Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
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          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   

This is table  29  of  322  ( 38559 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
8563847--8563916
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2.0
23
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2.0
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2.7
20
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1
2
32
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8627521--8627617
9
10.7
9
69
19
51
62
2
3
31
1.22
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
8627521--8627625
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1.07
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9
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9
66
11
56
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2
0
60
1.11
8627849--8627897
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2.6
18
80
6
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2
0
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2.0
32
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30
2.0
30
100
0
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18
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1.51
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16
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1.95
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52
4.0
52
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10
193
24
17
28
29
1.97
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4.1
47
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20
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0
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20
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0
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22
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1.9
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4
0
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3.2
16
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0
86
28
0
36
34
1.58
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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0
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0
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0
0
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0
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0
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1.18
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29
28
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24
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21
4.2
21
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15
58
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5
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15
1.45
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2.1
40
100
0
168
20
11
10
57
1.64
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
8739088--8739176
28
3.2
28
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0
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15
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1.88
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1.81
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3.0
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18
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65
8
0
25
1.21
8743854--8743926
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21
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24
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68
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0
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1.16
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0
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0
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1.9
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0
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12
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1.93
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90
0
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30
24
21
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1.99
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30
2.0
30
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0
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35
16
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0
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0
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10
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1.81
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18
2.3
18
95
0
75
38
4
9
47
1.57
8767801--8767843
6
7.5
6
89
5
63
81
0
2
16
0.79
8767801--8767845
18
2.6
17
93
6
74
80
0
4
15
0.87
8777228--8777287
20
3.1
21
75
15
67
48
3
0
48
1.18
8783310--8783343
5
6.6
5
93
6
59
82
0
0
17
0.67
8783310--8783343
16
2.1
16
100
0
68
82
0
0
17
0.67
8789401--8789486
42
2.0
42
100
0
172
25
22
26
25
2.00
8790029--8790056
3
9.3
3
100
0
56
32
0
0
67
0.91
8791635--8791760
59
2.2
57
81
9
139
23
15
11
50
1.76
8791963--8792008
24
1.9
24
86
0
65
67
2
2
28
1.14
8793516--8793586
31
2.3
31
83
11
85
25
15
8
50
1.72
8794294--8794331
3
13.0
3
88
5
60
0
36
0
63
0.95
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
8794293--8794327
17
2.0
18
94
5
63
0
40
0
60
0.97
8794294--8794343
26
1.9
26
84
8
66
2
34
4
60
1.27
8795174--8795293
60
2.0
60
100
0
240
36
23
16
23
1.94
8798946--8798993
20
2.4
21
80
16
57
70
6
2
20
1.19
8799439--8799466
13
2.2
13
100
0
56
50
7
14
28
1.69
8800863--8801050
44
4.3
43
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4
232
27
15
18
37
1.92
8801061--8801106
22
2.1
22
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0
83
23
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30
1.80
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22
2.7
21
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15
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5
5
20
1.27
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3
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3
100
0
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0
0
31
0.90
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46
3.6
45
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6
192
20
23
13
42
1.88
8817821--8817959
46
3.0
46
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5
197
20
23
13
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1.88
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39
2.3
39
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5
132
25
28
22
23
2.00
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4.1
40
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10
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24
27
23
25
2.00
8824889--8825049
44
3.7
44
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6
175
27
23
20
27
1.99
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12
3.8
12
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19
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57
0
11
31
1.33
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15
2.7
15
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17
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35
7
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40
1.76
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28
2.0
28
100
0
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28
10
17
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20
1.9
20
100
0
76
47
15
18
18
1.83
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33
2.2
33
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2
81
34
25
18
22
1.96
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23
2.0
23
100
0
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39
30
17
13
1.87
8864295--8864578
131
2.1
132
81
3
320
30
19
16
33
1.94
8864471--8864811
133
2.6
133
77
3
346
28
19
17
34
1.94
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
8871816--8871873
3
19.3
3
92
0
98
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1
31
1
1.13
8873390--8873419
7
4.3
7
95
0
51
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0
10
43
1.37
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17
3.6
16
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15
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0
0
71
0.86
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2.4
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0
0
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2.5
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1
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7
9.9
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77
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5
1
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1
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44
2.8
42
80
12
118
31
9
1
57
1.40

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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          321   322