Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr1
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106989029

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   

This is table  2  of  322  ( 38559 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
269133--269177
10
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9
86
8
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51
2
2
44
1.26
269140--269174
2
18.0
2
88
5
54
48
0
2
48
1.16
269335--269398
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13
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271030--271144
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2.7
42
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4
160
29
21
19
29
1.97
271499--271829
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9
171
22
20
19
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1.95
271584--271825
44
5.5
44
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9
197
22
20
20
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2.0
176
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20
20
36
1.95
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88
3.0
88
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10
310
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20
20
35
1.96
271529--271877
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4.0
87
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10
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21
21
19
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144
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21
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284264--284331
22
3.0
21
70
14
55
55
2
4
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24
2.1
24
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0
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28
22
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2.0
27
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0
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22
2.0
21
90
4
66
50
0
2
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293750--293791
16
2.6
16
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0
57
47
2
0
50
1.14
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45
2.8
45
80
10
141
26
23
13
37
1.91
304827--304889
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2.1
30
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2
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10
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2.1
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0
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2
2
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23
2.2
23
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66
42
0
2
56
1.11
318793--318852
19
3.1
19
80
7
59
56
5
5
33
1.42
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
324812--324854
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12
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0
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16
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325046--325085
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2.5
17
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8
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20
30
5
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1.72
338317--338413
33
2.9
33
89
0
140
29
39
10
20
1.86
341175--341251
34
2.2
35
90
2
120
64
2
11
20
1.37
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330
2.0
329
98
0
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13
18
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356836--356965
70
1.9
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1
224
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4
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6
5.8
6
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12
56
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0
16
0
0.64
357890--357929
7
6.0
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57
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0
17
0
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4.4
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0
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51
14
2
31
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396463--396524
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2.5
25
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40
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19
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40
4.2
40
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148
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27
20
24
1.99
406501--406686
80
2.3
80
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9
229
27
27
20
23
1.99
406503--406686
40
4.6
40
83
7
205
27
27
21
23
1.99
415257--415314
20
2.8
21
76
5
55
5
12
8
74
1.21
418955--419007
16
3.5
15
77
7
63
66
1
0
32
1.03
418955--419007
15
3.6
14
78
12
61
66
1
0
32
1.03
419099--419165
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2.2
31
79
10
77
52
10
4
32
1.56
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15
1.9
16
93
6
53
26
0
0
73
0.84
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22
3.5
24
80
13
79
30
1
2
66
1.12
420104--420161
30
2.0
30
86
3
82
39
12
5
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1.64
426658--426751
47
2.0
47
95
0
170
29
27
13
28
1.94
427417--427528
17
6.4
18
73
13
90
43
12
15
28
1.83
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
427429--427491
16
3.8
16
81
6
63
49
11
12
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1.74
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18
6.4
16
71
17
71
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10
12
33
1.78
427478--427563
18
4.8
18
72
13
70
34
12
12
39
1.82
427425--427563
53
2.7
53
77
6
124
41
11
12
34
1.80
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2.5
11
100
0
54
22
7
0
70
1.12
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10
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14
52
0
18
0
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14
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14
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13
60
0
22
0
77
0.76
428166--428219
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2.0
27
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0
77
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30
2.4
30
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0
108
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2
20
30
1.65
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3
65
13
65
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0
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1.35
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19
110
62
0
7
28
1.27
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1.9
63
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5
168
59
0
9
30
1.35
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26
4.2
27
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8
102
57
0
10
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41
2.0
41
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5
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58
1
10
30
1.38
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13
3.4
14
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58
2
4
35
1.29
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26.7
3
72
10
54
57
1
8
32
1.38
432990--433071
15
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13
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1
10
31
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1148
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24
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22
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182
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24
21
32
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22
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15
22
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442295--442329
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1.9
18
88
0
52
60
8
8
22
1.54
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
442462--442764
3
103.3
3
66
13
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0
9
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1.35
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2.3
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67
0
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25
1.16
442479--442606
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0
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20
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0
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108
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1
10
30
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0
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2
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29
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1
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18
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1
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0
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1.23
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12
2.5
12
94
0
51
46
6
0
46
1.29
475346--475659
44
7.1
44
73
6
231
26
17
26
29
1.97
475341--475657
132
2.4
132
91
1
499
27
17
26
29
1.97
475595--475899
136
2.3
135
94
1
531
26
20
22
29
1.99
476038--476208
40
4.2
40
75
7
128
33
19
19
26
1.96
476062--476213
40
3.8
40
79
3
187
31
21
19
26
1.98
476060--476229
82
2.1
83
87
1
252
34
21
17
25
1.95
476455--476529
37
2.0
38
84
7
100
38
40
5
16
1.71
476708--476773
21
3.0
21
82
8
62
10
1
30
57
1.42
476699--476771
23
3.2
23
77
13
71
9
1
28
60
1.37
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
477102--477187
3
29.3
3
73
19
60
29
3
1
66
1.16
477102--477191
18
4.7
18
77
13
83
30
3
1
65
1.16
477393--477449
17
3.1
19
78
14
66
31
0
7
61
1.23
497461--497608
3
48.0
3
67
5
71
58
2
8
29
1.42
497447--497515
25
2.7
25
84
8
77
60
0
10
28
1.29
497517--497592
28
2.7
28
87
4
109
59
3
7
28
1.44
499071--499346
133
2.1
133
86
2
385
30
22
18
28
1.97
499314--499408
45
2.1
44
80
7
111
34
22
12
30
1.91
499182--499943
178
4.3
178
86
3
998
28
22
17
30
1.97
500066--500090
12
2.1
12
100
0
50
24
8
32
36
1.84
511787--511922
3
44.7
3
67
5
67
60
2
8
29
1.37
511788--511902
13
8.9
12
71
17
65
60
1
8
28
1.36
517071--517169
50
2.0
50
89
0
153
40
12
17
30
1.86
522387--522431
13
3.3
14
77
22
51
60
0
4
35
1.17
534081--534142
29
2.2
29
91
2
99
51
4
1
41
1.33
556420--556471
19
2.8
18
81
16
61
78
0
11
9
0.95
557371--557407
6
6.2
6
87
0
56
18
16
16
48
1.81
558704--558736
11
2.7
13
81
18
52
9
6
15
69
1.34
562369--562405
20
1.9
18
89
10
56
35
21
0
43
1.53
564924--565020
39
2.5
39
93
0
158
35
26
25
12
1.92
573458--573487
2
15.5
2
93
6
53
46
0
0
53
1.00
573810--574030
90
2.4
90
83
4
275
40
18
7
33
1.79
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
574229--574293
30
2.3
30
81
7
73
66
0
6
27
1.15
574291--574363
21
3.5
22
75
16
66
63
2
8
26
1.36
574523--574570
22
2.2
22
88
7
71
27
2
4
66
1.21
574543--574635
30
3.2
29
75
14
93
34
1
1
63
1.09
574584--574637
27
2.0
27
85
0
72
40
0
0
59
0.98
574603--574659
25
2.3
25
81
3
71
24
0
1
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0.92
576377--576401
11
2.3
11
100
0
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0
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0
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1
271
22
23
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580435--580731
147
2.0
147
92
0
486
30
19
8
41
1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          321   322