genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.242.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   

This is table  242  of  322  ( 38559 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80587689--80587742	21	2.6	21	69	0	54	18	25	20	35	1.95
80594999--80595058	30	2.0	30	87	6	86	31	25	6	36	1.82
80602495--80602554	30	2.0	30	87	6	86	31	25	6	36	1.82
80607488--80607618	47	2.7	49	78	5	142	25	29	16	29	1.96
80607591--80607799	46	4.5	46	77	7	167	21	28	21	29	1.98
80607632--80607802	94	1.8	92	86	7	247	21	28	21	28	1.99
80611403--80611448	19	2.3	20	92	7	85	26	10	15	47	1.78
80611829--80611950	46	2.7	46	92	0	190	41	24	9	24	1.83
80612901--80612960	31	1.9	32	86	3	86	50	16	5	28	1.66
80614497--80614536	15	2.7	15	92	0	62	42	12	15	30	1.83
80618146--80618181	3	12.0	3	93	0	63	69	0	30	0	0.89
80618209--80618271	31	2.0	31	93	0	108	55	4	23	15	1.59
80626925--80627009	30	2.8	30	94	0	143	43	8	23	24	1.81
80634198--80634381	72	2.6	72	85	3	228	23	19	26	30	1.98
80642890--80642950	30	2.0	30	83	0	77	40	4	22	31	1.75
80643661--80643842	67	2.7	66	81	6	172	31	15	30	23	1.95
80649165--80649193	15	1.9	15	100	0	58	48	6	17	27	1.72
80652363--80652423	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
80657470--80657629	26	6.2	26	93	0	275	35	23	7	33	1.83
80660215--80660269	27	2.0	27	92	0	92	41	5	16	36	1.71
80670237--80670261	8	3.1	8	100	0	50	76	0	0	24	0.80
80670234--80670303	29	2.3	31	76	18	76	62	2	0	34	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80673113--80673162	25	2.0	25	96	0	91	22	22	16	40	1.91
80678918--80679095	27	6.6	27	82	5	162	28	29	15	26	1.96
80678939--80679094	82	1.9	81	85	3	215	27	30	16	26	1.96
80684874--80684915	20	2.2	19	83	12	50	73	0	7	19	1.05
80685114--80685224	56	2.0	55	98	0	204	22	26	25	25	1.99
80691327--80691359	6	5.5	6	96	0	57	45	15	21	18	1.85
80692425--80692478	17	3.2	17	81	0	63	11	22	3	62	1.43
80697561--80697609	24	2.0	24	100	0	98	51	16	8	24	1.71
80699666--80699787	64	1.9	64	91	0	199	30	12	21	36	1.90
80701457--80701495	21	1.9	20	84	5	51	25	0	30	43	1.55
80701417--80701584	76	2.2	76	100	0	336	33	2	22	41	1.69
80701533--80701571	21	1.9	20	84	5	51	25	0	30	43	1.55
80704876--80704997	65	1.9	65	89	3	192	15	27	13	43	1.84
80709903--80710039	60	2.3	59	85	9	172	26	19	26	27	1.99
80716329--80716370	20	2.2	19	83	12	50	73	0	7	19	1.05
80716470--80716685	3	72.3	3	73	9	120	60	1	9	28	1.37
80719087--80719229	71	2.0	71	93	2	243	34	21	13	30	1.92
80723603--80723668	34	1.9	34	93	0	114	37	9	22	30	1.85
80724032--80724075	22	2.0	22	86	8	63	25	15	9	50	1.74
80729174--80729213	20	2.0	20	90	0	62	35	30	10	25	1.88
80734894--80734920	7	3.9	7	100	0	54	14	11	44	29	1.80
80735034--80735064	10	3.1	10	95	0	53	64	0	0	35	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80737592--80737735	76	1.9	76	85	2	200	37	9	11	42	1.72
80743941--80743965	8	3.1	8	100	0	50	52	36	0	12	1.39
80745292--80745317	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
80749064--80749104	18	2.3	18	91	0	64	39	9	14	36	1.79
80749153--80749226	36	2.0	37	82	7	89	55	9	8	27	1.60
80749121--80749242	17	6.9	17	77	11	95	49	10	10	29	1.71
80749025--80749247	19	12.5	17	71	17	109	44	10	11	33	1.75
80749336--80749410	17	4.4	17	72	3	69	41	13	12	33	1.81
80749328--80749385	17	3.3	18	78	9	66	39	10	13	36	1.79
80749318--80749407	35	2.5	35	85	5	117	38	11	14	35	1.82
80749483--80749530	18	2.8	17	84	6	69	41	10	16	31	1.82
80749638--80749680	20	2.2	19	80	8	50	44	11	13	30	1.80
80750080--80750140	26	2.3	26	88	5	88	4	29	44	21	1.73
80750080--80750119	8	4.8	8	82	11	53	2	27	47	22	1.64
80750226--80750541	54	5.9	54	92	4	518	37	18	15	28	1.91
80750226--80750541	107	3.0	106	92	4	514	37	18	15	28	1.91
80750629--80750661	13	2.4	14	95	5	59	69	9	9	12	1.36
80750622--80750669	14	3.5	14	85	5	62	62	8	10	18	1.52
80750750--80751109	72	5.0	72	97	1	659	33	18	16	31	1.94
80751117--80751889	73	10.6	73	92	2	1137	35	19	16	29	1.93
80770237--80770279	17	2.4	18	76	7	52	32	0	2	65	1.06
80777873--80777928	28	2.0	28	100	0	112	42	21	10	25	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80778952--80779016	26	2.5	26	80	7	71	24	20	16	38	1.93
80779065--80779121	26	2.2	26	81	6	71	14	19	22	43	1.86
80789530--80789567	18	2.0	19	85	10	51	39	23	7	28	1.83
80791035--80791118	43	2.0	43	82	0	105	26	29	21	22	1.99
80794225--80794284	15	4.0	15	93	0	102	56	13	16	13	1.67
80800223--80800400	46	3.8	45	69	15	121	23	27	19	29	1.98
80800093--80800361	46	5.7	47	71	11	160	23	29	18	28	1.98
80800232--80800400	94	1.8	92	82	12	220	23	27	19	29	1.98
80803823--80803856	15	2.3	15	100	0	68	29	23	5	41	1.78
80810026--80810251	50	4.7	49	75	15	188	26	29	18	25	1.98
80810026--80810297	93	2.8	97	76	13	253	25	29	19	26	1.98
80810026--80810299	48	5.8	47	74	11	188	25	29	18	25	1.98
80811853--80811962	31	3.5	31	87	1	148	50	13	15	20	1.77
80811883--80811962	6	12.8	6	72	17	65	50	15	15	20	1.79
80812100--80812201	27	3.8	26	87	5	123	36	20	23	19	1.95
80812360--80812424	22	3.0	22	75	8	69	33	21	23	21	1.97
80812880--80813206	27	12.1	27	84	3	311	26	18	19	35	1.95
80813114--80813219	27	4.0	27	76	14	103	28	11	22	37	1.89
80813211--80813460	27	9.3	27	83	3	299	39	6	22	30	1.80
80813201--80813460	53	4.9	53	83	5	251	39	7	22	31	1.81
80813211--80813460	80	3.1	80	94	2	423	39	6	22	30	1.80
80813441--80813502	26	2.3	27	86	2	81	30	12	17	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80813462--80813553	26	3.5	26	77	11	80	27	9	20	42	1.83
80816049--80816150	27	3.8	27	76	2	89	21	27	11	39	1.88
80825753--80826598	53	16.0	53	100	0	1692	32	18	20	28	1.97
80828297--80828392	29	3.3	29	66	18	83	39	14	5	40	1.68
80828264--80828433	57	3.0	57	99	0	333	40	13	7	38	1.72
80828275--80828420	28	5.1	28	63	21	88	42	13	7	36	1.73
80831996--80832020	13	1.9	13	100	0	50	8	40	32	20	1.81
80839236--80839515	47	5.9	48	69	12	184	27	16	31	25	1.96
80853595--80853634	19	2.1	19	90	0	62	40	10	7	42	1.67
80856468--80856526	24	2.5	23	84	13	75	54	0	28	16	1.43
80862163--80862215	24	2.2	24	90	3	81	52	1	0	45	1.11
80862178--80862224	24	1.9	24	86	4	67	57	2	0	40	1.11
80862831--80862907	25	3.0	25	84	9	84	38	1	1	58	1.15
80872080--80872131	19	2.7	19	91	5	79	44	0	0	55	0.99
80872109--80872176	26	2.6	27	92	4	120	42	2	0	54	1.15
80873909--80874155	125	2.0	127	81	1	300	37	13	14	35	1.85
80874328--80874381	25	2.2	24	90	3	81	62	0	5	31	1.18
80874328--80874392	25	2.6	24	79	13	69	61	0	6	32	1.21
80874357--80874418	31	2.0	32	84	9	83	58	0	11	30	1.33
80874725--80874750	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
80878906--80878996	47	1.9	47	97	0	173	43	12	24	19	1.85
80881474--80881525	23	2.4	23	84	9	65	48	5	1	44	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80886711--80886830	56	2.1	56	96	0	222	45	9	22	23	1.81
80886900--80886931	14	2.1	16	88	11	50	87	0	12	0	0.54
80887471--80887509	17	2.3	17	100	0	78	41	15	28	15	1.87
80888166--80888476	47	6.6	47	93	2	482	32	8	30	28	1.87
80888374--80888448	22	3.3	22	65	17	62	32	10	30	26	1.90
80890940--80890973	12	2.8	12	90	4	50	44	20	8	26	1.81
80893548--80893616	26	2.7	26	88	0	93	23	28	20	27	1.99
80900107--80900143	18	2.1	18	89	0	56	5	21	0	72	1.04
80903301--80903360	26	2.3	26	85	5	77	33	15	10	41	1.80
80904162--80904188	14	1.9	14	100	0	54	22	3	14	59	1.51

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322