genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.276.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91689147--91689417	48	5.8	46	74	14	209	28	16	30	23	1.97
91691325--91691387	31	2.0	31	96	0	117	33	19	11	36	1.87
91692090--91692133	21	2.1	21	100	0	88	22	22	29	25	1.99
91693389--91693492	42	2.4	44	78	12	108	34	23	16	25	1.95
91693378--91693514	43	3.2	42	78	9	118	32	24	16	27	1.96
91699191--91699241	25	2.0	25	88	0	75	37	7	13	41	1.74
91703183--91703287	31	3.5	30	77	10	99	50	11	9	28	1.69
91703197--91703287	31	2.9	31	83	3	112	47	12	10	29	1.75
91709372--91709728	178	2.0	178	99	0	705	30	14	23	31	1.94
91713150--91713183	17	1.9	18	88	5	52	14	14	17	52	1.74
91714881--91715639	379	2.0	379	98	0	1473	36	10	12	41	1.77
91716078--91716253	46	3.8	45	81	11	171	23	29	21	26	1.99
91719459--91719484	13	2.0	13	100	0	52	38	0	15	46	1.46
91720488--91720580	46	2.0	46	97	0	177	39	8	22	29	1.84
91721870--91721935	25	3.0	21	75	16	78	28	1	15	54	1.50
91723197--91723266	28	2.5	29	86	6	108	60	2	4	32	1.31
91723345--91723394	18	2.8	18	100	0	100	46	14	10	30	1.77
91723386--91723416	14	2.2	14	94	0	53	41	16	6	35	1.74
91729450--91729476	7	3.9	7	100	0	54	88	0	11	0	0.50
91730259--91730300	2	21.0	2	85	9	59	2	47	2	47	1.28
91731973--91732022	25	2.0	26	84	11	68	26	0	10	64	1.25
91731968--91732039	26	2.8	26	79	10	67	22	0	12	65	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91751583--91751680	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
91751611--91751693	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
91751583--91751694	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
91759688--91759785	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
91759716--91759798	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
91759688--91759799	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
91768624--91768766	49	2.8	51	78	2	155	24	18	25	30	1.98
91772958--91773041	31	2.7	31	82	8	93	38	0	3	58	1.16
91775087--91775406	46	7.0	46	90	0	408	42	13	24	19	1.87
91779231--91779327	50	1.9	50	97	0	185	37	17	20	24	1.94
91779337--91779395	31	1.9	31	100	0	118	28	20	25	25	1.99
91779350--91779441	46	2.0	46	89	0	139	26	22	23	27	2.00
91779397--91779465	31	2.2	31	84	0	84	26	20	24	28	1.99
91779547--91779645	51	1.9	51	95	0	180	32	17	24	26	1.97
91781743--91781807	22	3.0	21	75	4	58	36	24	26	12	1.91
91789896--91790169	46	6.0	46	89	0	343	40	14	24	20	1.90
91790455--91790487	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
91804241--91804326	25	3.5	24	79	14	97	36	23	19	20	1.95
91807796--91807850	21	2.5	22	85	2	67	16	32	34	16	1.91
91808111--91808191	42	2.0	42	85	2	110	23	28	20	27	1.99
91809060--91809206	57	2.6	57	78	7	163	32	21	17	28	1.96
91809748--91809792	20	2.2	20	88	0	63	35	13	2	48	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91812735--91812809	27	2.8	27	87	0	105	30	13	22	33	1.92
91819989--91820047	29	2.0	29	96	0	109	32	18	8	40	1.81
91820109--91820187	27	2.9	27	75	3	77	40	12	21	25	1.88
91827364--91827410	13	3.6	13	91	0	76	12	19	8	59	1.58
91832030--91832087	30	1.9	30	89	0	89	34	12	24	29	1.91
91832521--91832641	46	2.7	44	82	7	136	27	19	28	25	1.98
91837339--91837516	27	6.6	27	76	6	137	30	28	15	26	1.96
91847490--91847523	14	2.3	15	90	5	52	17	26	2	52	1.58
91849237--91849329	17	5.9	17	71	14	83	38	5	5	50	1.48
91849230--91849347	30	3.9	30	71	14	107	37	5	5	50	1.51
91849230--91849282	13	3.8	13	77	18	52	33	7	3	54	1.46
91849278--91849317	16	2.6	15	88	7	62	42	2	5	50	1.37
91849248--91849395	61	2.4	61	87	0	215	41	4	4	49	1.45
91849564--91849640	21	3.7	21	79	10	68	44	20	2	32	1.66
91849622--91850228	9	70.3	9	66	19	183	44	19	3	31	1.68
91849622--91849721	16	5.9	17	75	9	73	46	21	1	32	1.58
91849634--91849721	25	3.5	25	76	4	97	45	21	1	31	1.59
91849803--91849844	20	2.1	20	90	0	66	42	23	2	30	1.67
91849824--91850162	69	4.9	69	96	0	590	43	21	4	30	1.73
91850118--91850199	25	3.3	25	85	0	110	47	14	2	35	1.58
91855673--91855842	66	2.6	65	86	3	225	39	19	27	13	1.89
91855813--91855883	21	3.4	21	86	0	97	32	15	45	7	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91856214--91856393	86	2.1	86	81	10	208	23	18	28	30	1.98
91856219--91856393	43	4.1	42	71	14	142	23	17	28	30	1.97
91861189--91861225	16	2.3	16	95	0	65	45	8	13	32	1.73
91862693--91862796	52	2.0	51	98	1	199	19	25	30	24	1.98
91864125--91864307	40	4.6	40	83	2	190	25	26	22	24	2.00
91864619--91864697	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
91864927--91865021	47	2.0	47	95	2	174	37	28	2	31	1.69
91866047--91866125	37	2.1	37	86	4	106	26	29	18	25	1.98
91866244--91866576	47	7.1	47	96	0	585	28	30	9	31	1.88
91872594--91872733	40	3.5	39	74	13	124	25	21	27	26	1.99
91880485--91880668	40	4.6	41	81	12	208	25	22	27	25	2.00
91880485--91880668	79	2.3	81	82	11	222	25	22	27	25	2.00
91880537--91880701	79	2.1	79	82	8	194	26	21	27	24	1.99
91882787--91882858	26	2.8	25	89	6	108	25	25	23	26	2.00
91889455--91889677	39	5.7	40	84	8	257	26	21	27	24	2.00
91889455--91889677	79	2.8	81	83	9	273	26	21	27	24	2.00
91889507--91889700	79	2.5	78	84	9	209	26	21	27	24	1.99
91897484--91897706	39	5.7	40	84	8	257	25	22	27	24	2.00
91897484--91897706	79	2.8	80	81	11	262	25	22	27	24	2.00
91897484--91897739	79	3.3	79	80	10	190	26	21	27	24	1.99
91901536--91901602	20	3.3	20	87	8	109	37	11	19	31	1.88
91901547--91901602	11	5.5	11	68	23	50	37	12	19	30	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91901653--91901722	25	2.8	24	89	10	106	25	22	22	28	1.99
91901945--91902025	38	2.3	35	86	14	107	33	17	25	23	1.96
91904517--91904693	49	3.6	49	82	6	248	24	18	26	30	1.98
91904512--91904694	100	1.8	100	96	0	339	24	19	26	30	1.98
91909527--91909745	48	4.6	48	79	0	240	38	25	16	19	1.92
91909527--91909749	96	2.3	95	85	4	286	39	24	17	19	1.92
91917979--91918241	47	5.6	48	77	10	194	23	28	17	29	1.97
91918031--91918241	46	4.5	45	79	13	198	23	28	18	28	1.98
91917974--91918244	94	2.9	93	76	16	265	23	29	18	28	1.98
91917979--91918241	140	1.9	141	86	5	381	23	28	17	29	1.97
91918583--91918640	30	1.9	30	92	0	98	29	22	13	34	1.93
91925659--91925928	47	5.8	45	73	11	197	24	27	18	29	1.98
91927355--91927388	9	3.7	9	88	7	50	38	5	32	23	1.79
91932687--91932778	29	3.2	29	78	7	107	28	31	14	26	1.94
91933013--91933075	8	7.9	8	87	0	81	9	25	22	42	1.83
91933013--91933075	16	3.9	16	89	0	99	9	25	22	42	1.83
91952733--91952877	40	3.6	40	83	4	184	26	24	25	24	2.00
91956150--91956186	11	3.2	12	85	11	51	72	8	5	13	1.24
91956158--91956214	11	5.0	12	75	16	50	73	7	10	8	1.24
91957126--91957196	37	1.9	37	83	11	92	76	2	19	1	0.99
91957142--91957196	15	3.4	16	77	7	58	78	1	18	1	0.94
91957145--91957185	6	6.3	6	84	15	55	78	2	19	0	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91957136--91957196	21	2.8	21	82	5	68	77	1	19	1	0.95
91957247--91957276	12	2.5	12	100	0	60	46	13	16	23	1.82
91959718--91959773	15	3.4	17	85	7	62	8	10	7	73	1.26
91959734--91959784	15	3.6	15	85	12	56	9	5	5	78	1.08
91959750--91959784	12	2.6	14	91	8	56	8	2	5	82	0.91
91965584--91965698	60	1.9	60	96	0	212	27	17	23	31	1.97
91986018--91986425	44	9.6	44	69	13	223	30	21	22	25	1.99
91986145--91986437	87	3.4	83	86	7	347	30	22	22	25	1.99
92008349--92008373	9	2.8	9	100	0	50	68	8	0	24	1.16
92008518--92008552	18	1.9	18	88	0	52	77	5	2	14	1.07

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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