genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.279.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92571327--92571483	46	3.4	46	78	6	174	26	24	15	34	1.95
92571870--92572040	53	2.8	64	70	20	166	49	8	19	22	1.76
92585229--92585263	15	2.3	15	90	9	54	77	0	0	22	0.78
92585229--92585264	11	3.5	11	85	14	51	75	0	0	25	0.81
92587098--92587209	46	2.5	46	80	1	127	31	17	19	31	1.95
92587318--92587675	143	2.5	143	83	1	457	28	22	19	29	1.98
92590158--92590488	167	2.0	168	98	0	637	33	18	15	33	1.92
92591240--92591278	20	2.0	20	85	10	53	5	33	7	53	1.51
92591897--92591938	15	2.7	16	79	20	61	54	14	7	23	1.64
92591897--92591935	14	2.5	15	84	15	53	56	12	7	23	1.62
92593220--92593258	20	1.9	21	89	5	62	79	0	5	15	0.90
92593219--92593259	14	2.7	15	85	7	57	80	0	4	14	0.87
92598710--92598762	26	2.1	25	96	3	97	45	3	24	26	1.70
92606459--92606511	26	2.1	25	96	3	97	45	3	24	26	1.70
92619165--92619270	26	4.1	26	87	4	160	32	5	25	36	1.79
92625501--92625535	12	2.8	12	91	4	52	42	20	0	37	1.52
92625593--92625701	13	8.3	13	76	2	92	34	21	3	40	1.71
92625593--92625701	26	4.2	26	80	1	119	34	21	3	40	1.71
92629740--92629768	14	2.0	15	93	6	51	13	3	34	48	1.60
92630193--92630259	31	2.2	31	91	2	109	17	35	26	19	1.94
92631516--92631629	25	4.6	25	87	1	149	28	12	28	30	1.93
92632023--92632057	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92638770--92638819	26	1.9	26	91	0	82	46	0	20	34	1.51
92643838--92643887	26	1.9	26	95	0	91	44	0	22	34	1.53
92653102--92653160	19	3.3	19	68	18	63	52	3	1	42	1.28
92653102--92653172	34	2.1	34	100	0	142	52	2	2	42	1.31
92658965--92659251	48	5.9	48	76	4	247	27	19	28	25	1.99
92658971--92659254	96	2.9	95	86	4	354	26	19	28	25	1.99
92665823--92666013	96	2.0	96	97	0	364	35	27	10	27	1.89
92668328--92668497	43	4.0	42	78	10	175	30	26	18	24	1.98
92670279--92670447	56	3.1	56	73	17	199	37	24	13	24	1.92
92670255--92670418	53	3.0	52	74	18	181	35	26	13	24	1.92
92671979--92672091	33	3.4	33	79	8	104	31	10	23	34	1.89
92675693--92675730	8	4.8	8	90	9	60	60	0	0	39	0.97
92675702--92675730	15	1.9	15	100	0	58	62	0	0	37	0.96
92675690--92675740	24	2.1	24	85	7	68	62	0	1	35	1.06
92675724--92675748	12	2.1	12	100	0	50	76	0	8	16	1.02
92694374--92694412	21	1.9	21	85	15	55	69	0	28	2	1.02
92694376--92694443	25	2.8	24	89	10	102	70	0	25	4	1.05
92694384--92694431	13	3.8	13	83	5	71	70	0	25	4	1.04
92701861--92701885	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
92703089--92703180	33	2.8	33	77	8	107	31	10	23	33	1.90
92707802--92707880	42	1.9	41	84	2	104	44	20	18	16	1.87
92714217--92714262	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92714224--92714268	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
92719814--92719866	20	2.6	21	81	6	63	24	20	13	41	1.88
92719851--92719931	43	1.9	42	89	2	126	18	18	18	44	1.87
92719836--92719968	42	3.2	42	82	2	142	18	21	17	42	1.90
92719815--92719972	21	7.5	21	71	5	86	19	22	17	41	1.91
92735610--92735909	150	2.0	150	99	0	591	32	14	22	31	1.94
92736316--92736579	40	6.6	40	82	5	291	24	23	26	26	2.00
92736316--92736539	83	2.8	82	84	7	287	24	23	25	25	2.00
92737275--92737396	65	1.9	63	86	3	172	31	11	18	38	1.86
92737479--92737661	90	2.0	90	98	0	357	38	13	24	24	1.91
92737508--92737791	90	3.1	90	82	11	258	41	10	23	24	1.86
92737595--92737791	99	2.0	99	87	3	288	43	9	22	24	1.83
92741849--92741914	27	2.4	27	87	5	89	28	15	16	39	1.89
92744693--92744862	41	4.2	40	75	15	168	28	27	21	22	1.99
92750628--92750705	41	1.9	41	82	10	97	16	20	30	32	1.95
92750840--92751076	50	4.7	50	80	4	226	31	11	18	37	1.87
92750838--92751072	100	2.3	100	85	2	303	31	11	19	37	1.87
92750883--92751097	50	4.3	50	82	4	229	32	11	17	39	1.85
92750883--92751094	100	2.1	100	84	5	268	32	11	16	39	1.84
92754146--92754958	110	7.4	110	99	0	1599	42	11	16	29	1.83
92756905--92756970	27	2.4	27	87	5	89	28	15	16	39	1.89
92765770--92766079	100	3.1	100	86	1	399	31	11	18	38	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92765772--92766058	50	5.7	50	85	3	344	31	11	18	37	1.87
92770815--92770935	43	2.9	42	80	9	149	23	19	27	29	1.98
92772200--92772264	32	2.0	32	96	0	121	23	12	23	41	1.87
92775679--92775850	46	3.7	46	80	13	217	19	20	30	28	1.97
92775669--92775842	93	1.9	93	95	0	312	20	21	29	27	1.98
92778186--92778238	17	3.1	18	75	25	60	41	0	13	45	1.43
92786343--92786424	33	2.4	34	77	20	84	29	17	28	25	1.97
92792667--92792886	46	4.8	47	75	14	208	22	17	27	32	1.96
92796904--92797033	29	4.5	29	88	0	188	35	22	16	25	1.95
92799086--92799121	12	3.0	12	100	0	72	58	0	0	41	0.98
92802607--92802637	10	3.0	10	90	9	53	38	0	0	61	0.96
92806987--92807248	86	3.0	86	99	0	515	32	16	17	33	1.93
92808325--92808358	18	1.9	17	94	5	59	50	0	2	47	1.16
92812655--92812781	43	3.0	41	73	8	110	32	22	18	26	1.97
92818101--92819411	654	2.0	654	98	0	2525	29	20	18	31	1.96
92835295--92835361	33	2.0	33	97	0	125	32	23	8	34	1.86
92846099--92846150	20	2.6	20	90	0	86	13	32	28	25	1.93
92851872--92852090	110	2.0	108	92	1	366	29	14	17	38	1.89
92860500--92860551	18	2.9	17	77	11	50	48	5	30	15	1.68
92862732--92862765	18	2.0	18	88	11	54	47	0	5	47	1.26
92868136--92868291	43	3.6	43	72	14	142	25	19	28	26	1.99
92877183--92877352	81	2.1	81	85	5	227	45	5	8	40	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92886402--92886531	55	2.4	55	80	3	145	30	26	25	17	1.97
92892420--92892458	18	2.3	16	82	8	51	53	0	5	41	1.23
92893400--92893493	43	2.2	43	81	11	104	25	21	26	26	1.99
92895941--92896147	53	3.8	54	77	1	200	20	23	17	38	1.93
92895953--92896147	54	3.6	53	75	4	167	19	23	18	38	1.93
92902610--92902697	43	2.0	43	95	0	158	26	18	32	22	1.97
92906732--92906779	13	3.7	13	88	0	69	39	22	0	37	1.55
92913229--92913450	80	2.8	80	86	8	319	28	22	20	27	1.99
92913229--92913446	40	5.5	40	86	9	288	28	22	21	27	1.99
92914849--92914876	13	2.2	13	100	0	56	57	14	0	28	1.38
92921779--92921910	67	2.0	67	96	0	246	26	34	21	18	1.96
92935536--92935592	9	5.9	9	73	15	51	35	21	7	36	1.80
92935532--92935594	20	3.2	20	95	0	117	31	19	11	38	1.86
92935631--92935678	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
92940433--92940476	22	2.0	22	100	0	88	27	13	22	36	1.92
92946283--92946383	44	2.3	42	80	14	100	25	14	21	37	1.92
92946324--92946429	42	2.5	43	79	14	112	28	15	20	35	1.93
92957751--92957842	28	3.3	28	96	0	166	33	27	7	31	1.85
92957948--92958037	27	3.2	28	81	7	112	18	24	24	32	1.97
92957958--92958048	27	3.2	28	81	4	94	20	26	20	31	1.98
92957948--92958062	55	2.1	56	82	8	137	18	24	22	34	1.96
92960756--92960813	30	1.9	30	85	0	80	24	27	25	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92961870--92961898	5	5.8	5	100	0	58	20	0	0	79	0.74
92975346--92975409	33	2.0	33	84	9	87	28	23	20	28	1.99
92978112--92978155	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
92982818--92982957	66	2.1	67	86	6	196	19	10	32	37	1.86
92982817--92982967	33	4.5	33	83	3	169	18	9	33	38	1.84
92983102--92983160	28	2.2	28	81	6	68	27	10	23	38	1.87
92983115--92983168	28	1.9	28	100	0	108	27	11	16	44	1.82
92985016--92985125	51	2.1	51	94	1	193	34	13	22	29	1.93
92988433--92988617	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
92988434--92988617	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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