genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.19.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5334617--5334668	22	2.4	22	80	3	61	57	3	3	34	1.35
5334886--5334917	3	10.7	3	100	0	64	65	0	0	34	0.93
5336852--5336894	21	2.0	21	95	0	77	4	16	51	27	1.64
5339340--5339377	18	2.1	19	85	5	51	21	28	5	44	1.73
5341815--5341847	17	2.1	16	88	11	50	60	0	3	36	1.12
5343138--5343166	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
5348249--5348321	36	2.0	36	100	0	146	24	28	24	21	1.99
5354251--5354282	13	2.3	15	89	10	50	56	0	0	43	0.99
5354694--5354736	22	2.0	22	81	9	52	46	32	0	20	1.51
5355104--5355364	41	6.4	41	90	1	391	31	29	21	17	1.96
5355104--5355364	122	2.1	123	89	3	402	31	29	21	17	1.96
5355401--5355552	40	3.8	39	73	10	121	22	21	21	34	1.96
5368814--5368914	45	2.2	45	91	3	159	43	19	15	20	1.88
5370394--5370426	18	1.9	17	88	11	50	36	15	0	48	1.45
5371048--5371080	18	1.9	17	88	11	50	36	15	0	48	1.45
5369969--5371279	654	2.0	654	99	0	2568	33	19	9	37	1.83
5371694--5371735	21	2.0	21	85	0	57	45	9	7	38	1.64
5372184--5372223	19	2.2	18	86	8	55	50	2	0	47	1.14
5373474--5373530	24	2.4	24	84	0	69	26	5	24	43	1.75
5374138--5374229	23	3.9	23	68	19	64	64	0	2	33	1.06
5374178--5374226	9	5.6	8	80	17	53	65	0	0	34	0.93
5374175--5374224	19	2.7	19	85	14	61	66	0	0	34	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5374143--5374227	27	3.3	27	73	12	81	62	0	2	35	1.08
5390348--5390422	19	3.8	19	86	6	105	36	18	9	36	1.83
5405054--5405109	15	3.7	15	79	13	60	35	5	0	58	1.21
5405736--5405789	16	3.4	16	92	0	81	31	0	33	35	1.58
5405768--5405858	45	2.0	44	85	2	119	31	5	27	35	1.80
5406003--5406044	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
5406012--5406053	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
5406006--5406347	120	2.8	120	98	0	657	49	6	1	42	1.38
5406122--5406173	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
5406242--5406300	15	4.0	15	78	14	61	52	1	0	45	1.10
5406219--5406303	43	2.0	43	82	8	104	54	2	1	42	1.21
5417786--5417832	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
5423438--5423465	13	2.2	13	100	0	56	67	0	0	32	0.91
5423846--5423873	14	2.0	14	100	0	56	42	0	7	50	1.30
5425458--5425510	27	2.0	25	82	7	61	54	0	9	35	1.33
5427281--5427309	14	2.0	15	93	6	51	6	3	6	82	0.93
5427283--5427319	18	2.2	17	86	13	51	8	2	8	81	0.97
5439653--5439722	35	2.0	35	86	5	97	14	18	27	40	1.89
5440844--5440899	21	2.7	21	91	0	94	25	8	37	28	1.86
5443097--5443139	15	2.9	15	83	13	61	25	32	2	39	1.69
5444038--5444487	51	8.9	50	77	4	388	29	25	15	29	1.96
5444040--5444487	102	4.4	101	84	3	510	29	25	15	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5453229--5453279	21	2.4	22	74	9	52	39	1	3	54	1.30
5453679--5453747	26	2.7	26	88	2	104	40	2	0	56	1.14
5456072--5456154	41	2.0	41	97	0	157	39	18	22	19	1.92
5457527--5457568	20	2.2	20	79	16	52	64	2	0	33	1.07
5459439--5459504	13	5.1	13	83	7	89	39	27	4	28	1.76
5462578--5462786	42	5.0	41	88	6	287	31	20	23	24	1.98
5462578--5462786	85	2.5	84	89	3	314	31	20	23	24	1.98
5463217--5463267	21	2.4	21	86	0	75	1	49	17	31	1.58
5469439--5469492	26	2.1	26	100	0	108	33	11	14	40	1.82
5472101--5472355	9	29.4	9	71	13	187	32	2	20	44	1.64
5472090--5472354	25	10.3	25	71	15	166	32	2	20	44	1.63
5472105--5472331	34	6.6	34	73	13	148	31	2	20	45	1.63
5472105--5472355	43	5.8	43	74	11	194	32	2	20	44	1.64
5472382--5472447	13	5.1	13	85	7	89	46	1	9	42	1.44
5472374--5472458	26	3.3	27	80	12	99	47	1	9	42	1.43
5472728--5472786	13	4.5	13	85	8	75	47	1	10	40	1.47
5472728--5472797	26	2.8	27	79	12	78	47	1	10	41	1.46
5472421--5472934	86	6.0	86	67	17	238	49	2	7	40	1.47
5472840--5472923	38	2.3	37	80	15	95	53	2	5	38	1.38
5473154--5473189	16	2.2	16	95	0	63	58	2	11	27	1.46
5474639--5474726	44	2.0	44	90	0	140	36	22	15	25	1.94
5475453--5475498	21	2.2	21	84	7	58	52	45	0	2	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5475453--5475498	13	3.3	14	84	9	58	52	45	0	2	1.13
5475465--5475498	7	4.9	7	86	13	52	47	52	0	0	1.00
5475892--5475928	19	1.9	19	88	0	56	40	48	0	10	1.38
5475903--5476070	81	2.1	81	82	6	198	44	27	1	26	1.62
5476514--5477170	113	5.7	113	80	6	596	26	24	18	30	1.98
5476514--5477170	114	5.7	113	81	4	640	26	24	18	30	1.98
5476514--5477209	229	3.0	221	78	6	660	25	23	19	31	1.98
5477266--5477391	40	3.2	40	89	0	117	17	20	23	38	1.93
5479039--5479066	6	4.7	6	100	0	56	32	0	17	50	1.47
5481776--5481856	42	1.9	42	94	0	144	45	9	22	22	1.81
5486272--5486385	23	5.1	23	75	8	128	45	6	24	23	1.75
5486268--5486394	42	2.9	42	83	4	155	45	7	23	22	1.78
5496512--5496634	61	2.0	61	100	0	246	29	9	22	38	1.86
5498579--5498620	13	3.3	13	84	12	52	16	11	2	69	1.29
5501549--5501605	28	2.0	28	90	6	89	57	5	7	29	1.47
5503243--5503524	42	6.9	40	79	9	302	21	19	26	31	1.98
5503240--5503524	82	3.5	82	92	0	455	21	19	25	32	1.97
5503704--5507332	72	48.7	72	82	9	3756	33	18	16	30	1.93
5503891--5504150	88	3.0	86	83	6	285	35	18	17	28	1.94
5509517--5509583	13	4.8	13	82	14	80	0	8	5	85	0.75
5509517--5509589	29	2.6	28	86	6	94	0	9	5	84	0.75
5510889--5511216	165	2.0	165	93	1	568	31	20	22	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5513152--5513198	23	2.0	23	87	0	67	4	42	44	8	1.54
5529042--5529072	6	5.2	6	100	0	62	32	0	0	67	0.91
5537623--5537680	31	1.9	30	82	3	71	37	13	13	34	1.85
5540563--5540595	4	8.2	4	100	0	66	27	0	24	48	1.51
5541275--5541327	26	2.0	26	92	7	90	39	3	3	52	1.37
5562447--5562482	18	2.1	18	90	10	58	61	2	0	36	1.11
5565147--5565180	16	2.1	16	100	0	68	76	0	0	23	0.79
5576222--5576260	3	13.0	3	84	10	53	28	0	2	69	1.02
5576223--5576270	24	2.0	25	91	4	80	29	0	4	66	1.10
5576226--5576270	13	3.5	14	77	20	53	28	0	4	66	1.11
5576308--5576367	10	5.8	10	76	16	52	35	0	0	65	0.93
5578869--5578904	18	2.1	18	90	10	58	36	0	2	61	1.11
5586968--5587010	18	2.3	18	80	11	52	25	2	4	67	1.22
5590710--5590742	16	2.1	16	94	0	57	33	0	0	66	0.92
5592416--5592461	22	2.1	22	84	8	58	52	4	0	43	1.21
5593716--5593745	12	2.5	12	88	0	51	43	0	0	56	0.99
5596063--5596106	23	1.9	23	85	0	61	56	0	0	43	0.99
5600861--5600917	26	2.2	26	84	6	71	40	0	10	49	1.37
5600899--5600928	15	2.0	15	100	0	60	53	0	6	40	1.27
5603469--5603493	5	5.0	5	100	0	50	0	20	0	80	0.72
5621988--5622049	31	2.0	31	84	6	81	20	12	6	59	1.55
5622758--5622801	21	2.2	20	91	4	70	61	0	0	38	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5623179--5623347	89	1.9	86	85	5	232	35	9	17	37	1.82
5624724--5624756	15	2.1	16	94	5	59	51	0	3	45	1.16
5634273--5634339	29	2.2	31	84	10	86	47	2	8	40	1.50
5635763--5635881	41	2.9	40	79	10	125	55	1	4	38	1.29
5649543--5649649	55	1.9	55	98	0	205	24	21	7	46	1.77
5654116--5654161	19	2.4	18	89	10	74	19	0	0	80	0.71
5654128--5654159	17	1.9	16	93	6	55	21	0	0	78	0.76
5654117--5654162	20	2.4	19	88	3	74	17	0	0	82	0.67
5654341--5654377	3	12.0	3	94	5	65	32	0	2	64	1.07
5659135--5659178	23	1.9	23	81	9	54	70	11	15	2	1.26

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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