genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.84.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26858789--26858816	9	3.1	9	100	0	56	46	10	0	42	1.38
26860473--26860726	40	6.4	40	87	5	331	24	27	22	25	2.00
26862446--26862531	43	2.0	43	97	0	163	44	12	18	24	1.85
26864505--26864551	17	2.8	17	77	6	51	25	17	14	42	1.87
26866460--26866567	26	4.4	24	87	5	137	28	22	19	29	1.98
26866618--26866691	20	3.8	20	87	7	100	33	20	9	36	1.85
26873484--26873555	36	2.0	36	100	0	144	38	13	25	22	1.91
26881047--26882159	47	23.6	47	96	0	1944	29	28	8	34	1.87
26887886--26887994	51	2.2	48	88	6	155	29	22	18	29	1.97
26887886--26887994	25	4.4	25	88	5	159	29	22	18	29	1.97
26888044--26888138	20	4.8	20	91	5	142	35	18	8	36	1.82
26888044--26888121	11	7.6	11	73	16	78	34	19	8	37	1.83
26888061--26888137	9	7.8	10	75	16	63	36	19	7	36	1.81
26890683--26890859	27	6.5	27	83	3	203	27	15	27	29	1.96
26890684--26890839	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
26890680--26890859	82	2.2	81	83	3	227	27	15	27	30	1.96
26891316--26891477	81	2.0	81	95	2	290	16	25	23	33	1.96
26902099--26902271	56	3.1	56	98	0	337	45	9	23	22	1.81
26903400--26903624	40	5.7	40	81	10	239	25	21	26	25	2.00
26903400--26903624	79	2.8	80	80	9	253	25	21	26	25	2.00
26903407--26903647	119	2.0	119	81	9	278	27	20	25	26	1.99
26909336--26909401	25	2.6	25	90	2	96	22	19	24	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26909836--26909877	16	2.6	17	81	11	52	54	9	0	35	1.33
26915676--26915746	31	2.2	33	92	7	119	59	16	4	19	1.54
26916065--26916142	37	2.1	37	92	4	131	38	50	0	11	1.39
26916065--26916122	16	3.3	16	70	21	53	43	48	0	8	1.34
26916212--26916323	27	4.2	26	82	7	125	35	23	23	17	1.95
26938177--26938289	27	4.2	26	83	7	127	39	22	22	15	1.91
26938809--26938881	35	2.1	35	97	0	137	35	26	4	34	1.75
26939755--26939803	24	2.0	24	92	0	80	22	40	4	32	1.73
26942413--26943003	50	11.8	50	75	6	471	26	17	25	29	1.98
26942455--26942942	101	4.9	100	77	6	416	27	18	25	28	1.98
26942413--26942997	151	3.9	151	89	2	820	26	17	25	29	1.98
26943201--26943230	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
26946678--26946797	43	2.8	41	75	15	102	27	25	20	25	1.99
26954027--26954119	42	2.2	43	78	5	100	27	20	20	31	1.97
26957604--26957693	29	3.2	29	82	3	121	27	31	14	26	1.95
26962412--26962656	50	4.9	50	85	1	303	25	16	27	30	1.97
26962570--26962978	205	2.0	205	100	0	818	30	14	24	30	1.95
26963059--26963088	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
26964730--26964791	25	2.5	25	81	5	72	25	25	16	32	1.96
26967280--26967334	10	5.7	10	77	14	53	10	23	43	21	1.84
26967761--26967826	28	2.4	27	73	12	64	16	18	22	42	1.89
26969865--26969999	55	2.5	55	90	7	204	22	31	25	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26970893--26971059	46	3.6	46	81	6	167	25	28	17	29	1.97
26970795--26971065	94	2.9	90	74	14	246	25	29	17	28	1.97
26971391--26971447	29	1.9	30	89	3	89	28	24	14	33	1.94
26972857--26972932	30	2.5	30	86	0	107	26	25	10	38	1.88
26972887--26973091	30	6.8	30	76	10	143	22	26	12	37	1.90
26972887--26973109	61	3.7	60	75	9	202	22	26	12	38	1.90
26976086--26976151	35	1.9	33	81	6	78	31	22	15	30	1.95
26978450--26978501	26	2.0	26	96	0	95	23	17	15	44	1.86
26978482--26978522	20	2.0	20	100	0	82	21	24	19	34	1.97
26987126--26987387	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00
26997093--26997356	40	6.7	40	89	5	360	25	21	27	25	1.99
26997093--26997389	119	2.5	118	81	9	338	26	21	27	25	1.99
27000527--27000604	40	2.0	39	82	12	97	50	12	8	28	1.71
27003884--27004040	43	3.7	43	80	9	160	26	17	23	31	1.97
27006815--27006955	27	5.2	27	86	1	185	25	14	21	39	1.91
27006815--27006993	27	6.6	27	80	3	173	25	16	20	37	1.93
27006815--27006998	81	2.3	81	83	0	233	25	16	20	37	1.93
27008132--27008210	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
27008329--27008649	49	6.6	49	94	0	538	31	29	6	32	1.83
27017844--27018025	29	6.3	29	91	3	271	33	25	11	29	1.91
27020019--27020155	46	3.0	46	90	0	220	25	30	8	35	1.86
27020172--27020340	22	7.3	22	64	23	62	26	28	11	33	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27020129--27020699	47	12.1	47	92	1	811	26	30	11	32	1.91
27020335--27020553	25	9.2	24	61	25	74	27	31	11	29	1.91
27030505--27030646	43	3.3	43	77	13	132	26	16	21	34	1.95
27030510--27030666	43	3.7	43	71	10	124	26	17	22	32	1.97
27038544--27038583	21	2.0	20	85	5	53	47	25	17	10	1.78
27042992--27043071	42	1.9	42	86	0	115	27	18	16	37	1.92
27049601--27049639	19	2.1	19	100	0	78	30	15	20	33	1.94
27050877--27050911	13	2.7	13	100	0	70	0	31	37	31	1.58
27056220--27057217	208	4.7	208	81	8	961	35	15	18	30	1.92
27056220--27056732	104	4.9	104	83	1	607	36	14	18	30	1.91
27056715--27056750	18	2.0	18	100	0	72	38	11	16	33	1.84
27056611--27056855	123	2.0	122	85	2	330	36	16	17	30	1.92
27056733--27057217	105	4.6	105	84	2	609	35	16	17	30	1.93
27057130--27057282	68	2.3	68	81	3	177	35	18	15	30	1.93
27063504--27063536	16	2.0	16	94	5	57	0	30	0	69	0.88
27068024--27068059	18	1.9	19	88	5	56	50	2	0	47	1.15
27068052--27068086	10	3.6	10	84	7	54	68	2	0	28	1.04
27068047--27068086	19	2.2	18	95	4	71	67	2	0	30	1.04
27081747--27081964	45	4.8	45	80	5	203	42	14	21	21	1.88
27081757--27081965	90	2.3	90	83	4	262	41	14	21	22	1.89
27081802--27082010	90	2.3	89	82	4	233	38	16	22	22	1.92
27081757--27082009	45	5.7	43	75	11	163	39	15	21	22	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27087078--27087145	30	2.3	30	84	5	84	47	5	19	27	1.72
27088551--27088576	3	8.7	3	100	0	52	34	0	65	0	0.93
27089270--27089533	46	5.7	46	96	0	467	38	14	23	23	1.91
27089829--27089861	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
27090560--27090604	24	1.9	23	90	4	72	44	24	22	8	1.81
27100157--27100202	20	2.3	21	82	17	62	32	0	10	56	1.34
27100152--27100208	19	3.1	19	85	12	66	33	0	8	57	1.29
27103602--27103779	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
27103603--27103758	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
27103599--27103779	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
27105330--27105668	171	2.0	171	95	0	615	31	17	23	27	1.97
27118910--27118957	15	3.3	14	80	8	60	4	18	0	77	0.93
27118910--27118968	21	2.8	21	87	5	75	6	22	0	71	1.09
27122697--27122928	56	4.1	56	98	0	446	22	21	9	45	1.81
27129524--27129676	33	4.6	33	90	0	252	32	20	8	38	1.83
27129662--27129726	32	2.0	33	81	3	78	36	23	12	27	1.90
27137130--27137353	99	2.3	99	89	3	353	32	21	8	36	1.85
27137130--27137327	33	6.0	33	95	1	344	31	21	8	38	1.83
27137132--27137369	66	3.6	65	89	2	325	32	22	9	36	1.86
27137280--27137377	32	3.0	33	79	5	92	34	22	11	31	1.89
27137577--27137622	23	2.0	23	100	0	92	43	13	4	39	1.63
27139598--27139809	49	4.5	48	74	8	184	25	29	19	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27151899--27152293	33	12.0	33	83	1	481	34	9	20	35	1.85
27151900--27152292	66	6.0	66	90	2	594	34	9	20	35	1.85
27151946--27152281	131	2.6	131	92	1	557	36	9	19	35	1.84
27151946--27152337	197	2.0	197	86	3	556	36	10	20	33	1.86
27160526--27160582	25	2.3	25	78	6	62	31	15	10	42	1.81
27164447--27164802	47	7.6	47	96	0	640	32	7	30	29	1.86
27178106--27178215	42	2.6	43	81	8	127	28	23	20	28	1.99
27179876--27180003	49	2.6	49	84	6	154	22	30	20	26	1.98
27180529--27180585	30	1.9	30	92	0	96	31	24	10	33	1.89
27189952--27190029	19	4.4	19	73	18	62	42	11	6	39	1.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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