genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.83.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26486916--26487361	108	4.1	108	95	0	748	39	19	9	31	1.84
26486916--26487392	27	17.7	27	81	1	517	38	19	9	31	1.84
26487374--26487702	27	12.2	27	86	4	366	34	18	20	26	1.96
26487239--26487677	54	8.1	53	80	4	229	36	18	16	28	1.93
26487320--26487702	81	4.7	82	79	5	347	34	18	19	26	1.95
26488130--26488185	22	2.5	22	77	11	69	19	23	21	35	1.96
26488353--26488454	27	3.8	27	87	5	134	18	23	21	36	1.95
26488602--26488659	19	3.4	19	65	30	58	18	17	17	46	1.84
26488591--26488710	6	19.3	6	71	19	86	19	17	15	48	1.81
26488591--26488726	31	4.4	31	86	3	168	19	16	14	49	1.80
26493587--26493691	42	2.5	42	83	9	126	29	21	12	36	1.90
26496547--26496588	22	1.9	22	90	0	66	45	0	0	54	0.99
26502000--26502177	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
26502001--26502156	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
26501997--26502177	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
26513629--26513890	39	6.7	40	88	7	337	24	27	22	25	2.00
26523289--26523461	45	3.7	45	78	7	211	24	18	30	26	1.98
26523284--26523514	95	2.4	95	88	0	327	26	20	28	24	1.99
26525672--26525845	49	3.5	49	85	3	249	25	18	25	29	1.98
26525671--26525853	100	1.8	100	95	0	330	25	19	26	28	1.99
26528947--26528979	15	2.2	15	94	0	57	18	12	12	57	1.64
26529425--26530784	679	2.0	679	99	0	2702	34	10	21	33	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26532166--26532297	50	2.7	49	87	1	183	25	16	28	29	1.97
26536472--26536558	27	3.2	27	88	3	77	24	19	25	31	1.98
26536484--26536575	27	3.4	27	93	0	157	21	19	21	36	1.95
26536500--26536625	27	4.6	28	85	7	106	26	13	23	37	1.91
26536488--26536590	54	1.9	54	86	4	145	24	17	22	35	1.95
26536557--26536680	54	2.3	54	83	5	144	29	7	20	42	1.79
26536556--26536681	27	4.7	27	81	2	119	28	7	21	42	1.79
26536591--26536713	54	2.3	54	82	2	140	30	6	19	43	1.76
26536689--26536869	27	6.7	27	85	1	265	39	8	23	28	1.85
26536689--26536869	80	2.2	81	88	2	267	39	8	23	28	1.85
26538319--26538378	6	9.8	6	76	16	52	45	13	20	21	1.85
26538333--26538389	25	2.3	25	81	0	69	43	14	19	22	1.86
26542525--26542652	29	4.4	29	80	2	134	41	22	11	24	1.87
26542525--26542652	58	2.2	57	81	4	159	41	22	11	24	1.87
26555453--26555526	32	2.3	33	90	4	116	50	8	18	22	1.74
26557723--26557767	20	2.3	19	88	3	63	71	0	2	26	0.98
26557750--26557780	14	2.2	14	100	0	62	77	0	6	16	0.97
26559447--26559485	19	2.1	19	100	0	78	35	5	5	53	1.45
26560154--26560185	16	1.9	17	93	6	57	34	0	6	59	1.23
26560352--26560381	15	2.0	15	100	0	60	73	0	13	13	1.10
26567701--26567875	40	4.4	40	99	0	332	21	20	29	29	1.98
26567701--26567899	80	2.5	80	90	0	254	22	20	27	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26574538--26574606	6	10.8	6	75	17	59	76	2	15	4	1.06
26574547--26574587	20	2.0	20	90	0	64	82	2	12	2	0.86
26574576--26574621	20	2.3	20	92	0	74	69	2	21	6	1.22
26574540--26574606	26	2.6	26	83	4	82	77	2	14	4	1.05
26580479--26580571	43	2.2	43	90	0	150	22	32	22	22	1.98
26585895--26585928	16	2.1	16	88	5	50	8	0	14	76	1.01
26592932--26593005	16	4.8	16	77	15	84	50	0	2	47	1.15
26592930--26593021	7	12.2	8	74	17	74	50	0	2	47	1.13
26600720--26600854	48	2.8	48	95	0	234	33	6	28	31	1.83
26601001--26601187	37	5.1	37	90	2	295	24	18	31	25	1.98
26603881--26603949	15	4.6	15	85	0	75	11	17	13	57	1.64
26603874--26603961	30	3.0	29	81	6	97	10	14	15	59	1.61
26619486--26619668	40	4.6	40	86	3	253	22	21	26	28	1.99
26629563--26629771	38	5.0	38	71	19	148	29	14	24	31	1.95
26629593--26629726	48	2.8	48	85	1	180	29	14	23	33	1.94
26637264--26637387	48	2.6	48	84	1	169	32	16	20	30	1.95
26637351--26637427	38	2.0	38	92	0	127	29	15	25	28	1.96
26642606--26642637	15	2.0	17	88	11	50	43	31	0	25	1.55
26643851--26643897	21	2.2	22	78	14	55	40	17	0	42	1.49
26646521--26646662	51	2.8	51	80	4	162	27	30	17	24	1.97
26646615--26646757	50	2.8	51	76	5	146	32	28	16	21	1.95
26649326--26649355	15	2.0	15	93	0	51	50	0	10	40	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26649380--26649411	10	3.3	10	95	4	57	31	6	0	62	1.20
26652896--26652965	36	1.9	36	97	0	131	41	5	30	22	1.77
26654457--26654589	49	2.8	47	90	4	212	31	9	31	27	1.89
26654587--26654798	49	4.4	49	90	3	324	32	7	30	30	1.84
26654459--26654694	130	1.8	130	88	0	364	31	8	29	30	1.86
26657950--26658015	27	2.5	26	80	11	64	18	4	1	75	1.04
26663431--26663479	25	1.9	26	91	4	82	18	16	0	65	1.28
26664102--26664159	22	2.7	21	76	12	55	17	36	25	20	1.94
26664121--26664169	22	2.2	22	85	7	64	14	40	20	24	1.89
26667948--26668015	28	2.4	28	95	0	118	36	25	23	14	1.93
26672298--26672326	8	3.6	8	100	0	58	24	10	24	41	1.86
26674514--26674572	27	2.2	27	87	0	82	40	5	16	37	1.71
26675610--26675664	27	2.0	27	100	0	110	34	14	18	32	1.91
26701559--26701585	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
26702019--26702172	51	3.0	49	75	16	161	34	3	1	60	1.24
26703677--26703736	28	2.1	28	81	12	68	65	0	1	33	1.03
26704393--26704420	14	2.0	14	100	0	56	21	7	14	57	1.61
26706248--26706294	17	2.5	19	80	10	53	23	23	2	51	1.59
26707218--26707299	33	2.5	32	86	2	101	39	2	3	54	1.31
26708695--26709111	78	5.3	78	84	5	513	33	14	13	37	1.86
26708788--26709216	236	1.8	233	79	9	492	32	14	13	38	1.85
26709162--26709406	85	2.9	85	86	3	325	34	11	8	45	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26709162--26709474	84	3.7	84	78	9	302	33	11	9	45	1.72
26715131--26715352	46	4.8	46	84	9	299	21	19	29	29	1.98
26715131--26715345	93	2.3	90	87	7	290	21	20	29	29	1.98
26719894--26719934	20	2.0	20	90	0	64	29	26	12	31	1.92
26748350--26748384	17	2.1	17	100	0	70	31	11	17	40	1.85
26758382--26758559	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
26758383--26758538	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
26758379--26758559	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
26762473--26762510	20	1.9	20	100	0	76	42	5	15	36	1.70
26771299--26771552	129	2.0	128	89	2	393	43	11	10	35	1.74
26771805--26771866	32	1.9	32	90	6	99	41	9	22	25	1.84
26775431--26775518	44	2.0	44	95	0	158	34	13	11	40	1.81
26781257--26781435	95	1.9	95	97	0	340	33	17	12	35	1.88
26796693--26796737	21	2.1	21	100	0	90	24	8	31	35	1.86
26799660--26799712	21	2.5	22	76	11	56	32	18	7	41	1.79
26800246--26800294	17	2.9	17	81	6	64	22	16	20	40	1.91
26801069--26801156	43	2.0	43	95	4	160	34	17	12	36	1.87
26801430--26801486	28	2.0	27	83	12	71	15	40	21	22	1.91
26802592--26802680	44	2.0	44	88	0	133	19	23	26	30	1.98
26819887--26820023	55	2.5	55	80	0	166	29	29	28	12	1.93
26823034--26823110	29	2.7	29	77	4	84	27	29	14	28	1.95
26825250--26825423	94	1.9	94	84	4	235	31	19	27	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26825347--26825556	47	4.5	47	74	12	157	30	19	28	21	1.97
26830537--26830655	40	3.0	40	90	2	177	26	29	21	22	1.99
26836232--26836545	93	3.4	94	76	12	308	30	20	28	21	1.98
26836232--26836537	47	6.5	47	71	16	165	30	19	28	21	1.98
26836235--26836494	47	5.6	47	75	12	166	30	20	28	21	1.98
26841902--26842126	40	5.6	40	81	2	245	26	23	25	24	2.00
26841902--26842162	80	3.3	80	81	3	267	26	23	25	24	2.00
26847976--26848246	47	5.8	47	73	14	206	23	30	17	28	1.97
26856025--26856246	46	4.8	46	84	7	288	21	19	28	30	1.98
26858208--26858327	47	2.6	47	98	0	231	29	30	17	23	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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