genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.256.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85032403--85032457	4	13.8	4	100	0	110	23	0	25	50	1.49
85033006--85033065	25	2.4	25	88	5	86	18	11	31	38	1.87
85033078--85033157	25	3.2	24	73	7	79	20	8	30	41	1.82
85033006--85033131	66	1.9	66	88	0	189	19	12	28	38	1.89
85034843--85034978	39	3.5	40	79	4	143	44	22	4	29	1.72
85037163--85037191	14	2.1	14	100	0	58	55	20	0	24	1.44
85040567--85040744	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
85040568--85040723	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
85040564--85040744	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
85048631--85048808	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
85048632--85048787	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
85048628--85048808	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
85052299--85052334	18	1.9	19	88	5	56	19	8	0	72	1.10
85056027--85056245	49	4.6	47	78	11	207	27	20	29	22	1.98
85056996--85057130	55	2.5	55	85	0	171	23	19	29	27	1.98
85063277--85063416	37	3.8	37	93	0	235	24	31	20	23	1.98
85063557--85063890	48	7.0	48	91	2	523	30	27	7	34	1.85
85067431--85067587	28	5.5	28	74	6	136	30	28	18	22	1.97
85067458--85067559	29	3.6	29	77	7	109	29	30	16	23	1.96
85067431--85067591	57	2.8	57	89	0	232	30	29	18	22	1.97
85067619--85067987	40	9.3	40	95	0	627	28	28	19	24	1.98
85069275--85069375	37	2.7	37	95	0	175	25	29	20	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85069516--85069678	48	3.4	48	96	0	299	30	28	6	34	1.82
85069659--85069702	21	2.1	21	100	0	88	34	22	0	43	1.54
85069611--85069750	69	2.0	69	98	0	271	32	25	3	37	1.73
85069563--85069785	117	1.9	117	94	0	392	31	26	5	35	1.79
85069516--85069839	165	2.0	161	90	2	513	32	27	5	35	1.80
85069689--85069859	92	1.9	92	89	0	270	32	26	6	34	1.82
85069680--85069870	48	4.1	48	85	5	264	32	26	5	35	1.80
85075307--85075363	30	1.9	30	92	0	96	35	14	26	24	1.93
85077860--85077891	7	4.6	7	100	0	64	0	53	0	46	1.00
85077912--85077949	18	2.1	19	85	5	51	18	10	0	71	1.14
85077964--85078002	20	2.0	19	85	14	53	46	5	0	48	1.24
85078582--85078616	15	2.4	15	90	4	54	34	34	2	28	1.72
85082821--85083044	40	5.6	40	91	1	308	24	20	28	26	1.99
85082782--85083044	80	3.3	80	85	3	318	23	20	28	26	1.99
85082782--85083044	120	2.2	120	82	4	318	23	20	28	26	1.99
85085420--85085461	20	2.1	20	95	0	75	38	9	28	23	1.86
85091601--85091809	27	7.6	27	83	6	231	27	14	27	30	1.95
85091685--85091737	18	3.2	18	65	25	53	28	15	26	30	1.96
85091600--85091809	86	2.5	82	80	9	230	27	15	27	30	1.96
85091604--85091809	113	1.8	112	85	3	288	27	14	27	30	1.95
85098852--85099054	45	4.6	45	89	4	299	25	28	22	23	1.99
85100377--85100456	37	2.2	37	86	4	108	27	31	17	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85100575--85100921	47	7.4	47	94	0	561	26	31	9	32	1.89
85103276--85103424	47	3.2	47	94	0	253	46	14	12	26	1.79
85107231--85107302	34	2.1	35	84	7	94	20	26	11	41	1.86
85111312--85111382	34	2.0	36	84	10	94	22	26	8	42	1.82
85121032--85121176	43	3.4	44	74	7	127	27	15	22	33	1.95
85125340--85125470	47	2.8	47	89	4	194	33	28	16	22	1.95
85131071--85131227	41	3.7	42	77	10	149	27	20	25	26	1.99
85138466--85138496	15	2.1	15	100	0	62	45	25	0	29	1.54
85138817--85138931	29	4.0	29	74	5	108	25	31	13	29	1.94
85138823--85138931	58	1.9	57	81	9	132	23	32	14	29	1.94
85151344--85151702	46	7.6	47	71	11	189	28	19	26	25	1.98
85154361--85154536	77	2.3	75	88	6	255	22	19	25	32	1.97
85165251--85165464	47	4.6	46	74	13	138	24	29	18	26	1.98
85165300--85165467	46	3.6	47	78	8	148	23	30	18	27	1.98
85167585--85167616	11	2.8	11	95	4	55	62	3	9	25	1.40
85170291--85170323	15	2.2	15	100	0	66	39	6	6	48	1.53
85170639--85170757	60	2.0	60	88	3	177	51	13	0	35	1.41
85170659--85170755	33	3.1	32	69	22	89	50	12	0	37	1.40
85170914--85170984	28	2.5	29	84	13	94	0	25	0	74	0.82
85171290--85171351	30	2.2	28	83	13	74	64	0	1	33	1.03
85171292--85171351	31	1.9	31	93	6	104	63	0	1	35	1.05
85172522--85172581	25	2.4	25	94	0	102	53	8	1	36	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85173013--85173066	24	2.2	24	90	0	81	29	3	18	48	1.65
85176283--85176381	33	3.2	33	61	19	84	21	16	16	46	1.84
85176257--85176384	61	2.1	61	97	1	238	21	14	17	45	1.85
85176494--85176567	37	2.0	37	97	0	139	10	12	24	52	1.70
85181549--85181612	25	2.6	25	74	18	62	43	1	3	51	1.26
85182287--85182374	45	2.0	43	80	8	97	48	3	1	46	1.26
85189689--85189807	60	2.0	60	88	3	177	51	13	0	35	1.41
85189709--85189805	33	3.1	32	69	22	89	50	12	0	37	1.40
85189964--85190034	28	2.5	29	84	13	94	0	25	0	74	0.82
85190340--85190401	30	2.2	28	83	13	74	64	0	1	33	1.03
85190342--85190401	31	1.9	31	93	6	104	63	0	1	35	1.05
85191572--85191631	25	2.4	25	94	0	102	53	8	1	36	1.41
85192063--85192116	24	2.2	24	90	0	81	29	3	18	48	1.65
85195333--85195431	33	3.2	33	61	19	84	21	16	16	46	1.84
85195307--85195434	61	2.1	61	97	1	238	21	14	17	45	1.85
85195544--85195617	37	2.0	37	97	0	139	10	12	24	52	1.70
85200599--85200662	25	2.6	25	74	18	62	43	1	3	51	1.26
85201337--85201424	45	2.0	43	80	8	97	48	3	1	46	1.26
85205212--85205238	5	5.4	5	100	0	54	18	0	0	81	0.69
85206906--85206958	28	1.9	27	85	11	72	18	5	20	54	1.64
85206904--85206964	28	2.2	27	77	8	70	16	4	18	60	1.52
85207146--85207180	16	2.2	17	90	10	56	57	0	2	40	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85207154--85207217	26	2.5	24	80	9	65	46	3	1	48	1.27
85215824--85215856	15	2.1	16	94	5	59	15	18	6	60	1.54
85218405--85218543	71	1.9	72	94	1	244	27	9	20	43	1.82
85218738--85218765	14	2.0	14	100	0	56	57	0	0	42	0.99
85218848--85218924	14	5.0	15	71	20	52	42	15	9	32	1.78
85218864--85218903	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
85218852--85218918	34	1.9	35	90	3	109	46	13	8	31	1.74
85218887--85218926	14	2.9	14	84	0	53	42	17	7	32	1.77
85220446--85220480	16	2.2	16	90	10	54	54	2	0	42	1.15
85220559--85220600	20	2.2	20	91	4	68	52	11	9	26	1.68
85225672--85225706	16	2.2	17	90	10	56	57	0	2	40	1.14
85225680--85225743	26	2.5	24	80	9	65	46	3	1	48	1.27
85230839--85230883	19	2.3	20	96	3	83	48	11	11	28	1.73
85230867--85230904	14	2.7	14	91	0	58	34	7	7	50	1.61
85236459--85236498	19	2.1	19	100	0	80	50	0	30	20	1.49
85236726--85236778	2	26.5	2	100	0	106	50	0	49	0	1.00
85238451--85238493	21	2.1	20	91	4	68	23	0	0	76	0.78
85238451--85238493	10	4.3	10	88	8	61	23	0	0	76	0.78
85239364--85239417	18	2.9	17	78	15	54	31	1	0	66	1.02
85239370--85239417	9	4.9	10	78	14	55	33	2	0	64	1.05
85240899--85240923	12	2.1	12	100	0	50	84	0	0	16	0.63
85245791--85245825	14	2.3	16	90	9	56	31	0	5	62	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85245789--85245831	16	2.7	15	80	20	52	34	0	4	60	1.17
85245809--85245846	20	1.9	20	84	10	51	34	2	2	60	1.24
85247786--85247922	64	2.2	64	97	1	258	36	5	17	40	1.74
85250476--85250519	21	2.1	21	83	8	54	47	4	0	47	1.22
85250594--85250632	14	3.0	13	82	10	53	53	0	0	46	1.00
85254592--85254619	5	5.6	5	100	0	56	0	21	0	78	0.75
85258866--85258905	2	20.0	2	100	0	80	50	0	50	0	1.00
85259411--85259461	6	8.8	6	82	8	52	0	25	1	72	0.95
85259412--85259462	17	3.1	16	75	10	57	0	23	1	74	0.92
85259409--85259454	17	2.7	18	80	10	60	0	21	2	76	0.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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