genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.234.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77894973--77895144	79	2.2	79	82	3	211	24	21	28	25	1.99
77894920--77895142	40	5.6	39	80	8	200	25	21	27	25	1.99
77895000--77895177	79	2.2	80	81	2	198	24	21	28	24	1.99
77902883--77903092	40	5.3	39	89	4	242	25	21	27	25	1.99
77902830--77903092	120	2.2	120	82	4	309	25	21	27	25	1.99
77902831--77903127	80	3.7	80	81	6	230	26	21	27	24	1.99
77909429--77909613	79	2.3	82	83	9	231	25	27	22	24	2.00
77909410--77909613	40	5.1	40	78	12	215	25	26	22	25	2.00
77917417--77917600	40	4.6	40	80	10	207	25	27	22	24	2.00
77917384--77917601	79	2.8	81	80	11	238	25	27	21	25	1.99
77918729--77918960	56	4.1	56	98	0	446	22	21	9	45	1.81
77922708--77922922	101	2.1	100	86	0	295	16	32	26	24	1.96
77924197--77924265	26	2.7	25	84	6	102	33	7	21	37	1.81
77944453--77944597	54	2.7	54	91	3	220	17	24	22	35	1.95
77944456--77944615	27	5.9	27	79	12	159	18	24	21	35	1.95
77944456--77944615	81	2.0	81	81	9	193	18	24	21	35	1.95
77951295--77951338	23	2.0	22	86	13	63	54	2	9	34	1.44
77951295--77951338	22	2.0	23	86	4	63	54	2	9	34	1.44
77953481--77953535	27	2.0	27	89	6	85	23	23	30	21	1.99
77959422--77960362	49	19.3	49	98	0	1759	30	8	30	30	1.87
77962895--77963008	48	2.5	44	80	12	122	28	18	29	22	1.97
77962895--77963117	94	2.4	94	80	9	233	28	20	28	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77963669--77963697	13	2.2	13	100	0	58	55	13	0	31	1.39
77965120--77965163	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
77965258--77965286	15	1.9	15	100	0	58	41	0	0	58	0.98
77967589--77967725	60	2.3	59	85	8	170	28	20	25	25	1.99
77970150--77970190	6	6.8	6	100	0	82	85	0	0	14	0.60
77972688--77972776	44	2.0	44	86	0	124	25	16	19	38	1.92
77975668--77975696	13	2.2	13	100	0	58	55	13	0	31	1.39
77978737--77978765	14	2.1	14	100	0	58	55	20	6	17	1.65
77990537--77990612	40	1.9	40	83	5	100	28	27	13	30	1.94
78004671--78004728	30	1.9	30	96	0	107	22	37	22	17	1.93
78007435--78007531	50	1.9	50	97	0	185	17	12	26	43	1.85
78009531--78009578	15	3.1	15	81	6	51	66	4	0	29	1.10
78011662--78011723	30	2.1	30	90	6	99	58	12	3	25	1.50
78012812--78012882	13	5.5	13	86	0	79	36	26	9	26	1.88
78012806--78012882	39	2.0	39	86	0	109	33	27	9	29	1.88
78017936--78018013	6	12.8	6	70	17	54	47	14	17	20	1.82
78017957--78018015	31	1.9	31	86	6	84	44	13	20	22	1.86
78022476--78022543	33	2.1	33	94	0	118	23	25	14	36	1.93
78046856--78046938	31	2.7	31	83	10	118	27	25	14	32	1.95
78047158--78047227	25	2.8	25	88	0	104	25	22	24	27	2.00
78048144--78048256	27	4.2	27	78	6	122	30	6	21	42	1.77
78048106--78048248	54	2.6	54	80	4	153	31	8	20	39	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78048134--78048296	27	6.0	27	68	14	68	29	9	21	39	1.84
78048278--78048404	27	4.7	27	80	4	114	35	7	24	32	1.84
78051261--78051352	41	2.3	41	88	1	132	22	17	23	35	1.95
78055943--78056127	40	4.6	40	85	0	235	25	24	25	23	2.00
78055943--78056163	80	2.8	79	82	3	257	25	23	25	24	2.00
78058992--78059054	28	2.2	29	88	5	92	33	26	9	30	1.88
78059160--78059249	28	3.2	27	84	7	110	21	23	23	32	1.98
78059170--78059260	27	3.2	28	82	4	94	23	25	19	31	1.98
78059160--78059274	55	2.1	56	82	8	137	20	23	21	34	1.96
78059715--78059753	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
78060689--78060721	17	1.9	17	100	0	66	48	18	6	27	1.71
78063171--78063291	47	2.6	49	78	16	130	28	16	29	25	1.97
78063270--78063390	46	2.7	44	81	14	124	28	18	28	25	1.98
78077231--78077276	23	2.0	23	87	8	67	41	19	2	36	1.64
78080497--78080599	53	1.9	53	96	0	188	32	13	22	32	1.93
78084040--78084119	6	13.0	6	75	15	65	50	16	15	18	1.79
78084018--78084119	31	3.3	31	91	0	150	48	14	17	19	1.82
78084238--78084289	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
78084638--78084978	27	12.7	27	85	3	420	25	18	20	36	1.95
78084962--78085059	27	3.7	26	78	9	108	26	8	25	39	1.83
78085000--78085059	26	2.3	25	83	13	68	26	8	23	41	1.82
78086055--78086166	27	4.2	26	84	7	134	36	23	25	15	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78086055--78086166	54	2.1	54	86	3	154	36	23	25	15	1.93
78089929--78089991	6	10.3	6	74	16	58	49	14	15	20	1.80
78090432--78090842	27	15.2	27	87	2	556	26	18	18	36	1.94
78095445--78095602	29	5.4	29	84	6	178	20	24	12	42	1.87
78095421--78095630	87	2.4	86	83	4	278	22	23	12	40	1.88
78109557--78109887	163	2.0	163	95	0	592	34	12	19	32	1.90
78109955--78110159	100	2.0	101	96	0	376	32	17	23	26	1.96
78119625--78119879	55	4.8	53	76	10	211	37	15	24	22	1.93
78122985--78123060	25	3.0	25	74	1	80	35	23	22	18	1.96
78123198--78123251	27	2.0	28	82	7	67	31	20	20	27	1.97
78123499--78123532	18	1.9	18	88	5	52	20	38	17	23	1.93
78131196--78131354	43	3.7	43	82	12	193	23	20	25	30	1.98
78137958--78138040	31	2.7	31	88	3	134	27	26	14	31	1.95
78138260--78138329	25	2.8	25	86	0	95	27	21	24	27	1.99
78139136--78139213	27	2.9	26	74	14	77	21	19	20	38	1.94
78139260--78139549	54	5.3	54	74	6	194	32	7	18	41	1.78
78139231--78139467	81	2.9	81	74	7	212	31	8	18	41	1.80
78139233--78139549	27	11.7	27	76	6	174	32	7	19	40	1.80
78154698--78154778	40	2.0	40	100	0	162	29	28	7	34	1.84
78155549--78155577	15	1.9	15	100	0	58	31	13	20	34	1.92
78157249--78157280	5	6.4	5	100	0	64	59	0	0	40	0.97
78157279--78157306	4	7.0	4	100	0	56	25	0	0	75	0.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78157395--78157465	33	2.2	33	82	10	83	45	1	1	52	1.18
78157424--78157476	28	2.0	28	82	14	67	50	3	1	43	1.30
78163313--78163485	43	4.0	43	73	6	163	30	24	16	28	1.96
78172289--78172451	46	3.5	45	73	12	152	29	30	20	20	1.97
78184798--78184994	40	4.9	40	89	0	304	24	27	20	26	1.99
78188759--78188787	8	3.6	8	100	0	58	75	0	0	24	0.80
78190548--78190587	19	2.2	18	90	4	62	37	2	17	42	1.63
78190610--78190702	43	2.2	43	92	3	152	27	6	13	51	1.66
78195267--78195438	80	2.2	79	81	7	188	26	20	26	26	1.99
78195263--78195405	40	3.6	40	82	9	175	24	21	27	25	1.99
78203099--78203921	93	8.8	93	99	0	1583	31	28	18	21	1.97
78211321--78211682	46	7.8	46	74	15	334	30	29	19	21	1.97
78211330--78211685	93	3.8	93	98	0	676	29	29	19	21	1.98
78211375--78211634	47	5.6	47	77	15	306	30	29	18	22	1.97
78211372--78211694	47	7.0	45	70	19	229	30	29	18	22	1.97
78218830--78218857	12	2.3	12	100	0	56	25	32	0	42	1.55
78223548--78223686	60	2.3	60	84	8	176	28	19	25	27	1.99
78223586--78223698	28	3.9	28	71	18	97	27	20	25	26	1.99
78229245--78229286	18	2.3	18	87	4	57	38	7	9	45	1.64
78234100--78234134	17	2.1	18	89	10	56	48	8	11	31	1.69
78235240--78235435	57	3.4	57	94	0	338	27	15	18	37	1.92
78238272--78238336	32	2.0	32	90	0	103	52	21	4	21	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78238535--78238590	22	2.5	22	97	0	103	26	26	30	16	1.96
78243521--78243813	49	6.2	47	72	15	232	27	20	28	23	1.99
78243514--78243735	44	4.8	45	74	14	218	25	20	29	25	1.99
78243514--78243783	93	2.9	93	95	3	465	26	20	28	24	1.99
78245570--78245596	6	4.5	6	100	0	54	48	0	33	18	1.49
78246917--78246958	19	2.2	20	83	12	52	28	2	19	50	1.60
78252470--78252542	30	2.4	31	90	6	114	12	10	16	60	1.59
78255850--78255884	15	2.4	14	90	9	61	71	0	0	28	0.86
78258822--78258900	37	2.1	37	88	4	115	25	30	20	24	1.98
78259019--78259317	47	6.4	47	99	0	580	30	31	8	30	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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