genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.252.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83617964--83618032	31	2.2	31	84	0	84	26	20	26	27	1.99
83622045--83622222	27	6.6	27	77	6	137	30	28	15	25	1.96
83622045--83622222	54	3.3	54	78	7	164	30	28	15	25	1.96
83630054--83630231	27	6.6	27	77	6	137	30	28	15	25	1.96
83630054--83630231	54	3.3	54	78	7	164	30	28	15	25	1.96
83638640--83638940	40	7.5	40	80	3	313	25	26	22	25	2.00
83639255--83639328	29	2.6	28	89	4	103	25	29	17	27	1.97
83641237--83641313	37	2.1	37	90	0	118	25	32	18	23	1.97
83641431--83641747	47	6.7	47	96	1	553	30	30	8	30	1.87
83641582--83641709	22	5.5	23	65	11	82	30	30	9	29	1.89
83643022--83643181	80	2.0	80	97	0	302	33	23	8	35	1.84
83657800--83658068	43	6.3	43	83	4	328	31	26	17	24	1.97
83657800--83658068	129	2.1	129	86	5	366	31	26	17	24	1.97
83658926--83659337	23	18.0	23	72	12	251	41	21	5	31	1.76
83658934--83659325	114	3.4	113	85	5	495	42	21	5	30	1.76
83658942--83659196	91	2.8	91	79	8	227	42	21	5	30	1.75
83662662--83662784	41	3.0	41	83	2	149	29	27	19	23	1.98
83662842--83662953	40	2.8	40	83	1	145	22	17	19	40	1.92
83665387--83665850	27	17.2	27	83	0	561	42	20	19	17	1.89
83667966--83668150	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	24	2.00
83667967--83668150	40	4.6	40	82	9	207	25	22	27	24	2.00
83667967--83668183	79	2.7	79	80	7	192	26	22	27	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83676211--83676300	40	2.2	40	90	3	137	25	22	27	24	2.00
83686573--83686619	25	1.9	24	86	4	67	74	2	17	6	1.12
83690190--83690267	15	5.2	15	70	11	70	43	7	23	25	1.80
83690183--83690267	30	2.8	30	96	0	152	44	7	23	24	1.78
83694853--83694930	15	5.2	15	70	11	70	43	7	23	25	1.80
83694846--83694930	30	2.8	30	96	0	152	44	7	23	24	1.78
83713545--83713591	20	2.3	20	81	0	58	29	34	12	23	1.92
83716202--83716307	48	2.2	47	85	9	135	59	1	24	14	1.45
83717978--83718024	20	2.3	20	85	0	67	29	36	12	21	1.91
83721878--83722173	151	2.0	151	99	0	583	37	16	17	29	1.91
83723736--83723798	23	2.7	23	73	9	65	30	23	17	28	1.97
83724804--83724864	27	2.3	27	94	0	104	21	18	31	29	1.96
83725333--83725442	45	2.4	45	96	0	202	37	21	14	26	1.92
83725433--83725560	63	2.0	63	100	0	256	28	17	14	40	1.88
83736126--83736256	44	2.9	45	94	1	219	35	26	13	24	1.93
83741776--83741941	49	3.5	47	78	9	167	31	19	24	24	1.98
83766684--83766755	36	2.0	36	94	0	126	40	13	33	12	1.83
83767932--83768020	44	2.0	44	97	0	169	48	4	16	30	1.66
83769179--83769239	31	2.0	31	83	0	77	22	22	24	29	1.99
83771486--83771559	36	2.1	36	100	0	148	24	18	21	35	1.96
83772962--83773043	26	3.2	26	98	0	155	30	6	26	36	1.81
83775650--83775748	49	2.0	49	98	0	189	28	29	22	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83775730--83775943	40	5.4	40	84	5	229	26	25	22	25	2.00
83777203--83777237	10	3.4	10	88	4	52	0	20	0	80	0.72
83783764--83783981	40	5.5	40	85	4	273	26	27	23	22	2.00
83785240--83785274	10	3.3	10	92	8	52	0	14	0	85	0.59
83785244--83785277	12	2.8	12	86	0	50	0	14	0	85	0.60
83786006--83786164	27	5.9	27	80	10	166	19	23	21	35	1.96
83786003--83786164	54	3.0	54	89	2	229	19	23	21	35	1.96
83790183--83790274	48	1.9	48	88	0	139	20	20	23	34	1.96
83800295--83800760	233	2.0	231	97	2	871	30	16	25	27	1.96
83800781--83800850	2	35.0	2	100	0	140	0	0	50	50	1.00
83802248--83802274	14	1.9	14	100	0	54	55	7	0	37	1.28
83807783--83807840	27	2.1	27	87	0	80	53	0	1	44	1.10
83807800--83807857	27	2.1	27	87	0	80	43	1	1	53	1.21
83808796--83808846	13	3.9	13	77	10	59	31	5	25	37	1.80
83809040--83809085	24	1.9	24	86	0	65	52	2	0	45	1.13
83811369--83811493	47	2.7	45	83	15	157	28	20	28	22	1.98
83811367--83811580	94	2.3	93	82	5	234	30	18	26	24	1.98
83818636--83818757	47	2.6	45	80	12	140	27	14	30	27	1.95
83823927--83824417	109	4.5	108	86	4	574	25	3	15	55	1.55
83827997--83828029	17	1.9	17	100	0	66	24	30	0	45	1.53
83829940--83829992	20	2.7	20	78	0	61	16	26	35	20	1.94
83830784--83830897	53	2.3	49	84	11	144	28	24	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83830809--83830911	53	2.0	52	90	5	163	30	25	16	28	1.97
83851995--83852070	27	2.8	27	88	4	91	23	18	28	28	1.98
83854922--83855046	39	3.2	39	88	1	169	24	28	22	24	2.00
83860587--83860712	23	5.4	23	79	8	112	30	19	22	26	1.98
83860609--83860712	23	4.6	23	79	7	122	32	19	22	25	1.97
83860607--83860713	45	2.4	45	87	4	144	31	18	22	27	1.97
83862547--83862579	17	1.9	17	93	0	57	66	3	0	30	1.06
83866991--83867038	25	1.9	25	83	8	62	43	12	10	33	1.77
83873033--83873087	20	2.8	20	88	0	74	36	23	3	36	1.73
83874029--83874084	27	2.1	27	96	0	103	25	19	17	37	1.94
83874846--83874909	15	3.8	16	70	27	51	42	3	1	53	1.26
83878464--83878598	43	3.1	44	82	6	175	24	17	29	28	1.97
83878481--83878598	45	2.7	43	82	6	157	26	16	28	27	1.97
83878868--83879065	38	5.2	38	88	2	247	21	21	25	31	1.98
83879058--83879230	45	3.9	45	81	6	183	24	22	27	25	2.00
83879424--83879454	10	3.1	10	100	0	62	38	0	29	32	1.57
83880375--83880476	34	3.0	33	87	5	141	40	0	13	46	1.44
83883750--83883797	24	2.0	24	84	8	62	56	4	0	39	1.19
83886009--83886072	30	2.1	30	91	5	103	42	3	26	28	1.70
83888901--83889049	60	2.4	61	87	5	221	74	8	9	7	1.22
83890099--83890131	17	2.0	17	88	5	50	48	3	3	45	1.33
83905553--83905663	47	2.4	47	83	6	145	35	22	16	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83906419--83906456	8	4.9	8	90	3	51	0	31	0	68	0.90
83906425--83906455	4	7.8	4	92	0	53	0	29	0	70	0.87
83908149--83908177	14	2.1	14	100	0	58	20	20	24	34	1.97
83918801--83918868	33	2.1	33	97	0	127	29	11	13	45	1.79
83921114--83921150	17	2.1	18	90	5	58	32	0	2	64	1.07
83924385--83924422	16	2.4	16	90	0	58	31	36	2	28	1.71
83924067--83924467	202	2.0	203	94	1	707	41	18	11	27	1.86
83927151--83927298	51	2.9	51	87	0	215	33	25	8	32	1.86
83928119--83928436	117	2.7	117	96	0	573	45	21	9	23	1.81
83928625--83928669	16	2.8	16	89	3	63	28	2	26	42	1.67
83928733--83928759	12	2.2	12	100	0	54	51	0	18	29	1.46
83929638--83929705	8	8.4	8	75	13	59	51	1	2	44	1.25
83934905--83934948	18	2.4	19	81	11	56	72	0	9	18	1.10
83945584--83946417	84	9.9	84	80	8	735	44	10	11	32	1.75
83947172--83947214	22	2.1	22	87	12	65	39	0	16	44	1.48
83948908--83948943	12	3.0	12	83	0	54	8	11	52	27	1.65
83950921--83951031	44	2.5	44	94	0	186	28	24	16	30	1.96
83953746--83953813	23	2.8	23	79	18	68	27	16	26	29	1.97
83953797--83953858	22	2.8	22	78	4	63	35	16	20	27	1.94
83965513--83965560	17	3.0	16	82	8	53	58	2	22	16	1.49
83965646--83965688	15	2.8	15	78	3	50	69	0	11	18	1.17
83972286--83972333	25	1.9	25	91	8	80	45	27	12	14	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83972798--83972968	46	3.6	47	82	10	183	22	31	19	26	1.98
83978454--83978494	22	1.9	22	95	5	75	17	29	43	9	1.80
83979697--83979812	46	2.5	46	81	8	128	23	29	18	28	1.98
83981195--83981246	25	2.1	25	100	0	104	44	23	3	28	1.71
83987571--83987623	21	2.5	21	90	3	79	58	9	1	30	1.40
84000214--84000582	40	9.6	40	77	11	324	24	27	23	25	2.00
84002310--84002392	41	2.0	41	100	0	166	22	26	19	31	1.98
84007455--84007677	79	2.8	78	83	7	272	24	27	22	25	2.00
84007455--84007677	39	5.7	40	87	6	280	24	27	22	25	2.00
84014178--84014423	120	2.0	120	100	0	492	32	23	11	32	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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