Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   

This is table  266  of  322  ( 38559 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
88104590--88104646
29
2.0
29
85
0
78
59
0
0
40
0.97
88104698--88104748
22
2.3
22
93
0
84
39
0
33
27
1.57
88106377--88106422
24
1.9
24
86
8
67
36
0
4
58
1.18
88106489--88106665
66
2.9
59
85
11
255
44
9
5
40
1.59
88106519--88106687
66
2.5
66
95
1
293
46
8
4
40
1.55
88106731--88106760
5
6.0
5
100
0
60
0
40
60
0
0.97
88107232--88107268
19
2.1
19
85
14
53
78
0
21
0
0.75
88121566--88121605
20
2.0
21
85
5
55
20
0
25
55
1.44
88136100--88136246
59
2.5
59
80
2
179
42
13
16
27
1.85
88136637--88136685
20
2.4
20
77
12
55
53
2
0
44
1.12
88137139--88137203
25
2.5
26
82
9
89
33
0
6
60
1.22
88138398--88138435
19
2.0
20
89
5
60
65
0
5
28
1.14
88138450--88138499
12
4.5
11
88
11
75
66
0
10
24
1.22
88138442--88138499
23
2.6
22
84
12
75
65
0
10
24
1.23
88138398--88138499
10
9.9
10
79
12
75
64
0
7
27
1.21
88157292--88157670
125
3.0
125
92
1
623
34
17
19
27
1.95
88157292--88157661
127
2.9
127
93
0
627
34
17
20
28
1.95
88158262--88158358
51
1.9
51
87
4
142
45
2
26
25
1.65
88158322--88158375
22
2.5
22
80
19
69
46
1
29
22
1.62
88161939--88161989
24
2.1
23
85
7
66
41
0
3
54
1.19
88165777--88165808
12
2.6
13
85
14
50
37
0
6
56
1.25
88169826--88169874
25
2.0
25
87
0
71
18
24
16
40
1.90
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
88169835--88169890
24
2.3
25
81
3
69
25
23
16
35
1.94
88171333--88171385
25
2.2
24
86
3
70
24
26
15
33
1.95
88171849--88171899
23
2.2
23
86
6
68
39
19
11
29
1.87
88177953--88178041
41
2.3
40
82
7
112
28
16
22
32
1.96
88180164--88180196
12
2.6
13
90
4
50
69
6
0
24
1.10
88180173--88180201
15
1.9
15
100
0
58
65
6
0
27
1.18
88180879--88180914
14
2.6
15
87
12
51
77
0
13
8
0.98
88181713--88181906
95
2.0
95
89
0
298
28
22
17
31
1.97
88181969--88182094
67
1.9
67
91
0
207
29
23
25
21
1.99
88183224--88183270
21
2.2
21
84
0
58
25
36
10
27
1.89
88183874--88184264
198
2.0
194
95
2
701
28
21
16
32
1.95
88184388--88184448
6
10.3
6
92
7
99
0
16
0
83
0.64
88184388--88184463
18
4.2
18
88
8
86
1
17
1
80
0.85
88184461--88184534
19
3.8
19
87
10
105
13
0
10
75
1.04
88184461--88184513
21
2.6
21
94
5
92
9
0
9
81
0.89
88184477--88184503
12
2.2
12
100
0
54
7
0
7
85
0.75
88184461--88184534
8
7.5
10
73
23
68
13
0
10
75
1.04
88185223--88185263
21
1.9
22
90
5
66
46
0
21
31
1.52
88188807--88188844
3
12.7
3
100
0
76
65
0
0
34
0.93
88188935--88188963
10
2.7
11
89
10
51
58
0
0
41
0.98
88190163--88190192
15
1.9
16
93
6
53
6
0
46
46
1.29
88190525--88191105
44
13.4
43
69
13
196
28
21
19
30
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
88190595--88190889
87
3.4
87
71
10
269
28
22
19
29
1.98
88190508--88190980
174
2.7
173
91
3
736
27
21
19
30
1.98
88190825--88191109
129
2.2
129
94
0
498
28
22
19
29
1.98
88197469--88197509
13
3.0
15
86
13
54
78
0
14
7
0.96
88201011--88201045
18
1.9
18
88
0
52
37
20
17
25
1.94
88205693--88205727
17
2.1
17
88
0
52
40
5
0
54
1.24
88205917--88205973
27
2.2
27
84
9
75
50
0
3
45
1.18
88216385--88216491
53
2.0
54
87
1
153
45
5
5
42
1.51
88216848--88216895
24
2.0
24
83
0
60
68
6
0
25
1.12
88217104--88217133
15
2.1
14
93
6
51
53
10
6
30
1.60
88217674--88217699
3
8.7
3
100
0
52
69
0
30
0
0.89
88220669--88220728
27
2.2
27
85
8
77
68
5
1
25
1.19
88220689--88220740
27
1.9
27
88
7
79
69
5
0
25
1.10
88221489--88221514
3
8.7
3
100
0
52
69
0
30
0
0.89
88229160--88229534
186
2.0
186
100
0
750
35
6
17
41
1.75
88231569--88231661
37
2.5
38
82
1
98
13
10
40
34
1.80
88233880--88233910
3
10.3
3
100
0
62
32
0
0
67
0.91
88234044--88234073
13
2.3
13
94
0
51
33
0
3
63
1.11
88234549--88234842
110
2.7
110
89
2
441
30
15
19
34
1.93
88237654--88237726
32
2.4
29
81
6
83
41
4
10
43
1.59
88244864--88244949
30
2.9
30
74
6
86
66
10
2
20
1.33
88248385--88248427
18
2.4
18
77
14
52
46
6
9
37
1.63
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
88248900--88249109
28
7.5
28
93
0
341
25
13
28
31
1.94
88248900--88249109
56
3.8
56
96
0
377
25
13
28
31
1.94
88251464--88251541
33
2.4
32
80
6
84
26
23
16
33
1.96
88251515--88251640
66
1.9
66
81
6
155
28
26
16
28
1.97
88251484--88251677
101
1.9
101
91
0
316
28
25
15
29
1.96
88255042--88255123
26
3.2
26
96
0
155
30
6
26
36
1.81
88262522--88262707
26
7.2
26
98
0
354
30
8
25
35
1.85
88275262--88275313
10
4.9
10
84
11
50
59
5
0
34
1.21
88281102--88281199
25
4.0
25
80
9
96
34
18
22
24
1.96
88281124--88281199
24
3.1
24
83
9
91
34
18
23
23
1.96
88284721--88284922
102
2.0
104
87
3
293
46
11
8
32
1.72
88299197--88299249
23
2.3
24
83
9
74
16
9
1
71
1.21
88299218--88299257
16
2.6
16
82
17
50
25
7
0
67
1.16
88304493--88304535
13
3.5
13
78
18
56
48
11
0
39
1.40
88304493--88304544
23
2.3
23
93
0
86
50
11
0
38
1.39
88306680--88306721
11
3.6
11
84
15
50
38
2
11
47
1.53
88324508--88324674
35
4.6
37
81
8
166
32
10
23
33
1.88
88324508--88324678
75
2.4
75
82
7
194
32
10
23
33
1.89
88329812--88329857
23
2.0
23
91
0
74
47
8
0
43
1.34
88330812--88330848
19
2.0
18
89
5
56
35
2
5
56
1.36
88353820--88353902
25
3.4
25
65
24
68
55
13
4
26
1.58
88353814--88353910
48
2.0
48
100
0
194
52
14
6
26
1.65
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
88354165--88354381
46
4.6
45
78
10
188
25
29
17
26
1.98
88354211--88354381
94
1.8
92
85
9
240
25
30
18
25
1.98
88361060--88361106
20
2.3
20
100
0
94
21
27
27
23
1.99
88362274--88362299
7
3.7
7
100
0
52
38
46
0
15
1.46
88362746--88362837
46
2.0
46
95
0
166
29
25
21
23
1.99
88364205--88364481
47
5.9
47
79
7
219
25
31
16
26
1.97
88364204--88364470
94
2.8
92
79
8
254
25
30
16
27
1.97
88364300--88364473
46
3.7
46
76
14
153
26
29
17
26
1.97
88367592--88367617
11
2.4
11
100
0
52
19
0
0
80
0.71
88373040--88373071
3
10.7
3
93
0
55
68
3
0
28
1.04
88375722--88375793
25
2.8
27
81
10
87
15
25
22
37
1.93
88375722--88375800
26
3.1
26
83
7
99
17
25
20
36
1.94
88376274--88376330
25
2.3
25
79
11
64
45
14
15
24
1.83
88380901--88380931
16
1.9
16
93
0
53
70
6
22
0
1.09
88385436--88385482
22
2.1
22
84
0
58
53
8
17
21
1.70
88388583--88388608
12
2.2
12
100
0
52
61
0
0
38
0.96
88399662--88399754
8
10.9
9
75
16
58
78
1
4
16
0.96
88399672--88399754
16
5.1
16
73
20
73
79
1
3
15
0.93
88399677--88399754
21
4.0
20
74
24
69
79
1
3
15
0.94
88399682--88399754
29
2.5
29
82
4
94
79
1
4
15
0.95
88399825--88399872
15
3.1
16
82
11
55
70
0
0
29
0.87
88399828--88399872
17
2.6
19
80
16
53
68
0
0
31
0.89
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
88399838--88399923
25
3.5
23
76
17
68
63
0
3
32
1.11
88399902--88399949
5
9.2
5
80
13
53
70
2
0
27
0.98
88407032--88407099
34
2.0
34
100
0
136
38
0
20
41
1.53
88411189--88411254
33
2.0
32
85
2
87
16
21
24
37
1.93
88425049--88425100
25
2.1
25
88
0
77
40
15
7
36
1.76
88438567--88438610
22
1.9
24
86
9
65
38
11
2
47
1.52
88440366--88440398
12
2.8
12
95
0
57
24
48
18
9
1.76
88447739--88447769
12
2.6
12
94
0
53
6
19
48
25
1.72
88452650--88452711
31
2.0
31
96
0
115
19
24
35
20
1.96
88468194--88468230
16
2.3
16
95
0
65
37
8
35
18
1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322