genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.44.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13182706--13182846	27	5.2	27	76	7	108	41	19	7	32	1.78
13182571--13182726	54	2.9	54	88	0	240	32	23	6	38	1.80
13182547--13182755	81	2.6	81	82	0	256	33	22	6	36	1.81
13182706--13182907	81	2.5	83	75	8	200	40	18	7	33	1.78
13182679--13182846	54	3.1	54	76	5	151	39	20	7	33	1.80
13182801--13182902	26	3.8	26	75	11	80	45	18	4	31	1.71
13182948--13183025	27	2.9	27	77	11	88	37	21	20	20	1.95
13183827--13183896	25	2.8	25	91	0	113	28	22	21	27	1.99
13184116--13184184	31	2.3	30	90	5	111	28	14	26	30	1.95
13184127--13184196	31	2.3	31	97	2	133	30	14	25	30	1.95
13187435--13187470	17	2.1	17	89	0	54	19	25	33	22	1.97
13187445--13187559	41	2.8	40	82	2	122	20	24	32	22	1.98
13188892--13189046	50	3.1	50	88	0	229	35	25	12	25	1.92
13190175--13190270	45	2.1	47	80	3	106	39	5	3	52	1.40
13205927--13206432	276	1.8	276	81	7	641	36	12	9	41	1.75
13206645--13206706	25	2.5	26	81	7	74	27	20	6	45	1.76
13207252--13207285	16	2.2	16	89	5	52	38	0	2	58	1.13
13215428--13215452	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
13217081--13217148	9	7.6	9	77	0	64	47	13	8	30	1.73
13217081--13217148	18	3.8	18	78	3	75	47	13	8	30	1.73
13217081--13217148	27	2.5	27	82	0	82	47	13	8	30	1.73
13217216--13217251	18	2.0	18	94	0	63	13	2	44	38	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13217573--13217614	17	2.5	17	96	3	77	40	7	0	52	1.29
13220862--13220919	26	2.3	26	85	11	77	65	1	10	22	1.32
13228188--13228259	25	2.9	25	83	4	74	27	23	27	20	1.99
13228240--13228309	25	2.8	25	74	8	70	37	21	24	17	1.94
13237570--13237794	90	2.5	90	82	5	276	27	28	24	19	1.99
13238808--13238867	29	2.1	29	96	0	111	45	43	1	10	1.47
13238806--13238866	18	3.8	18	68	29	57	45	40	3	9	1.53
13238808--13238888	29	2.9	29	85	7	96	45	43	1	9	1.45
13240685--13240728	19	2.3	20	80	7	56	40	0	2	56	1.11
13253915--13253963	19	2.6	19	81	15	66	36	0	0	63	0.95
13254490--13254561	31	2.4	30	81	4	81	38	5	11	44	1.63
13254906--13254959	26	2.1	25	83	10	65	57	1	1	38	1.20
13256597--13256801	42	4.8	43	83	5	247	27	32	18	21	1.96
13257074--13257164	43	2.1	43	87	2	130	43	9	10	35	1.73
13260233--13260265	15	2.3	15	89	5	50	39	30	0	30	1.57
13260648--13260849	41	5.0	41	92	1	325	27	29	23	19	1.98
13260648--13260849	81	2.5	82	93	0	334	27	29	23	19	1.98
13260903--13261035	40	3.3	41	79	7	141	24	22	20	32	1.98
13263122--13263172	25	2.0	25	96	0	93	54	15	23	5	1.63
13263829--13263861	15	2.1	17	88	11	52	42	0	0	57	0.98
13268958--13268991	10	3.5	10	88	8	52	61	0	8	29	1.26
13269104--13269145	18	2.3	18	100	0	84	19	28	23	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13271608--13271699	11	8.0	11	79	12	96	36	2	3	57	1.27
13271616--13271683	24	2.8	24	97	0	127	38	0	2	58	1.13
13271617--13271690	35	2.1	35	78	9	71	37	1	2	58	1.21
13272416--13272446	6	5.0	6	96	4	53	0	19	0	80	0.71
13274468--13274524	26	2.2	25	78	9	60	50	17	7	24	1.70
13280750--13280781	13	2.5	13	100	0	64	40	0	0	59	0.97
13284026--13284054	5	5.8	5	100	0	58	41	0	20	37	1.53
13287378--13287411	18	1.9	18	88	5	52	44	8	0	47	1.34
13296243--13297091	3	283.0	3	99	0	1680	66	0	33	0	0.93
13297090--13297122	3	11.0	3	100	0	66	33	0	33	33	1.58
13297846--13297887	15	2.8	15	85	0	57	45	14	23	16	1.84
13298204--13298243	20	2.0	20	100	0	80	20	15	30	35	1.93
13311194--13311235	21	2.0	21	95	0	75	9	35	2	52	1.47
13311198--13311243	21	2.2	21	84	7	58	8	39	2	50	1.46
13318248--13318275	12	2.3	12	100	0	56	35	10	21	32	1.88
13320706--13320740	18	1.9	18	88	0	52	65	0	0	34	0.93
13334768--13334846	34	2.4	34	89	4	126	30	20	6	43	1.76
13335912--13335938	9	3.0	9	100	0	54	66	0	0	33	0.92
13340524--13340568	19	2.4	19	96	3	83	28	15	8	46	1.76
13340492--13340825	109	3.0	109	65	20	290	37	11	11	39	1.78
13340750--13340794	19	2.4	19	96	3	83	28	15	8	46	1.76
13340399--13340825	226	1.9	227	98	0	820	36	11	11	41	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13350526--13350610	38	2.2	38	93	2	143	32	8	9	49	1.65
13350609--13351830	609	2.0	609	95	0	2221	28	28	18	24	1.98
13366733--13366804	32	2.2	32	82	0	90	33	44	12	9	1.75
13367781--13367832	21	2.4	21	93	6	86	25	11	5	57	1.55
13370022--13370064	14	3.3	13	78	21	54	37	6	6	48	1.57
13378351--13379248	40	22.5	40	84	1	1165	24	18	25	30	1.98
13378353--13379201	80	10.6	80	97	0	1601	24	17	25	31	1.97
13380821--13380850	13	2.4	13	94	5	53	40	0	30	30	1.57
13391156--13391192	18	2.1	17	90	5	56	70	2	8	18	1.25
13391214--13391247	11	3.0	11	86	4	50	85	0	14	0	0.60
13395994--13396070	19	4.1	19	78	8	77	33	9	18	38	1.82
13396002--13396055	20	2.8	20	80	8	58	31	7	22	38	1.82
13398994--13399083	29	3.1	28	84	13	121	28	13	28	28	1.94
13401107--13401150	17	2.6	17	96	3	81	25	25	11	38	1.89
13409187--13409252	25	3.0	21	75	16	78	28	1	15	54	1.50
13410508--13410564	28	2.1	27	90	6	89	57	1	3	36	1.26
13410551--13410592	18	2.3	18	91	0	66	47	0	2	50	1.14
13410669--13410706	19	2.0	19	94	0	67	50	5	10	34	1.59
13411116--13411451	179	1.9	179	86	3	489	40	7	18	33	1.78
13413769--13413813	15	3.1	14	83	6	54	13	17	13	55	1.69
13416377--13416423	19	2.3	20	82	10	60	36	0	14	48	1.44
13416776--13417161	50	7.6	50	72	6	253	26	17	25	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13416882--13417059	51	3.5	50	73	10	164	25	20	24	29	1.99
13416827--13417065	101	2.4	101	87	1	336	24	19	26	29	1.98
13416827--13417111	101	2.8	99	82	4	318	25	18	25	29	1.98
13417370--13417401	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
13422400--13422480	23	3.6	23	77	3	101	35	22	27	14	1.93
13427384--13427731	40	8.7	40	99	0	687	21	27	20	30	1.98
13430159--13430379	47	4.7	47	77	11	204	25	29	16	28	1.97
13430204--13430326	46	2.6	46	83	7	142	26	30	17	26	1.97
13430164--13430423	140	1.9	140	83	3	344	25	29	17	27	1.98
13439384--13439430	18	2.5	19	90	10	71	48	6	6	38	1.54
13439757--13439860	47	2.2	47	91	0	163	34	10	27	26	1.90
13439786--13439857	22	3.1	22	64	24	58	33	13	29	23	1.93
13441221--13441445	47	4.8	49	79	11	206	25	28	16	29	1.96
13441225--13441445	46	4.7	46	79	9	191	25	28	15	29	1.96
13441225--13441485	140	1.9	140	82	6	332	24	27	17	29	1.97
13441787--13441842	27	2.1	27	86	0	76	17	25	14	42	1.87
13444843--13444906	32	2.0	32	93	3	112	25	17	12	45	1.83
13448399--13448522	40	3.1	40	89	2	178	23	25	28	23	2.00
13456163--13456314	40	3.8	40	88	1	225	23	23	29	23	1.99
13460060--13460136	23	3.5	22	81	12	86	29	22	29	18	1.97
13466594--13466645	27	2.0	26	88	3	77	17	25	21	36	1.94
13475551--13475708	68	2.3	68	78	13	162	20	27	15	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13483099--13483256	68	2.3	68	95	0	280	23	30	13	32	1.94
13483099--13483282	68	2.7	67	89	5	237	22	28	14	34	1.93
13486700--13486825	9	14.7	9	74	9	84	39	11	5	42	1.65
13486707--13486807	18	5.8	18	81	6	93	40	11	6	40	1.69
13486762--13486809	25	1.9	25	91	0	78	39	12	6	41	1.68
13486739--13486825	34	2.5	34	75	3	84	37	12	5	43	1.67
13486980--13487038	23	2.5	24	78	8	68	35	22	25	16	1.95
13496296--13496801	47	10.6	47	90	2	787	33	8	29	28	1.86
13496296--13496801	96	5.3	96	94	1	862	33	8	29	28	1.86
13496296--13496801	143	3.5	141	91	2	787	33	8	29	28	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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