genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.312.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103576088--103576133	22	2.1	22	100	0	92	45	4	21	28	1.71
103577738--103577927	40	4.8	40	92	0	299	23	27	21	27	1.99
103582518--103582892	187	2.0	187	99	0	741	24	27	15	33	1.95
103600131--103600280	35	4.3	35	77	0	138	27	20	17	34	1.95
103600668--103600759	45	2.0	45	95	0	166	31	15	6	46	1.71
103603382--103603432	23	2.4	22	84	12	70	76	1	0	21	0.88
103608867--103609003	46	3.0	46	87	0	193	25	29	9	35	1.88
103608977--103609171	47	4.1	47	82	5	237	27	29	9	33	1.89
103608977--103609171	98	2.0	94	87	3	273	27	29	9	33	1.89
103609109--103609172	25	2.7	23	72	15	60	31	29	3	35	1.73
103609102--103609351	129	1.9	129	100	0	500	38	24	4	33	1.75
103611544--103611574	15	2.1	15	100	0	62	19	19	0	61	1.35
103614130--103614156	13	2.1	13	100	0	54	70	14	7	7	1.32
103616002--103616178	96	1.8	97	83	1	239	21	15	29	33	1.94
103616007--103616191	48	3.9	48	82	4	212	20	15	30	34	1.93
103617924--103618001	27	2.9	27	80	0	93	33	21	26	17	1.96
103620380--103620410	16	1.9	16	93	0	53	48	19	22	9	1.78
103620635--103620726	28	3.3	28	86	6	107	26	15	34	23	1.94
103624468--103624566	41	2.4	41	80	10	112	31	20	18	30	1.96
103624413--103624584	43	4.0	43	70	15	140	29	18	21	30	1.97
103624879--103624935	25	2.3	25	96	3	107	24	10	15	49	1.76
103631738--103631835	28	3.5	28	71	15	94	27	34	19	18	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103631738--103631865	56	2.3	56	95	0	238	28	32	18	19	1.96
103631765--103631863	28	3.5	28	72	5	101	30	30	19	20	1.97
103631847--103631901	25	2.2	25	83	6	67	29	29	10	30	1.91
103632070--103632145	40	1.9	40	91	0	125	26	30	23	19	1.98
103643065--103643328	40	6.7	40	89	5	360	25	21	27	25	1.99
103643065--103643361	119	2.5	118	81	9	338	26	21	27	25	1.99
103645159--103645462	27	11.2	27	82	5	371	26	23	10	39	1.87
103645467--103645662	27	7.3	27	86	0	248	35	18	19	26	1.95
103645861--103645943	27	3.1	26	86	5	103	19	22	20	37	1.94
103646031--103646089	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
103646239--103646324	27	3.3	26	79	7	66	17	20	23	38	1.93
103646254--103646327	27	2.8	27	83	6	80	18	22	21	36	1.95
103646445--103646619	6	28.8	6	77	17	175	18	17	14	48	1.81
103646445--103646614	24	6.8	24	82	14	193	18	17	15	48	1.82
103646445--103646608	73	2.2	73	87	10	230	18	17	15	48	1.82
103646491--103646640	30	5.2	30	83	10	163	18	18	14	48	1.81
103649374--103649406	16	2.0	17	88	5	50	39	15	3	42	1.62
103649520--103649716	55	3.6	54	81	2	216	21	24	18	36	1.95
103652455--103652493	20	2.0	20	85	10	53	46	17	0	35	1.49
103663170--103663214	20	2.2	20	84	7	56	37	13	2	46	1.55
103663668--103663701	17	2.0	17	88	0	50	23	17	11	47	1.81
103665088--103665150	25	2.5	25	76	0	72	28	23	19	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103679711--103679894	40	4.6	39	82	9	203	23	22	28	25	1.99
103679763--103679927	79	2.1	79	83	6	201	25	20	27	26	1.99
103693630--103693851	40	5.6	40	90	1	322	26	26	22	24	2.00
103710006--103710140	68	2.0	68	82	5	166	38	20	20	20	1.94
103710590--103710620	14	2.2	14	100	0	62	35	19	22	22	1.96
103711076--103711111	18	2.0	18	94	0	63	36	5	36	22	1.78
103714508--103714542	18	1.9	18	88	0	52	62	5	8	22	1.45
103715427--103715614	104	1.8	104	86	0	277	27	11	25	36	1.90
103715440--103715614	52	3.4	52	83	0	224	27	11	24	36	1.90
103715824--103715876	27	2.0	25	89	7	79	24	16	18	39	1.91
103716049--103716083	17	2.0	17	88	5	52	17	20	34	28	1.95
103716056--103716094	17	2.3	17	86	0	51	17	15	33	33	1.92
103719195--103719257	31	2.0	31	96	0	117	36	12	20	30	1.90
103721891--103721950	30	2.0	30	100	0	120	36	6	20	36	1.79
103723017--103723084	15	4.5	15	83	0	82	14	14	16	54	1.72
103730471--103730530	25	2.4	25	100	0	120	46	26	13	13	1.80
103730518--103730583	20	3.2	20	79	12	80	43	21	21	13	1.86
103730519--103730582	22	3.0	22	82	8	80	43	20	21	14	1.87
103738649--103738675	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
103747226--103747255	2	15.0	2	92	0	51	53	0	0	46	1.00
103747306--103747340	17	2.1	17	100	0	70	42	11	11	34	1.77
103747309--103747347	17	2.3	17	90	0	60	41	15	7	35	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103761900--103761992	40	2.3	41	86	3	125	23	39	22	13	1.90
103762924--103762954	15	2.1	15	100	0	62	48	6	19	25	1.72
103786574--103786665	39	2.3	39	88	5	132	25	28	22	23	2.00
103786555--103786718	40	4.1	40	80	10	176	24	27	23	25	2.00
103799171--103799232	28	2.2	29	88	2	90	27	11	32	29	1.91
103801154--103801322	46	3.6	46	81	7	166	21	31	17	28	1.96
103807433--103807473	21	1.9	22	85	5	57	24	26	36	12	1.91
103808647--103808768	46	2.6	46	85	7	149	22	27	18	31	1.97
103812076--103812144	26	2.7	26	95	0	120	21	28	26	23	1.99
103815371--103815418	25	1.9	25	82	0	60	35	20	12	31	1.90
103815551--103815621	26	2.8	25	87	4	97	26	23	23	25	2.00
103815551--103815648	25	3.9	24	81	7	81	28	22	23	25	1.99
103815841--103815924	31	2.7	31	94	1	143	33	17	25	23	1.97
103818030--103818177	43	3.4	43	81	1	136	32	26	13	27	1.94
103819632--103819687	27	2.1	27	90	6	87	64	7	5	23	1.40
103820381--103820536	6	25.3	6	71	17	115	48	15	17	18	1.81
103820404--103820536	31	4.3	31	97	0	239	48	15	17	18	1.82
103820654--103820733	26	3.0	26	81	3	97	38	20	23	17	1.93
103821384--103821904	27	19.3	27	81	5	515	24	19	17	37	1.94
103821388--103821895	54	9.4	54	86	1	653	24	20	17	37	1.94
103821413--103821902	81	6.1	81	90	3	727	24	20	17	37	1.94
103821887--103822305	81	5.3	81	74	11	318	31	8	20	39	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103821887--103822401	27	19.6	27	74	14	284	30	9	20	40	1.83
103821956--103822401	27	17.1	27	78	12	382	30	9	19	40	1.84
103822034--103822269	123	1.9	123	85	8	329	31	9	18	40	1.82
103821952--103822348	203	2.0	204	84	7	531	30	9	18	40	1.83
103821923--103822350	230	1.9	230	91	2	707	30	9	19	40	1.83
103824866--103825132	40	6.6	40	83	6	331	23	22	28	25	1.99
103824870--103825111	83	2.9	83	97	0	448	21	22	29	26	1.99
103824866--103825132	123	2.2	121	86	7	362	23	22	28	25	1.99
103827924--103827971	23	2.1	22	84	3	60	20	2	2	75	1.02
103827927--103827985	12	4.8	12	76	16	50	23	5	1	69	1.18
103835368--103835395	13	2.2	13	100	0	56	21	32	28	17	1.96
103837337--103837599	40	6.6	40	88	3	325	24	20	27	26	1.99
103837376--103837634	80	3.3	80	85	3	256	25	20	27	25	1.99
103845289--103845551	40	6.6	40	88	3	325	24	20	27	26	1.99
103845328--103845586	80	3.3	80	85	3	256	25	20	27	25	1.99
103848296--103848347	27	2.0	27	85	7	72	55	11	9	23	1.64
103850409--103850437	11	2.5	12	94	5	51	24	0	0	75	0.80
103850410--103850457	24	1.9	26	83	8	64	25	2	2	70	1.09
103856625--103856852	48	4.9	48	76	10	229	26	21	22	29	1.99
103856645--103856852	91	2.2	94	83	7	255	26	21	23	29	1.99
103856570--103856854	48	5.9	47	75	14	208	26	22	22	28	1.99
103858505--103858728	48	4.7	48	98	0	421	30	29	8	32	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103866068--103866132	24	2.7	25	71	7	62	13	1	12	72	1.20
103871961--103871994	16	2.1	16	100	0	68	61	11	0	26	1.30
103894595--103894635	20	2.0	20	100	0	82	39	34	4	21	1.75
103901360--103901557	40	5.0	39	83	6	220	33	14	26	25	1.94
103901375--103901563	79	2.4	80	86	0	254	33	14	26	24	1.94
103906617--103906716	34	2.9	34	85	8	132	66	9	6	19	1.41
103908953--103909319	48	7.6	48	75	10	259	29	19	27	24	1.98
103909035--103909111	25	3.2	25	65	20	63	29	15	28	25	1.96
103908950--103909270	96	3.4	94	79	6	344	28	19	28	23	1.99
103908950--103909314	144	2.5	143	77	8	382	28	19	27	24	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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