genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.239.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79600654--79600739	43	2.0	41	88	4	127	22	20	2	54	1.56
79606077--79606131	18	3.1	18	89	7	78	23	1	10	63	1.36
79619864--79619924	30	2.0	30	93	0	104	29	24	6	39	1.80
79628038--79628090	26	2.0	26	100	0	106	47	3	26	22	1.68
79634825--79634974	65	2.3	65	82	0	165	34	23	18	24	1.96
79637605--79637664	29	2.2	26	78	18	77	31	30	11	26	1.92
79637612--79637672	29	2.1	29	100	0	122	29	29	13	27	1.94
79640461--79640485	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
79642396--79643412	47	21.6	47	98	0	1890	32	8	29	29	1.87
79649717--79649759	22	2.0	22	100	0	86	18	13	30	37	1.90
79651148--79651226	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
79651345--79651761	47	8.6	47	87	7	591	29	30	8	31	1.87
79651345--79651761	98	4.3	98	94	1	698	29	30	8	31	1.87
79651345--79651749	145	2.8	145	88	6	584	29	30	8	31	1.88
79657565--79657780	46	4.6	46	77	11	179	21	28	20	29	1.98
79662324--79662371	22	2.1	22	81	11	53	47	6	2	43	1.40
79664251--79664284	16	2.1	16	94	0	59	32	5	29	32	1.81
79665335--79665452	36	3.3	37	84	7	145	16	13	28	40	1.87
79665957--79666259	101	3.0	101	100	0	606	38	9	18	32	1.84
79667175--79667221	17	2.6	17	86	6	58	53	8	12	25	1.67
79677587--79677618	14	2.3	14	94	0	55	3	0	53	43	1.16
79682009--79682081	36	2.0	36	100	0	146	46	16	12	24	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79682585--79682613	15	1.9	15	100	0	58	34	24	13	27	1.93
79685020--79685135	43	2.7	42	80	5	117	28	25	17	28	1.97
79685036--79685135	43	2.4	42	82	1	119	29	24	17	30	1.97
79688926--79689016	29	3.2	29	83	7	105	28	29	16	25	1.97
79689251--79689301	8	6.4	8	82	8	50	5	17	23	52	1.66
79689251--79689297	16	2.9	16	80	0	58	6	19	25	48	1.72
79696457--79696526	27	2.6	27	90	2	104	31	27	12	28	1.93
79696457--79696554	28	3.5	28	87	2	126	31	27	13	27	1.94
79702561--79702750	40	4.7	41	77	2	222	21	23	27	27	1.99
79702561--79702750	81	2.3	81	99	0	371	21	23	27	27	1.99
79708454--79708485	12	2.6	13	90	9	50	50	25	6	18	1.70
79715607--79715807	104	1.9	104	97	0	384	35	11	21	31	1.89
79715879--79715938	30	2.0	30	93	0	102	40	5	26	28	1.77
79723266--79723690	40	10.6	40	93	1	667	24	20	28	26	1.99
79731708--79732132	40	10.6	40	93	2	678	24	21	27	26	1.99
79738425--79738533	26	4.2	26	90	0	173	32	9	22	35	1.86
79740084--79740124	22	1.9	21	85	5	55	19	14	21	43	1.87
79743790--79743830	21	2.0	21	90	0	64	36	19	0	43	1.51
79748167--79748197	14	2.1	15	94	5	55	41	12	0	45	1.42
79749723--79749756	13	2.6	13	95	0	59	41	35	20	2	1.68
79753914--79754087	40	4.3	40	89	1	226	25	26	22	25	2.00
79753878--79754087	80	2.7	80	84	4	257	25	26	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79755922--79755964	22	2.0	21	100	0	77	32	23	27	13	1.93
79764881--79765058	27	6.6	27	84	1	194	29	28	15	25	1.96
79764902--79765057	82	1.9	81	88	1	231	29	28	16	25	1.96
79772177--79772680	205	2.5	205	88	0	713	31	17	21	28	1.96
79772754--79772859	45	2.4	45	87	1	142	33	12	29	24	1.92
79774577--79774629	9	5.7	9	82	10	54	33	1	0	64	1.05
79774579--79774629	20	2.7	19	90	6	77	33	1	0	64	1.05
79774579--79774674	11	8.5	11	73	20	67	33	3	1	62	1.18
79774600--79774674	14	5.2	14	72	20	57	33	2	1	62	1.17
79774629--79774714	25	3.6	25	69	23	78	33	5	3	56	1.40
79774611--79774714	45	2.2	45	80	12	113	33	4	2	58	1.34
79774965--79775016	26	2.0	26	84	0	68	28	9	3	57	1.48
79776565--79776610	23	2.0	23	100	0	92	56	17	8	17	1.65
79777846--79777902	24	2.4	23	82	8	69	49	35	0	15	1.45
79779417--79779482	23	2.9	22	78	20	73	33	3	3	60	1.27
79779484--79779536	26	1.9	29	85	11	76	26	11	3	58	1.49
79779817--79779841	10	2.5	10	100	0	50	40	0	8	52	1.31
79779790--79779835	23	2.0	23	84	16	60	32	0	8	58	1.28
79791499--79791770	40	6.8	39	82	5	339	26	28	20	23	1.99
79791499--79791766	80	3.4	80	96	0	475	26	29	21	23	1.99
79794848--79794963	43	2.7	42	84	9	146	44	14	25	15	1.84
79795881--79795916	14	2.6	14	95	0	63	27	13	2	55	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79795825--79796641	89	9.4	87	74	16	535	27	16	19	35	1.94
79795914--79796150	77	2.9	77	81	10	221	27	19	20	33	1.96
79795747--79796493	166	4.4	166	80	11	723	28	16	19	35	1.94
79796080--79796555	260	1.8	254	84	6	652	29	16	19	34	1.94
79795817--79796555	349	2.1	342	82	7	895	28	17	19	35	1.94
79796333--79796594	90	2.9	87	81	9	278	28	16	19	36	1.93
79798140--79798230	6	15.3	6	75	7	53	28	3	3	64	1.25
79798140--79798230	9	10.2	9	71	10	53	28	3	3	64	1.25
79798515--79798580	23	2.9	22	78	20	73	33	3	3	60	1.27
79798582--79798634	26	1.9	29	85	11	76	26	11	3	58	1.49
79798922--79798946	10	2.5	10	100	0	50	40	0	8	52	1.31
79798895--79798940	23	2.0	23	84	16	60	32	0	8	58	1.28
79802629--79802676	24	2.1	22	84	7	60	31	10	25	33	1.89
79810164--79810247	25	3.4	25	86	6	118	26	23	21	28	1.99
79810314--79810352	11	3.7	11	80	13	55	33	17	10	38	1.84
79810314--79810373	9	6.1	10	74	16	54	35	18	8	38	1.81
79810297--79810372	20	3.9	20	88	6	95	35	17	9	38	1.81
79818221--79818356	26	5.3	26	84	3	172	27	25	21	26	1.99
79818234--79818356	52	2.4	51	93	2	203	27	25	22	24	2.00
79818406--79818462	20	3.0	20	87	10	75	33	19	8	38	1.82
79821834--79821902	34	2.0	34	94	0	120	30	5	31	31	1.81
79823425--79823480	26	2.1	27	90	3	87	42	3	19	33	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79823821--79823882	30	2.1	30	100	0	124	38	20	12	27	1.90
79824255--79824304	13	3.6	14	76	13	50	50	0	4	46	1.20
79824270--79824304	9	3.9	9	84	0	52	51	0	2	45	1.16
79841887--79841925	21	1.9	21	89	5	62	43	7	5	43	1.55
79846668--79846697	15	2.0	15	93	0	51	63	0	6	30	1.20
79846772--79846802	15	2.1	15	100	0	62	61	0	6	32	1.21
79846871--79846908	16	2.3	17	86	4	51	60	0	10	28	1.30
79846918--79846977	3	20.3	3	79	6	61	70	0	3	26	1.03
79848038--79848075	19	2.0	19	100	0	76	10	0	31	57	1.32
79848382--79848437	26	2.2	26	96	0	103	32	7	25	35	1.83
79851195--79851232	8	4.8	8	96	0	67	60	2	0	36	1.11
79854045--79854146	44	2.3	45	93	3	170	54	7	9	27	1.60
79854204--79854250	24	2.1	22	75	20	53	61	4	8	25	1.43
79856146--79856258	44	2.6	43	83	7	129	30	24	17	27	1.97
79857518--79857639	46	2.6	47	82	10	140	27	22	13	36	1.92
79858009--79858043	16	2.2	16	100	0	70	22	22	5	48	1.72
79858883--79859000	44	2.6	45	81	4	132	28	23	17	29	1.97
79858891--79859128	122	2.0	122	83	3	300	28	21	19	31	1.97
79867624--79867800	27	6.5	26	80	6	149	25	16	28	29	1.97
79867624--79867779	82	1.9	81	84	3	206	26	16	28	28	1.97
79867622--79867800	82	2.2	81	80	3	198	26	16	27	29	1.97
79872066--79872107	20	2.1	20	90	0	66	42	26	2	28	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79874845--79875022	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
79874846--79875001	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
79874842--79875022	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
79882180--79882204	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
79882752--79882930	27	6.6	27	81	6	182	28	15	27	29	1.96
79882754--79882904	82	1.9	81	85	4	214	28	15	27	28	1.96
79882750--79882930	82	2.2	81	79	4	204	28	14	27	29	1.96
79883969--79884078	57	1.9	57	94	0	193	30	16	30	22	1.96
79890143--79890167	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
79892730--79892772	21	2.1	20	83	12	52	30	27	20	20	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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