genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.89.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28867914--28868076	43	3.8	42	76	11	143	23	15	26	33	1.95
28869910--28870029	38	3.0	40	80	13	122	20	20	25	34	1.97
28870982--28871011	13	2.3	13	94	0	51	40	0	10	50	1.36
28874295--28874404	40	2.8	41	83	6	138	25	24	27	22	2.00
28881821--28881930	40	2.8	41	84	6	138	24	23	28	23	2.00
28886936--28886997	18	3.4	18	77	18	74	53	16	12	17	1.73
28886953--28887030	31	2.5	31	91	2	120	52	14	14	19	1.74
28886936--28887007	6	11.8	6	73	19	60	50	16	13	19	1.79
28887131--28887286	67	2.3	67	91	0	240	30	21	28	19	1.98
28887589--28887888	81	3.7	81	91	0	476	24	21	18	36	1.95
28887585--28887888	27	11.3	27	90	0	419	24	20	19	36	1.95
28887842--28888266	27	15.8	26	79	4	348	32	10	19	38	1.85
28887630--28887918	54	5.4	54	74	9	193	25	19	19	36	1.95
28887909--28888266	27	13.3	27	84	0	394	31	9	19	39	1.83
28889608--28889779	93	1.8	93	94	0	308	27	30	20	20	1.98
28889601--28889776	46	3.8	46	78	12	207	28	30	20	20	1.98
28892126--28892167	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
28892212--28892258	17	2.9	16	78	18	53	46	2	6	44	1.40
28892231--28892264	17	2.0	17	94	0	59	50	0	5	44	1.26
28892297--28892490	92	2.1	91	88	5	284	46	4	4	44	1.41
28893889--28893915	11	2.5	11	100	0	54	51	18	7	22	1.70
28896098--28896128	15	2.1	15	100	0	62	45	0	19	35	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28904449--28904620	46	3.7	46	80	13	217	29	29	19	20	1.97
28904456--28904627	93	1.8	93	96	0	317	28	29	20	21	1.98
28907394--28907499	27	3.9	26	85	9	133	16	25	22	34	1.95
28907394--28907503	54	2.0	54	87	6	161	16	25	21	36	1.94
28908472--28908503	16	2.0	16	93	0	55	59	12	3	25	1.48
28911423--28911532	54	2.0	54	86	6	152	15	26	22	35	1.94
28911423--28911529	27	3.9	27	84	11	130	15	26	23	34	1.95
28919307--28919418	27	4.2	26	82	10	118	17	25	21	35	1.95
28920615--28920931	27	11.7	27	85	4	399	28	18	17	35	1.94
28920615--28920931	54	5.9	54	89	1	447	28	18	17	35	1.94
28922097--28922248	43	3.5	43	77	10	123	23	19	25	31	1.98
28922134--28922215	42	1.9	43	87	7	123	20	19	25	34	1.96
28925165--28925349	79	2.3	82	84	7	238	24	27	23	24	2.00
28925165--28925349	40	4.7	39	83	9	223	24	27	23	24	2.00
28952166--28952227	28	2.2	29	88	2	90	30	32	11	25	1.91
28953565--28953621	28	2.0	28	100	0	114	24	21	21	33	1.97
28962438--28962613	47	3.8	47	79	13	227	22	19	28	28	1.98
28962491--28962666	46	3.8	46	78	12	216	19	20	30	29	1.97
28962445--28962658	93	2.3	93	95	0	392	21	20	29	28	1.98
28968099--28968364	46	5.7	46	71	15	206	21	19	29	29	1.98
28968148--28968308	47	3.4	47	72	17	163	21	19	29	29	1.98
28968092--28968354	93	2.8	93	92	0	436	22	20	29	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28981318--28981364	18	2.6	18	86	0	67	4	17	4	74	1.14
28995060--28995098	21	1.9	21	84	5	53	46	10	7	35	1.67
28998902--28998964	20	3.2	20	93	0	99	15	41	25	17	1.89
29004789--29004975	40	4.7	40	98	0	338	31	23	22	22	1.99
29012981--29013132	40	3.8	40	85	2	162	26	27	20	25	1.99
29016945--29017667	47	15.4	47	93	0	1131	31	8	32	27	1.86
29017235--29017310	22	3.3	22	66	16	64	32	10	30	26	1.90
29017423--29017545	22	5.3	22	62	18	61	31	10	30	26	1.90
29019522--29019791	40	6.8	40	94	0	479	20	22	31	25	1.98
29020037--29020087	25	2.0	25	81	7	59	33	13	31	21	1.92
29023733--29024172	47	9.4	47	90	2	670	32	8	30	27	1.87
29025493--29025542	12	4.2	12	82	5	57	56	12	12	20	1.67
29025493--29025542	24	2.1	24	85	7	66	56	12	12	20	1.67
29025502--29025592	25	3.7	25	80	4	96	51	10	16	20	1.74
29025710--29025817	27	4.0	26	84	5	126	37	21	22	18	1.94
29025976--29026040	22	3.0	22	80	8	78	30	23	26	20	1.98
29026428--29026614	27	7.0	27	83	2	234	25	20	19	34	1.96
29026432--29026622	107	1.8	105	84	4	242	26	19	18	35	1.95
29052608--29052943	27	12.4	27	76	2	170	41	19	8	30	1.82
29052628--29052777	81	1.9	81	82	2	194	41	24	7	27	1.81
29052608--29052912	54	5.6	54	75	7	192	42	19	7	30	1.80
29052715--29052912	81	2.4	83	77	12	203	43	16	7	32	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29052732--29052942	83	2.6	81	77	7	219	42	17	7	32	1.77
29052973--29053037	27	2.4	27	81	0	76	33	15	24	26	1.95
29053180--29053233	27	2.0	27	85	7	74	16	24	20	38	1.92
29055090--29055267	27	6.6	27	82	3	196	26	15	28	29	1.96
29055090--29055267	54	3.3	55	82	5	218	26	15	28	29	1.96
29055091--29055246	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
29055087--29055267	82	2.2	81	83	2	229	26	15	28	29	1.96
29064793--29064875	33	2.8	29	82	12	96	21	24	26	27	1.99
29064815--29064926	33	3.4	33	84	0	152	26	21	24	27	1.99
29065323--29065380	30	1.9	30	82	0	71	34	12	24	29	1.91
29065828--29065885	30	1.9	30	82	0	71	34	12	24	29	1.91
29065260--29066269	505	2.0	505	100	0	2020	35	14	20	30	1.92
29066224--29066563	47	7.3	45	72	12	249	27	20	29	22	1.99
29066227--29067044	94	8.8	92	70	12	442	28	19	28	23	1.98
29066224--29066564	141	2.4	138	77	11	318	27	21	29	21	1.99
29066683--29067045	47	7.8	45	73	12	277	26	20	29	22	1.99
29066683--29067045	141	2.6	135	80	10	376	26	20	29	22	1.99
29066106--29067023	459	2.0	459	99	0	1818	28	18	27	24	1.98
29067445--29067558	57	2.0	57	98	0	219	28	8	21	41	1.83
29070300--29070336	18	2.1	18	100	0	74	45	21	5	27	1.73
29087992--29088155	40	4.1	40	90	2	224	23	21	29	25	1.99
29095251--29095456	40	5.2	40	93	0	342	23	21	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29097343--29097385	22	1.9	23	90	4	70	20	0	53	25	1.46
29101975--29102051	40	1.9	40	86	0	109	33	22	16	27	1.95
29101999--29102081	41	2.0	40	86	6	114	31	20	18	30	1.96
29104128--29104389	39	6.7	40	89	5	342	24	28	22	24	2.00
29112420--29112489	27	2.6	26	95	2	95	31	28	12	27	1.93
29112420--29112517	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
29112968--29112997	2	15.0	2	92	0	51	46	0	3	50	1.18
29121843--29121952	40	2.7	40	77	8	132	31	27	15	25	1.96
29132210--29132257	21	2.2	23	88	7	73	27	10	12	50	1.73
29132013--29132446	221	2.0	221	99	0	852	27	13	19	40	1.88
29133982--29134017	17	2.1	17	90	10	56	47	11	5	36	1.63
29135163--29135188	5	5.2	5	100	0	52	0	0	19	80	0.71
29138296--29138541	45	5.5	44	87	0	258	28	21	13	36	1.91
29138325--29138542	45	4.9	45	90	1	305	29	22	13	34	1.92
29138283--29138585	135	2.3	133	79	6	333	27	20	14	37	1.91
29138508--29138629	46	2.7	46	81	6	133	20	19	16	43	1.88
29143842--29144210	193	1.9	193	100	0	738	38	11	20	29	1.88
29145109--29145365	55	4.8	53	73	9	195	36	16	24	21	1.94
29145116--29145316	108	1.8	110	87	4	300	35	17	24	22	1.95
29145556--29145586	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
29151293--29151353	30	2.0	30	84	6	79	39	4	24	31	1.77
29172038--29172213	45	4.0	45	86	3	234	24	28	22	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29173042--29173152	25	4.5	25	88	5	154	45	7	17	29	1.75
29185523--29185700	47	3.7	47	93	3	286	28	10	33	27	1.89
29185512--29185721	47	4.4	46	88	7	262	31	8	31	28	1.87
29193585--29193731	43	3.4	43	72	12	140	27	17	26	29	1.97
29193575--29193707	42	3.1	42	71	14	128	25	17	27	29	1.97
29193618--29193750	43	3.1	43	71	14	130	26	15	24	33	1.95
29193580--29193771	85	2.3	85	88	0	294	25	18	27	29	1.98
29193597--29193823	85	2.7	84	82	4	224	26	18	26	28	1.98
29200854--29201035	85	2.1	85	87	0	265	24	20	24	29	1.99
29204659--29204794	35	3.9	35	76	4	130	24	25	14	36	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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