genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.115.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37502013--37502247	54	4.4	51	82	7	202	40	17	8	33	1.81
37502067--37502254	27	7.0	27	82	8	152	41	17	8	32	1.79
37503884--37504038	43	3.6	41	77	10	125	25	18	25	30	1.97
37506530--37506629	50	2.0	50	98	0	191	27	15	20	38	1.92
37507679--37507830	27	5.6	27	92	3	223	28	12	28	30	1.93
37507679--37507830	55	2.8	55	91	0	232	28	12	28	30	1.93
37515302--37515531	48	4.9	47	76	12	206	22	28	20	28	1.98
37515372--37515453	42	2.0	41	83	9	103	20	28	19	31	1.97
37515506--37515615	48	2.3	48	96	0	211	23	26	20	30	1.98
37516844--37516950	40	2.7	40	91	0	169	34	24	15	25	1.95
37522391--37522521	40	3.3	40	79	4	138	32	23	16	26	1.96
37528654--37528726	28	2.6	28	79	12	87	27	16	32	23	1.96
37540177--37540214	16	2.5	15	87	8	51	36	2	15	44	1.61
37542675--37542708	5	7.0	5	93	6	61	79	0	0	20	0.73
37553565--37553609	24	2.0	23	82	8	56	42	4	4	48	1.43
37555444--37555493	24	2.1	24	96	0	91	46	28	4	22	1.70
37557534--37557644	40	2.8	40	98	0	213	31	24	20	23	1.98
37557497--37557644	80	1.9	80	85	2	208	28	26	21	23	1.99
37561228--37561260	16	2.0	17	94	5	59	42	0	0	57	0.98
37565277--37565310	11	3.1	11	86	0	50	64	11	8	14	1.49
37568328--37568590	40	6.6	39	86	4	278	25	27	21	25	1.99
37568328--37568590	120	2.2	119	82	4	307	25	27	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37568522--37568599	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
37576277--37576448	40	4.3	40	88	2	222	25	27	21	25	1.99
37576279--37576501	40	5.6	39	83	5	216	25	27	21	25	1.99
37576277--37576501	80	2.8	79	80	7	240	25	27	21	25	1.99
37576433--37576510	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
37581834--37581869	17	2.1	17	89	0	54	50	0	0	50	1.00
37586962--37587005	17	2.6	17	92	3	72	25	15	6	52	1.68
37596311--37596363	24	2.2	25	77	16	58	35	20	3	39	1.71
37598067--37598134	35	1.9	35	85	5	93	29	25	8	36	1.86
37599994--37600094	41	2.4	41	75	4	96	16	20	16	45	1.85
37606970--37607000	15	2.1	15	100	0	62	19	35	0	45	1.51
37610372--37610509	42	3.3	42	78	12	131	28	23	17	30	1.97
37615495--37615527	16	2.1	16	94	5	59	30	3	0	66	1.06
37617181--37617284	6	16.8	6	67	13	59	44	14	22	19	1.86
37617193--37617284	25	3.7	25	78	5	105	42	15	22	19	1.89
37617404--37617483	27	3.0	27	82	8	92	37	18	23	20	1.94
37617504--37617669	78	2.1	78	92	0	269	32	28	19	19	1.96
37617675--37617780	27	3.9	27	85	3	124	36	20	21	20	1.95
37618026--37618296	27	10.0	27	81	9	273	25	19	21	34	1.96
37618028--37618296	54	4.9	54	85	5	319	24	19	21	34	1.96
37618009--37618296	84	3.5	80	82	8	312	25	19	20	34	1.96
37618026--37618298	111	2.5	107	80	7	316	25	19	21	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37620188--37620312	6	20.3	6	72	16	96	46	14	20	18	1.84
37620209--37620312	31	3.4	31	76	12	115	45	14	22	18	1.85
37620197--37620290	37	2.5	37	91	0	143	45	13	22	18	1.84
37620245--37620313	25	2.8	25	88	0	111	44	14	23	17	1.85
37620433--37620512	27	3.0	27	82	8	92	38	17	22	21	1.93
37620533--37620698	78	2.1	78	94	0	287	31	28	20	18	1.96
37620704--37620809	27	3.9	27	88	3	124	38	20	20	19	1.93
37620727--37620807	28	3.0	28	89	5	121	38	19	22	19	1.94
37621038--37621485	27	16.6	27	89	1	639	23	22	20	33	1.97
37621529--37621581	26	2.0	26	92	0	88	18	35	24	20	1.95
37625821--37625926	28	3.7	27	71	27	92	27	26	17	28	1.98
37625854--37625951	33	3.2	33	68	31	106	26	24	21	27	1.99
37625824--37625951	60	2.1	60	98	1	247	27	25	19	28	1.99
37628670--37629065	155	2.6	154	85	2	542	31	18	16	33	1.93
37629004--37629109	40	2.7	40	81	11	112	27	22	20	29	1.99
37629399--37629433	15	2.4	14	90	4	52	20	0	34	45	1.51
37629394--37629438	22	2.0	22	82	0	54	20	2	33	44	1.63
37629489--37629544	21	2.6	22	80	11	62	21	3	28	46	1.68
37629640--37629670	14	2.2	14	94	0	53	19	0	29	51	1.47
37629731--37629783	14	3.8	14	79	0	61	18	1	37	41	1.62
37630526--37630584	7	7.9	7	78	14	55	74	0	0	25	0.82
37630516--37630594	23	3.4	23	82	0	95	67	0	0	32	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37630532--37630582	16	3.2	16	85	0	66	78	0	0	21	0.75
37630680--37630720	19	2.2	19	87	12	59	73	0	4	21	1.02
37633385--37633475	45	2.0	45	100	0	182	29	17	17	35	1.93
37634383--37634413	15	2.0	16	93	6	55	51	3	6	38	1.44
37635701--37635839	48	3.1	47	64	28	122	39	1	7	51	1.40
37635701--37635870	85	2.0	85	96	2	315	38	2	7	51	1.44
37635893--37635945	22	2.4	22	84	12	65	56	0	1	41	1.10
37636010--37636122	42	2.7	43	82	6	149	23	15	29	31	1.95
37638889--37638946	22	2.7	21	76	10	53	39	17	6	36	1.76
37638925--37639015	19	4.9	19	89	8	152	36	16	9	37	1.82
37639134--37639172	20	1.9	19	85	10	51	10	2	12	74	1.17
37639378--37639549	45	3.8	45	83	3	231	25	29	13	31	1.94
37639365--37639548	89	2.1	90	88	7	277	25	29	13	32	1.93
37639578--37639794	78	2.8	78	86	2	276	25	23	17	32	1.97
37640031--37640119	44	2.0	44	91	0	142	30	25	12	31	1.92
37640099--37640133	14	2.5	14	90	0	52	17	20	11	51	1.75
37640297--37640459	88	1.9	88	81	2	202	25	23	17	33	1.97
37640324--37640467	44	3.3	44	80	0	155	29	22	15	32	1.95
37639782--37641225	308	4.6	308	92	2	2226	27	22	17	31	1.97
37640605--37640767	88	1.9	88	81	2	202	25	23	17	33	1.96
37640632--37641083	44	10.3	44	68	15	186	28	23	16	31	1.96
37640913--37641083	88	1.9	88	82	2	209	27	25	15	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37649197--37649229	17	1.9	17	88	11	50	69	0	0	30	0.88
37649197--37649230	18	1.9	17	88	5	50	70	0	0	29	0.87
37649486--37649543	22	2.7	21	76	10	53	43	17	3	36	1.66
37649522--37649593	18	3.9	19	89	7	114	37	13	11	37	1.81
37649536--37649591	17	3.5	15	88	9	60	37	14	10	37	1.81
37649712--37649751	21	2.0	20	85	5	53	10	0	17	72	1.11
37650695--37650739	22	2.0	22	86	0	63	60	2	0	37	1.09
37662166--37662256	45	2.0	45	97	0	173	38	27	20	13	1.90
37675711--37675837	40	3.2	40	93	2	202	24	19	26	29	1.99
37675711--37675870	80	2.0	79	81	6	189	26	19	26	27	1.99
37683624--37683808	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	24	2.00
37683625--37683808	40	4.6	40	82	9	207	25	22	27	24	2.00
37683677--37683841	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
37712944--37713174	48	4.9	48	78	8	233	28	26	19	26	1.99
37718254--37718392	49	2.8	51	85	2	183	28	26	18	25	1.98
37718254--37718399	51	2.9	49	83	3	193	28	26	19	26	1.99
37723953--37724183	48	4.9	48	78	8	233	28	26	19	26	1.99
37729263--37729501	49	4.8	51	81	3	288	28	26	19	25	1.99
37729263--37729508	51	4.9	49	81	3	294	27	26	19	26	1.99
37729263--37729509	100	2.5	100	96	0	449	27	26	19	26	1.99
37736743--37736882	51	2.8	50	84	5	194	28	26	20	25	1.99
37736737--37736875	49	2.8	49	87	4	199	28	25	19	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37741232--37741302	33	2.2	33	100	0	142	43	15	11	29	1.81
37742165--37742266	48	2.1	48	85	3	134	28	23	21	26	1.99
37742188--37742349	48	3.5	48	71	14	151	29	24	19	26	1.98
37747195--37747262	29	2.3	29	94	0	118	22	30	26	20	1.98
37747707--37747757	24	2.1	24	96	0	93	35	21	11	31	1.90
37748113--37748150	16	2.3	17	86	4	51	44	10	13	31	1.77
37748400--37748511	47	2.4	47	82	5	129	34	30	11	23	1.90
37756636--37756810	52	3.5	51	89	4	257	28	30	13	26	1.94
37769591--37769819	85	2.7	86	87	2	327	33	24	17	25	1.96
37769591--37769819	43	5.3	43	85	1	280	33	24	17	25	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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