genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.311.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   

This is table  311  of  322  ( 38559 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103249132--103249169	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
103271710--103272107	110	3.6	110	98	0	762	29	18	28	23	1.98
103272056--103272107	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
103276427--103276476	25	2.0	25	100	0	100	44	0	16	40	1.47
103276432--103276478	19	2.5	19	70	16	53	48	0	14	36	1.44
103276430--103276493	25	2.6	25	87	2	85	51	0	14	34	1.42
103277500--103278372	64	13.7	63	99	0	1604	31	9	16	42	1.80
103278700--103278737	19	2.0	20	84	5	51	28	0	2	68	1.03
103278714--103278761	24	2.0	24	88	8	71	33	0	8	58	1.28
103296456--103296517	29	2.0	31	81	9	74	33	6	20	38	1.79
103304623--103304839	46	4.7	46	75	10	151	23	29	18	28	1.98
103306080--103306177	42	2.3	43	85	1	126	18	18	31	31	1.95
103307758--103307794	19	1.9	19	88	0	56	18	21	43	16	1.88
103308885--103308938	27	2.0	28	85	10	76	27	9	27	35	1.87
103319766--103319791	10	2.6	10	100	0	52	34	0	23	42	1.54
103325197--103325316	43	2.8	42	80	7	143	30	16	25	26	1.97
103325442--103325479	19	2.0	19	100	0	76	42	5	10	42	1.62
103326129--103326164	19	1.9	19	88	5	56	30	19	8	41	1.81
103327427--103327517	29	3.2	29	81	6	107	28	34	14	23	1.93
103332178--103332260	40	2.1	40	90	0	130	30	18	21	30	1.97
103332194--103332330	40	3.4	40	80	7	127	26	19	24	29	1.99
103340127--103340270	72	2.0	72	97	0	270	33	13	19	33	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103340391--103340473	40	2.1	40	88	0	121	28	16	21	32	1.96
103340403--103340523	40	3.0	40	82	7	113	27	14	25	32	1.95
103341260--103341369	54	2.0	54	98	0	211	33	14	21	30	1.93
103342746--103342805	24	2.5	24	91	0	93	21	46	5	26	1.72
103343280--103343364	29	3.0	29	77	13	88	27	31	15	25	1.95
103343466--103343513	20	2.4	20	100	0	96	25	31	29	14	1.95
103350969--103351032	18	3.6	18	87	4	85	37	12	12	37	1.81
103350963--103351032	17	3.8	19	81	11	92	37	11	14	37	1.82
103351024--103351068	21	2.0	23	83	8	58	37	4	13	44	1.64
103352467--103352491	12	2.1	12	100	0	50	40	0	16	44	1.47
103356697--103356751	7	7.9	7	79	20	62	83	0	16	0	0.64
103356706--103356750	6	7.8	6	76	18	51	84	0	15	0	0.62
103356697--103356751	21	2.6	21	88	8	85	83	0	16	0	0.64
103356695--103356744	16	3.4	15	81	10	59	84	0	16	0	0.63
103356706--103356750	13	3.4	13	82	11	56	84	0	15	0	0.62
103357792--103357952	89	1.8	87	81	5	198	31	19	22	26	1.97
103357985--103358279	78	3.8	78	91	1	484	31	18	24	25	1.97
103359913--103360090	28	6.4	28	89	2	234	25	13	28	32	1.94
103361630--103361794	45	3.7	45	84	4	201	33	13	29	23	1.93
103362146--103362209	18	3.6	18	89	4	94	37	12	14	35	1.83
103362138--103362209	17	3.9	19	83	10	105	37	11	15	36	1.83
103363203--103363395	88	2.2	88	100	0	386	26	14	22	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103363737--103363761	12	2.1	12	100	0	50	40	0	16	44	1.47
103365350--103365414	18	3.3	18	66	25	51	23	15	6	55	1.62
103368665--103368713	25	2.0	25	87	0	71	40	6	6	46	1.53
103374931--103375598	103	6.4	103	95	2	1142	55	5	4	34	1.44
103378744--103378782	15	2.6	15	87	0	51	41	38	0	20	1.53
103378801--103379019	14	15.0	14	69	10	71	46	28	1	23	1.61
103378801--103378984	7	25.6	7	73	7	82	45	28	1	23	1.62
103380999--103381045	21	2.2	21	92	0	76	6	10	42	40	1.65
103383310--103383417	26	4.2	26	91	0	180	33	7	23	36	1.83
103387618--103387653	18	2.0	18	100	0	72	38	5	22	33	1.77
103388207--103388311	44	2.4	44	84	3	124	20	21	26	30	1.98
103390356--103390409	24	2.3	24	77	3	56	25	1	3	68	1.16
103391071--103391105	18	2.0	18	88	5	54	37	0	0	62	0.95
103394096--103394153	16	3.7	15	70	17	55	15	0	32	51	1.44
103394155--103394195	16	2.6	16	84	0	55	17	0	31	51	1.46
103395813--103395946	48	2.8	46	85	7	162	52	5	8	32	1.57
103396080--103396153	11	6.9	11	75	6	71	40	1	17	40	1.58
103396079--103396125	21	2.3	21	88	3	78	44	0	19	36	1.51
103403759--103403815	25	2.3	25	93	0	96	24	8	26	40	1.84
103405465--103405513	21	2.3	21	92	0	80	22	26	24	26	2.00
103409337--103409497	42	3.7	42	84	7	162	29	26	14	29	1.95
103409404--103409635	48	4.9	48	81	6	222	30	24	14	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103411208--103411385	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
103411209--103411364	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
103411205--103411385	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
103412203--103412317	56	2.1	56	98	0	221	41	7	22	27	1.81
103412601--103412896	148	2.0	148	97	0	565	37	12	20	29	1.90
103414049--103414185	69	2.0	69	97	0	256	29	21	27	20	1.98
103416218--103416257	18	2.2	19	91	8	66	10	25	47	17	1.78
103426326--103426400	29	2.6	29	91	0	114	28	29	18	24	1.98
103428118--103428459	40	8.8	40	84	7	445	27	28	21	23	1.99
103428075--103428419	112	3.0	112	87	6	462	27	28	20	23	1.99
103431328--103431719	40	9.8	40	90	0	595	24	21	27	26	1.99
103435482--103435557	22	3.3	22	66	10	62	28	9	31	30	1.88
103435474--103435867	47	8.4	47	92	0	599	31	8	30	29	1.86
103436911--103437023	57	2.0	57	98	0	217	20	15	18	46	1.85
103451865--103451889	13	1.9	13	100	0	50	16	44	32	8	1.76
103462472--103462616	40	3.6	40	85	4	193	25	24	26	23	2.00
103477058--103477242	79	2.3	82	82	7	220	24	27	23	24	2.00
103477039--103477242	40	5.1	40	80	8	220	24	26	23	25	2.00
103477973--103478204	56	4.1	56	98	0	446	22	21	9	45	1.81
103481107--103481140	14	2.4	14	95	0	59	32	8	35	23	1.86
103486701--103486752	18	3.0	16	72	20	50	3	30	1	63	1.23
103487985--103488072	28	3.2	28	79	3	99	18	26	20	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103490273--103490366	29	3.3	29	83	7	120	26	28	17	27	1.97
103490278--103490353	29	2.6	29	93	0	125	26	30	18	25	1.98
103490425--103490458	18	1.9	18	88	5	52	20	32	23	23	1.98
103494129--103494222	29	3.3	29	83	7	120	26	28	17	27	1.97
103494134--103494209	29	2.6	29	93	0	125	26	30	18	25	1.98
103494281--103494314	18	1.9	18	88	5	52	20	32	23	23	1.98
103496630--103496668	20	1.9	21	94	5	71	28	2	10	58	1.44
103499120--103499180	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
103505780--103505927	78	1.9	78	91	0	242	16	31	28	23	1.96
103522413--103522447	16	2.2	16	90	10	54	34	5	20	40	1.76
103530532--103530735	27	7.5	26	85	5	194	26	15	28	28	1.96
103530532--103530735	54	3.8	53	82	3	219	26	15	28	28	1.96
103530532--103530735	109	1.9	108	85	3	284	26	15	28	28	1.96
103539028--103539231	27	7.5	26	85	5	194	26	15	28	28	1.96
103539028--103539231	54	3.8	53	82	3	219	26	15	28	28	1.96
103539028--103539231	109	1.9	108	85	3	284	26	15	28	28	1.96
103544107--103544191	40	2.2	39	82	2	98	28	30	22	18	1.97
103544262--103544370	47	2.4	45	78	10	114	28	27	9	34	1.87
103546923--103546963	20	2.0	20	85	9	55	46	17	7	29	1.74
103548316--103548353	13	3.0	13	80	7	51	28	36	0	34	1.58
103550588--103550745	72	2.2	72	93	5	284	20	18	29	30	1.97
103550660--103550949	104	2.8	104	99	0	571	19	20	29	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103550868--103551019	71	2.1	72	91	1	243	22	17	29	30	1.97
103557584--103557627	23	1.9	23	86	9	63	56	0	0	43	0.99
103557760--103557829	29	2.4	29	81	11	90	67	4	2	25	1.23
103561739--103561892	43	3.6	43	92	1	231	26	16	26	30	1.96
103564943--103565453	47	10.7	47	94	1	833	29	30	8	31	1.87
103564993--103565071	25	3.3	25	66	16	76	31	29	5	34	1.79
103565000--103565474	96	5.0	91	90	5	437	30	29	8	31	1.87
103565438--103565663	115	2.0	115	99	0	443	37	24	4	32	1.77
103575779--103575914	56	2.4	56	86	0	182	27	15	23	33	1.95
103575779--103575939	56	2.9	56	84	5	175	27	14	24	33	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322