genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.281.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93261379--93261758	157	2.4	158	90	5	592	25	22	27	25	2.00
93261379--93261758	79	4.8	79	87	7	483	25	22	27	25	2.00
93262265--93262464	100	2.0	100	99	0	391	25	11	24	39	1.88
93263990--93264931	50	18.8	49	72	8	582	28	20	27	22	1.99
93264053--93264972	149	6.2	149	99	0	1831	29	20	26	22	1.99
93268651--93268676	6	4.3	6	100	0	52	84	0	0	15	0.62
93273595--93273661	35	2.0	35	91	5	111	35	0	26	37	1.57
93273626--93274508	47	18.7	47	98	0	1640	32	6	29	31	1.83
93280105--93280228	50	2.5	50	81	3	153	31	20	24	23	1.98
93280105--93280237	49	2.7	50	81	3	153	30	21	24	24	1.99
93280129--93280546	209	2.0	209	99	0	818	31	18	23	26	1.98
93287435--93287721	50	5.6	50	82	3	299	27	20	28	22	1.99
93293849--93293978	50	2.6	50	87	4	183	25	16	27	30	1.96
93293921--93294191	135	2.0	135	95	0	488	25	16	21	35	1.94
93300561--93300593	2	16.5	2	100	0	66	51	0	48	0	1.00
93302992--93303104	47	2.4	47	85	2	147	27	29	8	34	1.87
93304974--93304998	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
93306169--93306200	15	2.1	15	94	0	55	15	6	9	68	1.36
93307471--93307495	13	1.9	13	100	0	50	44	8	16	32	1.76
93307850--93307923	17	4.5	17	70	21	59	40	4	1	54	1.28
93307833--93307926	48	2.0	48	89	0	143	40	3	2	54	1.28
93307833--93307908	37	2.1	36	83	11	93	40	2	2	53	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93307954--93308012	28	2.1	29	83	3	75	50	1	5	42	1.34
93312731--93312783	25	2.1	25	89	0	79	28	9	20	41	1.83
93317262--93317337	37	2.1	36	83	11	93	40	2	2	53	1.28
93323480--93324510	42	24.7	42	97	0	1844	24	21	28	25	1.99
93327240--93327360	61	2.0	63	83	6	158	51	5	17	25	1.67
93330778--93330835	20	2.9	20	78	0	71	37	1	0	60	1.07
93330820--93330860	12	3.8	11	81	12	50	31	0	4	63	1.15
93331220--93331267	8	5.8	8	82	4	51	41	0	0	58	0.98
93331214--93331268	9	6.3	9	79	10	53	43	0	0	56	0.99
93331951--93332057	50	2.1	50	96	0	196	49	12	13	25	1.76
93333525--93333549	13	1.9	13	100	0	50	36	0	0	64	0.94
93333716--93333755	22	1.9	20	90	10	62	27	2	10	60	1.42
93340803--93340857	27	2.0	27	100	0	110	47	7	10	34	1.66
93342055--93342108	19	2.8	19	76	13	65	59	0	0	40	0.98
93342069--93342106	11	3.6	11	86	13	62	57	0	0	42	0.98
93342691--93342716	6	4.3	6	100	0	52	15	30	53	0	1.42
93343421--93343784	168	2.2	169	88	4	531	32	12	14	40	1.83
93345352--93345398	20	2.3	20	85	0	67	29	36	12	21	1.91
93345872--93345932	12	4.8	12	71	11	50	67	0	21	11	1.22
93345896--93345933	13	2.8	13	82	17	51	71	0	18	10	1.14
93345897--93345947	21	2.4	21	74	6	50	72	1	17	7	1.18
93346039--93346213	86	2.0	86	100	0	350	18	24	14	42	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93356549--93356587	20	2.0	20	84	0	51	58	2	0	38	1.12
93356545--93356590	24	1.9	24	82	8	58	60	2	0	36	1.09
93358471--93358502	16	2.0	16	100	0	64	25	12	25	37	1.91
93367267--93367397	67	2.0	67	81	3	156	37	19	16	26	1.93
93384103--93384314	41	5.1	41	90	0	316	27	20	27	24	1.99
93385873--93385906	17	2.0	17	100	0	68	11	17	5	64	1.45
93385875--93385914	10	4.3	10	75	18	50	10	17	7	65	1.46
93386374--93386403	15	2.0	15	93	0	51	13	0	10	76	1.01
93388214--93388243	13	2.3	13	94	0	51	26	26	13	33	1.93
93389182--93389207	12	2.2	12	100	0	52	7	30	38	23	1.83
93390156--93390376	30	7.4	29	73	10	126	23	26	11	38	1.89
93390150--93390287	60	2.3	60	93	0	231	23	28	11	36	1.90
93390142--93390324	30	6.1	30	72	11	133	22	26	12	38	1.90
93390156--93390378	89	2.5	88	78	7	252	23	26	12	38	1.89
93398854--93399037	79	2.3	81	82	11	222	25	27	22	25	2.00
93398854--93399037	40	4.6	41	83	12	199	25	27	22	25	2.00
93406701--93407005	40	7.7	40	91	3	438	26	27	21	24	1.99
93413762--93413901	40	3.5	39	79	5	145	23	29	15	31	1.95
93413762--93413917	80	2.0	80	81	2	188	23	28	15	32	1.95
93418112--93418144	13	2.8	12	90	9	50	36	9	12	42	1.74
93418423--93418612	95	2.0	95	100	0	380	20	17	23	38	1.93
93419447--93419778	50	6.6	50	79	7	350	30	15	25	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93419447--93419778	101	3.3	100	86	7	399	30	15	25	28	1.96
93428719--93429910	40	29.8	40	97	0	2082	26	19	28	24	1.99
93432269--93432336	33	2.1	33	86	5	93	29	25	22	23	1.99
93432440--93432508	25	2.7	26	78	10	72	37	17	26	18	1.93
93432687--93432963	27	10.3	27	78	3	272	16	21	20	41	1.90
93437281--93437305	9	2.8	9	100	0	50	32	12	20	36	1.89
93441144--93441181	10	3.5	11	86	13	53	34	0	2	63	1.09
93448798--93448841	22	2.0	21	83	12	54	40	0	0	59	0.98
93454022--93454072	26	2.0	26	84	0	66	39	23	19	17	1.92
93454254--93454455	27	7.5	27	83	2	253	17	18	18	45	1.86
93461916--93462110	61	3.2	61	82	0	246	28	24	15	31	1.95
93466119--93466177	20	3.0	20	82	0	73	23	25	11	38	1.89
93479579--93479668	41	2.2	40	82	5	101	31	15	31	22	1.95
93481424--93481564	40	3.5	40	88	0	210	25	19	22	32	1.97
93482919--93483055	41	3.4	41	86	4	188	38	17	27	16	1.91
93483941--93483981	20	2.0	20	100	0	82	24	19	9	46	1.80
93486083--93486253	91	1.9	90	85	4	236	41	15	11	30	1.83
93486341--93486382	14	3.0	14	86	6	50	35	0	0	64	0.94
93494195--93494227	15	2.3	15	89	5	50	69	3	0	27	1.03
93495042--93495084	16	2.5	17	85	14	54	67	0	4	27	1.10
93495034--93495084	16	2.9	17	80	16	52	64	0	7	27	1.21
93495871--93495903	14	2.4	14	85	14	50	24	3	0	72	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93498068--93498107	16	2.4	16	88	12	55	37	0	0	62	0.95
93498084--93498160	36	2.0	41	85	12	110	33	1	0	64	1.01
93498133--93498185	26	2.0	26	81	0	61	30	1	7	60	1.35
93498989--93499174	43	4.3	43	87	4	241	30	20	23	25	1.99
93499097--93499235	43	3.3	43	81	3	120	30	22	20	27	1.98
93499667--93499731	21	3.1	21	86	0	85	4	44	18	32	1.70
93499890--93500167	142	2.0	141	91	2	450	33	24	12	29	1.92
93501440--93501604	18	9.5	18	66	30	69	33	0	20	45	1.52
93501440--93501604	7	19.0	9	65	32	69	33	0	20	45	1.52
93501454--93501750	19	15.6	19	67	22	78	31	0	20	47	1.53
93501485--93501866	26	15.2	26	88	6	531	32	0	20	46	1.56
93501485--93501867	51	7.7	46	87	6	277	32	1	20	46	1.58
93501750--93501793	18	2.4	18	84	0	70	34	4	18	43	1.70
93504266--93504339	7	10.4	7	75	8	51	50	27	0	22	1.50
93504614--93504963	113	3.1	112	82	4	425	27	22	18	31	1.97
93504614--93504930	114	2.8	113	84	4	388	28	22	18	30	1.97
93504751--93505125	188	2.0	188	90	2	592	27	21	18	32	1.97
93505039--93505314	98	2.8	98	91	0	435	24	20	19	35	1.96
93524844--93524899	26	2.2	26	83	6	69	33	0	5	60	1.19
93524817--93527478	678	4.0	648	86	7	3119	31	6	6	55	1.51
93526339--93527701	680	2.0	678	95	1	2473	30	7	7	54	1.56
93539067--93539296	89	2.5	91	79	8	245	33	21	19	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93539248--93539481	87	2.7	87	90	1	353	31	17	21	29	1.96
93539248--93539521	87	3.2	86	85	6	290	31	16	22	29	1.96
93541192--93541247	26	2.2	26	83	6	69	33	0	5	60	1.19
93546533--93546615	42	2.0	42	100	0	166	28	14	14	42	1.85
93553367--93553392	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
93553529--93553557	15	1.9	15	100	0	58	55	24	0	20	1.44
93555070--93555095	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
93575694--93575766	28	2.6	28	82	0	83	26	12	32	28	1.92
93577410--93577513	32	3.3	32	95	1	183	20	33	30	15	1.93
93577804--93578018	48	4.5	47	77	9	195	21	31	17	28	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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