Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   

This is table  165  of  322  ( 38559 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
54051151--54051238
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2.7
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104
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Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
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Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
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Percent
Indels
Score
A
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(0-2)
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28
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1.52
Indices
Period
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Number
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Score
A
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(0-2)
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2.6
38
77
8
101
29
25
19
25
1.98
54169876--54169916
20
2.0
20
85
0
55
31
17
19
31
1.95
54171425--54171508
40
2.1
40
97
0
159
27
3
13
55
1.54
54174703--54174765
29
2.2
28
77
5
72
19
17
3
60
1.49
54174792--54174870
28
2.9
28
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5
90
20
15
8
55
1.66
54177349--54177377
11
2.6
11
100
0
58
58
17
24
0
1.38
54184626--54184656
12
2.6
12
100
0
62
83
0
6
9
0.79
54184626--54184659
6
5.7
6
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0
50
82
0
5
11
0.83
54186737--54186793
15
3.9
14
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1
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1.50
54187170--54187228
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2.7
21
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13
18
23
44
1.86
54188111--54188144
15
2.3
15
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0
50
35
2
23
38
1.70
54189032--54189071
19
2.1
19
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0
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15
2
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1.55
54190705--54190761
30
1.9
30
85
0
78
14
22
35
28
1.93
54192568--54192658
6
15.3
6
89
1
130
79
4
1
15
0.95
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
54192568--54192658
24
3.8
24
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1
157
79
4
1
15
0.95
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21
2.9
21
81
9
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73
1
12
12
1.18
54206686--54206748
26
2.4
27
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7
76
53
0
1
44
1.10
54212160--54212237
22
3.2
24
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20
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55
2
0
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1.13
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22
2.2
22
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55
0
2
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1.11
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15
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0
6
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1.23
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15
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32
0
6
60
1.23
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2.0
384
100
0
1536
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11
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1.63
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1.9
19
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18
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15
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15
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0
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0
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18
18
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17
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54227595--54227768
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3.9
45
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1
152
25
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16
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3
0
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4.2
26
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24
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1.83
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23
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15
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53
3
2
39
1.33
54240634--54240671
15
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4
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2
2
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1.26
54245217--54245572
180
2.0
180
86
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493
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16
15
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1.90
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5
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5
100
0
54
81
0
0
18
0.69
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1.9
17
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2
0
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1.08
54259552--54259590
19
2.1
19
85
4
53
33
0
0
66
0.92
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
54259674--54259708
17
2.1
17
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0
61
34
8
0
57
1.29
54259699--54259752
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2.9
18
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17
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31
1
3
62
1.23
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15
3.3
15
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17
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1.62
54270570--54270730
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9
14
31
1.77
54270715--54270763
18
2.6
19
77
6
55
46
16
12
24
1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          321   322