Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
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          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   

This is table  43  of  322  ( 38559 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
12866222--12866287
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14
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1.22
12866223--12866288
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0
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100
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15
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22
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1.98
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16
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1.54
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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8
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12917230--12917293
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50
0
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24
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30
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2.2
24
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0
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22
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20
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12927335--12927416
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2.0
41
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16
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18
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2.0
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2.0
22
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24
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21
17
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50
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Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
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(0-2)
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1.86
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33
2.3
33
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87
28
8
25
37
1.84
12996784--12996821
17
2.2
17
95
0
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0
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5
1
68
1.22
13014806--13014866
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19
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24
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1.63
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27
1.96
13041601--13041834
88
2.7
88
91
0
369
30
15
26
27
1.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
13041760--13041909
75
2.0
75
90
0
237
30
16
25
28
1.96
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2.6
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160
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14
26
26
1.95
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75
2.0
75
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219
30
15
26
28
1.96
13041637--13042103
163
2.9
162
77
6
505
31
14
25
27
1.95
13041954--13042117
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3.7
44
80
0
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15
24
28
1.96
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119
2.7
119
95
0
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31
15
25
27
1.96
13043720--13043779
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17
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19
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5
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1.25
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17
54
29
6
2
61
1.34
13055899--13056132
44
5.3
45
88
4
334
30
15
26
27
1.96
13055899--13056132
88
2.7
88
91
0
369
30
15
26
27
1.96
13056058--13056207
75
2.0
75
90
0
237
30
16
25
28
1.96
13056133--13056296
44
3.7
44
80
0
184
31
15
24
28
1.96
13056014--13056230
119
1.8
119
86
2
319
32
14
24
28
1.95
13055970--13056282
163
1.9
163
88
1
475
32
14
25
27
1.95
13060430--13060483
25
2.2
25
93
0
90
40
24
16
18
1.90
13060474--13060581
38
2.9
37
81
4
126
32
29
25
12
1.93
13062662--13062748
42
2.0
45
84
6
117
48
12
5
33
1.65
13062861--13062900
13
3.1
13
85
7
55
70
5
0
25
1.08
13063083--13063137
21
2.5
21
80
11
58
60
1
5
32
1.30
13068751--13068798
23
2.1
22
81
11
53
10
8
14
66
1.43
13076898--13076941
19
2.2
20
88
4
63
56
4
0
38
1.20
13076930--13076968
20
2.0
20
84
0
51
41
2
5
51
1.38
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
13077123--13077172
23
2.2
23
85
7
66
30
22
14
34
1.93
13079374--13079820
140
3.2
138
78
6
427
32
25
17
23
1.97
13079374--13079971
70
8.6
69
76
5
384
33
25
17
24
1.96
13079479--13079944
139
3.4
137
75
7
359
33
24
17
24
1.96
13079728--13079978
138
1.8
138
81
3
317
32
26
17
23
1.97
13081288--13081328
20
2.0
20
95
0
73
14
36
9
39
1.79
13084711--13084746
15
2.4
15
85
0
54
83
0
13
2
0.76
13087079--13087121
21
2.0
21
86
8
61
65
0
6
27
1.18
13101451--13101482
16
2.0
16
100
0
64
18
12
6
62
1.50
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20
2.0
20
90
0
64
48
0
2
48
1.14
13113696--13113817
46
2.6
47
84
5
147
26
22
14
36
1.93
13120521--13120564
18
2.4
19
81
11
56
36
6
9
47
1.62
13122168--13122195
2
14.0
2
100
0
56
0
50
0
50
1.00
13126246--13126270
11
2.3
11
100
0
50
0
12
0
88
0.53
13128266--13128298
12
2.5
14
90
9
52
39
3
0
57
1.14
13130084--13130271
103
1.8
103
91
0
313
15
26
26
31
1.96
13130205--13130265
30
2.0
30
83
0
77
14
27
27
29
1.95
13135766--13135804
10
3.8
10
87
12
53
56
2
10
30
1.46
13137365--13137447
21
3.9
21
77
3
67
37
25
21
15
1.93
13147093--13147150
31
2.0
28
83
10
71
41
0
1
56
1.09
13147092--13147153
28
2.1
31
79
8
76
45
0
1
53
1.10
13147151--13147267
50
2.4
51
81
8
127
59
2
3
34
1.27
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
13152297--13152503
57
3.6
56
81
7
220
30
23
15
29
1.95
13156483--13156532
17
3.0
17
72
11
50
42
6
0
52
1.26
13161949--13162035
21
4.0
23
80
10
92
37
25
21
14
1.92
13162406--13162463
15
3.8
15
88
2
89
51
12
0
36
1.39
13170527--13170553
14
1.9
14
100
0
54
22
18
7
51
1.70
13170990--13171024
16
2.1
17
89
5
54
25
0
8
65
1.21
13173136--13173161
11
2.4
11
100
0
52
57
0
0
42
0.98
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29
2.0
30
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3
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49
15
6
28
1.70
13182571--13182726
27
5.8
27
90
0
204
32
23
6
38
1.80
13182547--13182726
54
3.3
54
84
0
207
33
22
6
37
1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
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          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322