genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.284.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94255399--94255441	17	2.5	17	88	0	68	20	34	30	13	1.92
94255613--94255740	27	4.7	27	86	0	184	39	22	8	28	1.84
94255695--94255916	27	8.3	27	83	2	225	36	19	18	26	1.95
94255613--94255917	54	5.7	54	80	5	228	37	19	15	26	1.92
94255613--94255916	81	3.8	81	81	3	233	37	19	15	26	1.92
94256319--94256392	6	12.0	6	72	16	62	18	16	16	48	1.81
94256322--94256407	25	3.2	25	83	9	82	19	18	15	46	1.84
94256329--94256386	19	3.4	19	65	30	58	18	17	17	46	1.84
94256319--94256389	31	2.3	31	100	0	142	19	15	15	49	1.80
94263032--94263286	55	4.8	54	81	7	265	21	25	18	35	1.95
94263079--94263276	108	1.8	110	89	4	312	22	25	17	33	1.96
94264629--94264800	47	3.6	47	76	13	158	22	29	20	27	1.98
94271011--94271051	21	2.0	20	90	4	64	21	26	39	12	1.89
94274406--94274466	28	2.2	28	84	0	77	31	24	9	34	1.88
94288190--94288342	40	3.7	42	72	11	125	28	13	26	31	1.94
94290164--94290210	22	2.1	22	100	0	94	19	31	19	29	1.96
94302897--94302956	30	2.0	30	83	0	75	40	5	25	30	1.77
94309532--94309556	11	2.3	11	100	0	50	32	0	20	48	1.50
94334715--94334845	45	3.0	44	82	4	156	28	28	19	23	1.99
94338276--94338418	71	2.0	71	97	0	268	21	12	32	33	1.91
94339217--94339481	27	9.8	27	91	0	395	28	21	9	40	1.84
94339479--94339702	27	8.0	27	81	8	216	36	18	20	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94339503--94339579	35	2.2	35	90	0	118	41	20	16	20	1.90
94339479--94339606	62	2.1	62	90	0	202	37	21	19	21	1.94
94339538--94339706	81	2.1	81	93	0	293	36	18	20	24	1.95
94340041--94340100	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
94340219--94340392	6	28.3	6	71	15	124	19	16	14	49	1.80
94340219--94340328	31	3.5	31	77	14	136	20	16	13	49	1.80
94340242--94340332	37	2.5	37	85	0	119	20	15	15	48	1.81
94340220--94340341	62	2.0	61	90	4	192	19	15	14	50	1.79
94340273--94340384	43	2.6	43	86	0	152	17	17	15	49	1.80
94340273--94340371	37	2.7	36	83	9	121	17	18	16	48	1.81
94340222--94340359	62	2.2	61	86	7	181	18	17	15	48	1.81
94344627--94344710	33	2.5	33	79	7	89	22	26	11	39	1.89
94352306--94352474	26	6.8	26	71	13	99	38	21	21	18	1.94
94357059--94357136	40	2.0	40	94	0	138	35	19	3	41	1.70
94364098--94364149	24	2.2	24	86	3	70	34	25	25	15	1.95
94364163--94364213	25	2.1	23	82	7	57	47	19	17	15	1.83
94364283--94364331	25	2.0	25	84	8	64	34	16	22	26	1.95
94371730--94371799	33	2.2	32	82	7	79	21	8	18	51	1.72
94376611--94376689	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
94376810--94376920	47	2.4	47	84	0	141	27	31	9	31	1.89
94379393--94379452	30	2.0	30	83	0	75	41	6	23	28	1.79
94388800--94388841	18	2.3	19	80	12	52	76	0	7	16	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94388809--94388849	6	6.7	6	85	2	55	75	0	4	19	0.98
94390152--94390208	29	1.9	30	89	3	89	56	22	1	19	1.51
94393984--94394057	38	1.9	38	86	0	103	13	25	10	50	1.74
94410854--94410913	30	2.0	30	83	3	77	38	6	25	30	1.81
94411573--94411831	68	3.9	64	76	14	233	30	16	28	24	1.97
94415286--94415361	39	1.9	39	97	0	143	35	17	18	28	1.93
94418375--94418634	40	6.5	40	94	2	425	27	29	23	20	1.99
94426771--94426987	40	5.4	40	88	2	294	29	28	21	21	1.98
94430963--94431006	23	1.9	24	81	9	56	31	0	29	38	1.58
94435261--94435445	40	4.6	39	81	5	194	24	22	28	25	1.99
94435261--94435443	79	2.3	81	83	7	223	24	22	27	25	2.00
94435314--94435468	79	2.0	79	81	7	181	25	20	28	25	1.99
94444110--94444302	39	4.9	39	85	0	233	34	15	32	18	1.92
94444188--94444299	19	5.8	20	73	13	90	31	16	36	15	1.90
94444104--94444301	78	2.5	78	86	0	261	33	16	32	17	1.92
94445937--94445966	15	1.9	16	93	6	53	53	6	20	20	1.67
94449456--94449485	15	1.9	16	93	6	53	53	6	20	20	1.67
94453919--94454088	47	3.6	48	82	8	158	30	20	28	20	1.97
94453827--94454090	140	1.9	141	80	7	313	28	20	29	21	1.98
94461484--94461600	46	2.5	45	81	9	128	30	15	29	24	1.96
94461433--94461655	47	4.8	48	74	9	133	28	19	30	21	1.98
94471267--94471310	21	2.0	23	87	12	67	50	11	9	29	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94478027--94478100	29	2.6	29	82	0	94	22	18	24	33	1.97
94479208--94479247	20	1.9	22	85	10	57	62	2	12	22	1.42
94482638--94482668	15	2.1	15	93	0	53	6	19	16	58	1.59
94489363--94489414	19	2.9	17	72	10	59	36	17	21	25	1.94
94495396--94495481	29	3.0	29	73	13	95	23	15	24	37	1.93
94499628--94499715	44	2.0	43	93	2	149	20	31	23	22	1.97
94503760--94503970	106	2.0	106	95	0	377	38	16	20	25	1.92
94505888--94505920	17	2.0	17	88	5	50	39	3	6	51	1.42
94506875--94506981	37	2.9	37	79	5	126	43	14	14	27	1.84
94510504--94510687	40	4.6	40	83	5	237	25	22	26	25	2.00
94514192--94514236	20	2.2	20	88	0	63	48	2	13	35	1.54
94521546--94521615	35	2.0	35	94	0	122	15	0	30	54	1.42
94526294--94526336	22	2.0	22	100	0	86	55	0	41	2	1.12
94528539--94528656	43	2.7	43	85	0	155	15	23	31	29	1.95
94528963--94529073	45	2.5	42	80	12	125	25	22	25	27	2.00
94530571--94530655	39	2.2	40	93	2	145	29	20	11	38	1.88
94531184--94531222	20	2.0	20	89	0	60	48	2	12	35	1.55
94534147--94534247	27	3.7	27	83	0	112	36	13	18	30	1.90
94534236--94534583	27	12.9	27	80	7	244	39	16	10	33	1.83
94534244--94534583	54	6.3	54	79	5	276	39	16	10	33	1.83
94534236--94534605	81	4.6	81	77	6	304	38	17	10	33	1.84
94534834--94534955	41	3.0	41	88	0	172	21	20	28	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94535097--94535162	22	3.0	22	76	8	62	21	24	22	31	1.98
94535357--94535405	22	2.2	22	89	7	73	12	20	24	42	1.86
94536281--94536305	13	1.9	13	100	0	50	60	0	24	16	1.36
94539450--94539846	45	8.8	44	75	8	266	20	19	16	43	1.88
94539450--94539645	91	2.2	90	84	6	245	18	20	15	45	1.85
94541402--94541453	27	1.9	27	88	0	77	25	19	23	32	1.97
94541437--94541505	28	2.5	27	88	6	86	37	15	26	20	1.93
94541444--94541510	28	2.4	29	87	7	102	34	16	26	22	1.95
94546847--94546908	30	2.1	30	100	0	124	43	16	16	24	1.87
94549329--94549533	40	5.1	40	86	5	177	28	29	21	20	1.98
94549354--94549573	40	5.5	40	90	2	327	27	29	22	20	1.98
94557471--94557649	40	4.5	40	86	5	197	26	28	22	22	1.99
94557510--94557649	40	3.5	40	90	4	203	26	29	23	20	1.99
94557568--94557883	158	2.0	158	98	0	605	33	23	14	28	1.94
94558067--94558161	49	1.9	49	93	0	163	34	20	12	32	1.90
94564212--94564259	25	1.9	24	84	16	62	47	6	2	43	1.40
94573288--94573352	22	3.0	22	75	8	69	30	21	26	21	1.98
94573493--94573611	41	2.9	41	88	0	175	25	31	21	22	1.98
94573880--94574144	54	4.9	53	74	7	194	31	9	17	41	1.82
94573880--94574195	27	11.7	27	76	9	164	32	10	16	40	1.83
94574184--94574248	27	2.4	27	89	0	94	32	18	16	32	1.94
94574186--94574260	27	2.8	26	80	11	80	32	20	17	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94577373--94577450	41	1.9	41	94	0	138	24	29	24	21	1.99
94577714--94578007	27	10.9	27	74	8	168	29	8	20	41	1.81
94577750--94578007	54	4.8	54	76	8	197	28	6	21	43	1.78
94577787--94578007	81	2.7	79	80	8	232	28	6	21	42	1.78
94578253--94578350	49	2.0	49	87	0	142	26	23	22	27	1.99
94585960--94586568	47	12.9	47	93	0	984	33	12	30	24	1.92
94586576--94586678	50	2.1	50	100	0	206	30	15	25	29	1.96
94586756--94586835	37	2.2	37	86	4	108	23	17	31	27	1.97
94593203--94593379	27	6.6	27	83	5	196	27	15	27	29	1.96
94593204--94593358	81	1.9	81	88	5	233	27	15	27	29	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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