genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.135.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44168879--44169092	119	1.8	112	82	6	266	51	12	5	30	1.60
44169134--44169168	18	1.9	18	94	0	61	74	5	0	20	1.02
44169553--44169693	7	19.1	7	68	22	76	65	0	1	31	1.06
44169546--44169694	26	5.5	25	75	23	133	64	1	1	32	1.10
44169546--44169694	29	5.3	27	76	18	121	64	1	1	32	1.10
44169551--44169694	55	2.6	55	82	10	188	65	0	1	32	1.06
44169681--44169719	21	2.0	21	85	10	55	46	2	2	48	1.29
44169726--44169782	29	2.0	29	92	0	96	66	0	0	33	0.92
44172244--44172351	26	4.2	26	89	0	171	37	25	6	31	1.81
44173793--44174326	45	11.9	45	67	14	273	26	26	14	31	1.95
44173793--44174279	90	5.4	90	86	2	667	27	26	14	31	1.95
44181390--44181464	25	3.0	25	90	0	123	18	17	25	38	1.92
44185835--44186048	119	1.8	112	83	6	275	52	12	5	29	1.61
44186090--44186124	18	1.9	18	94	0	61	74	5	0	20	1.02
44186507--44186656	5	30.2	5	71	23	88	64	0	1	33	1.07
44186502--44186658	72	2.2	74	81	13	193	63	1	1	33	1.10
44186510--44186740	52	4.5	53	68	20	104	61	0	1	35	1.12
44186535--44186641	46	2.4	45	71	11	80	65	0	1	31	1.10
44186510--44186651	55	2.7	51	83	11	187	64	0	1	33	1.07
44186690--44186746	29	2.0	29	92	0	96	66	0	0	33	0.92
44186905--44186962	30	1.9	30	82	6	73	56	6	13	22	1.61
44187637--44187669	17	1.9	17	93	0	57	42	9	9	39	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44196067--44196107	6	6.7	6	84	15	57	85	0	14	0	0.60
44196059--44196107	18	2.6	18	87	6	71	85	0	12	2	0.68
44196047--44196107	31	1.9	31	90	6	95	85	0	13	1	0.68
44196050--44196108	23	2.6	23	86	7	84	84	0	13	1	0.69
44196179--44196219	6	6.7	6	84	15	57	85	0	14	0	0.60
44196171--44196219	18	2.6	18	87	6	71	85	0	12	2	0.68
44196159--44196219	31	1.9	31	90	6	95	85	0	13	1	0.68
44196162--44196220	23	2.6	23	86	7	84	84	0	13	1	0.69
44196004--44196364	112	3.2	112	100	0	722	58	10	21	10	1.60
44196291--44196331	6	6.7	6	84	15	57	85	0	14	0	0.60
44196283--44196331	18	2.6	18	87	6	71	85	0	12	2	0.68
44196271--44196331	31	1.9	31	90	6	95	85	0	13	1	0.68
44196274--44196332	23	2.6	23	86	7	84	84	0	13	1	0.69
44197290--44197429	43	3.3	42	71	11	133	33	23	20	22	1.97
44197282--44197571	84	3.4	84	82	4	359	32	24	20	22	1.98
44197573--44198190	207	3.0	207	95	0	1089	30	19	22	28	1.98
44201645--44201784	43	3.3	42	71	11	133	33	23	20	22	1.97
44201637--44201926	84	3.4	84	82	4	359	32	24	20	22	1.98
44201928--44202329	207	1.9	207	96	0	741	29	18	22	29	1.98
44202739--44202856	35	3.3	35	93	3	191	37	11	15	36	1.83
44209894--44209926	16	2.1	16	100	0	66	12	6	42	39	1.67
44211747--44211900	81	1.9	81	98	0	299	37	8	27	25	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44212494--44212726	39	6.0	39	95	1	396	24	21	26	27	1.99
44212501--44212761	117	2.2	117	88	4	357	24	21	26	27	1.99
44216593--44216653	31	2.0	31	100	0	122	47	26	6	19	1.74
44230824--44231189	185	2.0	185	98	0	714	35	15	10	39	1.81
44233122--44233227	36	3.1	36	75	18	118	32	29	12	26	1.92
44233116--44233286	66	2.6	67	80	5	170	30	24	11	32	1.91
44235602--44235660	21	3.0	20	73	14	59	45	0	3	50	1.18
44236317--44236350	17	2.0	17	88	11	52	67	0	0	32	0.91
44241503--44241537	18	2.0	18	88	5	54	68	0	0	31	0.90
44241828--44241880	17	2.9	19	86	11	83	37	15	11	35	1.83
44271031--44271214	88	2.1	88	97	2	352	36	23	19	20	1.95
44272227--44272302	10	7.5	10	69	18	50	39	10	2	47	1.52
44273860--44273934	18	4.0	18	75	13	71	57	0	6	36	1.25
44274836--44274882	20	2.5	19	87	12	71	19	2	8	70	1.24
44275191--44275270	19	4.3	19	82	6	110	35	8	17	38	1.81
44282571--44282842	41	6.2	42	67	21	125	30	21	23	23	1.99
44282555--44282764	84	2.5	84	92	1	359	30	20	22	25	1.98
44282639--44282901	137	1.9	137	93	3	458	31	21	22	24	1.98
44282463--44282982	221	2.4	221	94	0	907	30	21	23	25	1.99
44282776--44283056	84	3.3	83	86	4	384	29	22	22	25	1.99
44283905--44283984	19	4.3	19	85	6	119	35	10	17	37	1.83
44286427--44286504	36	2.2	36	83	4	95	29	20	15	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44296274--44296386	53	2.1	53	93	0	190	20	37	21	21	1.95
44318937--44319088	27	5.6	27	93	3	241	26	13	28	30	1.94
44318937--44319088	55	2.8	55	94	0	259	26	13	28	30	1.94
44341829--44341899	9	8.2	8	74	18	54	83	0	11	5	0.81
44342783--44342975	44	4.4	45	73	10	130	31	18	22	27	1.97
44342906--44342998	44	2.1	44	89	0	141	32	16	26	24	1.96
44342985--44343895	205	4.5	205	94	0	1472	30	18	21	28	1.97
44355283--44355437	78	2.0	78	91	2	249	30	25	14	29	1.94
44358814--44358973	80	2.0	80	98	0	311	30	28	13	27	1.94
44359751--44359877	28	4.5	27	84	8	139	29	26	14	28	1.96
44359749--44359877	56	2.3	57	83	4	163	29	27	14	27	1.95
44368073--44368118	12	3.6	13	83	13	60	28	2	2	67	1.14
44368252--44368301	13	3.9	13	78	2	57	30	0	4	66	1.10
44368375--44368423	17	2.7	17	84	12	62	32	0	2	65	1.04
44373515--44373562	24	2.0	24	100	0	96	25	16	8	50	1.73
44374589--44374941	40	8.8	40	75	4	327	26	22	26	23	2.00
44374599--44374941	80	4.3	80	99	0	668	26	22	27	23	2.00
44374875--44375008	67	2.0	67	89	0	205	26	21	31	20	1.98
44374942--44375027	40	2.2	40	82	2	102	24	18	31	25	1.98
44377552--44377602	25	2.0	25	85	7	68	74	0	19	5	1.02
44382180--44383070	89	10.0	89	92	1	1303	27	27	15	29	1.96
44382180--44383495	178	7.3	178	85	5	1583	27	27	15	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44383118--44383495	44	8.5	44	84	1	441	28	28	14	28	1.95
44383116--44383495	89	4.3	89	87	0	528	28	28	14	28	1.95
44382874--44383318	244	1.8	244	88	2	680	29	27	15	27	1.96
44395447--44395686	131	1.8	133	88	1	367	33	18	17	30	1.94
44396472--44396731	132	2.0	132	96	0	486	46	9	10	33	1.70
44398826--44398936	45	2.5	45	71	12	111	36	13	23	26	1.92
44399089--44399401	45	7.1	45	76	9	241	31	15	25	27	1.96
44398722--44399218	248	2.0	248	100	0	994	33	18	21	27	1.96
44399118--44399401	90	3.2	90	80	5	276	30	16	26	26	1.97
44399371--44399743	88	4.4	82	89	5	421	26	17	26	29	1.97
44399501--44399722	41	5.1	41	61	23	96	26	15	24	32	1.95
44399420--44399743	88	3.7	88	95	0	558	26	17	26	29	1.97
44401253--44401384	17	7.8	17	71	10	101	33	4	0	62	1.16
44401309--44401378	12	5.5	12	71	18	61	32	1	0	65	1.01
44401283--44401378	26	3.5	27	74	18	76	33	3	0	63	1.10
44401487--44401536	13	3.9	13	78	2	57	30	0	4	66	1.10
44401610--44401658	17	2.7	17	84	12	62	32	0	2	65	1.04
44401626--44401680	12	4.8	12	77	6	51	32	1	1	63	1.15
44401791--44401829	17	2.4	16	82	4	51	23	2	2	71	1.10
44402239--44402289	21	2.5	20	78	9	57	23	7	13	54	1.65
44404615--44405219	318	1.9	318	84	0	816	35	15	18	31	1.92
44405190--44405238	25	2.0	25	83	0	62	14	14	46	24	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44405258--44405303	24	1.9	24	100	0	92	41	17	26	15	1.88
44405728--44405812	41	2.1	41	86	0	116	38	14	22	24	1.91
44406801--44406831	7	4.6	7	96	4	55	16	0	22	61	1.34
44406793--44406842	21	2.4	21	71	18	50	14	0	28	58	1.37
44410780--44410872	25	3.7	25	95	0	168	8	1	26	63	1.30
44411050--44411234	43	4.4	43	83	5	209	24	18	28	28	1.98
44411028--44411200	83	2.0	87	82	4	210	28	19	26	26	1.98
44416168--44416202	12	2.9	12	86	0	52	25	22	11	40	1.88
44426279--44426467	25	7.6	25	84	2	245	17	27	19	35	1.94
44431061--44431086	13	2.0	13	100	0	52	53	30	7	7	1.57

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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