222442	101	2.0	101	99	0	395	23	20	14	41	1.90
49227803--49227984	40	4.7	39	80	9	194	26	21	26	24	2.00
49228413--49228537	60	2.1	61	95	1	225	27	23	18	31	1.97
49235433--49235616	79	2.3	81	83	7	225	25	22	26	25	2.00
49235433--49235616	40	4.6	40	83	6	223	25	22	26	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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