genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.75.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   

This is table  75  of  322  ( 38559 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23913615--23913726	43	2.6	43	98	0	215	29	33	25	10	1.90
23913719--23913802	38	2.2	38	86	0	123	32	27	20	20	1.97
23920010--23920088	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
23920209--23920334	47	2.7	47	88	0	180	27	30	8	32	1.87
23923824--23923866	16	2.7	15	82	10	50	58	0	6	34	1.25
23923974--23924035	30	2.1	27	85	11	79	45	1	1	51	1.20
23924005--23924059	23	2.3	23	81	9	58	49	1	0	49	1.11
23926705--23926746	21	2.0	21	100	0	84	28	9	9	52	1.65
23934904--23934948	19	2.4	19	96	3	83	53	13	11	22	1.71
23934913--23934955	19	2.3	19	91	0	68	53	13	9	23	1.69
23935332--23935477	41	3.5	41	68	7	116	34	16	19	30	1.94
23936862--23936913	25	2.1	25	92	0	86	55	9	9	25	1.62
23940498--23940543	21	2.2	21	92	0	83	41	4	26	28	1.74
23940790--23940946	42	3.7	41	83	7	183	29	16	24	29	1.96
23940790--23940964	42	4.2	42	80	10	146	29	15	25	29	1.96
23940790--23940964	84	2.1	84	81	9	198	29	15	25	29	1.96
23959810--23959985	47	3.7	47	86	1	228	32	9	31	26	1.88
23960104--23960246	37	3.9	37	90	0	196	23	18	29	28	1.98
23961688--23961753	28	2.4	28	89	0	114	15	43	24	16	1.86
23962849--23963106	46	5.5	47	72	14	153	22	27	18	30	1.97
23967004--23967227	40	5.7	40	85	5	269	25	26	22	25	2.00
23971368--23971429	30	2.0	31	93	3	108	62	20	0	16	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23973735--23973780	10	4.8	10	78	7	51	60	2	0	36	1.09
23973738--23973788	20	2.5	21	81	12	61	60	1	0	37	1.08
23974746--23974790	21	2.1	21	84	8	56	60	8	0	31	1.28
23984274--23984307	3	11.3	3	93	0	59	35	35	0	29	1.58
23984274--23984311	9	4.2	9	96	0	58	34	36	0	28	1.58
23993502--23994417	49	18.8	49	98	0	1723	34	7	27	30	1.85
23995742--23996195	45	10.2	45	93	1	718	25	27	23	24	2.00
23996172--23996220	25	2.0	25	95	0	89	32	24	26	16	1.96
23997073--23997168	25	3.8	25	89	5	124	47	9	17	25	1.77
23997126--23997170	14	3.4	14	70	17	51	48	8	11	31	1.69
24003549--24003814	45	6.0	45	88	2	351	26	26	21	25	2.00
24004633--24004728	25	3.8	25	84	5	124	46	9	17	26	1.78
24004686--24004730	14	3.4	14	70	17	51	48	8	11	31	1.69
24006965--24007280	46	6.7	48	76	11	239	26	19	30	24	1.98
24007017--24007279	48	5.6	47	75	10	166	26	19	30	24	1.98
24009805--24009949	42	3.4	41	78	8	130	23	17	24	33	1.96
24009797--24009948	43	3.5	42	79	7	137	22	17	25	34	1.96
24009844--24009949	42	2.5	42	81	1	140	25	16	23	33	1.96
24010522--24010565	23	2.0	22	86	4	61	25	0	20	54	1.45
24018157--24018306	43	3.5	41	78	6	124	30	24	18	26	1.98
24018807--24018861	29	2.0	27	85	7	74	27	21	5	45	1.74
24018808--24018868	27	2.2	29	82	5	72	29	21	4	44	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24026963--24027000	20	1.9	20	84	10	51	55	5	7	31	1.51
24027468--24027534	19	3.0	24	63	24	65	44	2	5	46	1.43
24029501--24029607	42	2.6	41	73	10	99	28	26	14	30	1.94
24039300--24039413	28	4.0	28	79	6	122	28	28	16	26	1.97
24039626--24039666	8	5.1	8	84	0	55	12	21	21	43	1.85
24039637--24039667	16	1.9	16	100	0	62	16	19	19	45	1.86
24048781--24048878	40	2.5	40	91	0	151	20	17	32	29	1.95
24051077--24051121	21	2.1	21	100	0	90	24	22	22	31	1.99
24053420--24053479	30	2.0	30	86	0	84	31	25	3	40	1.72
24059493--24059700	69	3.0	69	99	0	407	37	17	11	34	1.85
24061832--24061885	17	3.2	16	79	10	54	22	7	7	62	1.46
24064005--24064158	42	3.6	42	74	10	134	29	14	24	31	1.94
24068996--24069139	43	3.4	42	79	9	132	23	17	25	33	1.96
24069045--24069126	42	1.9	43	90	7	132	21	17	25	35	1.95
24069046--24069139	42	2.2	42	84	5	127	25	18	25	30	1.98
24069332--24069374	21	2.2	19	83	8	50	32	0	25	41	1.56
24073517--24073649	48	2.8	48	87	2	169	26	16	27	29	1.97
24078331--24078356	13	2.0	13	100	0	52	46	0	0	53	1.00
24080507--24080724	40	5.5	40	87	4	300	23	24	27	23	2.00
24080503--24080691	80	2.4	80	98	0	369	23	23	27	24	2.00
24085309--24085390	40	2.0	40	95	0	146	23	24	24	28	2.00
24090511--24090568	21	2.8	21	86	0	80	15	32	25	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24098683--24098716	9	3.7	9	92	4	50	29	11	0	58	1.33
24106463--24106487	13	1.9	13	100	0	50	24	32	36	8	1.84
24107321--24107349	13	2.2	13	100	0	58	31	0	13	55	1.39
24107642--24107680	19	2.1	19	85	9	53	23	10	0	66	1.22
24110243--24110330	44	2.0	44	93	0	149	32	27	14	25	1.95
24113126--24113230	51	2.1	50	92	3	183	26	34	15	22	1.94
24116142--24116197	17	3.4	17	69	18	55	50	21	0	28	1.49
24116138--24116197	15	4.0	15	75	12	61	50	23	0	26	1.50
24119687--24119797	44	2.6	43	86	4	143	23	14	26	36	1.93
24119690--24119849	43	3.7	43	80	3	169	23	15	25	35	1.94
24129598--24129704	43	2.5	42	83	1	124	28	18	25	28	1.98
24144970--24145150	49	3.7	50	84	6	219	27	28	17	26	1.98
24150724--24150758	11	3.4	11	88	11	56	34	0	20	45	1.51
24161726--24161926	108	1.8	109	87	6	300	21	25	18	33	1.97
24161679--24161933	55	4.8	53	78	9	211	20	25	18	35	1.95
24163751--24164026	48	5.8	48	74	4	243	26	26	17	30	1.97
24163753--24164030	95	2.9	95	84	2	378	26	25	16	30	1.97
24168068--24168160	32	2.8	33	77	8	100	29	25	19	25	1.99
24168471--24168523	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
24178636--24178694	24	2.4	25	82	2	75	28	30	20	20	1.97
24178630--24178724	25	3.8	25	77	2	93	31	25	22	21	1.98
24178611--24178732	49	2.5	47	73	16	104	31	22	22	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24178764--24178935	86	2.0	86	100	0	344	37	17	10	34	1.84
24180431--24180539	54	2.0	54	94	0	191	41	11	28	18	1.86
24180881--24181011	45	3.0	45	87	2	185	23	22	29	24	1.99
24187424--24187593	45	3.9	44	79	6	161	24	19	30	26	1.98
24202886--24203188	40	7.6	40	88	4	362	25	27	21	25	1.99
24203120--24203197	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
24210401--24210469	30	2.3	30	87	0	93	21	33	24	20	1.97
24211356--24211561	46	4.5	44	76	13	161	25	29	17	27	1.98
24213991--24214037	21	2.2	21	96	0	85	25	10	25	38	1.88
24225184--24225234	26	2.0	26	84	7	68	50	13	7	27	1.69
24228948--24229445	50	9.9	50	77	5	502	27	16	26	29	1.97
24228951--24229434	151	3.2	151	91	2	706	27	16	26	29	1.97
24228951--24229434	100	4.8	100	82	5	555	27	16	26	29	1.97
24229910--24230247	180	1.9	180	87	0	505	39	8	17	33	1.81
24233940--24233986	24	2.0	24	83	8	60	53	17	0	29	1.44
24240745--24240785	19	2.1	19	86	4	55	56	4	9	29	1.53
24240972--24241024	16	3.3	16	91	0	79	35	3	26	33	1.75
24241178--24241228	26	2.0	26	88	3	77	45	0	3	50	1.20
24247658--24247684	13	2.1	13	100	0	54	44	22	0	33	1.53
24253209--24253404	40	4.9	40	83	2	189	25	27	22	24	2.00
24253222--24253404	80	2.3	81	81	5	212	25	26	23	24	2.00
24253710--24253788	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24260458--24260526	34	2.0	34	100	0	138	39	11	17	31	1.85
24262909--24262934	11	2.4	11	100	0	52	15	23	30	30	1.95
24266938--24267078	20	7.1	20	69	13	67	35	18	9	36	1.83
24266941--24267039	40	2.5	40	93	0	162	34	20	10	35	1.86
24267212--24267328	23	5.0	23	70	16	71	31	17	25	25	1.97
24279031--24279104	29	2.6	29	87	8	98	27	14	32	25	1.95
24288958--24289050	27	3.4	27	72	0	87	38	18	21	21	1.93
24289037--24289099	22	2.9	22	82	0	81	38	22	20	19	1.94
24289453--24289784	27	12.3	27	79	9	173	29	10	20	39	1.86
24289466--24289793	54	6.1	54	84	9	386	29	10	21	38	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322