genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.190.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62379319--62379390	26	2.9	24	85	10	83	30	29	5	34	1.80
62383545--62383572	10	2.8	10	100	0	56	92	0	7	0	0.37
62389818--62389859	21	2.0	22	85	4	59	59	0	33	7	1.25
62389964--62390015	25	2.1	25	82	3	61	32	28	7	30	1.85
62389980--62390057	26	3.1	26	83	8	92	28	29	5	37	1.79
62390520--62390561	14	3.0	14	83	13	59	52	0	2	45	1.13
62391301--62391348	17	2.7	18	80	3	53	25	2	2	70	1.09
62402686--62402746	6	9.5	6	81	13	68	0	24	0	75	0.80
62402695--62402747	28	1.9	28	96	3	99	0	28	0	71	0.86
62404940--62405010	27	2.7	27	93	2	117	25	2	7	64	1.32
62409050--62409315	103	2.6	104	91	0	426	19	20	30	29	1.97
62416542--62416807	103	2.6	104	90	3	419	19	20	29	29	1.97
62418775--62418817	21	2.0	21	91	8	70	37	4	18	39	1.72
62421307--62421367	32	1.9	32	93	0	104	44	22	6	26	1.77
62428322--62428546	48	4.7	47	77	4	209	23	29	18	28	1.98
62447404--62448059	328	2.0	329	96	0	1224	31	16	23	27	1.96
62453991--62454387	27	14.6	27	73	14	260	27	15	27	30	1.96
62453991--62454387	82	4.9	81	69	15	251	27	15	27	30	1.96
62454003--62454420	219	1.9	219	99	0	827	27	15	26	30	1.96
62454677--62454976	150	2.0	150	99	0	591	20	22	20	36	1.95
62461555--62461687	66	2.0	66	95	0	239	38	12	14	35	1.83
62466281--62466309	10	2.7	11	89	10	51	65	0	0	34	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62466285--62466312	10	2.8	10	100	0	56	64	0	0	35	0.94
62474410--62474451	22	1.9	22	90	0	66	45	9	21	23	1.81
62480591--62480694	53	2.0	53	98	0	199	26	16	15	41	1.88
62486582--62486643	31	2.0	31	100	0	124	41	16	12	29	1.85
62491884--62492061	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
62491885--62492040	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
62491881--62492061	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
62494813--62494871	30	2.0	30	96	0	109	28	33	22	15	1.94
62496363--62496390	11	2.5	11	100	0	56	85	0	14	0	0.59
62497320--62497379	25	2.3	26	80	5	68	55	5	1	38	1.32
62534740--62534885	40	3.7	40	80	7	163	24	21	26	26	2.00
62542555--62542676	48	2.6	44	77	12	129	29	15	29	25	1.96
62542645--62542765	50	2.6	47	78	11	115	28	17	30	23	1.97
62542555--62542767	94	2.3	93	81	5	232	29	16	30	23	1.96
62554098--62554139	16	2.7	15	85	7	57	45	2	0	52	1.13
62554096--62554144	22	2.3	22	86	13	68	46	2	0	51	1.12
62554868--62554921	25	2.2	24	83	9	65	33	5	3	57	1.40
62570676--62570714	21	1.9	20	89	5	60	33	0	20	46	1.51
62573594--62573998	47	8.5	47	93	1	623	29	31	8	31	1.86
62575608--62575632	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
62578026--62578246	40	5.6	40	80	5	252	26	25	22	25	2.00
62578026--62578246	120	1.9	118	86	5	320	26	25	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62587145--62588480	671	2.0	671	94	0	2334	30	14	23	31	1.94
62591131--62591299	45	3.9	45	82	9	183	25	20	27	26	1.99
62598393--62598436	20	2.2	20	95	0	79	27	25	15	31	1.96
62603359--62603463	48	2.2	48	89	0	156	27	20	24	26	1.99
62610996--62611037	21	2.0	21	90	0	66	33	19	23	23	1.97
62612772--62612823	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
62615249--62615480	49	4.7	49	81	3	230	30	26	17	25	1.97
62622598--62622773	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
62622595--62622766	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
62629218--62629388	93	1.8	92	91	1	279	22	19	29	28	1.98
62629222--62629395	46	3.8	46	75	11	176	21	19	29	29	1.98
62632569--62632647	27	2.9	28	79	5	81	34	18	22	24	1.97
62632569--62632651	29	3.0	28	78	3	87	34	19	21	24	1.96
62633307--62633363	27	2.1	27	80	6	62	22	24	22	29	1.99
62634678--62634856	48	3.8	48	73	10	172	28	22	20	27	1.99
62644711--62646330	810	2.0	810	96	0	2979	35	11	20	32	1.88
62652821--62652929	43	2.6	42	79	5	121	31	15	23	29	1.95
62658448--62658492	11	4.0	11	86	11	56	77	2	4	15	1.02
62658448--62658489	17	2.4	18	88	4	59	76	2	4	16	1.07
62658448--62658489	6	7.2	6	83	5	50	76	2	4	16	1.07
62662856--62663110	40	6.5	40	84	6	317	25	23	27	24	2.00
62662860--62663110	79	3.2	79	85	5	305	25	22	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62669905--62670006	40	2.6	40	86	6	138	26	24	26	22	2.00
62677009--62677040	16	2.0	16	93	0	55	50	34	6	9	1.60
62678359--62678394	18	1.9	19	88	5	56	22	19	41	16	1.90
62678474--62678544	29	2.5	28	88	2	97	28	15	28	28	1.96
62687808--62687846	15	2.6	15	87	0	51	30	2	5	61	1.31
62688014--62688047	18	1.9	18	88	5	52	41	20	8	29	1.82
62688979--62689015	15	2.5	15	100	0	74	18	10	40	29	1.85
62689856--62689888	8	4.1	8	85	14	50	51	39	0	9	1.34
62691282--62691391	29	3.9	28	79	4	103	29	17	28	25	1.97
62704008--62704041	18	1.9	18	88	5	52	41	20	8	29	1.82
62711912--62712001	44	2.0	45	86	2	128	24	13	22	40	1.90
62716805--62716841	19	1.9	19	100	0	74	37	10	10	40	1.75
62726536--62726681	39	3.7	39	87	1	204	29	17	24	28	1.98
62726549--62726710	79	2.1	78	85	3	218	29	17	24	28	1.97
62733225--62733253	11	2.5	12	88	11	51	44	13	0	41	1.44
62734218--62734433	39	5.5	39	84	1	254	27	15	25	31	1.95
62734213--62734426	78	2.8	78	87	2	297	28	14	24	32	1.95
62737895--62738057	81	2.0	81	91	4	267	37	21	14	26	1.92
62748830--62748882	27	2.0	27	85	3	72	28	11	20	39	1.87
62749666--62749831	48	3.5	48	99	0	323	34	11	25	27	1.91
62752186--62752370	40	4.7	40	78	7	182	24	22	28	25	1.99
62752186--62752368	79	2.3	81	81	7	214	24	22	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62752239--62752403	79	2.1	79	80	6	183	26	20	27	26	1.99
62759733--62759957	40	5.7	40	85	5	287	24	22	27	25	2.00
62763069--62763152	42	2.0	42	95	0	150	22	29	8	39	1.83
62765605--62765686	27	3.0	27	82	5	103	20	21	20	36	1.95
62775175--62775248	36	2.1	36	84	0	94	44	16	16	22	1.86
62775981--62776035	27	2.0	28	86	6	78	34	7	10	47	1.66
62776403--62776496	31	3.0	31	96	0	179	46	11	19	22	1.81
62781394--62781608	40	5.4	40	94	2	373	26	26	22	23	2.00
62781394--62781608	79	2.7	80	94	3	373	26	26	22	23	2.00
62783808--62783899	27	3.4	27	87	0	139	29	15	19	35	1.92
62783806--62783939	54	2.5	54	83	0	151	29	17	17	34	1.94
62785869--62786001	27	5.0	27	73	1	115	26	16	20	36	1.93
62797565--62797663	48	2.0	49	96	1	182	36	18	15	30	1.91
62799997--62800035	19	2.0	20	85	14	55	30	25	5	38	1.78
62801047--62801100	25	2.2	25	93	0	90	42	22	9	25	1.83
62804455--62804642	40	4.7	40	95	0	322	30	20	26	21	1.98
62807908--62808079	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
62807901--62808076	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
62815014--62815185	93	1.8	93	93	2	301	29	29	20	20	1.98
62815007--62815182	46	3.8	46	78	14	200	30	29	19	20	1.97
62815050--62815201	46	3.2	48	75	17	158	30	27	18	23	1.97
62816808--62816835	7	4.0	7	100	0	56	28	14	0	57	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62819473--62819577	34	2.8	37	73	12	99	25	26	20	27	1.99
62822086--62822111	12	2.2	12	100	0	52	23	7	26	42	1.81
62826037--62826206	47	3.6	48	75	15	149	28	16	29	25	1.97
62826035--62826206	94	1.8	94	83	2	229	28	16	29	25	1.97
62831342--62831409	25	2.7	25	83	0	100	45	13	22	19	1.84
62831369--62831437	31	2.2	31	84	0	84	47	13	17	21	1.81
62831941--62832320	27	14.2	27	82	2	390	38	6	22	32	1.78
62831941--62832293	80	4.4	81	85	2	453	39	5	21	32	1.77
62834438--62834568	6	21.3	6	70	14	72	50	11	16	21	1.76
62834461--62834568	31	3.3	31	74	14	99	49	11	17	22	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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