genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.274.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90958902--90959072	27	6.3	27	87	0	234	32	10	19	38	1.86
90969339--90969772	50	8.6	50	80	4	417	31	24	17	26	1.97
90969337--90969772	101	4.3	100	79	5	432	31	25	17	26	1.97
90969337--90969768	151	2.8	151	88	0	612	31	25	17	26	1.97
90970123--90970169	19	2.3	20	82	10	60	48	14	0	36	1.44
90979601--90979653	26	2.0	26	100	0	106	32	22	18	26	1.97
90981494--90981526	16	2.1	16	100	0	66	30	27	6	36	1.81
90983199--90983263	22	3.0	22	80	8	78	30	23	26	20	1.98
90983403--90983526	41	3.0	41	86	0	185	26	29	22	20	1.99
90983804--90984098	27	10.9	27	80	4	240	32	10	17	39	1.84
90984097--90984198	27	3.8	27	82	0	123	30	21	14	33	1.93
90987252--90987370	41	2.9	41	92	0	193	26	30	22	21	1.99
90987619--90987673	27	2.0	27	86	6	76	38	14	9	38	1.78
90987640--90987808	54	3.1	54	80	6	189	30	10	17	42	1.82
90987640--90987808	27	6.3	26	80	8	160	30	10	17	42	1.82
90991673--90991720	16	2.8	18	71	25	50	43	4	0	52	1.20
90998636--90998715	38	2.1	38	100	0	160	40	12	11	36	1.79
91008986--91009167	55	3.4	53	78	8	197	35	17	24	23	1.95
91009429--91009459	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
91012285--91012472	40	4.7	40	88	3	281	26	26	21	25	2.00
91020349--91020572	40	5.6	40	92	2	362	27	27	21	23	1.99
91042807--91042835	15	1.9	15	100	0	58	44	0	20	34	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91045991--91046064	29	2.6	29	82	4	87	27	17	29	25	1.97
91052142--91052169	8	3.5	8	100	0	56	64	0	10	25	1.26
91052814--91052842	7	4.3	7	95	4	51	41	0	27	31	1.56
91053578--91053604	11	2.5	11	100	0	54	44	14	0	40	1.46
91053809--91053852	18	2.4	19	84	3	54	43	6	2	47	1.42
91061552--91061595	18	2.4	19	84	3	54	43	6	2	47	1.42
91070473--91070524	25	2.1	25	85	7	70	30	32	7	28	1.85
91070700--91070916	40	5.4	40	88	0	299	26	27	22	23	1.99
91070924--91071044	40	3.0	40	92	1	199	23	25	20	29	1.99
91070927--91071083	40	4.0	40	86	7	162	24	26	22	26	2.00
91070898--91071083	79	2.3	79	80	12	209	24	26	22	26	2.00
91071378--91071490	56	2.0	56	96	0	208	47	22	3	26	1.67
91073289--91073440	27	5.6	27	93	3	232	30	28	13	26	1.94
91073289--91073465	55	3.2	55	90	0	264	31	29	13	25	1.94
91073920--91073945	12	2.2	12	100	0	52	42	0	7	50	1.31
91080608--91080777	24	7.0	24	84	1	214	24	23	15	37	1.93
91080606--91080748	48	3.0	48	100	0	286	25	24	12	37	1.90
91083885--91083958	38	1.9	38	86	8	105	20	18	20	40	1.92
91085679--91085793	27	4.3	26	84	7	140	18	20	21	39	1.93
91101136--91101358	40	5.6	39	90	1	293	21	24	28	25	1.99
91101136--91101358	120	1.9	120	88	3	342	21	24	28	25	1.99
91103298--91103410	27	4.2	26	87	8	147	18	23	21	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91107617--91107690	37	2.0	37	97	0	139	33	24	9	32	1.87
91109037--91109106	27	2.6	26	95	2	95	31	28	12	27	1.93
91109037--91109131	28	3.4	28	89	2	129	32	28	12	26	1.93
91116834--91116903	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
91116834--91116931	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
91121164--91121213	22	2.3	22	92	0	82	36	30	12	22	1.90
91152165--91152336	40	4.3	41	83	5	210	25	20	27	26	1.99
91155683--91155858	46	3.8	46	75	11	171	22	21	28	27	1.99
91155680--91155851	93	1.8	93	89	0	272	22	22	28	26	1.99
91162462--91162500	16	2.5	15	84	8	60	0	30	0	69	0.89
91166787--91166854	32	2.1	32	91	0	109	42	16	13	27	1.85
91169192--91169231	18	2.2	19	86	4	55	60	0	5	35	1.19
91180529--91180562	7	4.9	7	100	0	68	88	0	11	0	0.52
91180630--91180698	32	2.2	32	91	0	111	23	5	17	53	1.65
91182344--91182471	28	4.5	28	87	2	166	33	25	12	28	1.92
91182344--91182471	29	4.5	29	85	4	154	33	25	12	28	1.92
91182343--91182471	57	2.3	57	86	2	179	33	25	12	28	1.92
91188839--91188991	47	3.3	47	90	0	234	32	9	31	27	1.88
91189110--91189188	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
91191524--91191562	11	3.5	11	82	6	51	66	0	0	33	0.92
91191976--91192011	18	2.0	19	89	10	58	50	5	25	19	1.69
91192144--91192178	13	2.6	13	90	4	52	40	0	14	45	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91192196--91192237	10	4.1	10	84	3	57	21	4	2	71	1.16
91192196--91192235	20	2.0	20	95	0	71	20	5	2	72	1.15
91192445--91192487	21	2.0	21	100	0	86	41	23	11	23	1.87
91194815--91194975	45	3.6	45	92	0	268	45	18	14	21	1.84
91194815--91195000	45	4.1	43	83	9	169	45	17	15	22	1.85
91198409--91198433	8	3.1	8	100	0	50	88	0	0	12	0.53
91214502--91214538	20	1.9	18	89	10	56	43	0	21	35	1.53
91215860--91216014	43	3.6	43	93	1	258	30	12	21	34	1.91
91218002--91218038	20	1.9	18	89	10	56	43	0	21	35	1.53
91226733--91226793	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
91232664--91232705	18	2.3	19	88	12	61	52	0	4	42	1.22
91235737--91235761	12	2.1	12	100	0	50	24	16	24	36	1.94
91236781--91236873	27	3.5	26	73	12	73	39	11	23	24	1.88
91237005--91237065	27	2.3	26	82	5	68	32	6	34	26	1.82
91240053--91240102	26	2.0	25	88	11	75	40	14	12	34	1.82
91247993--91248019	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
91255783--91255960	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
91255784--91255939	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
91255780--91255960	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
91266464--91266521	20	2.9	20	89	5	91	65	1	8	24	1.30
91266464--91266521	10	5.8	10	88	8	82	65	1	8	24	1.30
91275837--91275897	32	1.9	32	100	0	122	44	11	6	37	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91276103--91276151	23	2.1	23	92	7	82	22	22	18	36	1.95
91276293--91276348	22	2.3	23	80	20	62	25	25	19	30	1.98
91276307--91276374	22	2.9	21	83	16	73	25	26	19	29	1.98
91279707--91279772	25	2.7	24	74	4	69	18	24	15	42	1.88
91279707--91279783	24	3.2	24	71	10	66	18	25	16	38	1.92
91279848--91279903	26	2.2	26	83	6	69	16	14	26	42	1.86
91283352--91283489	39	3.5	39	85	0	186	25	5	23	45	1.73
91286951--91287218	46	5.8	46	72	15	210	30	27	19	22	1.98
91287004--91287171	47	3.6	46	74	7	178	29	26	19	25	1.98
91286958--91287220	93	2.8	93	88	0	409	30	27	19	22	1.98
91293129--91293665	42	12.7	42	85	1	682	30	25	20	23	1.98
91315126--91315390	40	6.6	40	90	3	392	26	20	26	26	1.99
91317406--91317450	13	3.3	15	82	17	55	24	0	17	57	1.40
91318546--91318643	42	2.3	42	89	0	142	34	13	23	28	1.92
91318638--91318718	40	2.0	40	97	0	153	32	17	19	30	1.95
91323823--91324001	85	2.1	85	96	0	331	37	8	27	26	1.85
91326175--91326563	47	8.1	47	88	4	526	32	12	29	25	1.92
91326537--91326627	46	2.0	46	84	0	119	32	9	31	25	1.89
91326175--91326612	141	3.0	140	85	6	443	32	11	29	25	1.92
91326777--91326918	37	3.8	37	94	0	239	24	19	31	24	1.98
91328383--91328488	42	2.5	42	86	3	142	33	14	24	27	1.94
91328410--91328531	42	2.9	41	81	8	120	32	14	22	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91331327--91331495	40	4.2	40	90	2	243	26	28	20	24	1.99
91331327--91331551	80	2.8	79	81	5	229	25	28	21	24	1.99
91331329--91331551	119	1.9	120	80	6	265	25	27	21	25	1.99
91332173--91332400	56	4.1	56	94	0	402	22	20	9	46	1.79
91335796--91335986	96	2.0	96	94	2	339	28	16	9	45	1.79
91336454--91336596	40	3.6	40	78	10	150	23	27	23	25	2.00
91341729--91341772	23	1.9	23	85	0	61	25	27	6	40	1.80
91350169--91350316	73	2.0	75	97	2	282	24	22	20	33	1.97
91351011--91351233	40	5.6	39	85	3	241	26	27	20	24	1.99
91351011--91351233	120	1.9	119	81	6	272	26	27	20	24	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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