genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.269.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89187957--89188040	26	3.4	25	88	8	118	27	22	22	27	1.99
89188249--89188311	31	2.0	31	90	0	99	36	14	23	25	1.93
89199835--89199873	18	2.2	18	95	0	69	46	5	5	43	1.48
89200318--89200468	28	5.4	28	91	1	214	25	12	28	33	1.92
89203082--89203125	22	2.0	22	86	8	63	36	13	15	34	1.87
89203351--89204251	40	22.5	40	96	1	1569	31	25	20	22	1.98
89204459--89204558	48	2.1	49	96	1	184	28	15	12	45	1.81
89212392--89213292	40	22.5	40	96	1	1587	31	25	20	22	1.98
89213509--89213596	44	2.0	44	97	0	167	23	17	11	47	1.79
89220535--89220581	20	2.3	20	100	0	94	36	10	19	34	1.86
89220629--89220699	26	2.8	25	82	4	90	23	23	22	29	1.99
89220921--89220981	31	2.0	31	93	0	104	34	16	24	24	1.95
89240272--89240460	50	3.8	49	76	8	166	30	26	17	25	1.97
89251966--89252026	30	2.0	30	96	0	113	34	32	13	19	1.90
89255794--89255853	31	1.9	31	100	0	120	40	11	33	15	1.83
89272909--89273091	79	2.3	81	84	7	232	25	27	22	24	2.00
89272888--89273091	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	24	2.00
89276586--89276762	45	3.9	45	79	7	180	23	18	25	32	1.97
89276599--89276762	90	1.8	90	82	2	213	24	18	26	31	1.98
89284495--89284807	46	6.7	48	75	12	192	23	28	18	29	1.98
89284545--89284676	48	2.7	51	87	6	175	25	31	15	27	1.96
89286309--89286427	43	2.8	42	75	7	123	30	22	13	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89292154--89292201	20	2.4	20	96	0	87	25	35	22	16	1.95
89293528--89293651	42	2.9	42	77	7	133	29	26	16	28	1.97
89296311--89296363	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
89301183--89301827	322	2.0	322	100	0	1290	36	13	19	30	1.91
89311058--89311097	16	2.5	16	91	0	62	55	17	20	7	1.66
89312851--89312890	21	2.0	21	90	5	64	22	30	37	10	1.87
89318536--89318676	55	2.6	54	76	4	140	14	25	30	29	1.95
89327083--89327523	47	9.2	47	87	4	621	31	8	30	29	1.87
89327083--89327523	96	4.6	94	89	3	621	31	8	30	29	1.87
89327083--89327523	143	3.1	142	89	4	645	31	8	30	29	1.87
89327641--89327719	37	2.1	37	88	0	113	25	18	30	25	1.98
89329619--89329806	43	4.4	43	96	0	340	22	16	34	26	1.95
89329788--89329861	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
89330156--89330413	40	6.5	39	81	6	232	25	21	27	24	1.99
89333952--89334150	47	4.2	47	89	2	299	31	8	31	28	1.87
89333947--89334150	96	2.1	94	88	4	309	32	8	30	28	1.87
89334268--89334346	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
89336211--89336341	43	3.0	43	93	4	228	23	16	33	25	1.96
89336323--89336396	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
89336419--89337061	40	15.9	40	88	3	887	29	18	26	25	1.98
89336420--89337149	120	6.0	120	86	4	573	28	19	26	25	1.98
89336999--89337194	40	4.9	40	77	6	157	23	21	30	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89339667--89339691	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
89341123--89341449	96	3.4	96	91	0	505	31	8	30	29	1.86
89341126--89341460	143	2.3	142	87	3	483	31	8	30	29	1.87
89341123--89341460	47	7.1	47	88	2	478	31	8	30	29	1.87
89341582--89341660	37	2.1	37	83	0	95	24	16	30	29	1.96
89344574--89344646	37	2.0	37	100	0	146	34	5	13	46	1.67
89347075--89347256	40	4.6	40	88	4	253	23	26	23	26	2.00
89354871--89354994	46	2.7	46	82	6	142	27	19	29	23	1.98
89354964--89355128	47	3.5	46	84	9	176	27	17	28	26	1.98
89370034--89370092	29	2.1	27	82	14	84	44	11	13	30	1.80
89370042--89370098	29	2.0	29	100	0	114	40	10	17	31	1.84
89376404--89376448	20	2.2	20	88	0	63	35	13	2	48	1.54
89379317--89379443	28	4.5	28	84	3	148	33	25	12	28	1.92
89386669--89386795	29	4.5	28	87	3	155	33	24	12	29	1.92
89386668--89386796	57	2.3	57	86	2	179	32	25	12	29	1.92
89398539--89398662	28	4.4	29	82	4	146	25	14	34	25	1.94
89398518--89398662	57	2.6	56	80	8	143	24	13	34	27	1.93
89402549--89402725	27	6.5	27	80	3	167	25	16	29	28	1.97
89402549--89402704	82	1.9	81	84	3	206	25	16	29	28	1.97
89402545--89402725	82	2.2	81	80	2	202	25	16	28	28	1.97
89412226--89412274	18	2.9	17	87	6	64	18	6	0	75	1.00
89412226--89412272	11	4.5	11	80	20	57	17	6	0	76	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89420676--89420853	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
89420677--89420832	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
89420673--89420853	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
89443615--89443651	19	1.9	19	89	10	58	2	29	0	67	1.04
89445304--89445344	21	2.0	21	85	0	55	21	7	34	36	1.82
89445435--89445478	11	3.9	11	79	5	52	15	6	0	77	0.97
89445435--89445478	17	2.6	17	79	13	54	15	6	0	77	0.97
89445436--89445478	12	3.8	11	82	14	52	16	6	0	76	0.99
89450677--89450902	50	4.5	51	79	10	234	25	19	26	28	1.98
89450778--89450859	26	3.2	26	64	35	70	24	17	30	28	1.97
89466776--89466871	40	2.4	41	87	6	135	26	30	17	26	1.97
89484751--89484802	23	2.3	23	84	15	65	63	3	11	21	1.43
89489932--89490003	31	2.4	31	97	2	137	29	25	16	29	1.97
89510403--89510472	25	2.8	25	93	0	113	24	22	25	27	2.00
89511281--89511344	27	2.4	27	84	5	85	20	23	20	35	1.96
89511452--89511611	27	5.9	27	76	12	112	33	8	21	36	1.84
89511466--89511584	28	4.3	27	82	9	98	30	8	22	38	1.84
89511562--89511636	27	2.7	27	89	2	105	41	9	20	29	1.83
89517540--89517624	40	2.2	39	82	4	107	24	28	21	25	1.99
89519285--89519348	25	2.6	25	82	0	83	26	21	23	28	1.99
89520157--89520221	27	2.4	27	82	5	78	21	24	18	35	1.96
89520275--89520382	27	3.9	27	77	15	96	32	8	17	41	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89520272--89520441	54	3.1	55	81	5	168	33	10	17	39	1.83
89520348--89520461	27	4.2	27	80	6	124	30	7	20	41	1.81
89520337--89520461	54	2.3	53	86	2	160	29	8	20	41	1.81
89520493--89520584	27	3.4	27	86	0	121	44	8	19	27	1.80
89522242--89522289	20	2.5	19	77	9	53	70	0	10	18	1.15
89522268--89522299	6	4.9	7	92	7	50	75	0	0	25	0.81
89522242--89522299	19	3.0	20	82	5	66	70	0	8	20	1.13
89524264--89524358	42	2.2	42	85	5	120	31	25	17	25	1.97
89524245--89524401	43	3.7	43	80	7	158	31	27	18	22	1.97
89528414--89528484	37	1.9	37	97	0	133	32	28	5	33	1.80
89532784--89532888	43	2.4	43	87	3	140	34	23	16	25	1.95
89551422--89551473	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
89552316--89552439	47	2.6	48	84	7	146	27	29	18	25	1.98
89552505--89552675	94	1.8	92	81	7	211	22	29	19	28	1.98
89552505--89552678	46	3.7	46	73	14	151	22	29	20	27	1.99
89558501--89558718	45	4.8	44	77	13	165	21	30	20	27	1.98
89566197--89566294	43	2.3	43	87	0	133	33	25	14	26	1.94
89568601--89568647	19	2.5	19	92	0	76	23	4	48	23	1.68
89570122--89570164	16	2.6	17	82	10	54	60	18	9	11	1.57
89570379--89570491	29	4.0	29	83	2	140	25	13	29	31	1.93
89570377--89570492	28	4.1	29	82	5	139	26	12	28	31	1.93
89570377--89570492	57	2.0	57	85	3	153	26	12	28	31	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89572141--89572266	55	2.2	57	87	2	175	28	12	26	32	1.93
89572141--89572266	28	4.5	28	88	2	173	28	12	26	32	1.93
89572167--89572280	28	4.1	27	88	3	129	31	11	22	34	1.90
89578939--89579036	27	3.5	28	87	2	126	27	13	27	31	1.94
89578965--89579050	27	3.1	27	86	5	91	31	11	23	33	1.90
89591468--89591506	19	2.1	19	85	0	51	33	38	7	20	1.81
89601316--89601484	24	7.0	24	89	3	250	28	20	20	30	1.98
89601316--89601484	73	2.3	72	89	4	250	28	20	20	30	1.98
89601538--89601589	20	2.6	20	90	0	77	28	19	17	34	1.94
89601637--89601684	25	1.9	25	86	0	69	25	12	25	37	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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