Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
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          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
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          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   

This is table  21  of  322  ( 38559 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
5984005--5984125
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19
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2.1
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24
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2.8
13
86
4
54
28
5
2
62
1.32
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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1.9
19
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5
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2.0
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2.1
31
100
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3
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2.2
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2
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2.8
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2
162
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17
20
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2.5
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0
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13
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1.9
20
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33
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2.1
18
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62
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1.8
164
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13
22
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2.3
21
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6
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30
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4
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1.33
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21
2.0
21
90
0
64
29
21
29
19
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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31.3
3
69
17
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3
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6123007--6123103
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13
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21
62
31
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3
58
1.38
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19
1.9
19
94
0
65
27
5
5
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1.39
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2.0
21
90
0
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29
21
29
19
1.98
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2.0
48
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2.0
21
90
0
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29
21
29
19
1.98
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17
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1.97
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25
16
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16
25
1.96
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5
310
32
24
17
25
1.97
6148437--6148907
207
2.3
207
80
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538
32
25
16
25
1.96
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4.1
18
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0
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14
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1.79
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0
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2.3
20
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0
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0
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11
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1.19
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14
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0
2
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1.09
6166704--6166792
18
4.9
18
83
5
99
35
13
10
40
1.78
6166705--6166792
36
2.4
36
82
0
113
36
13
10
39
1.79
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
6173165--6173197
2
16.5
2
100
0
66
48
0
0
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1.00
6173770--6173870
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2.2
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0
139
45
15
15
22
1.85
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15
2.5
15
83
4
51
2
20
5
71
1.17
6176546--6176597
20
2.5
20
84
9
61
57
7
0
34
1.27
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2.1
30
93
0
106
24
4
14
56
1.58
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14
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15
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22
58
45
0
2
51
1.21
6187638--6187674
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2.3
16
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13
58
40
0
0
59
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14
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16
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0
2
50
1.12
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15
15
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28
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0
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1.92
6193568--6193605
18
2.1
18
95
0
67
55
0
0
44
0.99
6206671--6206700
15
2.0
15
93
0
51
30
0
3
66
1.07
6212695--6212738
19
2.3
20
84
7
56
27
20
11
40
1.86
6221318--6221352
17
2.0
18
94
5
63
74
2
0
22
0.95
6236661--6236800
70
2.0
70
98
0
271
32
21
23
22
1.98
6237547--6238077
61
8.7
61
87
1
652
28
20
18
32
1.96
6252536--6252571
18
1.9
19
88
5
56
33
27
0
38
1.57
6252984--6253016
17
1.9
17
88
11
50
51
3
0
45
1.16
6253566--6253594
14
2.0
15
93
6
51
55
0
0
44
0.99
6253989--6254051
30
2.1
30
93
0
108
23
3
14
58
1.50
6265086--6265133
25
2.0
24
88
12
71
47
2
20
29
1.61
6279409--6279439
15
2.1
15
100
0
62
32
0
25
41
1.56
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
6281526--6281633
54
2.0
54
96
0
198
26
12
16
43
1.84
6289376--6289435
30
2.0
30
83
9
77
45
3
5
46
1.41
6289436--6289468
16
2.0
17
88
5
50
48
0
0
51
1.00
6289426--6289470
23
2.0
22
82
4
54
48
2
0
48
1.13
6302149--6302183
18
1.9
18
88
0
52
40
0
0
60
0.97
6318078--6318497
141
3.0
140
89
2
619
34
25
10
29
1.89
6320027--6320157
40
3.3
38
78
10
145
31
19
25
23
1.98
6320045--6320159
40
2.9
40
84
3
169
32
20
22
25
1.98
6321793--6321908
59
2.0
58
96
1
207
32
35
2
28
1.71
6322600--6322693
47
2.0
46
93
2
161
34
23
11
29
1.90
6326569--6326605
17
2.2
17
100
0
74
64
18
0
16
1.29
6328967--6329071
3
36.3
3
69
12
51
59
4
1
34
1.30
6328935--6329070
11
11.9
11
70
20
59
59
3
3
33
1.32
6332402--6332426
12
2.1
12
100
0
50
40
36
8
16
1.77
6342292--6342359
27
2.7
24
82
11
66
26
8
7
57
1.55
6345791--6345832
18
2.4
18
80
11
52
26
14
14
45
1.83
6345901--6346273
139
2.7
138
81
6
410
28
25
10
35
1.90
6350026--6350315
42
6.7
42
84
7
330
27
15
6
50
1.68
6350026--6350315
133
2.2
126
84
5
366
27
15
6
50
1.68
6350026--6350315
84
3.4
84
84
6
364
27
15
6
50
1.68
6355757--6355795
19
2.1
19
90
0
60
53
5
0
41
1.23
6356011--6356046
17
2.1
18
94
5
65
30
8
22
38
1.83
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
6357397--6357440
21
2.0
22
83
12
56
70
6
0
22
1.11
6364637--6365573
6
156.2
6
99
0
1865
49
16
0
33
1.47
6366443--6366510
27
2.5
27
87
0
91
16
30
36
16
1.90
6368658--6368695
18
2.1
19
90
5
60
73
5
0
21
1.02
6373612--6373660
6
8.2
6
95
0
89
32
2
16
48
1.57
6374694--6374718
11
2.3
11
100
0
50
56
0
0
44
0.99
6377174--6377198
12
2.1
12
100
0
50
8
8
20
64
1.46
6378185--6378224
21
1.9
21
90
10
64
42
0
0
57
0.98
6378483--6378520
13
2.9
13
92
0
67
39
26
7
26
1.83
6383244--6383289
16
2.8
17
83
3
58
58
2
2
36
1.22

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
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          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322